data_1A25 # _model_server_result.job_id y6zGkcWeKINTQGmSLvNjZQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-04 07:08:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1a25 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1}' # _entry.id 1A25 # _exptl.entry_id 1A25 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 171.089 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description O-PHOSPHOETHANOLAMINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1A25 _cell.length_a 77.798 _cell.length_b 77.798 _cell.length_c 140.826 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1A25 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id I _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O MET 46 A MET 186 1_555 D CA CA . A CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 47 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 47 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 47 A ASP 187 1_555 D CA CA . A CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 53 A ASP 193 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 106 A ASP 246 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.209 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 106 A ASP 246 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 106 A ASP 246 1_555 D CA CA . A CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc9 A O TRP 107 A TRP 247 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 108 A ASP 248 1_555 C CA CA . A CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 108 A ASP 248 1_555 D CA CA . A CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 108 A ASP 248 1_555 D CA CA . A CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 108 A ASP 248 1_555 E CA CA . A CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc14 A OG SER 111 A SER 251 1_555 E CA CA . A CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc15 A O ARG 112 A ARG 252 1_555 E CA CA . A CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc16 A OD2 ASP 114 A ASP 254 1_555 D CA CA . A CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 114 A ASP 254 1_555 E CA CA . A CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc18 A OE1 GLU 141 A GLU 281 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc19 A OE2 GLU 141 A GLU 281 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc20 A OE2 GLU 141 A GLU 281 1_555 H CA CA . B CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc21 D CA CA . A CA 291 1_555 B OE2 GLU 141 B GLU 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? metalc ? metalc22 D CA CA . A CA 291 1_555 B OE1 GLU 141 B GLU 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc23 E CA CA . A CA 292 1_555 B OE2 GLU 141 B GLU 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc24 B O MET 46 B MET 186 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 47 B ASP 187 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 47 B ASP 187 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 47 B ASP 187 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 53 B ASP 193 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 106 B ASP 246 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 106 B ASP 246 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.033 ? metalc ? metalc31 B OD2 ASP 106 B ASP 246 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc32 B O TRP 107 B TRP 247 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 108 B ASP 248 1_555 F CA CA . B CA 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc34 B OD2 ASP 108 B ASP 248 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc35 B OD1 ASP 108 B ASP 248 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc36 B OD2 ASP 108 B ASP 248 1_555 H CA CA . B CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc37 B OG SER 111 B SER 251 1_555 H CA CA . B CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc38 B O ARG 112 B ARG 252 1_555 H CA CA . B CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc39 B OD2 ASP 114 B ASP 254 1_555 G CA CA . B CA 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc40 B OD1 ASP 114 B ASP 254 1_555 H CA CA . B CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc41 B OD2 ASP 114 B ASP 254 1_555 H CA CA . B CA 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.375 ? metalc ? metalc42 F CA CA . B CA 290 1_555 K O HOH . B HOH 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? # _chem_comp.formula 'C3 H10 N O5 P' _chem_comp.formula_weight 171.089 _chem_comp.id PSE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name O-PHOSPHOETHANOLAMINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N2 C2 PSE sing 277 n n N2 HN21 PSE sing 278 n n N2 HN22 PSE sing 279 n n C2 C1 PSE sing 280 n n C2 C3 PSE sing 281 n n C2 H2 PSE sing 282 n n C1 O1 PSE sing 283 n n C1 H11 PSE sing 284 n n C1 H12 PSE sing 285 n n O1 HO1 PSE sing 286 n n C3 O1P PSE sing 287 n n C3 H31 PSE sing 288 n n C3 H32 PSE sing 289 n n O1P P PSE sing 290 n n O2P P PSE doub 291 n n O3P P PSE sing 292 n n O3P HO3 PSE sing 293 n n O4P P PSE sing 294 n n O4P HO4 PSE sing 295 n n # _atom_sites.entry_id 1A25 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012854 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012854 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007101 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 290 289 CA CA . D 2 CA A 1 291 290 CA CA . E 2 CA A 1 292 291 CA CA . F 2 CA B 1 290 289 CA CA . G 2 CA B 1 291 290 CA CA . H 2 CA B 1 292 291 CA CA . I 3 PSE B 1 1 1 PSE PSE . J 4 HOH A 1 2 2 HOH HOH . J 4 HOH A 2 4 4 HOH HOH . J 4 HOH A 3 5 5 HOH HOH . J 4 HOH A 4 6 6 HOH HOH . J 4 HOH A 5 8 8 HOH HOH . J 4 HOH A 6 10 10 HOH HOH . J 4 HOH A 7 11 11 HOH HOH . J 4 HOH A 8 14 14 HOH HOH . J 4 HOH A 9 16 16 HOH HOH . J 4 HOH A 10 17 17 HOH HOH . J 4 HOH A 11 19 19 HOH HOH . J 4 HOH A 12 24 24 HOH HOH . J 4 HOH A 13 25 25 HOH HOH . J 4 HOH A 14 27 27 HOH HOH . J 4 HOH A 15 29 29 HOH HOH . J 4 HOH A 16 32 32 HOH HOH . J 4 HOH A 17 35 35 HOH HOH . J 4 HOH A 18 36 36 HOH HOH . J 4 HOH A 19 37 37 HOH HOH . J 4 HOH A 20 38 38 HOH HOH . J 4 HOH A 21 41 41 HOH HOH . J 4 HOH A 22 42 42 HOH HOH . J 4 HOH A 23 43 43 HOH HOH . J 4 HOH A 24 44 44 HOH HOH . J 4 HOH A 25 47 47 HOH HOH . J 4 HOH A 26 48 48 HOH HOH . K 4 HOH B 1 293 1 HOH HOH . K 4 HOH B 2 294 3 HOH HOH . K 4 HOH B 3 295 7 HOH HOH . K 4 HOH B 4 296 9 HOH HOH . K 4 HOH B 5 297 12 HOH HOH . K 4 HOH B 6 298 13 HOH HOH . K 4 HOH B 7 299 15 HOH HOH . K 4 HOH B 8 300 18 HOH HOH . K 4 HOH B 9 301 20 HOH HOH . K 4 HOH B 10 302 21 HOH HOH . K 4 HOH B 11 303 22 HOH HOH . K 4 HOH B 12 304 23 HOH HOH . K 4 HOH B 13 305 26 HOH HOH . K 4 HOH B 14 306 28 HOH HOH . K 4 HOH B 15 307 30 HOH HOH . K 4 HOH B 16 308 31 HOH HOH . K 4 HOH B 17 309 33 HOH HOH . K 4 HOH B 18 310 34 HOH HOH . K 4 HOH B 19 311 39 HOH HOH . K 4 HOH B 20 312 40 HOH HOH . K 4 HOH B 21 313 45 HOH HOH . K 4 HOH B 22 314 46 HOH HOH . K 4 HOH B 23 315 49 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N2 PSE . . . I 3 -9.1 34.701 16.38 0.56 58.04 ? N2 PSE 1 B 1 HETATM 2 C C2 PSE . . . I 3 -9.098 36.145 16.715 0.56 60.21 ? C2 PSE 1 B 1 HETATM 3 C C1 PSE . . . I 3 -8.971 36.269 18.25 0.56 60.52 ? C1 PSE 1 B 1 HETATM 4 O O1 PSE . . . I 3 -8.955 37.502 18.678 0.56 59.46 ? O1 PSE 1 B 1 HETATM 5 C C3 PSE . . . I 3 -10.389 36.798 16.219 0.56 60.79 ? C3 PSE 1 B 1 HETATM 6 O O1P PSE . . . I 3 -11.46 35.938 16.643 0.56 58.81 ? O1P PSE 1 B 1 HETATM 7 O O2P PSE . . . I 3 -13.42 36.736 15.259 0.56 55.22 ? O2P PSE 1 B 1 HETATM 8 O O3P PSE . . . I 3 -13.141 37.536 17.641 0.56 59.38 ? O3P PSE 1 B 1 HETATM 9 O O4P PSE . . . I 3 -13.705 35.149 17.158 0.56 61.71 ? O4P PSE 1 B 1 HETATM 10 P P PSE . . . I 3 -12.988 36.418 16.655 0.56 61.93 ? P PSE 1 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 257 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 10 #