data_1AFA
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_model_server_result.job_id            XGRHPOkClq2zfvnU2y7amw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 23:16:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
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_model_server_result.entry_id          1afa 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":2}' 
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          2 
_entity.src_method                  man 
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_entity.pdbx_description            'methyl beta-D-galactopyranoside' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.length_c            97.5 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
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_symmetry.entry_id                 1AFA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
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#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 I N N 
? 2 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 56 1 CYS 128 1_555 A SG CYS 150 1 CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 128 1 CYS 200 1_555 A SG CYS 142 1 CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 56 2 CYS 128 1_555 B SG CYS 150 2 CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 128 2 CYS 200 1_555 B SG CYS 142 2 CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf5 C SG CYS 56 3 CYS 128 1_555 C SG CYS 150 3 CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf6 C SG CYS 128 3 CYS 200 1_555 C SG CYS 142 3 CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc1 D O3 MBG . 1 MBG 1 1_555 F CA CA . 1 CA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? 
metalc ? metalc2 D O4 MBG . 1 MBG 1 1_555 F CA CA . 1 CA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? 
metalc ? metalc3 F CA CA . 1 CA 2 1_555 A OE1 GLN 113 1 GLN 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc4 F CA CA . 1 CA 2 1_555 A OD1 ASP 115 1 ASP 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc5 F CA CA . 1 CA 2 1_555 A OE1 GLU 126 1 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? 
metalc ? metalc6 F CA CA . 1 CA 2 1_555 A OD1 ASN 138 1 ASN 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
metalc ? metalc7 F CA CA . 1 CA 2 1_555 A O ASP 139 1 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc8 F CA CA . 1 CA 2 1_555 A OD1 ASP 139 1 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc9 G CA CA . 1 CA 3 1_555 A OE2 GLU 12 1 GLU 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc10 G CA CA . 1 CA 3 3_545 A OE1 GLU 93 1 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc11 G CA CA . 1 CA 3 3_545 A OD1 ASP 127 1 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? 
metalc ? metalc12 G CA CA . 1 CA 3 3_545 A OD2 ASP 127 1 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc13 G CA CA . 1 CA 3 1_555 R O HOH . 1 HOH 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc14 G CA CA . 1 CA 3 1_555 R O HOH . 1 HOH 275 3_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc15 G CA CA . 1 CA 3 1_555 R O HOH . 1 HOH 300 3_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASP 89 1 ASP 161 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? 
metalc ? metalc17 A OD2 ASP 89 1 ASP 161 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc18 A OE1 GLU 93 1 GLU 165 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc19 A OE2 GLU 93 1 GLU 165 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc20 A OD1 ASP 116 1 ASP 188 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc21 A O GLU 126 1 GLU 198 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc22 A OD1 ASP 127 1 ASP 199 1_555 E CA CA . 1 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc23 E CA CA . 1 CA 227 1_555 R O HOH . 1 HOH 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc24 R O HOH . 1 HOH 251 1_555 P CA CA . 3 CA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc25 R O HOH . 1 HOH 282 4_555 J CA CA . 2 CA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc26 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B OD1 ASP 89 2 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc27 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B OD2 ASP 89 2 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc28 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B OE1 GLU 93 2 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc29 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B OE2 GLU 93 2 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? 
metalc ? metalc30 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B OD1 ASP 116 2 ASP 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? 
metalc ? metalc31 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B O GLU 126 2 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc32 J CA CA . 2 CA 1 1_555 B OD1 ASP 127 2 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? 
metalc ? metalc33 K CA CA . 2 CA 2 1_555 I O3 MBG . 2 MBG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? 
metalc ? metalc34 K CA CA . 2 CA 2 1_555 I O4 MBG . 2 MBG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc35 K CA CA . 2 CA 2 1_555 B OE1 GLN 113 2 GLN 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc36 K CA CA . 2 CA 2 1_555 B OD1 ASP 115 2 ASP 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? 
metalc ? metalc37 K CA CA . 2 CA 2 1_555 B OE1 GLU 126 2 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc38 K CA CA . 2 CA 2 1_555 B OD1 ASN 138 2 ASN 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? 
metalc ? metalc39 K CA CA . 2 CA 2 1_555 B O ASP 139 2 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? 
metalc ? metalc40 K CA CA . 2 CA 2 1_555 B OD1 ASP 139 2 ASP 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc41 B OE1 GLU 93 2 GLU 165 1_555 L CA CA . 2 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc42 B OD1 ASP 127 2 ASP 199 1_555 L CA CA . 2 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc43 B OD2 ASP 127 2 ASP 199 1_555 L CA CA . 2 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? 
metalc ? metalc44 L CA CA . 2 CA 227 1_555 S O HOH . 2 HOH 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc45 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C OD1 ASP 89 3 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? 
metalc ? metalc46 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C OD2 ASP 89 3 ASP 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc47 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C OE1 GLU 93 3 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc48 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C OE2 GLU 93 3 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? 
metalc ? metalc49 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C OD1 ASP 116 3 ASP 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc50 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C O GLU 126 3 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc51 N CA CA . 3 CA 1 1_555 C OD1 ASP 127 3 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc52 N CA CA . 3 CA 1 1_555 T O HOH . 3 HOH 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc53 M O3 MBG . 3 MBG 2 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc54 M O4 MBG . 3 MBG 2 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc55 P CA CA . 3 CA 3 1_555 C OE2 GLU 12 3 GLU 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc56 P CA CA . 3 CA 3 3_555 C OE1 GLU 93 3 GLU 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc57 P CA CA . 3 CA 3 3_555 C OD1 ASP 127 3 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc58 P CA CA . 3 CA 3 3_555 C OD2 ASP 127 3 ASP 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc59 P CA CA . 3 CA 3 1_555 T O HOH . 3 HOH 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc60 P CA CA . 3 CA 3 1_555 T O HOH . 3 HOH 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc61 C OE1 GLN 113 3 GLN 185 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc62 C OD1 ASP 115 3 ASP 187 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc63 C OE1 GLU 126 3 GLU 198 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc64 C OD1 ASN 138 3 ASN 210 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc65 C O ASP 139 3 ASP 211 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc66 C OD1 ASP 139 3 ASP 211 1_555 O CA CA . 3 CA 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
#
_chem_comp.formula           'C7 H14 O6' 
_chem_comp.formula_weight    194.182 
_chem_comp.id                MBG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              'methyl beta-D-galactopyranoside' 
_chem_comp.type              d-saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'METHYL-BETA-GALACTOSE;methyl beta-D-galactoside;methyl D-galactoside;methyl galactoside' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 MBG sing 218 n n 
C1 O1 MBG sing 219 n n 
C1 O5 MBG sing 220 n n 
C1 H1 MBG sing 221 n n 
C2 C3 MBG sing 222 n n 
C2 O2 MBG sing 223 n n 
C2 H2 MBG sing 224 n n 
C3 C4 MBG sing 225 n n 
C3 O3 MBG sing 226 n n 
C3 H3 MBG sing 227 n n 
C4 C5 MBG sing 228 n n 
C4 O4 MBG sing 229 n n 
C4 H4 MBG sing 230 n n 
C5 C6 MBG sing 231 n n 
C5 O5 MBG sing 232 n n 
C5 H5 MBG sing 233 n n 
C6 O6 MBG sing 234 n n 
C6 H61 MBG sing 235 n n 
C6 H62 MBG sing 236 n n 
C7 O1 MBG sing 237 n n 
C7 H71 MBG sing 238 n n 
C7 H72 MBG sing 239 n n 
C7 H73 MBG sing 240 n n 
O2 HO2 MBG sing 241 n n 
O3 HO3 MBG sing 242 n n 
O4 HO4 MBG sing 243 n n 
O6 HO6 MBG sing 244 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
MBG DGalp[1Me]b 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
MBG 1-methyl-b-D-galactopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 
MBG b-methyl-galactoside 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
#
_atom_sites.entry_id                     1AFA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012392 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00309 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011848 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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S 5 HOH 2 84 311 354 HOH HOH . 
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T 5 HOH 3 12 239 41 HOH HOH . 
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