data_1AO0
#
_model_server_result.job_id            DQ1pGYk99l6jalrZGdUOSQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-05 15:56:50' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          1ao0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":468}' 
#
_entry.id    1AO0 
#
_exptl.entry_id    1AO0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            1AO0 
_cell.length_a            160.3 
_cell.length_b            70.4 
_cell.length_c            182.7 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1AO0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
? 5 L N N 
? 5 P N N 
? 5 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 236 A CYS 236 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc2 A CB SER 283 A SER 283 1_555 E MG MG . A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc3 A OG SER 283 A SER 283 1_555 E MG MG . A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 345 A ASP 345 1_555 E MG MG . A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 346 A ASP 346 1_555 E MG MG . A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 382 A CYS 382 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 437 A CYS 437 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 440 A CYS 440 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc9 G O2' 5GP . A 5GP 467 1_555 E MG MG . A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc10 G O3' 5GP . A 5GP 467 1_555 E MG MG . A MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc11 E MG MG . A MG 469 1_555 U O HOH . A HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 236 B CYS 236 1_555 J FE2 SF4 . B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc13 B CB SER 283 B SER 283 1_555 I MG MG . B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc14 B OG SER 283 B SER 283 1_555 I MG MG . B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 345 B ASP 345 1_555 I MG MG . B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 346 B ASP 346 1_555 I MG MG . B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 382 B CYS 382 1_555 J FE4 SF4 . B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc18 B SG CYS 437 B CYS 437 1_555 J FE1 SF4 . B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 440 B CYS 440 1_555 J FE3 SF4 . B SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc20 K O2' 5GP . B 5GP 467 1_555 I MG MG . B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc21 K O3' 5GP . B 5GP 467 1_555 I MG MG . B MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? 
metalc ? metalc22 I MG MG . B MG 469 1_555 V O HOH . B HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 236 C CYS 236 1_555 N FE2 SF4 . C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc24 C CB SER 283 C SER 283 1_555 M MG MG . C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc25 C OG SER 283 C SER 283 1_555 M MG MG . C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc26 C OD1 ASP 345 C ASP 345 1_555 M MG MG . C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 346 C ASP 346 1_555 M MG MG . C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc28 C SG CYS 382 C CYS 382 1_555 N FE4 SF4 . C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc29 C SG CYS 437 C CYS 437 1_555 N FE1 SF4 . C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc30 C SG CYS 440 C CYS 440 1_555 N FE3 SF4 . C SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc31 O O2' 5GP . C 5GP 467 1_555 M MG MG . C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc32 O O3' 5GP . C 5GP 467 1_555 M MG MG . C MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc33 M MG MG . C MG 469 1_555 W O HOH . C HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc34 D SG CYS 236 D CYS 236 1_555 R FE2 SF4 . D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc35 D CB SER 283 D SER 283 1_555 Q MG MG . D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc36 D OG SER 283 D SER 283 1_555 Q MG MG . D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASP 345 D ASP 345 1_555 Q MG MG . D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc38 D OD1 ASP 346 D ASP 346 1_555 Q MG MG . D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? 
metalc ? metalc39 D SG CYS 382 D CYS 382 1_555 R FE4 SF4 . D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc40 D SG CYS 437 D CYS 437 1_555 R FE1 SF4 . D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc41 D SG CYS 440 D CYS 440 1_555 R FE3 SF4 . D SF4 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc42 S O2' 5GP . D 5GP 467 1_555 Q MG MG . D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc43 S O3' 5GP . D 5GP 467 1_555 Q MG MG . D MG 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? 
metalc ? metalc44 Q MG MG . D MG 469 1_555 X O HOH . D HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
hydrog ? hydrog1 H O1B ADP . A ADP 468 1_555 G O2' 5GP . A 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog ? hydrog2 L O1B ADP . B ADP 468 1_555 K O2' 5GP . B 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog ? hydrog3 P O1B ADP . C ADP 468 1_555 O O2' 5GP . C 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog ? hydrog4 T O1B ADP . D ADP 468 1_555 S O2' 5GP . D 5GP 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 41 n n 
PB O2B ADP sing 42 n n 
PB O3B ADP sing 43 n n 
PB O3A ADP sing 44 n n 
O2B HOB2 ADP sing 45 n n 
O3B HOB3 ADP sing 46 n n 
PA O1A ADP doub 47 n n 
PA O2A ADP sing 48 n n 
PA O3A ADP sing 49 n n 
PA O5' ADP sing 50 n n 
O2A HOA2 ADP sing 51 n n 
O5' C5' ADP sing 52 n n 
C5' C4' ADP sing 53 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 54 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 55 n n 
C4' O4' ADP sing 56 n n 
C4' C3' ADP sing 57 n n 
C4' H4' ADP sing 58 n n 
O4' C1' ADP sing 59 n n 
C3' O3' ADP sing 60 n n 
C3' C2' ADP sing 61 n n 
C3' H3' ADP sing 62 n n 
O3' HO3' ADP sing 63 n n 
C2' O2' ADP sing 64 n n 
C2' C1' ADP sing 65 n n 
C2' H2' ADP sing 66 n n 
O2' HO2' ADP sing 67 n n 
C1' N9 ADP sing 68 n n 
C1' H1' ADP sing 69 n n 
N9 C8 ADP sing 70 n y 
N9 C4 ADP sing 71 n y 
C8 N7 ADP doub 72 n y 
C8 H8 ADP sing 73 n n 
N7 C5 ADP sing 74 n y 
C5 C6 ADP sing 75 n y 
C5 C4 ADP doub 76 n y 
C6 N6 ADP sing 77 n n 
C6 N1 ADP doub 78 n y 
N6 HN61 ADP sing 79 n n 
N6 HN62 ADP sing 80 n n 
N1 C2 ADP sing 81 n y 
C2 N3 ADP doub 82 n y 
C2 H2 ADP sing 83 n n 
N3 C4 ADP sing 84 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1AO0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006238 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014205 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005473 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 469 469 MG MG . 
F 3 SF4 A 1 466 466 SF4 FS4 . 
G 4 5GP A 1 467 467 5GP 5GP . 
H 5 ADP A 1 468 468 ADP ADP . 
I 2 MG B 1 469 469 MG MG . 
J 3 SF4 B 1 466 466 SF4 FS4 . 
K 4 5GP B 1 467 467 5GP 5GP . 
L 5 ADP B 1 468 468 ADP ADP . 
M 2 MG C 1 469 469 MG MG . 
N 3 SF4 C 1 466 466 SF4 FS4 . 
O 4 5GP C 1 467 467 5GP 5GP . 
P 5 ADP C 1 468 468 ADP ADP . 
Q 2 MG D 1 469 469 MG MG . 
R 3 SF4 D 1 466 466 SF4 FS4 . 
S 4 5GP D 1 467 467 5GP 5GP . 
T 5 ADP D 1 468 468 ADP ADP . 
U 6 HOH A 1 470 1 HOH HOH . 
V 6 HOH B 1 470 2 HOH HOH . 
W 6 HOH C 1 470 3 HOH HOH . 
X 6 HOH D 1 470 4 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB ADP . . . L 5 13.6 -3.463 61.111 1 56.4 ? PB ADP 468 B 1 
HETATM 2 O O1B ADP . . . L 5 12.649 -3.886 60.045 1 53.63 ? O1B ADP 468 B 1 
HETATM 3 O O2B ADP . . . L 5 13.058 -3.86 62.464 1 67.92 ? O2B ADP 468 B 1 
HETATM 4 O O3B ADP . . . L 5 14.946 -4.092 60.882 1 50.12 ? O3B ADP 468 B 1 
HETATM 5 P PA ADP . . . L 5 14.115 -0.963 62.255 1 34.45 ? PA ADP 468 B 1 
HETATM 6 O O1A ADP . . . L 5 13.396 -1.393 63.481 1 29.92 ? O1A ADP 468 B 1 
HETATM 7 O O2A ADP . . . L 5 15.588 -0.74 62.307 1 31.61 ? O2A ADP 468 B 1 
HETATM 8 O O3A ADP . . . L 5 13.732 -1.895 61.01 1 41.3 ? O3A ADP 468 B 1 
HETATM 9 O O5' ADP . . . L 5 13.456 0.368 61.719 1 26.33 ? O5' ADP 468 B 1 
HETATM 10 C C5' ADP . . . L 5 12.971 0.419 60.391 1 10.06 ? C5' ADP 468 B 1 
HETATM 11 C C4' ADP . . . L 5 12.271 1.703 60.19 1 17.27 ? C4' ADP 468 B 1 
HETATM 12 O O4' ADP . . . L 5 12.945 2.718 60.939 1 10.85 ? O4' ADP 468 B 1 
HETATM 13 C C3' ADP . . . L 5 12.237 2.216 58.766 1 17.13 ? C3' ADP 468 B 1 
HETATM 14 O O3' ADP . . . L 5 11.031 1.735 58.15 1 19.58 ? O3' ADP 468 B 1 
HETATM 15 C C2' ADP . . . L 5 12.327 3.755 58.909 1 14.91 ? C2' ADP 468 B 1 
HETATM 16 O O2' ADP . . . L 5 11.239 4.534 58.48 1 16.23 ? O2' ADP 468 B 1 
HETATM 17 C C1' ADP . . . L 5 12.556 3.944 60.412 1 10.78 ? C1' ADP 468 B 1 
HETATM 18 N N9 ADP . . . L 5 13.471 4.946 60.882 1 11.08 ? N9 ADP 468 B 1 
HETATM 19 C C8 ADP . . . L 5 14.755 5.213 60.531 1 17.98 ? C8 ADP 468 B 1 
HETATM 20 N N7 ADP . . . L 5 15.3 6.177 61.228 1 22.74 ? N7 ADP 468 B 1 
HETATM 21 C C5 ADP . . . L 5 14.289 6.577 62.088 1 20.98 ? C5 ADP 468 B 1 
HETATM 22 C C6 ADP . . . L 5 14.22 7.583 63.092 1 30.11 ? C6 ADP 468 B 1 
HETATM 23 N N6 ADP . . . L 5 15.26 8.369 63.461 1 27.24 ? N6 ADP 468 B 1 
HETATM 24 N N1 ADP . . . L 5 13.032 7.739 63.729 1 31.25 ? N1 ADP 468 B 1 
HETATM 25 C C2 ADP . . . L 5 12.022 6.917 63.406 1 26.48 ? C2 ADP 468 B 1 
HETATM 26 N N3 ADP . . . L 5 11.983 5.933 62.504 1 27.73 ? N3 ADP 468 B 1 
HETATM 27 C C4 ADP . . . L 5 13.157 5.829 61.871 1 18.21 ? C4 ADP 468 B 1 
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