data_1BJF # _model_server_result.job_id K8NnAUE-eDsFYamldVKdcQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-11 00:26:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1bjf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":402}' # _entry.id 1BJF # _exptl.entry_id 1BJF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 98.29 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1BJF _cell.length_a 42.68 _cell.length_b 93.35 _cell.length_c 50.625 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1BJF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 73 A ASP 73 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 75 A ASN 75 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc3 A ND2 ASN 75 A ASN 75 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 77 A ASP 77 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc5 A O THR 79 A THR 79 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 84 A GLU 84 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 84 A GLU 84 1_555 C CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 111 A ASP 111 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 111 A ASP 111 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.386 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASN 113 A ASN 113 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc12 A O TYR 115 A TYR 115 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 120 A GLU 120 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 120 A GLU 120 1_555 D CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 157 A ASP 157 1_555 E CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASN 159 A ASN 159 1_555 E CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 161 A ASP 161 1_555 E CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? metalc ? metalc18 A O LYS 163 A LYS 163 1_555 E CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc19 A OE1 GLU 168 A GLU 168 1_555 E CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc20 A OE2 GLU 168 A GLU 168 1_555 E CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc21 C CA CA . A CA 402 1_555 I O HOH . A HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc22 D CA CA . A CA 403 1_555 I O HOH . A HOH 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc23 E CA CA . A CA 404 1_555 I O HOH . A HOH 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 73 B ASP 73 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASN 75 B ASN 75 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc26 B ND2 ASN 75 B ASN 75 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 77 B ASP 77 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc28 B O THR 79 B THR 79 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc29 B OE1 GLU 84 B GLU 84 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc30 B OE2 GLU 84 B GLU 84 1_555 F CA CA . B CA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 109 B ASP 109 1_555 G CA CA . B CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 111 B ASP 111 1_555 G CA CA . B CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASN 113 B ASN 113 1_555 G CA CA . B CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc34 B O TYR 115 B TYR 115 1_555 G CA CA . B CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc35 B OE2 GLU 120 B GLU 120 1_555 G CA CA . B CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc36 B OE1 GLU 120 B GLU 120 1_555 G CA CA . B CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc37 B OD1 ASP 157 B ASP 157 1_555 H CA CA . B CA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc38 B OD1 ASN 159 B ASN 159 1_555 H CA CA . B CA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc39 B OD1 ASP 161 B ASP 161 1_555 H CA CA . B CA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc40 B O LYS 163 B LYS 163 1_555 H CA CA . B CA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc41 B OE1 GLU 168 B GLU 168 1_555 H CA CA . B CA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc42 B OE2 GLU 168 B GLU 168 1_555 H CA CA . B CA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc43 F CA CA . B CA 406 1_555 J O HOH . B HOH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc44 G CA CA . B CA 407 1_555 J O HOH . B HOH 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc45 H CA CA . B CA 408 1_555 J O HOH . B HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1BJF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02343 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003414 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010712 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.019962 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 402 402 CA CA . D 2 CA A 1 403 403 CA CA . E 2 CA A 1 404 404 CA CA . F 2 CA B 1 406 406 CA CA . G 2 CA B 1 407 407 CA CA . H 2 CA B 1 408 408 CA CA . I 3 HOH A 1 501 501 HOH HOH . I 3 HOH A 2 505 505 HOH HOH . I 3 HOH A 3 510 510 HOH HOH . I 3 HOH A 4 513 513 HOH HOH . I 3 HOH A 5 523 523 HOH HOH . I 3 HOH A 6 527 527 HOH HOH . I 3 HOH A 7 528 528 HOH HOH . I 3 HOH A 8 549 549 HOH HOH . I 3 HOH A 9 551 551 HOH HOH . I 3 HOH A 10 553 553 HOH HOH . I 3 HOH A 11 560 560 HOH HOH . I 3 HOH A 12 571 571 HOH HOH . I 3 HOH A 13 587 587 HOH HOH . I 3 HOH A 14 591 591 HOH HOH . I 3 HOH A 15 607 607 HOH HOH . I 3 HOH A 16 608 608 HOH HOH . I 3 HOH A 17 611 611 HOH HOH . I 3 HOH A 18 615 615 HOH HOH . I 3 HOH A 19 624 624 HOH HOH . I 3 HOH A 20 655 655 HOH HOH . I 3 HOH A 21 657 657 HOH HOH . I 3 HOH A 22 663 663 HOH HOH . I 3 HOH A 23 671 671 HOH HOH . I 3 HOH A 24 705 705 HOH HOH . I 3 HOH A 25 712 712 HOH HOH . I 3 HOH A 26 725 725 HOH HOH . I 3 HOH A 27 738 738 HOH HOH . I 3 HOH A 28 813 813 HOH HOH . J 3 HOH B 1 502 502 HOH HOH . J 3 HOH B 2 506 506 HOH HOH . J 3 HOH B 3 507 507 HOH HOH . J 3 HOH B 4 514 514 HOH HOH . J 3 HOH B 5 516 516 HOH HOH . J 3 HOH B 6 521 521 HOH HOH . J 3 HOH B 7 580 580 HOH HOH . J 3 HOH B 8 616 616 HOH HOH . J 3 HOH B 9 622 622 HOH HOH . J 3 HOH B 10 623 623 HOH HOH . J 3 HOH B 11 662 662 HOH HOH . J 3 HOH B 12 667 667 HOH HOH . J 3 HOH B 13 698 698 HOH HOH . J 3 HOH B 14 706 706 HOH HOH . J 3 HOH B 15 727 727 HOH HOH . J 3 HOH B 16 728 728 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 16.721 _atom_site.Cartn_y -2.444 _atom_site.Cartn_z 2.658 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 16.93 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 402 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #