data_1BR2
#
_model_server_result.job_id            dqc1YHxOW6-bQEyGbnXNeQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 16:59:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1br2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":998}' 
#
_entry.id    1BR2 
#
_exptl.entry_id    1BR2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.66 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1BR2 
_cell.length_a            134.01 
_cell.length_b            107.67 
_cell.length_c            188.31 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1BR2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        3 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
? monomeric 1 author_defined_assembly 5 
? monomeric 1 author_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,G,H,I,Y 1 1 
B,J,K,L,Z 2 1 
C,M,N,O,AA 3 1 
D,P,Q,R,BA 4 1 
E,S,T,U,CA 5 1 
F,V,W,X,DA 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 I N N 
? 4 L N N 
? 4 O N N 
? 4 R N N 
? 4 U N N 
? 4 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 183 A THR 184 1_555 G MG MG . A MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc2 A OG SER 245 A SER 246 1_555 G MG MG . A MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc3 Y O HOH . A HOH 995 1_555 G MG MG . A MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.839 ? 
metalc ? metalc4 Y O HOH . A HOH 995 1_555 H AL ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.712 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 997 1_555 I O2B ADP . A ADP 998 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 997 1_555 H F2 ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc7 G MG MG . A MG 997 1_555 H F4 ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc8 G MG MG . A MG 997 1_555 H AL ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.431 ? 
metalc ? metalc9 I O2B ADP . A ADP 998 1_555 H AL ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.476 ? 
metalc ? metalc10 I O3B ADP . A ADP 998 1_555 H AL ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc11 I O1B ADP . A ADP 998 1_555 H AL ALF . A ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.585 ? 
metalc ? metalc12 B OG1 THR 183 B THR 184 1_555 J MG MG . B MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc13 B OG SER 245 B SER 246 1_555 J MG MG . B MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc14 B N GLY 467 B GLY 468 1_555 K AL ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.685 ? 
metalc ? metalc15 Z O HOH . B HOH 995 1_555 J MG MG . B MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.84 ? 
metalc ? metalc16 Z O HOH . B HOH 995 1_555 K AL ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.712 ? 
metalc ? metalc17 J MG MG . B MG 997 1_555 L O2B ADP . B ADP 998 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc18 J MG MG . B MG 997 1_555 K F2 ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc19 J MG MG . B MG 997 1_555 K F4 ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc20 J MG MG . B MG 997 1_555 K AL ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.431 ? 
metalc ? metalc21 L O1B ADP . B ADP 998 1_555 K AL ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.586 ? 
metalc ? metalc22 L O2B ADP . B ADP 998 1_555 K AL ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.476 ? 
metalc ? metalc23 L O3B ADP . B ADP 998 1_555 K AL ALF . B ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc24 C OG1 THR 183 C THR 184 1_555 M MG MG . C MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc25 C OG SER 245 C SER 246 1_555 M MG MG . C MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc26 AA O HOH . C HOH 995 1_555 M MG MG . C MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.84 ? 
metalc ? metalc27 AA O HOH . C HOH 995 1_555 N AL ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.712 ? 
metalc ? metalc28 M MG MG . C MG 997 1_555 O O2B ADP . C ADP 998 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc29 M MG MG . C MG 997 1_555 N F2 ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc30 M MG MG . C MG 997 1_555 N F4 ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc31 M MG MG . C MG 997 1_555 N AL ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.431 ? 
metalc ? metalc32 O O3B ADP . C ADP 998 1_555 N AL ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc33 O O1B ADP . C ADP 998 1_555 N AL ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.585 ? 
metalc ? metalc34 O O2B ADP . C ADP 998 1_555 N AL ALF . C ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.476 ? 
metalc ? metalc35 D OG1 THR 183 D THR 184 1_555 P MG MG . D MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc36 D OG SER 245 D SER 246 1_555 P MG MG . D MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc37 D N GLY 467 D GLY 468 1_555 Q AL ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.659 ? 
metalc ? metalc38 BA O HOH . D HOH 995 1_555 P MG MG . D MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.839 ? 
metalc ? metalc39 BA O HOH . D HOH 995 1_555 Q AL ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.712 ? 
metalc ? metalc40 P MG MG . D MG 997 1_555 R O2B ADP . D ADP 998 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc41 P MG MG . D MG 997 1_555 Q F2 ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc42 P MG MG . D MG 997 1_555 Q F4 ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc43 P MG MG . D MG 997 1_555 Q AL ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.43 ? 
metalc ? metalc44 R O3B ADP . D ADP 998 1_555 Q AL ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc45 R O2B ADP . D ADP 998 1_555 Q AL ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.475 ? 
metalc ? metalc46 R O1B ADP . D ADP 998 1_555 Q AL ALF . D ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.585 ? 
metalc ? metalc47 E OG1 THR 183 E THR 184 1_555 S MG MG . E MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc48 E OG SER 245 E SER 246 1_555 S MG MG . E MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc49 CA O HOH . E HOH 995 1_555 S MG MG . E MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc50 S MG MG . E MG 997 1_555 U O2B ADP . E ADP 998 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc51 S MG MG . E MG 997 1_555 T F4 ALF . E ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc52 S MG MG . E MG 997 1_555 T F2 ALF . E ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? 
metalc ? metalc53 S MG MG . E MG 997 1_555 T AL ALF . E ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.536 ? 
metalc ? metalc54 U O2B ADP . E ADP 998 1_555 T AL ALF . E ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.668 ? 
metalc ? metalc55 U O3B ADP . E ADP 998 1_555 T AL ALF . E ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc56 F OG1 THR 183 F THR 184 1_555 V MG MG . F MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc57 F OG SER 245 F SER 246 1_555 V MG MG . F MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc58 F N GLY 467 F GLY 468 1_555 W AL ALF . F ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.699 ? 
metalc ? metalc59 DA O HOH . F HOH 995 1_555 V MG MG . F MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc60 V MG MG . F MG 997 1_555 X O2B ADP . F ADP 998 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc61 V MG MG . F MG 997 1_555 W F2 ALF . F ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.123 ? 
metalc ? metalc62 V MG MG . F MG 997 1_555 W F4 ALF . F ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc63 V MG MG . F MG 997 1_555 W AL ALF . F ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.553 ? 
metalc ? metalc64 X O3B ADP . F ADP 998 1_555 W AL ALF . F ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc65 X O2B ADP . F ADP 998 1_555 W AL ALF . F ALF 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.68 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1BR2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007462 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000086 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009288 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005311 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 MG A 1 997 997 MG MG . 
H 3 ALF A 1 999 999 ALF ALF . 
I 4 ADP A 1 998 998 ADP ADP . 
J 2 MG B 1 997 997 MG MG . 
K 3 ALF B 1 999 999 ALF ALF . 
L 4 ADP B 1 998 998 ADP ADP . 
M 2 MG C 1 997 997 MG MG . 
N 3 ALF C 1 999 999 ALF ALF . 
O 4 ADP C 1 998 998 ADP ADP . 
P 2 MG D 1 997 997 MG MG . 
Q 3 ALF D 1 999 999 ALF ALF . 
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Z 5 HOH B 2 996 996 HOH HOH . 
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AA 5 HOH C 2 996 996 HOH HOH . 
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BA 5 HOH D 2 996 996 HOH HOH . 
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