data_1C9K
#
_model_server_result.job_id            gGYFqBXfIVg-jbvTqZG2aw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-27 08:24:50' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1c9k 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":606}' 
#
_entry.id    1C9K 
#
_exptl.entry_id    1C9K 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              363.221 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1C9K 
_cell.length_a            58.38 
_cell.length_b            87.77 
_cell.length_c            101.64 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1C9K 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 G N N 
? 3 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C OG SER 13 C SER 13 1_555 H MG MG . C MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc2 C OE1 GLU 80 C GLU 80 1_555 H MG MG . C MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.134 ? 
metalc ? metalc3 H MG MG . C MG 607 1_555 I O1 POP . C POP 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? 
metalc ? metalc4 H MG MG . C MG 607 1_555 I O4 POP . C POP 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H14 N5 O8 P' 
_chem_comp.formula_weight    363.221 
_chem_comp.id                5GP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
P O1P 5GP doub 1 n n 
P O2P 5GP sing 2 n n 
P O3P 5GP sing 3 n n 
P O5' 5GP sing 4 n n 
O2P HOP2 5GP sing 5 n n 
O3P HOP3 5GP sing 6 n n 
O5' C5' 5GP sing 7 n n 
C5' C4' 5GP sing 8 n n 
C5' "H5'1" 5GP sing 9 n n 
C5' "H5'2" 5GP sing 10 n n 
C4' O4' 5GP sing 11 n n 
C4' C3' 5GP sing 12 n n 
C4' H4' 5GP sing 13 n n 
O4' C1' 5GP sing 14 n n 
C3' O3' 5GP sing 15 n n 
C3' C2' 5GP sing 16 n n 
C3' H3' 5GP sing 17 n n 
O3' HO3' 5GP sing 18 n n 
C2' O2' 5GP sing 19 n n 
C2' C1' 5GP sing 20 n n 
C2' H2' 5GP sing 21 n n 
O2' HO2' 5GP sing 22 n n 
C1' N9 5GP sing 23 n n 
C1' H1' 5GP sing 24 n n 
N9 C8 5GP sing 25 n y 
N9 C4 5GP sing 26 n y 
C8 N7 5GP doub 27 n y 
C8 H8 5GP sing 28 n n 
N7 C5 5GP sing 29 n y 
C5 C6 5GP sing 30 n n 
C5 C4 5GP doub 31 n y 
C6 O6 5GP doub 32 n n 
C6 N1 5GP sing 33 n n 
N1 C2 5GP sing 34 n n 
N1 HN1 5GP sing 35 n n 
C2 N2 5GP sing 36 n n 
C2 N3 5GP doub 37 n n 
N2 HN21 5GP sing 38 n n 
N2 HN22 5GP sing 39 n n 
N3 C4 5GP sing 40 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1C9K 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017129 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011393 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009839 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 PO4 A 1 600 600 PO4 PO4 . 
E 3 5GP A 1 604 604 5GP GMP . 
F 2 PO4 B 1 601 601 PO4 PO4 . 
G 3 5GP B 1 605 605 5GP GMP . 
H 4 MG C 1 607 607 MG MG . 
I 5 POP C 1 608 608 POP POP . 
J 3 5GP C 1 606 606 5GP GMP . 
K 6 HOH A 1 702 702 HOH WAT . 
K 6 HOH A 2 703 703 HOH WAT . 
K 6 HOH A 3 704 704 HOH WAT . 
K 6 HOH A 4 706 706 HOH WAT . 
K 6 HOH A 5 710 710 HOH WAT . 
K 6 HOH A 6 713 713 HOH WAT . 
K 6 HOH A 7 714 714 HOH WAT . 
K 6 HOH A 8 723 723 HOH WAT . 
K 6 HOH A 9 724 724 HOH WAT . 
K 6 HOH A 10 727 727 HOH WAT . 
K 6 HOH A 11 728 728 HOH WAT . 
K 6 HOH A 12 730 730 HOH WAT . 
K 6 HOH A 13 735 735 HOH WAT . 
K 6 HOH A 14 738 738 HOH WAT . 
K 6 HOH A 15 740 740 HOH WAT . 
K 6 HOH A 16 742 742 HOH WAT . 
K 6 HOH A 17 743 743 HOH WAT . 
K 6 HOH A 18 745 745 HOH WAT . 
K 6 HOH A 19 747 747 HOH WAT . 
K 6 HOH A 20 752 752 HOH WAT . 
K 6 HOH A 21 757 757 HOH WAT . 
K 6 HOH A 22 760 760 HOH WAT . 
K 6 HOH A 23 761 761 HOH WAT . 
K 6 HOH A 24 763 763 HOH WAT . 
K 6 HOH A 25 776 776 HOH WAT . 
K 6 HOH A 26 779 779 HOH WAT . 
K 6 HOH A 27 780 780 HOH WAT . 
K 6 HOH A 28 785 785 HOH WAT . 
K 6 HOH A 29 792 792 HOH WAT . 
K 6 HOH A 30 795 795 HOH WAT . 
K 6 HOH A 31 802 802 HOH WAT . 
K 6 HOH A 32 803 803 HOH WAT . 
K 6 HOH A 33 804 804 HOH WAT . 
K 6 HOH A 34 809 809 HOH WAT . 
K 6 HOH A 35 810 810 HOH WAT . 
K 6 HOH A 36 815 815 HOH WAT . 
K 6 HOH A 37 819 819 HOH WAT . 
K 6 HOH A 38 820 820 HOH WAT . 
K 6 HOH A 39 821 821 HOH WAT . 
K 6 HOH A 40 823 823 HOH WAT . 
K 6 HOH A 41 825 825 HOH WAT . 
K 6 HOH A 42 826 826 HOH WAT . 
K 6 HOH A 43 829 829 HOH WAT . 
K 6 HOH A 44 833 833 HOH WAT . 
K 6 HOH A 45 834 834 HOH WAT . 
K 6 HOH A 46 835 835 HOH WAT . 
K 6 HOH A 47 845 845 HOH WAT . 
K 6 HOH A 48 846 846 HOH WAT . 
K 6 HOH A 49 851 851 HOH WAT . 
K 6 HOH A 50 852 852 HOH WAT . 
K 6 HOH A 51 855 855 HOH WAT . 
K 6 HOH A 52 856 856 HOH WAT . 
K 6 HOH A 53 857 857 HOH WAT . 
K 6 HOH A 54 862 862 HOH WAT . 
K 6 HOH A 55 863 863 HOH WAT . 
K 6 HOH A 56 864 864 HOH WAT . 
K 6 HOH A 57 869 869 HOH WAT . 
K 6 HOH A 58 872 872 HOH WAT . 
K 6 HOH A 59 873 873 HOH WAT . 
K 6 HOH A 60 875 875 HOH WAT . 
K 6 HOH A 61 877 877 HOH WAT . 
K 6 HOH A 62 878 878 HOH WAT . 
K 6 HOH A 63 879 879 HOH WAT . 
K 6 HOH A 64 885 885 HOH WAT . 
K 6 HOH A 65 888 888 HOH WAT . 
K 6 HOH A 66 896 896 HOH WAT . 
K 6 HOH A 67 897 897 HOH WAT . 
K 6 HOH A 68 903 903 HOH WAT . 
K 6 HOH A 69 908 908 HOH WAT . 
K 6 HOH A 70 909 909 HOH WAT . 
K 6 HOH A 71 911 911 HOH WAT . 
K 6 HOH A 72 913 913 HOH WAT . 
K 6 HOH A 73 915 915 HOH WAT . 
K 6 HOH A 74 916 916 HOH WAT . 
K 6 HOH A 75 922 922 HOH WAT . 
K 6 HOH A 76 924 924 HOH WAT . 
K 6 HOH A 77 929 929 HOH WAT . 
K 6 HOH A 78 933 933 HOH WAT . 
K 6 HOH A 79 945 945 HOH WAT . 
K 6 HOH A 80 948 948 HOH WAT . 
K 6 HOH A 81 951 951 HOH WAT . 
K 6 HOH A 82 957 957 HOH WAT . 
K 6 HOH A 83 961 961 HOH WAT . 
K 6 HOH A 84 964 964 HOH WAT . 
K 6 HOH A 85 966 966 HOH WAT . 
K 6 HOH A 86 967 967 HOH WAT . 
K 6 HOH A 87 970 970 HOH WAT . 
K 6 HOH A 88 971 971 HOH WAT . 
K 6 HOH A 89 974 974 HOH WAT . 
K 6 HOH A 90 978 978 HOH WAT . 
K 6 HOH A 91 980 980 HOH WAT . 
K 6 HOH A 92 981 981 HOH WAT . 
K 6 HOH A 93 983 983 HOH WAT . 
K 6 HOH A 94 984 984 HOH WAT . 
K 6 HOH A 95 986 986 HOH WAT . 
K 6 HOH A 96 987 987 HOH WAT . 
K 6 HOH A 97 995 995 HOH WAT . 
K 6 HOH A 98 996 996 HOH WAT . 
K 6 HOH A 99 998 998 HOH WAT . 
K 6 HOH A 100 999 999 HOH WAT . 
K 6 HOH A 101 1001 1001 HOH WAT . 
K 6 HOH A 102 1006 1006 HOH WAT . 
K 6 HOH A 103 1008 1008 HOH WAT . 
K 6 HOH A 104 1009 1009 HOH WAT . 
K 6 HOH A 105 1011 1011 HOH WAT . 
K 6 HOH A 106 1012 1012 HOH WAT . 
K 6 HOH A 107 1014 1014 HOH WAT . 
K 6 HOH A 108 1018 1018 HOH WAT . 
K 6 HOH A 109 1019 1019 HOH WAT . 
K 6 HOH A 110 1023 1023 HOH WAT . 
K 6 HOH A 111 1026 1026 HOH WAT . 
K 6 HOH A 112 1028 1028 HOH WAT . 
K 6 HOH A 113 1030 1030 HOH WAT . 
K 6 HOH A 114 1032 1032 HOH WAT . 
K 6 HOH A 115 1034 1034 HOH WAT . 
K 6 HOH A 116 1036 1036 HOH WAT . 
K 6 HOH A 117 1037 1037 HOH WAT . 
K 6 HOH A 118 1040 1040 HOH WAT . 
K 6 HOH A 119 1044 1044 HOH WAT . 
K 6 HOH A 120 1051 1051 HOH WAT . 
K 6 HOH A 121 1056 1056 HOH WAT . 
K 6 HOH A 122 1057 1057 HOH WAT . 
K 6 HOH A 123 1058 1058 HOH WAT . 
K 6 HOH A 124 1063 1063 HOH WAT . 
K 6 HOH A 125 1064 1064 HOH WAT . 
K 6 HOH A 126 1067 1067 HOH WAT . 
K 6 HOH A 127 1070 1070 HOH WAT . 
K 6 HOH A 128 1080 1080 HOH WAT . 
K 6 HOH A 129 1082 1082 HOH WAT . 
K 6 HOH A 130 1085 1085 HOH WAT . 
K 6 HOH A 131 1095 1095 HOH WAT . 
K 6 HOH A 132 1098 1098 HOH WAT . 
K 6 HOH A 133 1105 1105 HOH WAT . 
K 6 HOH A 134 1110 1110 HOH WAT . 
L 6 HOH B 1 700 700 HOH WAT . 
L 6 HOH B 2 705 705 HOH WAT . 
L 6 HOH B 3 708 708 HOH WAT . 
L 6 HOH B 4 709 709 HOH WAT . 
L 6 HOH B 5 716 716 HOH WAT . 
L 6 HOH B 6 717 717 HOH WAT . 
L 6 HOH B 7 719 719 HOH WAT . 
L 6 HOH B 8 721 721 HOH WAT . 
L 6 HOH B 9 722 722 HOH WAT . 
L 6 HOH B 10 725 725 HOH WAT . 
L 6 HOH B 11 726 726 HOH WAT . 
L 6 HOH B 12 731 731 HOH WAT . 
L 6 HOH B 13 733 733 HOH WAT . 
L 6 HOH B 14 734 734 HOH WAT . 
L 6 HOH B 15 736 736 HOH WAT . 
L 6 HOH B 16 741 741 HOH WAT . 
L 6 HOH B 17 744 744 HOH WAT . 
L 6 HOH B 18 746 746 HOH WAT . 
L 6 HOH B 19 748 748 HOH WAT . 
L 6 HOH B 20 749 749 HOH WAT . 
L 6 HOH B 21 751 751 HOH WAT . 
L 6 HOH B 22 753 753 HOH WAT . 
L 6 HOH B 23 762 762 HOH WAT . 
L 6 HOH B 24 765 765 HOH WAT . 
L 6 HOH B 25 766 766 HOH WAT . 
L 6 HOH B 26 768 768 HOH WAT . 
L 6 HOH B 27 769 769 HOH WAT . 
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