data_1CEV # _model_server_result.job_id M94yO5MS8jEpui-p_ZAAEg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-02 20:27:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1cev # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":300}' # _entry.id 1CEV # _exptl.entry_id 1CEV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1CEV _cell.length_a 83.6 _cell.length_b 145.6 _cell.length_c 155.4 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1CEV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PQS hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 PISA hexameric 6 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 1 1 A,B,C,G,H,I,J,K,L 2 1 D,E,F,M,N,O,P,Q,R 2 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_654 -x+3/2,-y,z-1/2 -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 125.4 0 -77.7 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A ND1 HIS 99 A HIS 99 1_555 G MN MN . A MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 122 A ASP 122 1_555 G MN MN . A MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 122 A ASP 122 1_555 H MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 124 A HIS 124 1_555 H MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 126 A ASP 126 1_555 G MN MN . A MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 226 A ASP 226 1_555 G MN MN . A MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 226 A ASP 226 1_555 H MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 228 A ASP 228 1_555 H MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 228 A ASP 228 1_555 H MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? metalc ? metalc10 B ND1 HIS 99 B HIS 99 1_555 I MN MN . B MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 122 B ASP 122 1_555 I MN MN . B MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 122 B ASP 122 1_555 J MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc13 B ND1 HIS 124 B HIS 124 1_555 J MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 126 B ASP 126 1_555 I MN MN . B MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.843 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 226 B ASP 226 1_555 I MN MN . B MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.103 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 226 B ASP 226 1_555 J MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 228 B ASP 228 1_555 J MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASP 228 B ASP 228 1_555 J MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc19 C ND1 HIS 99 C HIS 99 1_555 K MN MN . C MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc20 C OD2 ASP 122 C ASP 122 1_555 K MN MN . C MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 122 C ASP 122 1_555 L MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc22 C ND1 HIS 124 C HIS 124 1_555 L MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc23 C OD2 ASP 126 C ASP 126 1_555 K MN MN . C MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 226 C ASP 226 1_555 K MN MN . C MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 226 C ASP 226 1_555 L MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 228 C ASP 228 1_555 L MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 228 C ASP 228 1_555 L MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc28 D ND1 HIS 99 D HIS 99 1_555 M MN MN . D MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 122 D ASP 122 1_555 M MN MN . D MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASP 122 D ASP 122 1_555 N MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc31 D ND1 HIS 124 D HIS 124 1_555 N MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc32 D OD2 ASP 126 D ASP 126 1_555 M MN MN . D MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc33 D OD2 ASP 226 D ASP 226 1_555 M MN MN . D MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc34 D OD2 ASP 226 D ASP 226 1_555 N MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc35 D OD2 ASP 228 D ASP 228 1_555 N MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.813 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 228 D ASP 228 1_555 N MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc37 E ND1 HIS 99 E HIS 99 1_555 O MN MN . E MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc38 E OD2 ASP 122 E ASP 122 1_555 O MN MN . E MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? metalc ? metalc39 E OD1 ASP 122 E ASP 122 1_555 P MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc40 E ND1 HIS 124 E HIS 124 1_555 P MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc41 E OD2 ASP 126 E ASP 126 1_555 O MN MN . E MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc42 E OD2 ASP 226 E ASP 226 1_555 O MN MN . E MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? metalc ? metalc43 E OD2 ASP 226 E ASP 226 1_555 P MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc44 E OD2 ASP 228 E ASP 228 1_555 P MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? metalc ? metalc45 E OD1 ASP 228 E ASP 228 1_555 P MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc46 F ND1 HIS 99 F HIS 99 1_555 Q MN MN . F MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc47 F OD2 ASP 122 F ASP 122 1_555 Q MN MN . F MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc48 F OD1 ASP 122 F ASP 122 1_555 R MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? metalc ? metalc49 F ND1 HIS 124 F HIS 124 1_555 R MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc50 F OD2 ASP 126 F ASP 126 1_555 Q MN MN . F MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc51 F OD2 ASP 226 F ASP 226 1_555 Q MN MN . F MN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc52 F OD2 ASP 226 F ASP 226 1_555 R MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc53 F OD2 ASP 228 F ASP 228 1_555 R MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.855 ? metalc ? metalc54 F OD1 ASP 228 F ASP 228 1_555 R MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1CEV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011962 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006868 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006435 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MN A 1 300 300 MN MTL . H 2 MN A 1 301 300 MN MTL . I 2 MN B 1 300 300 MN MTL . J 2 MN B 1 301 300 MN MTL . K 2 MN C 1 300 300 MN MTL . L 2 MN C 1 301 300 MN MTL . M 2 MN D 1 300 300 MN MTL . N 2 MN D 1 301 300 MN MTL . O 2 MN E 1 300 300 MN MTL . P 2 MN E 1 301 300 MN MTL . Q 2 MN F 1 300 300 MN MTL . R 2 MN F 1 301 300 MN MTL . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 85.945 _atom_site.Cartn_y 6.274 _atom_site.Cartn_z 87.88 _atom_site.occupancy 0.49 _atom_site.B_iso_or_equiv 35.71 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 300 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 260 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #