data_1D3G
#
_model_server_result.job_id            pGZTJ8VkfV93SjHd1rzYlQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 18:07:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1d3g 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":399}' 
#
_entry.id    1D3G 
#
_exptl.entry_id    1D3G 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              156.096 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'OROTIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1D3G 
_cell.length_a            90.61 
_cell.length_b            90.61 
_cell.length_c            122.41 
_cell.Z_PDB               6 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1D3G 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      6 
_struct_asym.id                             F 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
_chem_comp.formula           'C5 H4 N2 O4' 
_chem_comp.formula_weight    156.096 
_chem_comp.id                ORO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'OROTIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 ORO sing 370 n y 
N1 C6 ORO sing 371 n y 
N1 HN1 ORO sing 372 n n 
C2 O2 ORO doub 373 n n 
C2 N3 ORO sing 374 n y 
N3 C4 ORO sing 375 n y 
N3 HN3 ORO sing 376 n n 
C4 O4 ORO doub 377 n n 
C4 C5 ORO sing 378 n y 
C5 C6 ORO doub 379 n y 
C5 H5 ORO sing 380 n n 
C6 C7 ORO sing 381 n n 
C7 O71 ORO doub 382 n n 
C7 O72 ORO sing 383 n n 
O72 HO7 ORO sing 384 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1D3G 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01104 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.00637 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01274 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00817 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 SO4 A 1 400 400 SO4 SO4 . 
C 3 ACT A 1 401 401 ACT ACT . 
D 4 BRE A 1 397 397 BRE BRE . 
E 5 FMN A 1 398 398 FMN FMN . 
F 6 ORO A 1 399 399 ORO ORO . 
G 7 DDQ A 1 700 700 DDQ DDA . 
H 8 HOH A 1 402 402 HOH WAT . 
H 8 HOH A 2 403 403 HOH WAT . 
H 8 HOH A 3 404 404 HOH WAT . 
H 8 HOH A 4 405 405 HOH WAT . 
H 8 HOH A 5 406 406 HOH WAT . 
H 8 HOH A 6 407 407 HOH WAT . 
H 8 HOH A 7 408 408 HOH WAT . 
H 8 HOH A 8 409 409 HOH WAT . 
H 8 HOH A 9 410 410 HOH WAT . 
H 8 HOH A 10 411 411 HOH WAT . 
H 8 HOH A 11 412 412 HOH WAT . 
H 8 HOH A 12 413 413 HOH WAT . 
H 8 HOH A 13 414 414 HOH WAT . 
H 8 HOH A 14 415 415 HOH WAT . 
H 8 HOH A 15 416 416 HOH WAT . 
H 8 HOH A 16 417 417 HOH WAT . 
H 8 HOH A 17 418 418 HOH WAT . 
H 8 HOH A 18 419 419 HOH WAT . 
H 8 HOH A 19 420 420 HOH WAT . 
H 8 HOH A 20 421 421 HOH WAT . 
H 8 HOH A 21 422 422 HOH WAT . 
H 8 HOH A 22 423 423 HOH WAT . 
H 8 HOH A 23 424 424 HOH WAT . 
H 8 HOH A 24 425 425 HOH WAT . 
H 8 HOH A 25 426 426 HOH WAT . 
H 8 HOH A 26 427 427 HOH WAT . 
H 8 HOH A 27 428 428 HOH WAT . 
H 8 HOH A 28 429 429 HOH WAT . 
H 8 HOH A 29 431 431 HOH WAT . 
H 8 HOH A 30 432 432 HOH WAT . 
H 8 HOH A 31 434 434 HOH WAT . 
H 8 HOH A 32 435 435 HOH WAT . 
H 8 HOH A 33 437 437 HOH WAT . 
H 8 HOH A 34 438 438 HOH WAT . 
H 8 HOH A 35 439 439 HOH WAT . 
H 8 HOH A 36 440 440 HOH WAT . 
H 8 HOH A 37 441 441 HOH WAT . 
H 8 HOH A 38 442 442 HOH WAT . 
H 8 HOH A 39 443 443 HOH WAT . 
H 8 HOH A 40 444 444 HOH WAT . 
H 8 HOH A 41 445 445 HOH WAT . 
H 8 HOH A 42 446 446 HOH WAT . 
H 8 HOH A 43 447 447 HOH WAT . 
H 8 HOH A 44 448 448 HOH WAT . 
H 8 HOH A 45 449 449 HOH WAT . 
H 8 HOH A 46 451 451 HOH WAT . 
H 8 HOH A 47 452 452 HOH WAT . 
H 8 HOH A 48 453 453 HOH WAT . 
H 8 HOH A 49 454 454 HOH WAT . 
H 8 HOH A 50 455 455 HOH WAT . 
H 8 HOH A 51 456 456 HOH WAT . 
H 8 HOH A 52 457 457 HOH WAT . 
H 8 HOH A 53 458 458 HOH WAT . 
H 8 HOH A 54 459 459 HOH WAT . 
H 8 HOH A 55 460 460 HOH WAT . 
H 8 HOH A 56 461 461 HOH WAT . 
H 8 HOH A 57 462 462 HOH WAT . 
H 8 HOH A 58 463 463 HOH WAT . 
H 8 HOH A 59 464 464 HOH WAT . 
H 8 HOH A 60 465 465 HOH WAT . 
H 8 HOH A 61 466 466 HOH WAT . 
H 8 HOH A 62 467 467 HOH WAT . 
H 8 HOH A 63 468 468 HOH WAT . 
H 8 HOH A 64 469 469 HOH WAT . 
H 8 HOH A 65 470 470 HOH WAT . 
H 8 HOH A 66 471 471 HOH WAT . 
H 8 HOH A 67 472 472 HOH WAT . 
H 8 HOH A 68 473 473 HOH WAT . 
H 8 HOH A 69 474 474 HOH WAT . 
H 8 HOH A 70 475 475 HOH WAT . 
H 8 HOH A 71 476 476 HOH WAT . 
H 8 HOH A 72 477 477 HOH WAT . 
H 8 HOH A 73 478 478 HOH WAT . 
H 8 HOH A 74 479 479 HOH WAT . 
H 8 HOH A 75 481 481 HOH WAT . 
H 8 HOH A 76 482 482 HOH WAT . 
H 8 HOH A 77 483 483 HOH WAT . 
H 8 HOH A 78 484 484 HOH WAT . 
H 8 HOH A 79 485 485 HOH WAT . 
H 8 HOH A 80 486 486 HOH WAT . 
H 8 HOH A 81 487 487 HOH WAT . 
H 8 HOH A 82 488 488 HOH WAT . 
H 8 HOH A 83 489 489 HOH WAT . 
H 8 HOH A 84 490 490 HOH WAT . 
H 8 HOH A 85 491 491 HOH WAT . 
H 8 HOH A 86 492 492 HOH WAT . 
H 8 HOH A 87 493 493 HOH WAT . 
H 8 HOH A 88 494 494 HOH WAT . 
H 8 HOH A 89 495 495 HOH WAT . 
H 8 HOH A 90 496 496 HOH WAT . 
H 8 HOH A 91 497 497 HOH WAT . 
H 8 HOH A 92 499 499 HOH WAT . 
H 8 HOH A 93 500 500 HOH WAT . 
H 8 HOH A 94 501 501 HOH WAT . 
H 8 HOH A 95 502 502 HOH WAT . 
H 8 HOH A 96 503 503 HOH WAT . 
H 8 HOH A 97 504 504 HOH WAT . 
H 8 HOH A 98 505 505 HOH WAT . 
H 8 HOH A 99 506 506 HOH WAT . 
H 8 HOH A 100 507 507 HOH WAT . 
H 8 HOH A 101 508 508 HOH WAT . 
H 8 HOH A 102 509 509 HOH WAT . 
H 8 HOH A 103 510 510 HOH WAT . 
H 8 HOH A 104 511 511 HOH WAT . 
H 8 HOH A 105 512 512 HOH WAT . 
H 8 HOH A 106 513 513 HOH WAT . 
H 8 HOH A 107 514 514 HOH WAT . 
H 8 HOH A 108 515 515 HOH WAT . 
H 8 HOH A 109 516 516 HOH WAT . 
H 8 HOH A 110 517 517 HOH WAT . 
H 8 HOH A 111 518 518 HOH WAT . 
H 8 HOH A 112 519 519 HOH WAT . 
H 8 HOH A 113 520 520 HOH WAT . 
H 8 HOH A 114 521 521 HOH WAT . 
H 8 HOH A 115 522 522 HOH WAT . 
H 8 HOH A 116 523 523 HOH WAT . 
H 8 HOH A 117 524 524 HOH WAT . 
H 8 HOH A 118 525 525 HOH WAT . 
H 8 HOH A 119 526 526 HOH WAT . 
H 8 HOH A 120 527 527 HOH WAT . 
H 8 HOH A 121 528 528 HOH WAT . 
H 8 HOH A 122 529 529 HOH WAT . 
H 8 HOH A 123 530 530 HOH WAT . 
H 8 HOH A 124 531 531 HOH WAT . 
H 8 HOH A 125 532 532 HOH WAT . 
H 8 HOH A 126 533 533 HOH WAT . 
H 8 HOH A 127 534 534 HOH WAT . 
H 8 HOH A 128 535 535 HOH WAT . 
H 8 HOH A 129 536 536 HOH WAT . 
H 8 HOH A 130 538 538 HOH WAT . 
H 8 HOH A 131 539 539 HOH WAT . 
H 8 HOH A 132 541 541 HOH WAT . 
H 8 HOH A 133 542 542 HOH WAT . 
H 8 HOH A 134 543 543 HOH WAT . 
H 8 HOH A 135 544 544 HOH WAT . 
H 8 HOH A 136 545 545 HOH WAT . 
H 8 HOH A 137 546 546 HOH WAT . 
H 8 HOH A 138 547 547 HOH WAT . 
H 8 HOH A 139 548 548 HOH WAT . 
H 8 HOH A 140 549 549 HOH WAT . 
H 8 HOH A 141 550 550 HOH WAT . 
H 8 HOH A 142 551 551 HOH WAT . 
H 8 HOH A 143 552 552 HOH WAT . 
H 8 HOH A 144 553 553 HOH WAT . 
H 8 HOH A 145 554 554 HOH WAT . 
H 8 HOH A 146 555 555 HOH WAT . 
H 8 HOH A 147 556 556 HOH WAT . 
H 8 HOH A 148 557 557 HOH WAT . 
H 8 HOH A 149 558 558 HOH WAT . 
H 8 HOH A 150 559 559 HOH WAT . 
H 8 HOH A 151 560 560 HOH WAT . 
H 8 HOH A 152 561 561 HOH WAT . 
H 8 HOH A 153 562 562 HOH WAT . 
H 8 HOH A 154 563 563 HOH WAT . 
H 8 HOH A 155 564 564 HOH WAT . 
H 8 HOH A 156 565 565 HOH WAT . 
H 8 HOH A 157 566 566 HOH WAT . 
H 8 HOH A 158 567 567 HOH WAT . 
H 8 HOH A 159 568 568 HOH WAT . 
H 8 HOH A 160 569 569 HOH WAT . 
H 8 HOH A 161 570 570 HOH WAT . 
H 8 HOH A 162 571 571 HOH WAT . 
H 8 HOH A 163 572 572 HOH WAT . 
H 8 HOH A 164 573 573 HOH WAT . 
H 8 HOH A 165 574 574 HOH WAT . 
H 8 HOH A 166 575 575 HOH WAT . 
H 8 HOH A 167 577 577 HOH WAT . 
H 8 HOH A 168 578 578 HOH WAT . 
H 8 HOH A 169 579 579 HOH WAT . 
H 8 HOH A 170 580 580 HOH WAT . 
H 8 HOH A 171 581 581 HOH WAT . 
H 8 HOH A 172 582 582 HOH WAT . 
H 8 HOH A 173 583 583 HOH WAT . 
H 8 HOH A 174 584 584 HOH WAT . 
H 8 HOH A 175 585 585 HOH WAT . 
H 8 HOH A 176 586 586 HOH WAT . 
H 8 HOH A 177 587 587 HOH WAT . 
H 8 HOH A 178 588 588 HOH WAT . 
H 8 HOH A 179 589 589 HOH WAT . 
H 8 HOH A 180 590 590 HOH WAT . 
H 8 HOH A 181 591 591 HOH WAT . 
H 8 HOH A 182 592 592 HOH WAT . 
H 8 HOH A 183 593 593 HOH WAT . 
H 8 HOH A 184 594 594 HOH WAT . 
H 8 HOH A 185 595 595 HOH WAT . 
H 8 HOH A 186 596 596 HOH WAT . 
H 8 HOH A 187 598 598 HOH WAT . 
H 8 HOH A 188 600 600 HOH WAT . 
H 8 HOH A 189 601 601 HOH WAT . 
H 8 HOH A 190 602 602 HOH WAT . 
H 8 HOH A 191 603 603 HOH WAT . 
H 8 HOH A 192 604 604 HOH WAT . 
H 8 HOH A 193 605 605 HOH WAT . 
H 8 HOH A 194 606 606 HOH WAT . 
H 8 HOH A 195 607 607 HOH WAT . 
H 8 HOH A 196 608 608 HOH WAT . 
H 8 HOH A 197 609 609 HOH WAT . 
H 8 HOH A 198 610 610 HOH WAT . 
H 8 HOH A 199 611 611 HOH WAT . 
H 8 HOH A 200 612 612 HOH WAT . 
H 8 HOH A 201 614 614 HOH WAT . 
H 8 HOH A 202 615 615 HOH WAT . 
H 8 HOH A 203 616 616 HOH WAT . 
H 8 HOH A 204 617 617 HOH WAT . 
H 8 HOH A 205 618 618 HOH WAT . 
H 8 HOH A 206 619 619 HOH WAT . 
H 8 HOH A 207 620 620 HOH WAT . 
H 8 HOH A 208 621 621 HOH WAT . 
H 8 HOH A 209 622 622 HOH WAT . 
H 8 HOH A 210 623 623 HOH WAT . 
H 8 HOH A 211 624 624 HOH WAT . 
H 8 HOH A 212 625 625 HOH WAT . 
H 8 HOH A 213 626 626 HOH WAT . 
H 8 HOH A 214 627 627 HOH WAT . 
H 8 HOH A 215 628 628 HOH WAT . 
H 8 HOH A 216 629 629 HOH WAT . 
H 8 HOH A 217 630 630 HOH WAT . 
H 8 HOH A 218 631 631 HOH WAT . 
H 8 HOH A 219 632 632 HOH WAT . 
H 8 HOH A 220 633 633 HOH WAT . 
H 8 HOH A 221 634 634 HOH WAT . 
H 8 HOH A 222 635 635 HOH WAT . 
H 8 HOH A 223 636 636 HOH WAT . 
H 8 HOH A 224 637 637 HOH WAT . 
H 8 HOH A 225 638 638 HOH WAT . 
H 8 HOH A 226 639 639 HOH WAT . 
H 8 HOH A 227 640 640 HOH WAT . 
H 8 HOH A 228 641 641 HOH WAT . 
H 8 HOH A 229 642 642 HOH WAT . 
H 8 HOH A 230 643 643 HOH WAT . 
H 8 HOH A 231 644 644 HOH WAT . 
H 8 HOH A 232 645 645 HOH WAT . 
H 8 HOH A 233 646 646 HOH WAT . 
H 8 HOH A 234 647 647 HOH WAT . 
H 8 HOH A 235 648 648 HOH WAT . 
H 8 HOH A 236 649 649 HOH WAT . 
H 8 HOH A 237 650 650 HOH WAT . 
H 8 HOH A 238 651 651 HOH WAT . 
H 8 HOH A 239 652 652 HOH WAT . 
H 8 HOH A 240 654 654 HOH WAT . 
H 8 HOH A 241 655 655 HOH WAT . 
H 8 HOH A 242 656 656 HOH WAT . 
H 8 HOH A 243 657 657 HOH WAT . 
H 8 HOH A 244 658 658 HOH WAT . 
H 8 HOH A 245 659 659 HOH WAT . 
H 8 HOH A 246 660 660 HOH WAT . 
H 8 HOH A 247 661 661 HOH WAT . 
H 8 HOH A 248 662 662 HOH WAT . 
H 8 HOH A 249 663 663 HOH WAT . 
H 8 HOH A 250 664 664 HOH WAT . 
H 8 HOH A 251 665 665 HOH WAT . 
H 8 HOH A 252 666 666 HOH WAT . 
H 8 HOH A 253 667 667 HOH WAT . 
H 8 HOH A 254 668 668 HOH WAT . 
H 8 HOH A 255 669 669 HOH WAT . 
H 8 HOH A 256 671 671 HOH WAT . 
H 8 HOH A 257 672 672 HOH WAT . 
H 8 HOH A 258 673 673 HOH WAT . 
H 8 HOH A 259 674 674 HOH WAT . 
H 8 HOH A 260 675 675 HOH WAT . 
H 8 HOH A 261 677 677 HOH WAT . 
H 8 HOH A 262 678 678 HOH WAT . 
H 8 HOH A 263 679 679 HOH WAT . 
H 8 HOH A 264 680 680 HOH WAT . 
H 8 HOH A 265 681 681 HOH WAT . 
H 8 HOH A 266 682 682 HOH WAT . 
H 8 HOH A 267 683 683 HOH WAT . 
H 8 HOH A 268 685 685 HOH WAT . 
H 8 HOH A 269 686 686 HOH WAT . 
H 8 HOH A 270 688 688 HOH WAT . 
H 8 HOH A 271 689 689 HOH WAT . 
H 8 HOH A 272 690 690 HOH WAT . 
H 8 HOH A 273 691 691 HOH WAT . 
H 8 HOH A 274 692 692 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 ORO . . . F 6 41.864 32.767 4.711 1 15.92 ? N1 ORO 399 A 1 
HETATM 2 C C2 ORO . . . F 6 40.857 33.656 5.061 1 15.12 ? C2 ORO 399 A 1 
HETATM 3 O O2 ORO . . . F 6 40.244 34.314 4.225 1 15.33 ? O2 ORO 399 A 1 
HETATM 4 N N3 ORO . . . F 6 40.585 33.763 6.41 1 15.12 ? N3 ORO 399 A 1 
HETATM 5 C C4 ORO . . . F 6 41.209 33.08 7.435 1 15.15 ? C4 ORO 399 A 1 
HETATM 6 O O4 ORO . . . F 6 40.885 33.237 8.597 1 15.31 ? O4 ORO 399 A 1 
HETATM 7 C C5 ORO . . . F 6 42.243 32.159 7.006 1 15.93 ? C5 ORO 399 A 1 
HETATM 8 C C6 ORO . . . F 6 42.525 32.066 5.699 1 16.97 ? C6 ORO 399 A 1 
HETATM 9 C C7 ORO . . . F 6 43.565 31.079 5.191 1 17.59 ? C7 ORO 399 A 1 
HETATM 10 O O71 ORO . . . F 6 44.647 30.922 5.742 1 19.03 ? O71 ORO 399 A 1 
HETATM 11 O O72 ORO . . . F 6 43.07 30.456 4.222 1 19.15 ? O72 ORO 399 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              65 
_model_server_stats.parse_time_ms           6 
_model_server_stats.create_model_time_ms    3 
_model_server_stats.query_time_ms           264 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           11 
#