data_1D3H # _model_server_result.job_id tbnHb2EPC3RWurcX6-WNAg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 18:59:40' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1d3h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":399}' # _entry.id 1D3H # _exptl.entry_id 1D3H _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 156.096 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'OROTIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1D3H _cell.length_a 90.61 _cell.length_b 90.61 _cell.length_c 122.41 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1D3H _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id F _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C5 H4 N2 O4' _chem_comp.formula_weight 156.096 _chem_comp.id ORO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'OROTIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 ORO sing 312 n y N1 C6 ORO sing 313 n y N1 HN1 ORO sing 314 n n C2 O2 ORO doub 315 n n C2 N3 ORO sing 316 n y N3 C4 ORO sing 317 n y N3 HN3 ORO sing 318 n n C4 O4 ORO doub 319 n n C4 C5 ORO sing 320 n y C5 C6 ORO doub 321 n y C5 H5 ORO sing 322 n n C6 C7 ORO sing 323 n n C7 O71 ORO doub 324 n n C7 O72 ORO sing 325 n n O72 HO7 ORO sing 326 n n # _atom_sites.entry_id 1D3H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011036 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006372 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012744 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008169 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 SO4 A 1 400 400 SO4 SO4 . C 3 ACT A 1 401 401 ACT ACT . D 4 A26 A 1 397 397 A26 A77 . E 5 FMN A 1 398 398 FMN FMN . F 6 ORO A 1 399 399 ORO ORO . G 7 HOH A 1 402 402 HOH WAT . G 7 HOH A 2 403 403 HOH WAT . G 7 HOH A 3 404 404 HOH WAT . G 7 HOH A 4 405 405 HOH WAT . G 7 HOH A 5 406 406 HOH WAT . G 7 HOH A 6 407 407 HOH WAT . G 7 HOH A 7 408 408 HOH WAT . G 7 HOH A 8 409 409 HOH WAT . G 7 HOH A 9 410 410 HOH WAT . G 7 HOH A 10 411 411 HOH WAT . G 7 HOH A 11 412 412 HOH WAT . G 7 HOH A 12 413 413 HOH WAT . G 7 HOH A 13 414 414 HOH WAT . G 7 HOH A 14 415 415 HOH WAT . G 7 HOH A 15 416 416 HOH WAT . G 7 HOH A 16 417 417 HOH WAT . G 7 HOH A 17 418 418 HOH WAT . G 7 HOH A 18 419 419 HOH WAT . G 7 HOH A 19 420 420 HOH WAT . G 7 HOH A 20 421 421 HOH WAT . G 7 HOH A 21 422 422 HOH WAT . G 7 HOH A 22 423 423 HOH WAT . G 7 HOH A 23 424 424 HOH WAT . G 7 HOH A 24 425 425 HOH WAT . G 7 HOH A 25 426 426 HOH WAT . G 7 HOH A 26 427 427 HOH WAT . G 7 HOH A 27 428 428 HOH WAT . G 7 HOH A 28 429 429 HOH WAT . G 7 HOH A 29 430 430 HOH WAT . G 7 HOH A 30 431 431 HOH WAT . G 7 HOH A 31 432 432 HOH WAT . G 7 HOH A 32 433 433 HOH WAT . G 7 HOH A 33 434 434 HOH WAT . G 7 HOH A 34 435 435 HOH WAT . G 7 HOH A 35 436 436 HOH WAT . G 7 HOH A 36 437 437 HOH WAT . G 7 HOH A 37 438 438 HOH WAT . G 7 HOH A 38 439 439 HOH WAT . G 7 HOH A 39 440 440 HOH WAT . G 7 HOH A 40 441 441 HOH WAT . G 7 HOH A 41 442 442 HOH WAT . G 7 HOH A 42 443 443 HOH WAT . G 7 HOH A 43 444 444 HOH WAT . G 7 HOH A 44 445 445 HOH WAT . G 7 HOH A 45 446 446 HOH WAT . G 7 HOH A 46 447 447 HOH WAT . G 7 HOH A 47 448 448 HOH WAT . G 7 HOH A 48 449 449 HOH WAT . G 7 HOH A 49 450 450 HOH WAT . G 7 HOH A 50 451 451 HOH WAT . G 7 HOH A 51 452 452 HOH WAT . G 7 HOH A 52 453 453 HOH WAT . G 7 HOH A 53 454 454 HOH WAT . G 7 HOH A 54 455 455 HOH WAT . G 7 HOH A 55 456 456 HOH WAT . G 7 HOH A 56 457 457 HOH WAT . G 7 HOH A 57 458 458 HOH WAT . G 7 HOH A 58 459 459 HOH WAT . G 7 HOH A 59 460 460 HOH WAT . G 7 HOH A 60 461 461 HOH WAT . G 7 HOH A 61 462 462 HOH WAT . G 7 HOH A 62 463 463 HOH WAT . G 7 HOH A 63 464 464 HOH WAT . G 7 HOH A 64 465 465 HOH WAT . G 7 HOH A 65 466 466 HOH WAT . G 7 HOH A 66 467 467 HOH WAT . G 7 HOH A 67 468 468 HOH WAT . G 7 HOH A 68 469 469 HOH WAT . G 7 HOH A 69 470 470 HOH WAT . G 7 HOH A 70 471 471 HOH WAT . G 7 HOH A 71 472 472 HOH WAT . G 7 HOH A 72 473 473 HOH WAT . G 7 HOH A 73 474 474 HOH WAT . G 7 HOH A 74 475 475 HOH WAT . G 7 HOH A 75 476 476 HOH WAT . G 7 HOH A 76 477 477 HOH WAT . G 7 HOH A 77 478 478 HOH WAT . G 7 HOH A 78 479 479 HOH WAT . G 7 HOH A 79 480 480 HOH WAT . G 7 HOH A 80 481 481 HOH WAT . G 7 HOH A 81 482 482 HOH WAT . G 7 HOH A 82 483 483 HOH WAT . G 7 HOH A 83 484 484 HOH WAT . G 7 HOH A 84 485 485 HOH WAT . G 7 HOH A 85 486 486 HOH WAT . G 7 HOH A 86 487 487 HOH WAT . G 7 HOH A 87 488 488 HOH WAT . G 7 HOH A 88 489 489 HOH WAT . G 7 HOH A 89 490 490 HOH WAT . G 7 HOH A 90 491 491 HOH WAT . G 7 HOH A 91 492 492 HOH WAT . G 7 HOH A 92 493 493 HOH WAT . G 7 HOH A 93 494 494 HOH WAT . G 7 HOH A 94 495 495 HOH WAT . G 7 HOH A 95 496 496 HOH WAT . G 7 HOH A 96 497 497 HOH WAT . G 7 HOH A 97 498 498 HOH WAT . G 7 HOH A 98 499 499 HOH WAT . G 7 HOH A 99 500 500 HOH WAT . G 7 HOH A 100 501 501 HOH WAT . G 7 HOH A 101 502 502 HOH WAT . G 7 HOH A 102 503 503 HOH WAT . G 7 HOH A 103 504 504 HOH WAT . G 7 HOH A 104 505 505 HOH WAT . G 7 HOH A 105 506 506 HOH WAT . G 7 HOH A 106 507 507 HOH WAT . G 7 HOH A 107 508 508 HOH WAT . G 7 HOH A 108 509 509 HOH WAT . G 7 HOH A 109 510 510 HOH WAT . G 7 HOH A 110 511 511 HOH WAT . G 7 HOH A 111 512 512 HOH WAT . G 7 HOH A 112 513 513 HOH WAT . G 7 HOH A 113 514 514 HOH WAT . G 7 HOH A 114 515 515 HOH WAT . G 7 HOH A 115 516 516 HOH WAT . G 7 HOH A 116 517 517 HOH WAT . G 7 HOH A 117 518 518 HOH WAT . G 7 HOH A 118 519 519 HOH WAT . G 7 HOH A 119 520 520 HOH WAT . G 7 HOH A 120 521 521 HOH WAT . G 7 HOH A 121 522 522 HOH WAT . G 7 HOH A 122 523 523 HOH WAT . G 7 HOH A 123 524 524 HOH WAT . G 7 HOH A 124 525 525 HOH WAT . G 7 HOH A 125 526 526 HOH WAT . G 7 HOH A 126 527 527 HOH WAT . G 7 HOH A 127 528 528 HOH WAT . G 7 HOH A 128 529 529 HOH WAT . G 7 HOH A 129 530 530 HOH WAT . G 7 HOH A 130 531 531 HOH WAT . G 7 HOH A 131 532 532 HOH WAT . G 7 HOH A 132 533 533 HOH WAT . G 7 HOH A 133 534 534 HOH WAT . G 7 HOH A 134 535 535 HOH WAT . G 7 HOH A 135 536 536 HOH WAT . G 7 HOH A 136 537 537 HOH WAT . G 7 HOH A 137 538 538 HOH WAT . G 7 HOH A 138 539 539 HOH WAT . G 7 HOH A 139 540 540 HOH WAT . G 7 HOH A 140 541 541 HOH WAT . G 7 HOH A 141 542 542 HOH WAT . G 7 HOH A 142 544 544 HOH WAT . G 7 HOH A 143 545 545 HOH WAT . G 7 HOH A 144 546 546 HOH WAT . G 7 HOH A 145 547 547 HOH WAT . G 7 HOH A 146 548 548 HOH WAT . G 7 HOH A 147 549 549 HOH WAT . G 7 HOH A 148 550 550 HOH WAT . G 7 HOH A 149 551 551 HOH WAT . G 7 HOH A 150 552 552 HOH WAT . G 7 HOH A 151 553 553 HOH WAT . G 7 HOH A 152 554 554 HOH WAT . G 7 HOH A 153 555 555 HOH WAT . G 7 HOH A 154 556 556 HOH WAT . G 7 HOH A 155 557 557 HOH WAT . G 7 HOH A 156 558 558 HOH WAT . G 7 HOH A 157 559 559 HOH WAT . G 7 HOH A 158 560 560 HOH WAT . G 7 HOH A 159 561 561 HOH WAT . G 7 HOH A 160 562 562 HOH WAT . G 7 HOH A 161 563 563 HOH WAT . G 7 HOH A 162 564 564 HOH WAT . G 7 HOH A 163 565 565 HOH WAT . G 7 HOH A 164 566 566 HOH WAT . G 7 HOH A 165 567 567 HOH WAT . G 7 HOH A 166 568 568 HOH WAT . G 7 HOH A 167 569 569 HOH WAT . G 7 HOH A 168 570 570 HOH WAT . G 7 HOH A 169 571 571 HOH WAT . G 7 HOH A 170 572 572 HOH WAT . G 7 HOH A 171 573 573 HOH WAT . G 7 HOH A 172 574 574 HOH WAT . G 7 HOH A 173 575 575 HOH WAT . G 7 HOH A 174 576 576 HOH WAT . G 7 HOH A 175 577 577 HOH WAT . G 7 HOH A 176 578 578 HOH WAT . G 7 HOH A 177 579 579 HOH WAT . G 7 HOH A 178 580 580 HOH WAT . G 7 HOH A 179 581 581 HOH WAT . G 7 HOH A 180 582 582 HOH WAT . G 7 HOH A 181 583 583 HOH WAT . G 7 HOH A 182 584 584 HOH WAT . G 7 HOH A 183 585 585 HOH WAT . G 7 HOH A 184 586 586 HOH WAT . G 7 HOH A 185 587 587 HOH WAT . G 7 HOH A 186 588 588 HOH WAT . G 7 HOH A 187 589 589 HOH WAT . G 7 HOH A 188 590 590 HOH WAT . G 7 HOH A 189 591 591 HOH WAT . G 7 HOH A 190 592 592 HOH WAT . G 7 HOH A 191 593 593 HOH WAT . G 7 HOH A 192 594 594 HOH WAT . G 7 HOH A 193 595 595 HOH WAT . G 7 HOH A 194 596 596 HOH WAT . G 7 HOH A 195 597 597 HOH WAT . G 7 HOH A 196 598 598 HOH WAT . G 7 HOH A 197 599 599 HOH WAT . G 7 HOH A 198 600 600 HOH WAT . G 7 HOH A 199 601 601 HOH WAT . G 7 HOH A 200 602 602 HOH WAT . G 7 HOH A 201 603 603 HOH WAT . G 7 HOH A 202 604 604 HOH WAT . G 7 HOH A 203 605 605 HOH WAT . G 7 HOH A 204 606 606 HOH WAT . G 7 HOH A 205 608 608 HOH WAT . G 7 HOH A 206 609 609 HOH WAT . G 7 HOH A 207 610 610 HOH WAT . G 7 HOH A 208 611 611 HOH WAT . G 7 HOH A 209 612 612 HOH WAT . G 7 HOH A 210 613 613 HOH WAT . G 7 HOH A 211 614 614 HOH WAT . G 7 HOH A 212 615 615 HOH WAT . G 7 HOH A 213 616 616 HOH WAT . G 7 HOH A 214 617 617 HOH WAT . G 7 HOH A 215 618 618 HOH WAT . G 7 HOH A 216 619 619 HOH WAT . G 7 HOH A 217 620 620 HOH WAT . G 7 HOH A 218 621 621 HOH WAT . G 7 HOH A 219 622 622 HOH WAT . G 7 HOH A 220 623 623 HOH WAT . G 7 HOH A 221 624 624 HOH WAT . G 7 HOH A 222 625 625 HOH WAT . G 7 HOH A 223 626 626 HOH WAT . G 7 HOH A 224 627 627 HOH WAT . G 7 HOH A 225 628 628 HOH WAT . G 7 HOH A 226 629 629 HOH WAT . G 7 HOH A 227 630 630 HOH WAT . G 7 HOH A 228 631 631 HOH WAT . G 7 HOH A 229 632 632 HOH WAT . G 7 HOH A 230 633 633 HOH WAT . G 7 HOH A 231 634 634 HOH WAT . G 7 HOH A 232 635 635 HOH WAT . G 7 HOH A 233 636 636 HOH WAT . G 7 HOH A 234 637 637 HOH WAT . G 7 HOH A 235 638 638 HOH WAT . G 7 HOH A 236 639 639 HOH WAT . G 7 HOH A 237 640 640 HOH WAT . G 7 HOH A 238 641 641 HOH WAT . G 7 HOH A 239 642 642 HOH WAT . G 7 HOH A 240 643 643 HOH WAT . G 7 HOH A 241 644 644 HOH WAT . G 7 HOH A 242 645 645 HOH WAT . G 7 HOH A 243 646 646 HOH WAT . G 7 HOH A 244 647 647 HOH WAT . G 7 HOH A 245 648 648 HOH WAT . G 7 HOH A 246 649 649 HOH WAT . G 7 HOH A 247 650 650 HOH WAT . G 7 HOH A 248 651 651 HOH WAT . G 7 HOH A 249 652 652 HOH WAT . G 7 HOH A 250 655 655 HOH WAT . G 7 HOH A 251 656 656 HOH WAT . G 7 HOH A 252 657 657 HOH WAT . G 7 HOH A 253 658 658 HOH WAT . G 7 HOH A 254 659 659 HOH WAT . G 7 HOH A 255 660 660 HOH WAT . G 7 HOH A 256 661 661 HOH WAT . G 7 HOH A 257 662 662 HOH WAT . G 7 HOH A 258 664 664 HOH WAT . G 7 HOH A 259 665 665 HOH WAT . G 7 HOH A 260 666 666 HOH WAT . G 7 HOH A 261 667 667 HOH WAT . G 7 HOH A 262 668 668 HOH WAT . G 7 HOH A 263 669 669 HOH WAT . G 7 HOH A 264 670 670 HOH WAT . G 7 HOH A 265 671 671 HOH WAT . G 7 HOH A 266 672 672 HOH WAT . G 7 HOH A 267 673 673 HOH WAT . G 7 HOH A 268 674 674 HOH WAT . G 7 HOH A 269 675 675 HOH WAT . G 7 HOH A 270 676 676 HOH WAT . G 7 HOH A 271 677 677 HOH WAT . G 7 HOH A 272 678 678 HOH WAT . G 7 HOH A 273 679 679 HOH WAT . G 7 HOH A 274 680 680 HOH WAT . G 7 HOH A 275 681 681 HOH WAT . G 7 HOH A 276 682 682 HOH WAT . G 7 HOH A 277 683 683 HOH WAT . G 7 HOH A 278 684 684 HOH WAT . G 7 HOH A 279 685 685 HOH WAT . G 7 HOH A 280 686 686 HOH WAT . G 7 HOH A 281 687 687 HOH WAT . G 7 HOH A 282 688 688 HOH WAT . G 7 HOH A 283 689 689 HOH WAT . G 7 HOH A 284 690 690 HOH WAT . G 7 HOH A 285 691 691 HOH WAT . G 7 HOH A 286 692 692 HOH WAT . G 7 HOH A 287 693 693 HOH WAT . G 7 HOH A 288 694 694 HOH WAT . G 7 HOH A 289 695 695 HOH WAT . G 7 HOH A 290 696 696 HOH WAT . G 7 HOH A 291 697 697 HOH WAT . G 7 HOH A 292 698 698 HOH WAT . G 7 HOH A 293 699 699 HOH WAT . G 7 HOH A 294 700 700 HOH WAT . G 7 HOH A 295 701 701 HOH WAT . G 7 HOH A 296 702 702 HOH WAT . G 7 HOH A 297 703 703 HOH WAT . G 7 HOH A 298 704 704 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 ORO . . . F 6 41.724 32.575 4.836 1 8.47 ? N1 ORO 399 A 1 HETATM 2 C C2 ORO . . . F 6 40.721 33.464 5.181 1 10.69 ? C2 ORO 399 A 1 HETATM 3 O O2 ORO . . . F 6 40.1 34.125 4.35 1 9.77 ? O2 ORO 399 A 1 HETATM 4 N N3 ORO . . . F 6 40.425 33.584 6.53 1 6.95 ? N3 ORO 399 A 1 HETATM 5 C C4 ORO . . . F 6 41.037 32.895 7.561 1 8.72 ? C4 ORO 399 A 1 HETATM 6 O O4 ORO . . . F 6 40.722 33.055 8.72 1 9.53 ? O4 ORO 399 A 1 HETATM 7 C C5 ORO . . . F 6 42.084 31.972 7.139 1 10.5 ? C5 ORO 399 A 1 HETATM 8 C C6 ORO . . . F 6 42.381 31.872 5.837 1 11.38 ? C6 ORO 399 A 1 HETATM 9 C C7 ORO . . . F 6 43.416 30.871 5.339 1 10.68 ? C7 ORO 399 A 1 HETATM 10 O O71 ORO . . . F 6 44.484 30.677 5.912 1 11.15 ? O71 ORO 399 A 1 HETATM 11 O O72 ORO . . . F 6 42.919 30.261 4.358 1 10.93 ? O72 ORO 399 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 309 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 11 #