data_1DKE # _model_server_result.job_id 1IYrAouzDv1zzVqfqT4_dw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 01:56:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1dke # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":402}' # _entry.id 1DKE # _exptl.entry_id 1DKE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.81 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1DKE _cell.length_a 55.72 _cell.length_b 81.4 _cell.length_c 63.15 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DKE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id F _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 87 A HIS 87 1_555 E FE HEM . A HEM 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc2 B NE2 HIS 92 B HIS 92 1_555 G FE HEM . B HEM 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc3 C NE2 HIS 87 C HIS 87 1_555 H FE HEM . C HEM 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc4 D NE2 HIS 92 D HIS 92 1_555 I FE HEM . D HEM 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 351 n n S O2 SO4 doub 352 n n S O3 SO4 sing 353 n n S O4 SO4 sing 354 n n # _atom_sites.entry_id 1DKE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01795 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00246 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01229 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01598 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 HEM A 1 142 142 HEM HEM . F 4 SO4 B 1 402 2 SO4 SUL . G 3 HEM B 1 147 147 HEM HEM . H 3 HEM C 1 142 142 HEM HEM . I 3 HEM D 1 147 147 HEM HEM . J 5 HOH A 1 143 20 HOH WAT . J 5 HOH A 2 144 21 HOH WAT . J 5 HOH A 3 145 34 HOH WAT . J 5 HOH A 4 146 36 HOH WAT . J 5 HOH A 5 147 44 HOH WAT . J 5 HOH A 6 148 50 HOH WAT . J 5 HOH A 7 149 65 HOH WAT . J 5 HOH A 8 150 71 HOH WAT . J 5 HOH A 9 151 81 HOH WAT . J 5 HOH A 10 152 85 HOH WAT . J 5 HOH A 11 153 89 HOH WAT . J 5 HOH A 12 154 91 HOH WAT . J 5 HOH A 13 155 94 HOH WAT . J 5 HOH A 14 156 107 HOH WAT . J 5 HOH A 15 157 109 HOH WAT . J 5 HOH A 16 158 111 HOH WAT . J 5 HOH A 17 159 119 HOH WAT . J 5 HOH A 18 160 120 HOH WAT . J 5 HOH A 19 161 126 HOH WAT . J 5 HOH A 20 162 127 HOH WAT . J 5 HOH A 21 163 131 HOH WAT . J 5 HOH A 22 164 132 HOH WAT . J 5 HOH A 23 165 136 HOH WAT . J 5 HOH A 24 166 138 HOH WAT . J 5 HOH A 25 167 142 HOH WAT . J 5 HOH A 26 168 143 HOH WAT . J 5 HOH A 27 169 144 HOH WAT . J 5 HOH A 28 170 154 HOH WAT . J 5 HOH A 29 171 156 HOH WAT . J 5 HOH A 30 172 164 HOH WAT . J 5 HOH A 31 173 172 HOH WAT . J 5 HOH A 32 174 173 HOH WAT . J 5 HOH A 33 175 177 HOH WAT . J 5 HOH A 34 176 178 HOH WAT . J 5 HOH A 35 177 181 HOH WAT . J 5 HOH A 36 178 183 HOH WAT . J 5 HOH A 37 179 184 HOH WAT . J 5 HOH A 38 180 185 HOH WAT . J 5 HOH A 39 181 187 HOH WAT . J 5 HOH A 40 182 194 HOH WAT . J 5 HOH A 41 183 203 HOH WAT . J 5 HOH A 42 184 204 HOH WAT . J 5 HOH A 43 185 205 HOH WAT . J 5 HOH A 44 186 207 HOH WAT . J 5 HOH A 45 187 213 HOH WAT . J 5 HOH A 46 188 214 HOH WAT . J 5 HOH A 47 189 216 HOH WAT . J 5 HOH A 48 190 220 HOH WAT . J 5 HOH A 49 191 221 HOH WAT . J 5 HOH A 50 192 234 HOH WAT . J 5 HOH A 51 193 235 HOH WAT . J 5 HOH A 52 194 237 HOH WAT . J 5 HOH A 53 195 248 HOH WAT . J 5 HOH A 54 196 253 HOH WAT . J 5 HOH A 55 197 258 HOH WAT . J 5 HOH A 56 198 263 HOH WAT . J 5 HOH A 57 199 265 HOH WAT . J 5 HOH A 58 200 271 HOH WAT . J 5 HOH A 59 201 273 HOH WAT . J 5 HOH A 60 202 276 HOH WAT . J 5 HOH A 61 203 288 HOH WAT . J 5 HOH A 62 204 289 HOH WAT . J 5 HOH A 63 205 290 HOH WAT . J 5 HOH A 64 206 291 HOH WAT . J 5 HOH A 65 207 294 HOH WAT . J 5 HOH A 66 208 300 HOH WAT . J 5 HOH A 67 209 301 HOH WAT . J 5 HOH A 68 210 306 HOH WAT . J 5 HOH A 69 211 307 HOH WAT . J 5 HOH A 70 212 318 HOH WAT . J 5 HOH A 71 213 320 HOH WAT . J 5 HOH A 72 214 333 HOH WAT . J 5 HOH A 73 215 341 HOH WAT . J 5 HOH A 74 216 342 HOH WAT . K 5 HOH B 1 403 1 HOH WAT . K 5 HOH B 2 404 3 HOH WAT . K 5 HOH B 3 405 7 HOH WAT . K 5 HOH B 4 406 8 HOH WAT . K 5 HOH B 5 407 9 HOH WAT . K 5 HOH B 6 408 13 HOH WAT . K 5 HOH B 7 409 22 HOH WAT . K 5 HOH B 8 410 31 HOH WAT . K 5 HOH B 9 411 37 HOH WAT . K 5 HOH B 10 412 42 HOH WAT . K 5 HOH B 11 413 55 HOH WAT . K 5 HOH B 12 414 82 HOH WAT . K 5 HOH B 13 415 88 HOH WAT . K 5 HOH B 14 416 90 HOH WAT . K 5 HOH B 15 417 95 HOH WAT . K 5 HOH B 16 418 110 HOH WAT . K 5 HOH B 17 419 112 HOH WAT . K 5 HOH B 18 420 114 HOH WAT . K 5 HOH B 19 421 118 HOH WAT . K 5 HOH B 20 422 122 HOH WAT . K 5 HOH B 21 423 123 HOH WAT . K 5 HOH B 22 424 145 HOH WAT . K 5 HOH B 23 425 148 HOH WAT . K 5 HOH B 24 426 151 HOH WAT . K 5 HOH B 25 427 152 HOH WAT . K 5 HOH B 26 428 157 HOH WAT . K 5 HOH B 27 429 169 HOH WAT . K 5 HOH B 28 430 170 HOH WAT . K 5 HOH B 29 431 175 HOH WAT . K 5 HOH B 30 432 179 HOH WAT . K 5 HOH B 31 433 180 HOH WAT . K 5 HOH B 32 434 188 HOH WAT . K 5 HOH B 33 435 189 HOH WAT . K 5 HOH B 34 436 195 HOH WAT . K 5 HOH B 35 437 197 HOH WAT . K 5 HOH B 36 438 202 HOH WAT . K 5 HOH B 37 439 208 HOH WAT . K 5 HOH B 38 440 209 HOH WAT . K 5 HOH B 39 441 210 HOH WAT . K 5 HOH B 40 442 212 HOH WAT . K 5 HOH B 41 443 217 HOH WAT . K 5 HOH B 42 444 218 HOH WAT . K 5 HOH B 43 445 219 HOH WAT . K 5 HOH B 44 446 224 HOH WAT . K 5 HOH B 45 447 228 HOH WAT . K 5 HOH B 46 448 229 HOH WAT . K 5 HOH B 47 449 231 HOH WAT . K 5 HOH B 48 450 233 HOH WAT . K 5 HOH B 49 451 236 HOH WAT . K 5 HOH B 50 452 240 HOH WAT . K 5 HOH B 51 453 242 HOH WAT . K 5 HOH B 52 454 243 HOH WAT . K 5 HOH B 53 455 244 HOH WAT . K 5 HOH B 54 456 245 HOH WAT . K 5 HOH B 55 457 246 HOH WAT . K 5 HOH B 56 458 247 HOH WAT . K 5 HOH B 57 459 249 HOH WAT . K 5 HOH B 58 460 250 HOH WAT . K 5 HOH B 59 461 254 HOH WAT . K 5 HOH B 60 462 257 HOH WAT . K 5 HOH B 61 463 261 HOH WAT . K 5 HOH B 62 464 268 HOH WAT . K 5 HOH B 63 465 270 HOH WAT . K 5 HOH B 64 466 275 HOH WAT . K 5 HOH B 65 467 277 HOH WAT . K 5 HOH B 66 468 280 HOH WAT . K 5 HOH B 67 469 281 HOH WAT . K 5 HOH B 68 470 282 HOH WAT . K 5 HOH B 69 471 283 HOH WAT . K 5 HOH B 70 472 284 HOH WAT . K 5 HOH B 71 473 285 HOH WAT . K 5 HOH B 72 474 286 HOH WAT . K 5 HOH B 73 475 287 HOH WAT . K 5 HOH B 74 476 292 HOH WAT . K 5 HOH B 75 477 293 HOH WAT . K 5 HOH B 76 478 298 HOH WAT . K 5 HOH B 77 479 302 HOH WAT . K 5 HOH B 78 480 304 HOH WAT . K 5 HOH B 79 481 305 HOH WAT . K 5 HOH B 80 482 311 HOH WAT . K 5 HOH B 81 483 314 HOH WAT . K 5 HOH B 82 484 327 HOH WAT . K 5 HOH B 83 485 335 HOH WAT . K 5 HOH B 84 486 336 HOH WAT . K 5 HOH B 85 487 338 HOH WAT . K 5 HOH B 86 488 339 HOH WAT . K 5 HOH B 87 489 340 HOH WAT . K 5 HOH B 88 490 343 HOH WAT . L 5 HOH C 1 143 2 HOH WAT . L 5 HOH C 2 144 5 HOH WAT . L 5 HOH C 3 145 10 HOH WAT . L 5 HOH C 4 146 28 HOH WAT . L 5 HOH C 5 147 39 HOH WAT . L 5 HOH C 6 148 48 HOH WAT . L 5 HOH C 7 149 51 HOH WAT . L 5 HOH C 8 150 53 HOH WAT . L 5 HOH C 9 151 57 HOH WAT . L 5 HOH C 10 152 83 HOH WAT . L 5 HOH C 11 153 87 HOH WAT . L 5 HOH C 12 154 99 HOH WAT . L 5 HOH C 13 155 103 HOH WAT . L 5 HOH C 14 156 113 HOH WAT . L 5 HOH C 15 157 116 HOH WAT . L 5 HOH C 16 158 129 HOH WAT . L 5 HOH C 17 159 133 HOH WAT . L 5 HOH C 18 160 135 HOH WAT . L 5 HOH C 19 161 146 HOH WAT . L 5 HOH C 20 162 149 HOH WAT . L 5 HOH C 21 163 166 HOH WAT . L 5 HOH C 22 164 171 HOH WAT . L 5 HOH C 23 165 186 HOH WAT . L 5 HOH C 24 166 190 HOH WAT . L 5 HOH C 25 167 196 HOH WAT . L 5 HOH C 26 168 199 HOH WAT . L 5 HOH C 27 169 206 HOH WAT . L 5 HOH C 28 170 225 HOH WAT . L 5 HOH C 29 171 227 HOH WAT . L 5 HOH C 30 172 232 HOH WAT . L 5 HOH C 31 173 238 HOH WAT . L 5 HOH C 32 174 239 HOH WAT . L 5 HOH C 33 175 241 HOH WAT . L 5 HOH C 34 176 255 HOH WAT . L 5 HOH C 35 177 256 HOH WAT . L 5 HOH C 36 178 259 HOH WAT . L 5 HOH C 37 179 260 HOH WAT . L 5 HOH C 38 180 262 HOH WAT . L 5 HOH C 39 181 266 HOH WAT . L 5 HOH C 40 182 269 HOH WAT . L 5 HOH C 41 183 274 HOH WAT . L 5 HOH C 42 184 279 HOH WAT . L 5 HOH C 43 185 296 HOH WAT . L 5 HOH C 44 186 299 HOH WAT . L 5 HOH C 45 187 303 HOH WAT . L 5 HOH C 46 188 308 HOH WAT . L 5 HOH C 47 189 312 HOH WAT . L 5 HOH C 48 190 313 HOH WAT . L 5 HOH C 49 191 315 HOH WAT . L 5 HOH C 50 192 316 HOH WAT . L 5 HOH C 51 193 317 HOH WAT . L 5 HOH C 52 194 321 HOH WAT . L 5 HOH C 53 195 323 HOH WAT . L 5 HOH C 54 196 325 HOH WAT . L 5 HOH C 55 197 328 HOH WAT . L 5 HOH C 56 198 330 HOH WAT . L 5 HOH C 57 199 337 HOH WAT . M 5 HOH D 1 148 29 HOH WAT . M 5 HOH D 2 149 40 HOH WAT . M 5 HOH D 3 150 47 HOH WAT . M 5 HOH D 4 151 69 HOH WAT . M 5 HOH D 5 152 77 HOH WAT . M 5 HOH D 6 153 86 HOH WAT . M 5 HOH D 7 154 93 HOH WAT . M 5 HOH D 8 155 100 HOH WAT . M 5 HOH D 9 156 102 HOH WAT . M 5 HOH D 10 157 105 HOH WAT . M 5 HOH D 11 158 117 HOH WAT . M 5 HOH D 12 159 125 HOH WAT . M 5 HOH D 13 160 128 HOH WAT . M 5 HOH D 14 161 130 HOH WAT . M 5 HOH D 15 162 147 HOH WAT . M 5 HOH D 16 163 150 HOH WAT . M 5 HOH D 17 164 155 HOH WAT . M 5 HOH D 18 165 167 HOH WAT . M 5 HOH D 19 166 168 HOH WAT . M 5 HOH D 20 167 174 HOH WAT . M 5 HOH D 21 168 176 HOH WAT . M 5 HOH D 22 169 182 HOH WAT . M 5 HOH D 23 170 191 HOH WAT . M 5 HOH D 24 171 211 HOH WAT . M 5 HOH D 25 172 215 HOH WAT . M 5 HOH D 26 173 222 HOH WAT . M 5 HOH D 27 174 223 HOH WAT . M 5 HOH D 28 175 226 HOH WAT . M 5 HOH D 29 176 230 HOH WAT . M 5 HOH D 30 177 251 HOH WAT . M 5 HOH D 31 178 252 HOH WAT . M 5 HOH D 32 179 264 HOH WAT . M 5 HOH D 33 180 267 HOH WAT . M 5 HOH D 34 181 272 HOH WAT . M 5 HOH D 35 182 278 HOH WAT . M 5 HOH D 36 183 295 HOH WAT . M 5 HOH D 37 184 297 HOH WAT . M 5 HOH D 38 185 309 HOH WAT . M 5 HOH D 39 186 310 HOH WAT . M 5 HOH D 40 187 319 HOH WAT . M 5 HOH D 41 188 322 HOH WAT . M 5 HOH D 42 189 324 HOH WAT . M 5 HOH D 43 190 326 HOH WAT . M 5 HOH D 44 191 329 HOH WAT . M 5 HOH D 45 192 331 HOH WAT . M 5 HOH D 46 193 332 HOH WAT . M 5 HOH D 47 194 334 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . F 4 0.288 1.371 42.685 1 26.62 ? S SO4 402 B 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . F 4 0.807 0.214 41.626 1 19.54 ? O1 SO4 402 B 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . F 4 1.233 1.257 43.859 1 24.84 ? O2 SO4 402 B 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . F 4 0.321 2.74 42.227 1 24.38 ? O3 SO4 402 B 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . F 4 -1.098 1.001 43.132 1 25.21 ? O4 SO4 402 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 271 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 5 #