data_1DKN # _model_server_result.job_id n0z0U9jypn77V3EJ1GCgDA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 02:55:37' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1dkn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 1DKN # _exptl.entry_id 1DKN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 200.59 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MERCURY (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1DKN _cell.length_a 70.443 _cell.length_b 74.701 _cell.length_c 89.829 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DKN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 77 A CYS 77 1_555 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 133 A CYS 133 1_555 A SG CYS 408 A CYS 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 178 A CYS 178 1_555 A SG CYS 188 A CYS 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 382 A CYS 382 1_555 A SG CYS 391 A CYS 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc1 A OG SER 10 A SER 10 1_555 F HG HG . A HG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.17 ? metalc ? metalc2 A O VAL 11 A VAL 11 1_555 F HG HG . A HG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.127 ? metalc ? metalc3 A NH1 ARG 16 A ARG 16 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc4 A NH2 ARG 16 A ARG 16 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 113 A HIS 113 1_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 154 A ASP 154 3_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 154 A ASP 154 3_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.396 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 158 A HIS 158 3_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 219 A GLU 219 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? metalc ? metalc10 A NE2 HIS 250 A HIS 250 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc11 A O ALA 278 A ALA 278 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? metalc ? metalc12 A NE2 HIS 282 A HIS 282 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc13 A OE1 GLN 285 A GLN 285 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.2 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLN 287 A GLN 287 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? metalc ? metalc15 A NE2 GLN 287 A GLN 287 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.501 ? metalc ? metalc16 A O TYR 289 A TYR 289 1_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc17 A O LEU 293 A LEU 293 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc18 A N THR 295 A THR 295 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc19 A O SER 296 A SER 296 1_555 F HG HG . A HG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.52 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 304 A ASP 304 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.294 ? metalc ? metalc21 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc22 B HG HG . A HG 500 1_555 G O HOH . A HOH 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc23 B HG HG . A HG 500 1_555 G O HOH . A HOH 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.284 ? metalc ? metalc24 C HG HG . A HG 501 1_555 G O HOH . A HOH 690 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc25 C HG HG . A HG 501 1_555 G O HOH . A HOH 691 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc26 D HG HG . A HG 502 1_555 G O HOH . A HOH 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? metalc ? metalc27 E HG HG . A HG 503 1_555 F HG HG . A HG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? # _chem_comp.formula 'Hg 2' _chem_comp.formula_weight 200.59 _chem_comp.id HG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MERCURY (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1DKN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014196 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013387 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011132 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 HG A 1 500 500 HG HG . C 2 HG A 1 501 501 HG HG . D 2 HG A 1 502 502 HG HG . E 2 HG A 1 503 503 HG HG . F 2 HG A 1 504 504 HG HG . G 3 HOH A 1 600 600 HOH WAT . G 3 HOH A 2 601 601 HOH WAT . G 3 HOH A 3 602 602 HOH WAT . G 3 HOH A 4 603 603 HOH WAT . G 3 HOH A 5 604 604 HOH WAT . G 3 HOH A 6 605 605 HOH WAT . G 3 HOH A 7 606 606 HOH WAT . G 3 HOH A 8 607 607 HOH WAT . G 3 HOH A 9 608 608 HOH WAT . G 3 HOH A 10 609 609 HOH WAT . G 3 HOH A 11 610 610 HOH WAT . G 3 HOH A 12 611 611 HOH WAT . G 3 HOH A 13 612 612 HOH WAT . G 3 HOH A 14 613 613 HOH WAT . G 3 HOH A 15 614 614 HOH WAT . G 3 HOH A 16 615 615 HOH WAT . G 3 HOH A 17 616 616 HOH WAT . G 3 HOH A 18 617 617 HOH WAT . G 3 HOH A 19 618 618 HOH WAT . G 3 HOH A 20 619 619 HOH WAT . G 3 HOH A 21 621 621 HOH WAT . G 3 HOH A 22 622 622 HOH WAT . G 3 HOH A 23 623 623 HOH WAT . G 3 HOH A 24 624 624 HOH WAT . G 3 HOH A 25 625 625 HOH WAT . G 3 HOH A 26 626 626 HOH WAT . G 3 HOH A 27 627 627 HOH WAT . G 3 HOH A 28 628 628 HOH WAT . G 3 HOH A 29 629 629 HOH WAT . G 3 HOH A 30 630 630 HOH WAT . G 3 HOH A 31 631 631 HOH WAT . G 3 HOH A 32 632 632 HOH WAT . G 3 HOH A 33 633 633 HOH WAT . G 3 HOH A 34 634 634 HOH WAT . G 3 HOH A 35 635 635 HOH WAT . G 3 HOH A 36 636 636 HOH WAT . G 3 HOH A 37 637 637 HOH WAT . G 3 HOH A 38 638 638 HOH WAT . G 3 HOH A 39 639 639 HOH WAT . G 3 HOH A 40 640 640 HOH WAT . G 3 HOH A 41 641 641 HOH WAT . G 3 HOH A 42 642 642 HOH WAT . G 3 HOH A 43 643 643 HOH WAT . G 3 HOH A 44 644 644 HOH WAT . G 3 HOH A 45 645 645 HOH WAT . G 3 HOH A 46 646 646 HOH WAT . G 3 HOH A 47 647 647 HOH WAT . G 3 HOH A 48 648 648 HOH WAT . G 3 HOH A 49 649 649 HOH WAT . G 3 HOH A 50 650 650 HOH WAT . G 3 HOH A 51 651 651 HOH WAT . G 3 HOH A 52 652 652 HOH WAT . G 3 HOH A 53 653 653 HOH WAT . G 3 HOH A 54 654 654 HOH WAT . G 3 HOH A 55 655 655 HOH WAT . G 3 HOH A 56 656 656 HOH WAT . G 3 HOH A 57 657 657 HOH WAT . G 3 HOH A 58 658 658 HOH WAT . G 3 HOH A 59 659 659 HOH WAT . G 3 HOH A 60 660 660 HOH WAT . G 3 HOH A 61 661 661 HOH WAT . G 3 HOH A 62 662 662 HOH WAT . G 3 HOH A 63 663 663 HOH WAT . G 3 HOH A 64 664 664 HOH WAT . G 3 HOH A 65 665 665 HOH WAT . G 3 HOH A 66 666 666 HOH WAT . G 3 HOH A 67 667 667 HOH WAT . G 3 HOH A 68 668 668 HOH WAT . G 3 HOH A 69 669 669 HOH WAT . G 3 HOH A 70 670 670 HOH WAT . G 3 HOH A 71 671 671 HOH WAT . G 3 HOH A 72 672 672 HOH WAT . G 3 HOH A 73 673 673 HOH WAT . G 3 HOH A 74 674 674 HOH WAT . G 3 HOH A 75 675 675 HOH WAT . G 3 HOH A 76 676 676 HOH WAT . G 3 HOH A 77 677 677 HOH WAT . G 3 HOH A 78 678 678 HOH WAT . G 3 HOH A 79 679 679 HOH WAT . G 3 HOH A 80 680 680 HOH WAT . G 3 HOH A 81 681 681 HOH WAT . G 3 HOH A 82 682 682 HOH WAT . G 3 HOH A 83 683 683 HOH WAT . G 3 HOH A 84 684 684 HOH WAT . G 3 HOH A 85 685 685 HOH WAT . G 3 HOH A 86 686 686 HOH WAT . G 3 HOH A 87 687 687 HOH WAT . G 3 HOH A 88 688 688 HOH WAT . G 3 HOH A 89 689 689 HOH WAT . G 3 HOH A 90 690 690 HOH WAT . G 3 HOH A 91 691 691 HOH WAT . G 3 HOH A 92 692 692 HOH WAT . G 3 HOH A 93 694 694 HOH WAT . G 3 HOH A 94 695 695 HOH WAT . G 3 HOH A 95 696 696 HOH WAT . G 3 HOH A 96 697 697 HOH WAT . G 3 HOH A 97 699 699 HOH WAT . G 3 HOH A 98 701 701 HOH WAT . G 3 HOH A 99 702 702 HOH WAT . G 3 HOH A 100 703 703 HOH WAT . G 3 HOH A 101 704 704 HOH WAT . G 3 HOH A 102 706 706 HOH WAT . G 3 HOH A 103 707 707 HOH WAT . G 3 HOH A 104 708 708 HOH WAT . G 3 HOH A 105 709 709 HOH WAT . G 3 HOH A 106 710 710 HOH WAT . G 3 HOH A 107 711 711 HOH WAT . G 3 HOH A 108 712 712 HOH WAT . G 3 HOH A 109 713 713 HOH WAT . G 3 HOH A 110 715 715 HOH WAT . G 3 HOH A 111 716 716 HOH WAT . G 3 HOH A 112 717 717 HOH WAT . G 3 HOH A 113 718 718 HOH WAT . G 3 HOH A 114 721 721 HOH WAT . G 3 HOH A 115 722 722 HOH WAT . G 3 HOH A 116 723 723 HOH WAT . G 3 HOH A 117 724 724 HOH WAT . G 3 HOH A 118 725 725 HOH WAT . G 3 HOH A 119 726 726 HOH WAT . G 3 HOH A 120 727 727 HOH WAT . G 3 HOH A 121 728 728 HOH WAT . G 3 HOH A 122 729 729 HOH WAT . G 3 HOH A 123 730 730 HOH WAT . G 3 HOH A 124 731 731 HOH WAT . G 3 HOH A 125 732 732 HOH WAT . G 3 HOH A 126 733 733 HOH WAT . G 3 HOH A 127 734 734 HOH WAT . G 3 HOH A 128 735 735 HOH WAT . G 3 HOH A 129 736 736 HOH WAT . G 3 HOH A 130 737 737 HOH WAT . G 3 HOH A 131 738 738 HOH WAT . G 3 HOH A 132 739 739 HOH WAT . G 3 HOH A 133 740 740 HOH WAT . G 3 HOH A 134 741 741 HOH WAT . G 3 HOH A 135 742 742 HOH WAT . G 3 HOH A 136 743 743 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol HG _atom_site.label_atom_id HG _atom_site.label_comp_id HG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 24.47 _atom_site.Cartn_y 36.05 _atom_site.Cartn_z 20.26 _atom_site.occupancy 0.5 _atom_site.B_iso_or_equiv 37.24 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id HG _atom_site.auth_comp_id HG _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 749 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #