data_1DKQ # _model_server_result.job_id vAyfPQHsDfuHr6XmedN5Iw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-05 02:16:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1dkq # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 1DKQ # _exptl.entry_id 1DKQ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 200.59 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MERCURY (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1DKQ _cell.length_a 70.445 _cell.length_b 75.141 _cell.length_c 89.957 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DKQ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 77 A CYS 77 1_555 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 133 A CYS 133 1_555 A SG CYS 408 A CYS 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 178 A CYS 178 1_555 A SG CYS 188 A CYS 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 382 A CYS 382 1_555 A SG CYS 391 A CYS 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc1 A NH1 ARG 16 A ARG 16 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc2 A ND1 HIS 113 A HIS 113 1_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 154 A ASP 154 3_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 154 A ASP 154 3_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.159 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 158 A HIS 158 3_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 219 A GLU 219 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.162 ? metalc ? metalc7 A NE2 HIS 250 A HIS 250 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 250 A HIS 250 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 282 A HIS 282 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc10 A NE2 GLN 287 A GLN 287 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLN 287 A GLN 287 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc12 A O TYR 289 A TYR 289 1_555 B HG HG . A HG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc13 A O LEU 293 A LEU 293 1_555 C HG HG . A HG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 304 A ASP 304 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 D HG HG . A HG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 325 A ASP 325 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? metalc ? metalc18 A OG1 THR 327 A THR 327 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc19 A O THR 327 A THR 327 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.028 ? metalc ? metalc20 B HG HG . A HG 500 1_555 G O HOH . A HOH 674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc21 C HG HG . A HG 501 1_555 G O HOH . A HOH 769 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc22 D HG HG . A HG 502 1_555 E HG HG . A HG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.793 ? metalc ? metalc23 D HG HG . A HG 502 1_555 F O24 IHP . A IHP 550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.215 ? # _chem_comp.formula 'Hg 2' _chem_comp.formula_weight 200.59 _chem_comp.id HG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MERCURY (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1DKQ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014195 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013308 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011116 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 HG A 1 500 500 HG HG . C 2 HG A 1 501 501 HG HG . D 2 HG A 1 502 502 HG HG . E 2 HG A 1 503 503 HG HG . F 3 IHP A 1 550 550 IHP IHP . G 4 HOH A 1 600 600 HOH WAT . G 4 HOH A 2 601 601 HOH WAT . G 4 HOH A 3 602 602 HOH WAT . G 4 HOH A 4 603 603 HOH WAT . G 4 HOH A 5 604 604 HOH WAT . G 4 HOH A 6 605 605 HOH WAT . G 4 HOH A 7 606 606 HOH WAT . G 4 HOH A 8 607 607 HOH WAT . G 4 HOH A 9 608 608 HOH WAT . G 4 HOH A 10 609 609 HOH WAT . G 4 HOH A 11 610 610 HOH WAT . G 4 HOH A 12 611 611 HOH WAT . G 4 HOH A 13 612 612 HOH WAT . G 4 HOH A 14 613 613 HOH WAT . G 4 HOH A 15 614 614 HOH WAT . G 4 HOH A 16 615 615 HOH WAT . G 4 HOH A 17 616 616 HOH WAT . G 4 HOH A 18 617 617 HOH WAT . G 4 HOH A 19 618 618 HOH WAT . G 4 HOH A 20 619 619 HOH WAT . G 4 HOH A 21 620 620 HOH WAT . G 4 HOH A 22 621 621 HOH WAT . G 4 HOH A 23 622 622 HOH WAT . G 4 HOH A 24 623 623 HOH WAT . G 4 HOH A 25 624 624 HOH WAT . G 4 HOH A 26 625 625 HOH WAT . G 4 HOH A 27 626 626 HOH WAT . G 4 HOH A 28 627 627 HOH WAT . G 4 HOH A 29 628 628 HOH WAT . G 4 HOH A 30 629 629 HOH WAT . G 4 HOH A 31 630 630 HOH WAT . G 4 HOH A 32 631 631 HOH WAT . G 4 HOH A 33 632 632 HOH WAT . G 4 HOH A 34 633 633 HOH WAT . G 4 HOH A 35 634 634 HOH WAT . G 4 HOH A 36 635 635 HOH WAT . G 4 HOH A 37 636 636 HOH WAT . G 4 HOH A 38 637 637 HOH WAT . G 4 HOH A 39 638 638 HOH WAT . G 4 HOH A 40 639 639 HOH WAT . G 4 HOH A 41 640 640 HOH WAT . G 4 HOH A 42 641 641 HOH WAT . G 4 HOH A 43 642 642 HOH WAT . G 4 HOH A 44 643 643 HOH WAT . G 4 HOH A 45 644 644 HOH WAT . G 4 HOH A 46 645 645 HOH WAT . G 4 HOH A 47 646 646 HOH WAT . G 4 HOH A 48 647 647 HOH WAT . G 4 HOH A 49 648 648 HOH WAT . G 4 HOH A 50 649 649 HOH WAT . G 4 HOH A 51 650 650 HOH WAT . G 4 HOH A 52 651 651 HOH WAT . G 4 HOH A 53 652 652 HOH WAT . G 4 HOH A 54 653 653 HOH WAT . G 4 HOH A 55 654 654 HOH WAT . G 4 HOH A 56 655 655 HOH WAT . G 4 HOH A 57 656 656 HOH WAT . G 4 HOH A 58 657 657 HOH WAT . G 4 HOH A 59 658 658 HOH WAT . G 4 HOH A 60 659 659 HOH WAT . G 4 HOH A 61 660 660 HOH WAT . G 4 HOH A 62 661 661 HOH WAT . G 4 HOH A 63 662 662 HOH WAT . G 4 HOH A 64 663 663 HOH WAT . G 4 HOH A 65 664 664 HOH WAT . G 4 HOH A 66 665 665 HOH WAT . G 4 HOH A 67 666 666 HOH WAT . G 4 HOH A 68 667 667 HOH WAT . G 4 HOH A 69 668 668 HOH WAT . G 4 HOH A 70 669 669 HOH WAT . G 4 HOH A 71 670 670 HOH WAT . G 4 HOH A 72 671 671 HOH WAT . G 4 HOH A 73 672 672 HOH WAT . G 4 HOH A 74 673 673 HOH WAT . G 4 HOH A 75 674 674 HOH WAT . G 4 HOH A 76 675 675 HOH WAT . G 4 HOH A 77 676 676 HOH WAT . G 4 HOH A 78 677 677 HOH WAT . G 4 HOH A 79 678 678 HOH WAT . G 4 HOH A 80 679 679 HOH WAT . G 4 HOH A 81 680 680 HOH WAT . G 4 HOH A 82 681 681 HOH WAT . G 4 HOH A 83 682 682 HOH WAT . G 4 HOH A 84 683 683 HOH WAT . G 4 HOH A 85 684 684 HOH WAT . G 4 HOH A 86 685 685 HOH WAT . G 4 HOH A 87 686 686 HOH WAT . G 4 HOH A 88 687 687 HOH WAT . G 4 HOH A 89 688 688 HOH WAT . G 4 HOH A 90 689 689 HOH WAT . G 4 HOH A 91 690 690 HOH WAT . G 4 HOH A 92 691 691 HOH WAT . G 4 HOH A 93 692 692 HOH WAT . G 4 HOH A 94 693 693 HOH WAT . G 4 HOH A 95 694 694 HOH WAT . G 4 HOH A 96 695 695 HOH WAT . G 4 HOH A 97 696 696 HOH WAT . G 4 HOH A 98 697 697 HOH WAT . G 4 HOH A 99 698 698 HOH WAT . G 4 HOH A 100 699 699 HOH WAT . G 4 HOH A 101 700 700 HOH WAT . G 4 HOH A 102 701 701 HOH WAT . G 4 HOH A 103 702 702 HOH WAT . G 4 HOH A 104 703 703 HOH WAT . G 4 HOH A 105 704 704 HOH WAT . G 4 HOH A 106 705 705 HOH WAT . G 4 HOH A 107 706 706 HOH WAT . G 4 HOH A 108 707 707 HOH WAT . G 4 HOH A 109 708 708 HOH WAT . G 4 HOH A 110 709 709 HOH WAT . G 4 HOH A 111 710 710 HOH WAT . G 4 HOH A 112 711 711 HOH WAT . G 4 HOH A 113 712 712 HOH WAT . G 4 HOH A 114 713 713 HOH WAT . G 4 HOH A 115 714 714 HOH WAT . G 4 HOH A 116 715 715 HOH WAT . G 4 HOH A 117 716 716 HOH WAT . G 4 HOH A 118 717 717 HOH WAT . G 4 HOH A 119 718 718 HOH WAT . G 4 HOH A 120 719 719 HOH WAT . G 4 HOH A 121 720 720 HOH WAT . G 4 HOH A 122 721 721 HOH WAT . G 4 HOH A 123 722 722 HOH WAT . G 4 HOH A 124 723 723 HOH WAT . G 4 HOH A 125 724 724 HOH WAT . G 4 HOH A 126 725 725 HOH WAT . G 4 HOH A 127 726 726 HOH WAT . G 4 HOH A 128 727 727 HOH WAT . G 4 HOH A 129 728 728 HOH WAT . G 4 HOH A 130 729 729 HOH WAT . G 4 HOH A 131 730 730 HOH WAT . G 4 HOH A 132 731 731 HOH WAT . G 4 HOH A 133 732 732 HOH WAT . G 4 HOH A 134 733 733 HOH WAT . G 4 HOH A 135 734 734 HOH WAT . G 4 HOH A 136 735 735 HOH WAT . G 4 HOH A 137 736 736 HOH WAT . G 4 HOH A 138 737 737 HOH WAT . G 4 HOH A 139 738 738 HOH WAT . G 4 HOH A 140 739 739 HOH WAT . G 4 HOH A 141 740 740 HOH WAT . G 4 HOH A 142 741 741 HOH WAT . G 4 HOH A 143 742 742 HOH WAT . G 4 HOH A 144 743 743 HOH WAT . G 4 HOH A 145 744 744 HOH WAT . G 4 HOH A 146 745 745 HOH WAT . G 4 HOH A 147 746 746 HOH WAT . G 4 HOH A 148 747 747 HOH WAT . G 4 HOH A 149 748 748 HOH WAT . G 4 HOH A 150 749 749 HOH WAT . G 4 HOH A 151 750 750 HOH WAT . G 4 HOH A 152 751 751 HOH WAT . G 4 HOH A 153 752 752 HOH WAT . G 4 HOH A 154 753 753 HOH WAT . G 4 HOH A 155 754 754 HOH WAT . G 4 HOH A 156 755 755 HOH WAT . G 4 HOH A 157 756 756 HOH WAT . G 4 HOH A 158 757 757 HOH WAT . G 4 HOH A 159 758 758 HOH WAT . G 4 HOH A 160 759 759 HOH WAT . G 4 HOH A 161 760 760 HOH WAT . G 4 HOH A 162 761 761 HOH WAT . G 4 HOH A 163 762 762 HOH WAT . G 4 HOH A 164 763 763 HOH WAT . G 4 HOH A 165 764 764 HOH WAT . G 4 HOH A 166 765 765 HOH WAT . G 4 HOH A 167 766 766 HOH WAT . G 4 HOH A 168 767 767 HOH WAT . G 4 HOH A 169 768 768 HOH WAT . G 4 HOH A 170 769 769 HOH WAT . G 4 HOH A 171 770 770 HOH WAT . G 4 HOH A 172 771 771 HOH WAT . G 4 HOH A 173 772 772 HOH WAT . G 4 HOH A 174 773 773 HOH WAT . G 4 HOH A 175 774 774 HOH WAT . G 4 HOH A 176 775 775 HOH WAT . G 4 HOH A 177 776 776 HOH WAT . G 4 HOH A 178 777 777 HOH WAT . G 4 HOH A 179 778 778 HOH WAT . G 4 HOH A 180 779 779 HOH WAT . G 4 HOH A 181 780 780 HOH WAT . G 4 HOH A 182 781 781 HOH WAT . G 4 HOH A 183 782 782 HOH WAT . G 4 HOH A 184 783 783 HOH WAT . G 4 HOH A 185 784 784 HOH WAT . G 4 HOH A 186 785 785 HOH WAT . G 4 HOH A 187 786 786 HOH WAT . G 4 HOH A 188 787 787 HOH WAT . G 4 HOH A 189 788 788 HOH WAT . G 4 HOH A 190 789 789 HOH WAT . G 4 HOH A 191 790 790 HOH WAT . G 4 HOH A 192 791 791 HOH WAT . G 4 HOH A 193 792 792 HOH WAT . G 4 HOH A 194 793 793 HOH WAT . G 4 HOH A 195 794 794 HOH WAT . G 4 HOH A 196 795 795 HOH WAT . G 4 HOH A 197 796 796 HOH WAT . G 4 HOH A 198 797 797 HOH WAT . G 4 HOH A 199 798 798 HOH WAT . G 4 HOH A 200 799 799 HOH WAT . G 4 HOH A 201 800 800 HOH WAT . G 4 HOH A 202 801 801 HOH WAT . G 4 HOH A 203 802 802 HOH WAT . G 4 HOH A 204 803 803 HOH WAT . G 4 HOH A 205 804 804 HOH WAT . G 4 HOH A 206 805 805 HOH WAT . G 4 HOH A 207 806 806 HOH WAT . G 4 HOH A 208 807 807 HOH WAT . G 4 HOH A 209 808 808 HOH WAT . G 4 HOH A 210 809 809 HOH WAT . G 4 HOH A 211 810 810 HOH WAT . G 4 HOH A 212 811 811 HOH WAT . G 4 HOH A 213 812 812 HOH WAT . G 4 HOH A 214 813 813 HOH WAT . G 4 HOH A 215 814 814 HOH WAT . G 4 HOH A 216 815 815 HOH WAT . G 4 HOH A 217 816 816 HOH WAT . G 4 HOH A 218 817 817 HOH WAT . G 4 HOH A 219 818 818 HOH WAT . G 4 HOH A 220 819 819 HOH WAT . G 4 HOH A 221 820 820 HOH WAT . G 4 HOH A 222 821 821 HOH WAT . G 4 HOH A 223 822 822 HOH WAT . G 4 HOH A 224 823 823 HOH WAT . G 4 HOH A 225 824 824 HOH WAT . G 4 HOH A 226 825 825 HOH WAT . G 4 HOH A 227 826 826 HOH WAT . G 4 HOH A 228 827 827 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol HG _atom_site.label_atom_id HG _atom_site.label_comp_id HG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -5.045 _atom_site.Cartn_y 31.108 _atom_site.Cartn_z 29.908 _atom_site.occupancy 0.23 _atom_site.B_iso_or_equiv 35.52 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id HG _atom_site.auth_comp_id HG _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 36 _model_server_stats.query_time_ms 367 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #