data_1DLI
#
_model_server_result.job_id            NQ6AYY8tbNDC1jVbGBa69A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-08 06:22:57' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1dli 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":408}' 
#
_entry.id    1DLI 
#
_exptl.entry_id    1DLI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1DLI 
_cell.length_a            106.601 
_cell.length_b            106.601 
_cell.length_c            81.592 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1DLI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        90 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 4 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA,PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 8_556 -y,-x,-z+1 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 0 0 81.592 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 H N N 
? 5 I N N 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 129 n n 
C1 C2 GOL sing 130 n n 
C1 H11 GOL sing 131 n n 
C1 H12 GOL sing 132 n n 
O1 HO1 GOL sing 133 n n 
C2 O2 GOL sing 134 n n 
C2 C3 GOL sing 135 n n 
C2 H2 GOL sing 136 n n 
O2 HO2 GOL sing 137 n n 
C3 O3 GOL sing 138 n n 
C3 H31 GOL sing 139 n n 
C3 H32 GOL sing 140 n n 
O3 HO3 GOL sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1DLI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009381 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009381 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012256 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 SO4 A 1 405 405 SO4 SO4 . 
C 2 SO4 A 1 406 406 SO4 SO4 . 
D 2 SO4 A 1 407 407 SO4 SO4 . 
E 3 NAD A 1 403 403 NAD NAD . 
F 4 UDX A 1 404 404 UDX UDX . 
G 5 GOL A 1 408 408 GOL GOL . 
H 5 GOL A 1 409 409 GOL GOL . 
I 5 GOL A 1 410 410 GOL GOL . 
J 6 HOH A 1 411 411 HOH WAT . 
J 6 HOH A 2 412 412 HOH WAT . 
J 6 HOH A 3 413 413 HOH WAT . 
J 6 HOH A 4 414 414 HOH WAT . 
J 6 HOH A 5 415 415 HOH WAT . 
J 6 HOH A 6 416 416 HOH WAT . 
J 6 HOH A 7 417 417 HOH WAT . 
J 6 HOH A 8 418 418 HOH WAT . 
J 6 HOH A 9 419 419 HOH WAT . 
J 6 HOH A 10 420 420 HOH WAT . 
J 6 HOH A 11 421 421 HOH WAT . 
J 6 HOH A 12 422 422 HOH WAT . 
J 6 HOH A 13 423 423 HOH WAT . 
J 6 HOH A 14 424 424 HOH WAT . 
J 6 HOH A 15 425 425 HOH WAT . 
J 6 HOH A 16 426 426 HOH WAT . 
J 6 HOH A 17 427 427 HOH WAT . 
J 6 HOH A 18 428 428 HOH WAT . 
J 6 HOH A 19 429 429 HOH WAT . 
J 6 HOH A 20 430 430 HOH WAT . 
J 6 HOH A 21 431 431 HOH WAT . 
J 6 HOH A 22 432 432 HOH WAT . 
J 6 HOH A 23 433 433 HOH WAT . 
J 6 HOH A 24 434 434 HOH WAT . 
J 6 HOH A 25 435 435 HOH WAT . 
J 6 HOH A 26 436 436 HOH WAT . 
J 6 HOH A 27 437 437 HOH WAT . 
J 6 HOH A 28 438 438 HOH WAT . 
J 6 HOH A 29 439 439 HOH WAT . 
J 6 HOH A 30 440 440 HOH WAT . 
J 6 HOH A 31 441 441 HOH WAT . 
J 6 HOH A 32 442 442 HOH WAT . 
J 6 HOH A 33 443 443 HOH WAT . 
J 6 HOH A 34 444 444 HOH WAT . 
J 6 HOH A 35 445 445 HOH WAT . 
J 6 HOH A 36 446 446 HOH WAT . 
J 6 HOH A 37 447 447 HOH WAT . 
J 6 HOH A 38 448 448 HOH WAT . 
J 6 HOH A 39 449 449 HOH WAT . 
J 6 HOH A 40 450 450 HOH WAT . 
J 6 HOH A 41 451 451 HOH WAT . 
J 6 HOH A 42 452 452 HOH WAT . 
J 6 HOH A 43 453 453 HOH WAT . 
J 6 HOH A 44 454 454 HOH WAT . 
J 6 HOH A 45 455 455 HOH WAT . 
J 6 HOH A 46 456 456 HOH WAT . 
J 6 HOH A 47 457 457 HOH WAT . 
J 6 HOH A 48 458 458 HOH WAT . 
J 6 HOH A 49 459 459 HOH WAT . 
J 6 HOH A 50 460 460 HOH WAT . 
J 6 HOH A 51 461 461 HOH WAT . 
J 6 HOH A 52 462 462 HOH WAT . 
J 6 HOH A 53 463 463 HOH WAT . 
J 6 HOH A 54 464 464 HOH WAT . 
J 6 HOH A 55 465 465 HOH WAT . 
J 6 HOH A 56 466 466 HOH WAT . 
J 6 HOH A 57 467 467 HOH WAT . 
J 6 HOH A 58 468 468 HOH WAT . 
J 6 HOH A 59 469 469 HOH WAT . 
J 6 HOH A 60 470 470 HOH WAT . 
J 6 HOH A 61 471 471 HOH WAT . 
J 6 HOH A 62 472 472 HOH WAT . 
J 6 HOH A 63 473 473 HOH WAT . 
J 6 HOH A 64 474 474 HOH WAT . 
J 6 HOH A 65 475 475 HOH WAT . 
J 6 HOH A 66 476 476 HOH WAT . 
J 6 HOH A 67 477 477 HOH WAT . 
J 6 HOH A 68 478 478 HOH WAT . 
J 6 HOH A 69 479 479 HOH WAT . 
J 6 HOH A 70 480 480 HOH WAT . 
J 6 HOH A 71 481 481 HOH WAT . 
J 6 HOH A 72 482 482 HOH WAT . 
J 6 HOH A 73 483 483 HOH WAT . 
J 6 HOH A 74 484 484 HOH WAT . 
J 6 HOH A 75 485 485 HOH WAT . 
J 6 HOH A 76 486 486 HOH WAT . 
J 6 HOH A 77 487 487 HOH WAT . 
J 6 HOH A 78 488 488 HOH WAT . 
J 6 HOH A 79 489 489 HOH WAT . 
J 6 HOH A 80 490 490 HOH WAT . 
J 6 HOH A 81 491 491 HOH WAT . 
J 6 HOH A 82 492 492 HOH WAT . 
J 6 HOH A 83 493 493 HOH WAT . 
J 6 HOH A 84 494 494 HOH WAT . 
J 6 HOH A 85 495 495 HOH WAT . 
J 6 HOH A 86 496 496 HOH WAT . 
J 6 HOH A 87 497 497 HOH WAT . 
J 6 HOH A 88 498 498 HOH WAT . 
J 6 HOH A 89 499 499 HOH WAT . 
J 6 HOH A 90 500 500 HOH WAT . 
J 6 HOH A 91 501 501 HOH WAT . 
J 6 HOH A 92 502 502 HOH WAT . 
J 6 HOH A 93 503 503 HOH WAT . 
J 6 HOH A 94 504 504 HOH WAT . 
J 6 HOH A 95 505 505 HOH WAT . 
J 6 HOH A 96 506 506 HOH WAT . 
J 6 HOH A 97 507 507 HOH WAT . 
J 6 HOH A 98 508 508 HOH WAT . 
J 6 HOH A 99 509 509 HOH WAT . 
J 6 HOH A 100 510 510 HOH WAT . 
J 6 HOH A 101 511 511 HOH WAT . 
J 6 HOH A 102 512 512 HOH WAT . 
J 6 HOH A 103 513 513 HOH WAT . 
J 6 HOH A 104 514 514 HOH WAT . 
J 6 HOH A 105 515 515 HOH WAT . 
J 6 HOH A 106 516 516 HOH WAT . 
J 6 HOH A 107 517 517 HOH WAT . 
J 6 HOH A 108 518 518 HOH WAT . 
J 6 HOH A 109 519 519 HOH WAT . 
J 6 HOH A 110 520 520 HOH WAT . 
J 6 HOH A 111 521 521 HOH WAT . 
J 6 HOH A 112 522 522 HOH WAT . 
J 6 HOH A 113 523 523 HOH WAT . 
J 6 HOH A 114 524 524 HOH WAT . 
J 6 HOH A 115 525 525 HOH WAT . 
J 6 HOH A 116 526 526 HOH WAT . 
J 6 HOH A 117 527 527 HOH WAT . 
J 6 HOH A 118 528 528 HOH WAT . 
J 6 HOH A 119 529 529 HOH WAT . 
J 6 HOH A 120 530 530 HOH WAT . 
J 6 HOH A 121 531 531 HOH WAT . 
J 6 HOH A 122 532 532 HOH WAT . 
J 6 HOH A 123 533 533 HOH WAT . 
J 6 HOH A 124 534 534 HOH WAT . 
J 6 HOH A 125 535 535 HOH WAT . 
J 6 HOH A 126 536 536 HOH WAT . 
J 6 HOH A 127 537 537 HOH WAT . 
J 6 HOH A 128 538 538 HOH WAT . 
J 6 HOH A 129 539 539 HOH WAT . 
J 6 HOH A 130 540 540 HOH WAT . 
J 6 HOH A 131 541 541 HOH WAT . 
J 6 HOH A 132 542 542 HOH WAT . 
J 6 HOH A 133 543 543 HOH WAT . 
J 6 HOH A 134 544 544 HOH WAT . 
J 6 HOH A 135 545 545 HOH WAT . 
J 6 HOH A 136 546 546 HOH WAT . 
J 6 HOH A 137 547 547 HOH WAT . 
J 6 HOH A 138 548 548 HOH WAT . 
J 6 HOH A 139 549 549 HOH WAT . 
J 6 HOH A 140 550 550 HOH WAT . 
J 6 HOH A 141 551 551 HOH WAT . 
J 6 HOH A 142 552 552 HOH WAT . 
J 6 HOH A 143 553 553 HOH WAT . 
J 6 HOH A 144 554 554 HOH WAT . 
J 6 HOH A 145 555 555 HOH WAT . 
J 6 HOH A 146 556 556 HOH WAT . 
J 6 HOH A 147 557 557 HOH WAT . 
J 6 HOH A 148 558 558 HOH WAT . 
J 6 HOH A 149 559 559 HOH WAT . 
J 6 HOH A 150 560 560 HOH WAT . 
J 6 HOH A 151 561 561 HOH WAT . 
J 6 HOH A 152 562 562 HOH WAT . 
J 6 HOH A 153 563 563 HOH WAT . 
J 6 HOH A 154 564 564 HOH WAT . 
J 6 HOH A 155 565 565 HOH WAT . 
J 6 HOH A 156 566 566 HOH WAT . 
J 6 HOH A 157 567 567 HOH WAT . 
J 6 HOH A 158 568 568 HOH WAT . 
J 6 HOH A 159 569 569 HOH WAT . 
J 6 HOH A 160 570 570 HOH WAT . 
J 6 HOH A 161 571 571 HOH WAT . 
J 6 HOH A 162 572 572 HOH WAT . 
J 6 HOH A 163 573 573 HOH WAT . 
J 6 HOH A 164 574 574 HOH WAT . 
J 6 HOH A 165 575 575 HOH WAT . 
J 6 HOH A 166 576 576 HOH WAT . 
J 6 HOH A 167 577 577 HOH WAT . 
J 6 HOH A 168 578 578 HOH WAT . 
J 6 HOH A 169 579 579 HOH WAT . 
J 6 HOH A 170 580 580 HOH WAT . 
J 6 HOH A 171 581 581 HOH WAT . 
J 6 HOH A 172 582 582 HOH WAT . 
J 6 HOH A 173 583 583 HOH WAT . 
J 6 HOH A 174 584 584 HOH WAT . 
J 6 HOH A 175 585 585 HOH WAT . 
J 6 HOH A 176 586 586 HOH WAT . 
J 6 HOH A 177 587 587 HOH WAT . 
J 6 HOH A 178 588 588 HOH WAT . 
J 6 HOH A 179 589 589 HOH WAT . 
J 6 HOH A 180 590 590 HOH WAT . 
J 6 HOH A 181 591 591 HOH WAT . 
J 6 HOH A 182 592 592 HOH WAT . 
J 6 HOH A 183 593 593 HOH WAT . 
J 6 HOH A 184 594 594 HOH WAT . 
J 6 HOH A 185 595 595 HOH WAT . 
J 6 HOH A 186 596 596 HOH WAT . 
J 6 HOH A 187 597 597 HOH WAT . 
J 6 HOH A 188 598 598 HOH WAT . 
J 6 HOH A 189 599 599 HOH WAT . 
J 6 HOH A 190 600 600 HOH WAT . 
J 6 HOH A 191 601 601 HOH WAT . 
J 6 HOH A 192 602 602 HOH WAT . 
J 6 HOH A 193 603 603 HOH WAT . 
J 6 HOH A 194 604 604 HOH WAT . 
J 6 HOH A 195 605 605 HOH WAT . 
J 6 HOH A 196 606 606 HOH WAT . 
J 6 HOH A 197 607 607 HOH WAT . 
J 6 HOH A 198 608 608 HOH WAT . 
J 6 HOH A 199 609 609 HOH WAT . 
J 6 HOH A 200 610 610 HOH WAT . 
J 6 HOH A 201 611 611 HOH WAT . 
J 6 HOH A 202 612 612 HOH WAT . 
J 6 HOH A 203 613 613 HOH WAT . 
J 6 HOH A 204 614 614 HOH WAT . 
J 6 HOH A 205 615 615 HOH WAT . 
J 6 HOH A 206 616 616 HOH WAT . 
J 6 HOH A 207 617 617 HOH WAT . 
J 6 HOH A 208 618 618 HOH WAT . 
J 6 HOH A 209 619 619 HOH WAT . 
J 6 HOH A 210 620 620 HOH WAT . 
J 6 HOH A 211 621 621 HOH WAT . 
J 6 HOH A 212 622 622 HOH WAT . 
J 6 HOH A 213 623 623 HOH WAT . 
J 6 HOH A 214 624 624 HOH WAT . 
J 6 HOH A 215 625 625 HOH WAT . 
J 6 HOH A 216 626 626 HOH WAT . 
J 6 HOH A 217 627 627 HOH WAT . 
J 6 HOH A 218 628 628 HOH WAT . 
J 6 HOH A 219 629 629 HOH WAT . 
J 6 HOH A 220 630 630 HOH WAT . 
J 6 HOH A 221 631 631 HOH WAT . 
J 6 HOH A 222 632 632 HOH WAT . 
J 6 HOH A 223 633 633 HOH WAT . 
J 6 HOH A 224 634 634 HOH WAT . 
J 6 HOH A 225 635 635 HOH WAT . 
J 6 HOH A 226 636 636 HOH WAT . 
J 6 HOH A 227 637 637 HOH WAT . 
J 6 HOH A 228 638 638 HOH WAT . 
J 6 HOH A 229 639 639 HOH WAT . 
J 6 HOH A 230 640 640 HOH WAT . 
J 6 HOH A 231 641 641 HOH WAT . 
J 6 HOH A 232 642 642 HOH WAT . 
J 6 HOH A 233 643 643 HOH WAT . 
J 6 HOH A 234 644 644 HOH WAT . 
J 6 HOH A 235 645 645 HOH WAT . 
J 6 HOH A 236 646 646 HOH WAT . 
J 6 HOH A 237 647 647 HOH WAT . 
J 6 HOH A 238 648 648 HOH WAT . 
J 6 HOH A 239 649 649 HOH WAT . 
J 6 HOH A 240 650 650 HOH WAT . 
J 6 HOH A 241 651 651 HOH WAT . 
J 6 HOH A 242 652 652 HOH WAT . 
J 6 HOH A 243 653 653 HOH WAT . 
J 6 HOH A 244 654 654 HOH WAT . 
J 6 HOH A 245 655 655 HOH WAT . 
J 6 HOH A 246 656 656 HOH WAT . 
J 6 HOH A 247 657 657 HOH WAT . 
J 6 HOH A 248 658 658 HOH WAT . 
J 6 HOH A 249 659 659 HOH WAT . 
J 6 HOH A 250 660 660 HOH WAT . 
J 6 HOH A 251 661 661 HOH WAT . 
J 6 HOH A 252 662 662 HOH WAT . 
J 6 HOH A 253 663 663 HOH WAT . 
J 6 HOH A 254 664 664 HOH WAT . 
J 6 HOH A 255 665 665 HOH WAT . 
J 6 HOH A 256 666 666 HOH WAT . 
J 6 HOH A 257 667 667 HOH WAT . 
J 6 HOH A 258 668 668 HOH WAT . 
J 6 HOH A 259 669 669 HOH WAT . 
J 6 HOH A 260 670 670 HOH WAT . 
J 6 HOH A 261 671 671 HOH WAT . 
J 6 HOH A 262 672 672 HOH WAT . 
J 6 HOH A 263 673 673 HOH WAT . 
J 6 HOH A 264 674 674 HOH WAT . 
J 6 HOH A 265 675 675 HOH WAT . 
J 6 HOH A 266 676 676 HOH WAT . 
J 6 HOH A 267 677 677 HOH WAT . 
J 6 HOH A 268 678 678 HOH WAT . 
J 6 HOH A 269 679 679 HOH WAT . 
J 6 HOH A 270 680 680 HOH WAT . 
J 6 HOH A 271 681 681 HOH WAT . 
J 6 HOH A 272 682 682 HOH WAT . 
J 6 HOH A 273 683 683 HOH WAT . 
J 6 HOH A 274 684 684 HOH WAT . 
J 6 HOH A 275 685 685 HOH WAT . 
J 6 HOH A 276 686 686 HOH WAT . 
J 6 HOH A 277 687 687 HOH WAT . 
J 6 HOH A 278 688 688 HOH WAT . 
J 6 HOH A 279 689 689 HOH WAT . 
J 6 HOH A 280 690 690 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 GOL . . . G 5 -8.008 -4.768 38.309 1 29.22 ? C1 GOL 408 A 1 
HETATM 2 O O1 GOL . . . G 5 -8.331 -5.039 39.673 1 25.55 ? O1 GOL 408 A 1 
HETATM 3 C C2 GOL . . . G 5 -6.606 -5.301 37.954 1 29.26 ? C2 GOL 408 A 1 
HETATM 4 O O2 GOL . . . G 5 -5.613 -4.575 38.661 1 31.05 ? O2 GOL 408 A 1 
HETATM 5 C C3 GOL . . . G 5 -6.48 -6.798 38.292 1 30.97 ? C3 GOL 408 A 1 
HETATM 6 O O3 GOL . . . G 5 -5.111 -7.192 38.218 1 30.73 ? O3 GOL 408 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    4 
_model_server_stats.query_time_ms           324 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           6 
#