data_1DP4 # _model_server_result.job_id S_a4eux7sE5MQp0km0PVLw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 17:44:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1dp4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":605}' # _entry.id 1DP4 # _exptl.entry_id 1DP4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1DP4 _cell.length_a 120.25 _cell.length_b 120.25 _cell.length_c 160.55 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DP4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression B,E,F,L,M,N,O,P,Q,R,T 1 1,2 A,C,D,G,H,I,J,K,S 2 1,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_775 -y+2,-x+2,-z+1/2 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 240.5 240.5 80.275 3 'crystal symmetry operation' 7_465 y-1,x+1,-z 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 -120.25 120.25 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n C NAG 1 B 1 NAG A 451 NAG 2 n C NAG 2 B 2 NAG A 452 NAG 2 n D NAG 1 D 1 NAG A 453 NAG 2 n D NAG 2 D 2 NAG A 454 NAG 2 n E NAG 1 E 1 NAG C 451 NAG 2 n E NAG 2 E 2 NAG C 452 NAG 2 n F NAG 1 F 1 NAG C 453 NAG 2 n F NAG 2 F 2 NAG C 454 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 60 A CYS 60 1_555 A SG CYS 86 A CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 164 A CYS 164 1_555 A SG CYS 213 A CYS 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 60 C CYS 60 1_555 B SG CYS 86 C CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 164 C CYS 164 1_555 B SG CYS 213 C CYS 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 423 C CYS 423 1_555 B SG CYS 432 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 13 A ASN 13 1_555 C C1 NAG . B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 395 A ASN 395 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 13 C ASN 13 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 180 C ASN 180 1_555 L C1 NAG . C NAG 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 395 C ASN 395 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale6 C O4 NAG . B NAG 1 1_555 C C1 NAG . B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.385 ? covale ? covale7 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.387 ? covale ? covale8 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.388 ? covale ? covale9 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.392 ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 320 n n S O2 SO4 doub 321 n n S O3 SO4 sing 322 n n S O4 SO4 sing 323 n n # _atom_sites.entry_id 1DP4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008316 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008316 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006229 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 SO4 A 1 601 601 SO4 SO4 . 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S 6 HOH A 24 634 38 HOH WAT . S 6 HOH A 25 635 39 HOH WAT . S 6 HOH A 26 636 40 HOH WAT . S 6 HOH A 27 637 41 HOH WAT . S 6 HOH A 28 638 43 HOH WAT . S 6 HOH A 29 639 44 HOH WAT . S 6 HOH A 30 640 45 HOH WAT . S 6 HOH A 31 641 47 HOH WAT . S 6 HOH A 32 642 48 HOH WAT . S 6 HOH A 33 643 50 HOH WAT . S 6 HOH A 34 644 51 HOH WAT . S 6 HOH A 35 645 52 HOH WAT . S 6 HOH A 36 646 53 HOH WAT . S 6 HOH A 37 647 54 HOH WAT . S 6 HOH A 38 648 57 HOH WAT . S 6 HOH A 39 649 58 HOH WAT . S 6 HOH A 40 650 59 HOH WAT . S 6 HOH A 41 651 60 HOH WAT . S 6 HOH A 42 652 62 HOH WAT . S 6 HOH A 43 653 63 HOH WAT . S 6 HOH A 44 654 67 HOH WAT . S 6 HOH A 45 655 68 HOH WAT . S 6 HOH A 46 656 69 HOH WAT . S 6 HOH A 47 657 70 HOH WAT . S 6 HOH A 48 658 71 HOH WAT . S 6 HOH A 49 659 72 HOH WAT . S 6 HOH A 50 660 73 HOH WAT . S 6 HOH A 51 661 74 HOH WAT . S 6 HOH A 52 662 76 HOH WAT . S 6 HOH A 53 663 77 HOH WAT . S 6 HOH A 54 664 78 HOH WAT . S 6 HOH A 55 665 80 HOH WAT . S 6 HOH A 56 666 82 HOH WAT . S 6 HOH A 57 667 83 HOH WAT . S 6 HOH A 58 668 84 HOH WAT . S 6 HOH A 59 669 85 HOH WAT . S 6 HOH A 60 670 86 HOH WAT . S 6 HOH A 61 671 87 HOH WAT . S 6 HOH A 62 672 88 HOH WAT . S 6 HOH A 63 673 89 HOH WAT . S 6 HOH A 64 674 90 HOH WAT . S 6 HOH A 65 675 91 HOH WAT . S 6 HOH A 66 676 92 HOH WAT . S 6 HOH A 67 677 93 HOH WAT . S 6 HOH A 68 678 99 HOH WAT . S 6 HOH A 69 679 103 HOH WAT . S 6 HOH A 70 680 104 HOH WAT . S 6 HOH A 71 681 105 HOH WAT . S 6 HOH A 72 682 107 HOH WAT . S 6 HOH A 73 683 109 HOH WAT . S 6 HOH A 74 684 110 HOH WAT . S 6 HOH A 75 685 112 HOH WAT . S 6 HOH A 76 686 114 HOH WAT . S 6 HOH A 77 687 117 HOH WAT . S 6 HOH A 78 688 121 HOH WAT . S 6 HOH A 79 689 122 HOH WAT . S 6 HOH A 80 690 123 HOH WAT . S 6 HOH A 81 691 125 HOH WAT . S 6 HOH A 82 692 126 HOH WAT . S 6 HOH A 83 693 129 HOH WAT . S 6 HOH A 84 694 133 HOH WAT . S 6 HOH A 85 695 134 HOH WAT . S 6 HOH A 86 696 142 HOH WAT . S 6 HOH A 87 697 145 HOH WAT . S 6 HOH A 88 698 146 HOH WAT . S 6 HOH A 89 699 152 HOH WAT . S 6 HOH A 90 700 155 HOH WAT . S 6 HOH A 91 701 158 HOH WAT . S 6 HOH A 92 702 162 HOH WAT . S 6 HOH A 93 703 163 HOH WAT . S 6 HOH A 94 704 166 HOH WAT . S 6 HOH A 95 705 168 HOH WAT . S 6 HOH A 96 706 171 HOH WAT . S 6 HOH A 97 707 172 HOH WAT . S 6 HOH A 98 708 173 HOH WAT . S 6 HOH A 99 709 175 HOH WAT . S 6 HOH A 100 710 177 HOH WAT . S 6 HOH A 101 711 178 HOH WAT . S 6 HOH A 102 712 181 HOH WAT . S 6 HOH A 103 713 182 HOH WAT . S 6 HOH A 104 714 183 HOH WAT . S 6 HOH A 105 715 184 HOH WAT . S 6 HOH A 106 716 185 HOH WAT . S 6 HOH A 107 717 186 HOH WAT . S 6 HOH A 108 718 188 HOH WAT . S 6 HOH A 109 719 191 HOH WAT . S 6 HOH A 110 720 192 HOH WAT . S 6 HOH A 111 721 193 HOH WAT . S 6 HOH A 112 722 195 HOH WAT . S 6 HOH A 113 723 196 HOH WAT . S 6 HOH A 114 724 199 HOH WAT . S 6 HOH A 115 725 200 HOH WAT . S 6 HOH A 116 726 203 HOH WAT . S 6 HOH A 117 727 204 HOH WAT . S 6 HOH A 118 728 205 HOH WAT . S 6 HOH A 119 729 207 HOH WAT . 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