data_1DP7 # _model_server_result.job_id hZ3FvIV8arfkUADOg6q9Zg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 16:33:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1dp7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":501}' # _entry.id 1DP7 # _exptl.entry_id 1DP7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 109.21 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1DP7 _cell.length_a 72.843 _cell.length_b 42.752 _cell.length_c 52.277 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DP7 _symmetry.cell_setting monoclinic _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_757 -x+2,y,-z+2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 111.284444 0 98.732324 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' DG 2 D DG 2 1_555 A P BRU 3 D BRU 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.592 ? covale ? covale2 A O3' BRU 3 D BRU 3 1_555 A P DT 4 D DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.564 ? covale ? covale3 A O3' DA 8 D DA 8 1_555 A P BRU 9 D BRU 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.584 ? covale ? covale4 A O3' BRU 9 D BRU 9 1_555 A P DG 10 D DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.581 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 1 D DC 1 1_555 A N1 DG 16 D DG 16 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 1 D DC 1 1_555 A O6 DG 16 D DG 16 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 1 D DC 1 1_555 A N2 DG 16 D DG 16 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DG 2 D DG 2 1_555 A N3 DC 15 D DC 15 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 DG 2 D DG 2 1_555 A O2 DC 15 D DC 15 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 DG 2 D DG 2 1_555 A N4 DC 15 D DC 15 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 BRU 3 D BRU 3 1_555 A N1 DA 14 D DA 14 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O4 BRU 3 D BRU 3 1_555 A N6 DA 14 D DA 14 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 DT 4 D DT 4 1_555 A N1 DA 13 D DA 13 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O4 DT 4 D DT 4 1_555 A N6 DA 13 D DA 13 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 DA 5 D DA 5 1_555 A N3 DT 12 D DT 12 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N6 DA 5 D DA 5 1_555 A O4 DT 12 D DT 12 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N3 DC 6 D DC 6 1_555 A N1 DG 11 D DG 11 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N4 DC 6 D DC 6 1_555 A O6 DG 11 D DG 11 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O2 DC 6 D DC 6 1_555 A N2 DG 11 D DG 11 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DC 7 D DC 7 1_555 A N1 DG 10 D DG 10 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N4 DC 7 D DC 7 1_555 A O6 DG 10 D DG 10 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O2 DC 7 D DC 7 1_555 A N2 DG 10 D DG 10 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N1 DA 8 D DA 8 1_555 A N3 BRU 9 D BRU 9 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N6 DA 8 D DA 8 1_555 A O4 BRU 9 D BRU 9 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N3 BRU 9 D BRU 9 1_555 A N1 DA 8 D DA 8 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O4 BRU 9 D BRU 9 1_555 A N6 DA 8 D DA 8 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N1 DG 10 D DG 10 1_555 A N3 DC 7 D DC 7 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N2 DG 10 D DG 10 1_555 A O2 DC 7 D DC 7 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O6 DG 10 D DG 10 1_555 A N4 DC 7 D DC 7 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 DG 11 D DG 11 1_555 A N3 DC 6 D DC 6 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N2 DG 11 D DG 11 1_555 A O2 DC 6 D DC 6 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O6 DG 11 D DG 11 1_555 A N4 DC 6 D DC 6 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 DT 12 D DT 12 1_555 A N1 DA 5 D DA 5 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O4 DT 12 D DT 12 1_555 A N6 DA 5 D DA 5 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 DA 13 D DA 13 1_555 A N3 DT 4 D DT 4 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N6 DA 13 D DA 13 1_555 A O4 DT 4 D DT 4 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N1 DA 14 D DA 14 1_555 A N3 BRU 3 D BRU 3 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N6 DA 14 D DA 14 1_555 A O4 BRU 3 D BRU 3 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N3 DC 15 D DC 15 1_555 A N1 DG 2 D DG 2 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N4 DC 15 D DC 15 1_555 A O6 DG 2 D DG 2 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O2 DC 15 D DC 15 1_555 A N2 DG 2 D DG 2 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N1 DG 16 D DG 16 1_555 A N3 DC 1 D DC 1 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N2 DG 16 D DG 16 1_555 A O2 DC 1 D DC 1 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O6 DG 16 D DG 16 1_555 A N4 DC 1 D DC 1 2_757 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 266 n n C1 C2 EDO sing 267 n n C1 H11 EDO sing 268 n n C1 H12 EDO sing 269 n n O1 HO1 EDO sing 270 n n C2 O2 EDO sing 271 n n C2 H21 EDO sing 272 n n C2 H22 EDO sing 273 n n O2 HO2 EDO sing 274 n n # _atom_sites.entry_id 1DP7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013728 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004783 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.023391 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.020257 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 EDO P 1 501 1 EDO EDO . D 3 EDO P 1 502 2 EDO EDO . E 4 PEG P 1 503 1 PEG PEG . F 5 HOH D 1 17 1 HOH WAT . F 5 HOH D 2 18 6 HOH WAT . F 5 HOH D 3 19 10 HOH WAT . F 5 HOH D 4 20 14 HOH WAT . F 5 HOH D 5 21 16 HOH WAT . F 5 HOH D 6 22 21 HOH WAT . F 5 HOH D 7 23 22 HOH WAT . F 5 HOH D 8 24 24 HOH WAT . F 5 HOH D 9 25 26 HOH WAT . F 5 HOH D 10 26 30 HOH WAT . F 5 HOH D 11 27 32 HOH WAT . F 5 HOH D 12 28 33 HOH WAT . F 5 HOH D 13 29 34 HOH WAT . F 5 HOH D 14 30 35 HOH WAT . F 5 HOH D 15 31 37 HOH WAT . F 5 HOH D 16 32 38 HOH WAT . F 5 HOH D 17 33 40 HOH WAT . F 5 HOH D 18 34 45 HOH WAT . F 5 HOH D 19 35 47 HOH WAT . F 5 HOH D 20 36 48 HOH WAT . F 5 HOH D 21 37 52 HOH WAT . F 5 HOH D 22 38 53 HOH WAT . F 5 HOH D 23 39 55 HOH WAT . F 5 HOH D 24 40 69 HOH WAT . F 5 HOH D 25 41 71 HOH WAT . F 5 HOH D 26 42 73 HOH WAT . F 5 HOH D 27 43 76 HOH WAT . F 5 HOH D 28 44 77 HOH WAT . F 5 HOH D 29 45 78 HOH WAT . F 5 HOH D 30 46 79 HOH WAT . F 5 HOH D 31 47 81 HOH WAT . F 5 HOH D 32 48 83 HOH WAT . F 5 HOH D 33 49 87 HOH WAT . F 5 HOH D 34 50 88 HOH WAT . F 5 HOH D 35 51 93 HOH WAT . F 5 HOH D 36 52 96 HOH WAT . F 5 HOH D 37 53 102 HOH WAT . F 5 HOH D 38 54 103 HOH WAT . F 5 HOH D 39 55 104 HOH WAT . F 5 HOH D 40 56 105 HOH WAT . F 5 HOH D 41 57 108 HOH WAT . F 5 HOH D 42 58 109 HOH WAT . F 5 HOH D 43 59 111 HOH WAT . F 5 HOH D 44 60 112 HOH WAT . F 5 HOH D 45 61 114 HOH WAT . F 5 HOH D 46 62 115 HOH WAT . F 5 HOH D 47 63 121 HOH WAT . F 5 HOH D 48 64 123 HOH WAT . F 5 HOH D 49 65 124 HOH WAT . G 5 HOH P 1 504 2 HOH WAT . G 5 HOH P 2 505 3 HOH WAT . G 5 HOH P 3 506 4 HOH WAT . G 5 HOH P 4 507 5 HOH WAT . G 5 HOH P 5 508 7 HOH WAT . G 5 HOH P 6 509 8 HOH WAT . G 5 HOH P 7 510 9 HOH WAT . G 5 HOH P 8 511 11 HOH WAT . G 5 HOH P 9 512 12 HOH WAT . G 5 HOH P 10 513 13 HOH WAT . G 5 HOH P 11 514 15 HOH WAT . G 5 HOH P 12 515 17 HOH WAT . G 5 HOH P 13 516 18 HOH WAT . G 5 HOH P 14 517 19 HOH WAT . G 5 HOH P 15 518 20 HOH WAT . G 5 HOH P 16 519 23 HOH WAT . G 5 HOH P 17 520 25 HOH WAT . G 5 HOH P 18 521 27 HOH WAT . G 5 HOH P 19 522 28 HOH WAT . G 5 HOH P 20 523 29 HOH WAT . G 5 HOH P 21 524 31 HOH WAT . G 5 HOH P 22 525 36 HOH WAT . G 5 HOH P 23 526 39 HOH WAT . G 5 HOH P 24 527 41 HOH WAT . G 5 HOH P 25 528 42 HOH WAT . G 5 HOH P 26 529 43 HOH WAT . G 5 HOH P 27 530 44 HOH WAT . G 5 HOH P 28 531 46 HOH WAT . G 5 HOH P 29 532 49 HOH WAT . G 5 HOH P 30 533 50 HOH WAT . G 5 HOH P 31 534 51 HOH WAT . G 5 HOH P 32 535 54 HOH WAT . G 5 HOH P 33 536 56 HOH WAT . G 5 HOH P 34 537 57 HOH WAT . G 5 HOH P 35 538 58 HOH WAT . G 5 HOH P 36 539 59 HOH WAT . G 5 HOH P 37 540 60 HOH WAT . G 5 HOH P 38 541 61 HOH WAT . G 5 HOH P 39 542 62 HOH WAT . G 5 HOH P 40 543 63 HOH WAT . G 5 HOH P 41 544 64 HOH WAT . G 5 HOH P 42 545 65 HOH WAT . G 5 HOH P 43 546 66 HOH WAT . G 5 HOH P 44 547 67 HOH WAT . G 5 HOH P 45 548 68 HOH WAT . G 5 HOH P 46 549 70 HOH WAT . G 5 HOH P 47 550 72 HOH WAT . G 5 HOH P 48 551 74 HOH WAT . G 5 HOH P 49 552 75 HOH WAT . G 5 HOH P 50 553 80 HOH WAT . G 5 HOH P 51 554 82 HOH WAT . G 5 HOH P 52 555 84 HOH WAT . G 5 HOH P 53 556 85 HOH WAT . G 5 HOH P 54 557 86 HOH WAT . G 5 HOH P 55 558 89 HOH WAT . G 5 HOH P 56 559 90 HOH WAT . G 5 HOH P 57 560 91 HOH WAT . G 5 HOH P 58 561 92 HOH WAT . G 5 HOH P 59 562 94 HOH WAT . G 5 HOH P 60 563 95 HOH WAT . G 5 HOH P 61 564 97 HOH WAT . G 5 HOH P 62 565 98 HOH WAT . G 5 HOH P 63 566 99 HOH WAT . G 5 HOH P 64 567 100 HOH WAT . G 5 HOH P 65 568 101 HOH WAT . G 5 HOH P 66 569 106 HOH WAT . G 5 HOH P 67 570 107 HOH WAT . G 5 HOH P 68 571 110 HOH WAT . G 5 HOH P 69 572 113 HOH WAT . G 5 HOH P 70 573 116 HOH WAT . G 5 HOH P 71 574 117 HOH WAT . G 5 HOH P 72 575 118 HOH WAT . G 5 HOH P 73 576 119 HOH WAT . G 5 HOH P 74 577 120 HOH WAT . G 5 HOH P 75 578 122 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . C 3 49.141 26.584 53.922 1 32.13 ? C1 EDO 501 P 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . C 3 49.868 26.872 55.132 1 32.18 ? O1 EDO 501 P 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . C 3 49.299 27.727 52.941 1 31.22 ? C2 EDO 501 P 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . C 3 50.307 27.656 51.897 1 34.16 ? O2 EDO 501 P 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 354 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 4 #