data_1DRZ # _model_server_result.job_id BBZI9NKc0AwPGBySgyfznQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-24 04:21:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1drz # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":401}' # _entry.id 1DRZ # _exptl.entry_id 1DRZ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1DRZ _cell.length_a 109.35 _cell.length_b 109.35 _cell.length_c 190.68 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DRZ _symmetry.cell_setting trigonal _symmetry.Int_Tables_number 155 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B C LYS 49 A LYS 50 1_555 B N MSE 50 A MSE 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 B C MSE 50 A MSE 51 1_555 B N ARG 51 A ARG 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale3 B C SER 70 A SER 71 1_555 B N MSE 71 A MSE 72 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 B C SER 70 A SER 71 1_555 B N MSE 71 A MSE 72 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 B C MSE 71 A MSE 72 1_555 B N GLN 72 A GLN 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale6 B C PRO 80 A PRO 81 1_555 B N MSE 81 A MSE 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale7 B C MSE 81 A MSE 82 1_555 B N ARG 82 A ARG 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale8 B C LYS 95 A LYS 96 1_555 B N MSE 96 A MSE 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale9 B C MSE 96 A MSE 97 1_555 B N LYS 97 A LYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc1 A OP2 G 6 B G 106 1_555 E MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc2 A O5' G 6 B G 106 1_555 E MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? metalc ? metalc3 A OP2 C 7 B C 107 1_555 E MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc4 A O6 G 70 B G 170 1_555 D MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? metalc ? metalc5 A N7 G 70 B G 170 1_555 D MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog1 A N1 G 1 B G 101 1_555 A O2 U 37 B U 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog2 A O6 G 1 B G 101 1_555 A N3 U 37 B U 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 G 2 B G 102 1_555 A N3 C 36 B C 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 G 2 B G 102 1_555 A O2 C 36 B C 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 G 2 B G 102 1_555 A N4 C 36 B C 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N3 C 3 B C 103 1_555 A N1 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N4 C 3 B C 103 1_555 A O6 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O2 C 3 B C 103 1_555 A N2 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 C 4 B C 104 1_555 A N1 G 34 B G 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N4 C 4 B C 104 1_555 A O6 G 34 B G 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O2 C 4 B C 104 1_555 A N2 G 34 B G 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 5 B G 105 1_555 A N3 C 33 B C 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 5 B G 105 1_555 A O2 C 33 B C 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 5 B G 105 1_555 A N4 C 33 B C 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N1 G 6 B G 106 1_555 A N3 C 32 B C 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N2 G 6 B G 106 1_555 A O2 C 32 B C 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A O6 G 6 B G 106 1_555 A N4 C 32 B C 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N3 C 7 B C 107 1_555 A N1 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N4 C 7 B C 107 1_555 A O6 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A O2 C 7 B C 107 1_555 A N2 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N1 G 11 B G 111 1_555 A N3 C 72 B C 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N2 G 11 B G 111 1_555 A O2 C 72 B C 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A O6 G 11 B G 111 1_555 A N4 C 72 B C 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N3 U 12 B U 112 1_555 A N1 A 71 B A 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O4 U 12 B U 112 1_555 A N6 A 71 B A 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N3 C 13 B C 113 1_555 A N1 G 70 B G 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N4 C 13 B C 113 1_555 A O6 G 70 B G 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O2 C 13 B C 113 1_555 A N2 G 70 B G 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 C 14 B C 114 1_555 A N1 G 69 B G 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N4 C 14 B C 114 1_555 A O6 G 69 B G 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O2 C 14 B C 114 1_555 A N2 G 69 B G 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N3 C 15 B C 115 1_555 A N1 G 68 B G 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N4 C 15 B C 115 1_555 A O6 G 68 B G 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A O2 C 15 B C 115 1_555 A N2 G 68 B G 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-U PAIR' hydrog35 A N1 A 16 B A 116 1_555 A N3 U 67 B U 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N1 G 17 B G 117 1_555 A N3 C 30 B C 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N2 G 17 B G 117 1_555 A O2 C 30 B C 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O6 G 17 B G 117 1_555 A N4 C 30 B C 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N3 C 18 B C 118 1_555 A N1 G 29 B G 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N4 C 18 B C 118 1_555 A O6 G 29 B G 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A O2 C 18 B C 118 1_555 A N2 G 29 B G 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N3 C 19 B C 119 1_555 A N1 G 28 B G 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N4 C 19 B C 119 1_555 A O6 G 28 B G 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A O2 C 19 B C 119 1_555 A N2 G 28 B G 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N3 C 21 B C 121 1_555 A N1 G 39 B G 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N4 C 21 B C 121 1_555 A O6 G 39 B G 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A O2 C 21 B C 121 1_555 A N2 G 39 B G 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog48 A O2 C 21 B C 121 1_555 A N6 A 42 B A 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N3 C 22 B C 122 1_555 A N1 G 38 B G 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N4 C 22 B C 122 1_555 A O6 G 38 B G 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O2 C 22 B C 122 1_555 A N2 G 38 B G 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog52 A N2 G 29 B G 129 1_555 A N3 A 66 B A 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog53 A N3 G 40 B G 140 1_555 A N6 A 42 B A 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog54 A N2 G 40 B G 140 1_555 A O6 G 62 B G 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog55 A N4 C 41 B C 141 1_555 A N7 G 61 B G 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog56 A N1 A 43 B A 143 1_555 A N1 G 62 B G 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog57 A N6 A 43 B A 143 1_555 A O6 G 62 B G 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 A N3 C 44 B C 144 1_555 A N1 G 61 B G 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 A N4 C 44 B C 144 1_555 A O6 G 61 B G 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 A O2 C 44 B C 144 1_555 A N2 G 61 B G 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 A N1 A 45 B A 145 1_555 A N3 U 60 B U 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 A N6 A 45 B A 145 1_555 A O4 U 60 B U 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 A N3 C 46 B C 146 1_555 A N1 G 59 B G 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 A N4 C 46 B C 146 1_555 A O6 G 59 B G 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 A O2 C 46 B C 146 1_555 A N2 G 59 B G 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 A N3 C 47 B C 147 1_555 A N1 G 58 B G 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 A N4 C 47 B C 147 1_555 A O6 G 58 B G 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 A O2 C 47 B C 147 1_555 A N2 G 58 B G 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog69 A O2 U 55 B U 155 1_555 A N4 C 56 B C 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1DRZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009145 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.00528 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01056 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005244 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 MG B 1 401 401 MG MG . D 3 MG B 1 402 402 MG MG . E 3 MG B 1 403 403 MG MG . F 4 SO4 A 1 404 404 SO4 SO4 . G 4 SO4 A 1 405 405 SO4 SO4 . H 5 HOH B 1 305 305 HOH HOH . H 5 HOH B 2 308 308 HOH HOH . H 5 HOH B 3 309 309 HOH HOH . H 5 HOH B 4 310 310 HOH HOH . H 5 HOH B 5 316 316 HOH HOH . H 5 HOH B 6 317 317 HOH HOH . H 5 HOH B 7 318 318 HOH HOH . H 5 HOH B 8 319 319 HOH HOH . I 5 HOH A 1 301 301 HOH HOH . I 5 HOH A 2 302 302 HOH HOH . I 5 HOH A 3 303 303 HOH HOH . I 5 HOH A 4 304 304 HOH HOH . I 5 HOH A 5 306 306 HOH HOH . I 5 HOH A 6 307 307 HOH HOH . I 5 HOH A 7 311 311 HOH HOH . I 5 HOH A 8 312 312 HOH HOH . I 5 HOH A 9 313 313 HOH HOH . I 5 HOH A 10 314 314 HOH HOH . I 5 HOH A 11 315 315 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 85.211 _atom_site.Cartn_y 71.584 _atom_site.Cartn_z 16.909 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 71.64 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 275 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #