data_1DTD # _model_server_result.job_id m--GLBiMNPpQvEwYR0xEkw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-31 03:49:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1dtd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":300}' # _entry.id 1DTD # _exptl.entry_id 1DTD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 147.129 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'GLUTAMIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1DTD _cell.length_a 80.439 _cell.length_b 80.439 _cell.length_c 114.464 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1DTD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 132 A CYS 494 1_555 A SG CYS 155 A CYS 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 204 A CYS 566 1_555 A SG CYS 238 A CYS 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 6 B CYS 11 1_555 B SG CYS 29 B CYS 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 13 B CYS 18 1_555 B SG CYS 57 B CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 14 B CYS 19 1_555 B SG CYS 38 B CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 17 B CYS 22 1_555 B SG CYS 53 B CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc1 C ZN ZN . A ZN 301 1_555 A ND1 HIS 62 A HIS 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc2 C ZN ZN . A ZN 301 1_555 A OE2 GLU 65 A GLU 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc3 C ZN ZN . A ZN 301 1_555 A ND1 HIS 190 A HIS 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc4 C ZN ZN . A ZN 301 1_555 B O VAL 61 B VAL 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? # _chem_comp.formula 'C5 H9 N O4' _chem_comp.formula_weight 147.129 _chem_comp.id GLU _chem_comp.mon_nstd_flag y _chem_comp.name 'GLUTAMIC ACID' _chem_comp.type 'l-peptide linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA GLU sing 102 n n N H GLU sing 103 n n N H2 GLU sing 104 n n CA C GLU sing 105 n n CA CB GLU sing 106 n n CA HA GLU sing 107 n n C O GLU doub 108 n n C OXT GLU sing 109 n n CB CG GLU sing 110 n n CB HB2 GLU sing 111 n n CB HB3 GLU sing 112 n n CG CD GLU sing 113 n n CG HG2 GLU sing 114 n n CG HG3 GLU sing 115 n n CD OE1 GLU doub 116 n n CD OE2 GLU sing 117 n n OE2 HE2 GLU sing 118 n n OXT HXT GLU sing 119 n n # _atom_sites.entry_id 1DTD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012432 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.007177 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014355 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008736 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 ZN A 1 301 1 ZN IUM . D 4 GLU A 1 300 100 GLU JNK . E 5 HOH A 1 2 2 HOH WAT . E 5 HOH A 2 3 3 HOH WAT . E 5 HOH A 3 4 4 HOH WAT . E 5 HOH A 4 5 5 HOH WAT . E 5 HOH A 5 6 6 HOH WAT . E 5 HOH A 6 7 7 HOH WAT . E 5 HOH A 7 8 8 HOH WAT . E 5 HOH A 8 9 9 HOH WAT . E 5 HOH A 9 11 11 HOH WAT . E 5 HOH A 10 13 13 HOH WAT . E 5 HOH A 11 25 25 HOH WAT . E 5 HOH A 12 28 28 HOH WAT . E 5 HOH A 13 29 29 HOH WAT . E 5 HOH A 14 30 30 HOH WAT . E 5 HOH A 15 31 31 HOH WAT . E 5 HOH A 16 32 32 HOH WAT . E 5 HOH A 17 41 41 HOH WAT . E 5 HOH A 18 42 42 HOH WAT . E 5 HOH A 19 43 43 HOH WAT . E 5 HOH A 20 46 46 HOH WAT . E 5 HOH A 21 47 47 HOH WAT . E 5 HOH A 22 48 48 HOH WAT . E 5 HOH A 23 49 49 HOH WAT . E 5 HOH A 24 50 50 HOH WAT . E 5 HOH A 25 51 51 HOH WAT . E 5 HOH A 26 72 72 HOH WAT . E 5 HOH A 27 73 73 HOH WAT . E 5 HOH A 28 74 74 HOH WAT . E 5 HOH A 29 75 75 HOH WAT . E 5 HOH A 30 76 76 HOH WAT . E 5 HOH A 31 100 100 HOH WAT . E 5 HOH A 32 101 101 HOH WAT . E 5 HOH A 33 102 102 HOH WAT . E 5 HOH A 34 103 103 HOH WAT . E 5 HOH A 35 104 104 HOH WAT . E 5 HOH A 36 105 105 HOH WAT . E 5 HOH A 37 106 106 HOH WAT . E 5 HOH A 38 107 107 HOH WAT . E 5 HOH A 39 108 108 HOH WAT . E 5 HOH A 40 109 109 HOH WAT . E 5 HOH A 41 110 110 HOH WAT . E 5 HOH A 42 111 111 HOH WAT . E 5 HOH A 43 112 112 HOH WAT . E 5 HOH A 44 113 113 HOH WAT . E 5 HOH A 45 114 114 HOH WAT . E 5 HOH A 46 115 115 HOH WAT . E 5 HOH A 47 116 116 HOH WAT . E 5 HOH A 48 117 117 HOH WAT . E 5 HOH A 49 118 118 HOH WAT . E 5 HOH A 50 119 119 HOH WAT . E 5 HOH A 51 120 120 HOH WAT . E 5 HOH A 52 121 121 HOH WAT . E 5 HOH A 53 122 122 HOH WAT . E 5 HOH A 54 123 123 HOH WAT . E 5 HOH A 55 124 124 HOH WAT . E 5 HOH A 56 125 125 HOH WAT . E 5 HOH A 57 126 126 HOH WAT . E 5 HOH A 58 127 127 HOH WAT . E 5 HOH A 59 128 128 HOH WAT . E 5 HOH A 60 129 129 HOH WAT . E 5 HOH A 61 130 130 HOH WAT . E 5 HOH A 62 131 131 HOH WAT . E 5 HOH A 63 132 132 HOH WAT . E 5 HOH A 64 133 133 HOH WAT . E 5 HOH A 65 134 134 HOH WAT . E 5 HOH A 66 135 135 HOH WAT . E 5 HOH A 67 136 136 HOH WAT . E 5 HOH A 68 137 137 HOH WAT . E 5 HOH A 69 138 138 HOH WAT . E 5 HOH A 70 139 139 HOH WAT . E 5 HOH A 71 140 140 HOH WAT . E 5 HOH A 72 141 141 HOH WAT . E 5 HOH A 73 142 142 HOH WAT . E 5 HOH A 74 143 143 HOH WAT . E 5 HOH A 75 144 144 HOH WAT . E 5 HOH A 76 145 145 HOH WAT . E 5 HOH A 77 146 146 HOH WAT . E 5 HOH A 78 147 147 HOH WAT . E 5 HOH A 79 148 148 HOH WAT . E 5 HOH A 80 149 149 HOH WAT . E 5 HOH A 81 150 150 HOH WAT . E 5 HOH A 82 151 151 HOH WAT . E 5 HOH A 83 152 152 HOH WAT . E 5 HOH A 84 153 153 HOH WAT . E 5 HOH A 85 154 154 HOH WAT . E 5 HOH A 86 155 155 HOH WAT . E 5 HOH A 87 156 156 HOH WAT . E 5 HOH A 88 157 157 HOH WAT . E 5 HOH A 89 158 158 HOH WAT . E 5 HOH A 90 159 159 HOH WAT . E 5 HOH A 91 160 160 HOH WAT . E 5 HOH A 92 161 161 HOH WAT . E 5 HOH A 93 162 162 HOH WAT . E 5 HOH A 94 163 163 HOH WAT . E 5 HOH A 95 164 164 HOH WAT . E 5 HOH A 96 165 165 HOH WAT . E 5 HOH A 97 166 166 HOH WAT . E 5 HOH A 98 167 167 HOH WAT . E 5 HOH A 99 168 168 HOH WAT . E 5 HOH A 100 169 169 HOH WAT . E 5 HOH A 101 170 170 HOH WAT . E 5 HOH A 102 171 171 HOH WAT . E 5 HOH A 103 172 172 HOH WAT . E 5 HOH A 104 173 173 HOH WAT . E 5 HOH A 105 174 174 HOH WAT . E 5 HOH A 106 175 175 HOH WAT . E 5 HOH A 107 176 176 HOH WAT . E 5 HOH A 108 177 177 HOH WAT . E 5 HOH A 109 178 178 HOH WAT . E 5 HOH A 110 179 179 HOH WAT . E 5 HOH A 111 180 180 HOH WAT . E 5 HOH A 112 181 181 HOH WAT . E 5 HOH A 113 183 183 HOH WAT . E 5 HOH A 114 184 184 HOH WAT . E 5 HOH A 115 185 185 HOH WAT . E 5 HOH A 116 186 186 HOH WAT . E 5 HOH A 117 187 187 HOH WAT . E 5 HOH A 118 188 188 HOH WAT . E 5 HOH A 119 189 189 HOH WAT . E 5 HOH A 120 190 190 HOH WAT . E 5 HOH A 121 191 191 HOH WAT . E 5 HOH A 122 192 192 HOH WAT . E 5 HOH A 123 193 193 HOH WAT . E 5 HOH A 124 194 194 HOH WAT . E 5 HOH A 125 195 195 HOH WAT . E 5 HOH A 126 196 196 HOH WAT . E 5 HOH A 127 197 197 HOH WAT . E 5 HOH A 128 198 198 HOH WAT . E 5 HOH A 129 199 199 HOH WAT . E 5 HOH A 130 200 200 HOH WAT . E 5 HOH A 131 201 201 HOH WAT . E 5 HOH A 132 202 202 HOH WAT . E 5 HOH A 133 203 203 HOH WAT . E 5 HOH A 134 204 204 HOH WAT . E 5 HOH A 135 205 205 HOH WAT . E 5 HOH A 136 206 206 HOH WAT . E 5 HOH A 137 207 207 HOH WAT . E 5 HOH A 138 208 208 HOH WAT . E 5 HOH A 139 209 209 HOH WAT . E 5 HOH A 140 210 210 HOH WAT . E 5 HOH A 141 211 211 HOH WAT . E 5 HOH A 142 212 212 HOH WAT . E 5 HOH A 143 214 214 HOH WAT . E 5 HOH A 144 215 215 HOH WAT . E 5 HOH A 145 216 216 HOH WAT . E 5 HOH A 146 217 217 HOH WAT . E 5 HOH A 147 218 218 HOH WAT . E 5 HOH A 148 219 219 HOH WAT . E 5 HOH A 149 220 220 HOH WAT . E 5 HOH A 150 221 221 HOH WAT . E 5 HOH A 151 222 222 HOH WAT . E 5 HOH A 152 223 223 HOH WAT . E 5 HOH A 153 224 224 HOH WAT . E 5 HOH A 154 225 225 HOH WAT . E 5 HOH A 155 226 226 HOH WAT . E 5 HOH A 156 227 227 HOH WAT . E 5 HOH A 157 228 228 HOH WAT . E 5 HOH A 158 229 229 HOH WAT . E 5 HOH A 159 230 230 HOH WAT . E 5 HOH A 160 231 231 HOH WAT . E 5 HOH A 161 232 232 HOH WAT . E 5 HOH A 162 233 233 HOH WAT . E 5 HOH A 163 234 234 HOH WAT . E 5 HOH A 164 235 235 HOH WAT . E 5 HOH A 165 236 236 HOH WAT . E 5 HOH A 166 237 237 HOH WAT . E 5 HOH A 167 238 238 HOH WAT . E 5 HOH A 168 239 239 HOH WAT . E 5 HOH A 169 240 240 HOH WAT . E 5 HOH A 170 241 241 HOH WAT . E 5 HOH A 171 243 243 HOH WAT . E 5 HOH A 172 244 244 HOH WAT . E 5 HOH A 173 245 245 HOH WAT . E 5 HOH A 174 246 246 HOH WAT . E 5 HOH A 175 251 251 HOH WAT . E 5 HOH A 176 254 254 HOH WAT . F 5 HOH B 1 67 1 HOH WAT . F 5 HOH B 2 68 10 HOH WAT . F 5 HOH B 3 69 12 HOH WAT . F 5 HOH B 4 70 14 HOH WAT . F 5 HOH B 5 71 15 HOH WAT . F 5 HOH B 6 72 16 HOH WAT . F 5 HOH B 7 73 17 HOH WAT . F 5 HOH B 8 74 18 HOH WAT . F 5 HOH B 9 75 19 HOH WAT . F 5 HOH B 10 76 21 HOH WAT . F 5 HOH B 11 77 22 HOH WAT . F 5 HOH B 12 78 23 HOH WAT . F 5 HOH B 13 79 24 HOH WAT . F 5 HOH B 14 80 26 HOH WAT . F 5 HOH B 15 81 27 HOH WAT . F 5 HOH B 16 82 33 HOH WAT . F 5 HOH B 17 83 34 HOH WAT . F 5 HOH B 18 84 35 HOH WAT . F 5 HOH B 19 85 36 HOH WAT . F 5 HOH B 20 86 37 HOH WAT . F 5 HOH B 21 87 38 HOH WAT . F 5 HOH B 22 88 39 HOH WAT . F 5 HOH B 23 89 40 HOH WAT . F 5 HOH B 24 90 44 HOH WAT . F 5 HOH B 25 91 45 HOH WAT . F 5 HOH B 26 92 52 HOH WAT . F 5 HOH B 27 93 53 HOH WAT . F 5 HOH B 28 94 54 HOH WAT . F 5 HOH B 29 95 55 HOH WAT . F 5 HOH B 30 96 56 HOH WAT . F 5 HOH B 31 97 57 HOH WAT . F 5 HOH B 32 98 58 HOH WAT . F 5 HOH B 33 99 59 HOH WAT . F 5 HOH B 34 100 60 HOH WAT . F 5 HOH B 35 101 61 HOH WAT . F 5 HOH B 36 102 62 HOH WAT . F 5 HOH B 37 103 63 HOH WAT . F 5 HOH B 38 104 64 HOH WAT . F 5 HOH B 39 105 65 HOH WAT . F 5 HOH B 40 106 66 HOH WAT . F 5 HOH B 41 107 67 HOH WAT . F 5 HOH B 42 108 68 HOH WAT . F 5 HOH B 43 109 69 HOH WAT . F 5 HOH B 44 110 70 HOH WAT . F 5 HOH B 45 111 71 HOH WAT . F 5 HOH B 46 112 77 HOH WAT . F 5 HOH B 47 113 78 HOH WAT . F 5 HOH B 48 114 79 HOH WAT . F 5 HOH B 49 115 213 HOH WAT . F 5 HOH B 50 116 247 HOH WAT . F 5 HOH B 51 117 248 HOH WAT . F 5 HOH B 52 118 249 HOH WAT . F 5 HOH B 53 119 250 HOH WAT . F 5 HOH B 54 120 252 HOH WAT . F 5 HOH B 55 121 253 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N GLU . . . D 4 43.132 44.651 2.564 1 17.67 ? N GLU 300 A 1 HETATM 2 C CA GLU . . . D 4 42.732 43.216 2.554 1 25.86 ? CA GLU 300 A 1 HETATM 3 C C GLU . . . D 4 42.943 42.762 1.178 1 23.62 ? C GLU 300 A 1 HETATM 4 O O GLU . . . D 4 42.1 43.113 0.397 1 35.43 ? O GLU 300 A 1 HETATM 5 C CB GLU . . . D 4 43.322 42.269 3.458 1 23.4 ? CB GLU 300 A 1 HETATM 6 C CG GLU . . . D 4 42.256 41.206 3.828 1 28.71 ? CG GLU 300 A 1 HETATM 7 C CD GLU . . . D 4 41.021 41.492 3.07 1 29.84 ? CD GLU 300 A 1 HETATM 8 O OE1 GLU . . . D 4 40.475 42.535 3.423 1 32.01 ? OE1 GLU 300 A 1 HETATM 9 O OE2 GLU . . . D 4 40.435 40.566 2.453 1 31.28 ? OE2 GLU 300 A 1 HETATM 10 O OXT GLU . . . D 4 44.076 42.345 0.899 1 39.97 ? OXT GLU 300 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 305 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 10 #