data_1E8C
#
_model_server_result.job_id            zlPNiWU8Mi3oD4GjAkJIpA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-12 21:24:13' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1e8c 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1499}' 
#
_entry.id    1E8C 
#
_exptl.entry_id    1E8C 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              190.197 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2,6-DIAMINOPIMELIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1E8C 
_cell.length_a            93.465 
_cell.length_b            99.69 
_cell.length_c            236.146 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1E8C 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,H 1 1 
B,F,G,I 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 E N N 
? 4 G N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLU 23 A GLU 23 1_555 A N MSE 24 A MSE 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale2 A C MSE 24 A MSE 24 1_555 A N THR 25 A THR 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale3 A C GLU 77 A GLU 77 1_555 A N MSE 78 A MSE 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale4 A C MSE 78 A MSE 78 1_555 A N HIS 79 A HIS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale5 A C VAL 139 A VAL 139 1_555 A N MSE 140 A MSE 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale6 A C MSE 140 A MSE 140 1_555 A N GLY 141 A GLY 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale7 A CE MSE 140 A MSE 140 1_555 A OE1 GLU 167 A GLU 167 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? 
covale ? covale8 A C ALA 180 A ALA 180 1_555 A N MSE 181 A MSE 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale9 A C MSE 181 A MSE 181 1_555 A N GLU 182 A GLU 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale10 A C ASP 216 A ASP 216 1_555 A N MSE 217 A MSE 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale11 A C MSE 217 A MSE 217 1_555 A N GLU 218 A GLU 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale12 A C ALA 223 A ALA 223 1_555 A N KCX 224 A KCX 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale13 A C KCX 224 A KCX 224 1_555 A N TRP 225 A TRP 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale14 A C SER 259 A SER 259 1_555 A N MSE 260 A MSE 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale15 A C MSE 260 A MSE 260 1_555 A N GLU 261 A GLU 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale16 A C LEU 302 A LEU 302 1_555 A N MSE 303 A MSE 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale17 A C MSE 303 A MSE 303 1_555 A N GLY 304 A GLY 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale18 A C ARG 341 A ARG 341 1_555 A N MSE 342 A MSE 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale19 A C MSE 342 A MSE 342 1_555 A N GLU 343 A GLU 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale20 A C LEU 396 A LEU 396 1_555 A N MSE 397 A MSE 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale21 A C MSE 397 A MSE 397 1_555 A N GLY 398 A GLY 398 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale22 A C GLY 430 A GLY 430 1_555 A N MSE 431 A MSE 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale23 A C MSE 431 A MSE 431 1_555 A N LEU 432 A LEU 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale24 A C VAL 439 A VAL 439 1_555 A N MSE 440 A MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale25 A C MSE 440 A MSE 440 1_555 A N GLU 441 A GLU 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale26 A C VAL 451 A VAL 451 1_555 A N MSE 452 A MSE 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale27 A C MSE 452 A MSE 452 1_555 A N GLN 453 A GLN 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale28 D C27 UAG . A UAG 1498 1_555 E N API . A API 1499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? 
covale ? covale29 B C GLU 23 B GLU 23 1_555 B N MSE 24 B MSE 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale30 B C MSE 24 B MSE 24 1_555 B N THR 25 B THR 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale31 B C GLU 77 B GLU 77 1_555 B N MSE 78 B MSE 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale32 B C MSE 78 B MSE 78 1_555 B N HIS 79 B HIS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale33 B C VAL 139 B VAL 139 1_555 B N MSE 140 B MSE 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale34 B C MSE 140 B MSE 140 1_555 B N GLY 141 B GLY 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale35 B C ALA 180 B ALA 180 1_555 B N MSE 181 B MSE 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale36 B C MSE 181 B MSE 181 1_555 B N GLU 182 B GLU 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale37 B C ASP 216 B ASP 216 1_555 B N MSE 217 B MSE 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale38 B C MSE 217 B MSE 217 1_555 B N GLU 218 B GLU 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale39 B C ALA 223 B ALA 223 1_555 B N KCX 224 B KCX 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale40 B C KCX 224 B KCX 224 1_555 B N TRP 225 B TRP 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale41 B C SER 259 B SER 259 1_555 B N MSE 260 B MSE 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale42 B C MSE 260 B MSE 260 1_555 B N GLU 261 B GLU 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale43 B C LEU 302 B LEU 302 1_555 B N MSE 303 B MSE 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale44 B C MSE 303 B MSE 303 1_555 B N GLY 304 B GLY 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale45 B C ARG 341 B ARG 341 1_555 B N MSE 342 B MSE 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale46 B C MSE 342 B MSE 342 1_555 B N GLU 343 B GLU 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale47 B C LEU 396 B LEU 396 1_555 B N MSE 397 B MSE 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale48 B C MSE 397 B MSE 397 1_555 B N GLY 398 B GLY 398 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale49 B C GLY 430 B GLY 430 1_555 B N MSE 431 B MSE 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale50 B C MSE 431 B MSE 431 1_555 B N LEU 432 B LEU 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale51 B C VAL 439 B VAL 439 1_555 B N MSE 440 B MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale52 B C MSE 440 B MSE 440 1_555 B N GLU 441 B GLU 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale53 B C VAL 451 B VAL 451 1_555 B N MSE 452 B MSE 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale54 B C MSE 452 B MSE 452 1_555 B N GLN 453 B GLN 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale55 F C27 UAG . B UAG 1498 1_555 G N API . B API 1499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? 
#
_chem_comp.formula           'C7 H14 N2 O4' 
_chem_comp.formula_weight    190.197 
_chem_comp.id                API 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              '2,6-DIAMINOPIMELIC ACID' 
_chem_comp.type              'l-peptide linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C CA API sing 13 n n 
C O API doub 14 n n 
C OXT API sing 15 n n 
CA C3 API sing 16 n n 
CA N API sing 17 n n 
CA HA API sing 18 n n 
C3 C4 API sing 19 n n 
C3 H31 API sing 20 n n 
C3 H32 API sing 21 n n 
C4 C5 API sing 22 n n 
C4 H41 API sing 23 n n 
C4 H42 API sing 24 n n 
C5 C6 API sing 25 n n 
C5 H51 API sing 26 n n 
C5 H52 API sing 27 n n 
C6 C7 API sing 28 n n 
C6 N6 API sing 29 n n 
C6 H6 API sing 30 n n 
C7 O3 API doub 31 n n 
C7 O4 API sing 32 n n 
OXT HXT API sing 33 n n 
O4 HO4 API sing 34 n n 
N H API sing 35 n n 
N H2 API sing 36 n n 
N6 HN61 API sing 37 n n 
N6 HN62 API sing 38 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1E8C 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010699 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010031 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004235 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CL A 1 1001 1001 CL CL . 
D 3 UAG A 1 1498 1498 UAG UAG . 
E 4 API A 1 1499 1499 API API . 
F 3 UAG B 1 1498 1498 UAG UAG . 
G 4 API B 1 1499 1499 API API . 
H 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
H 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
H 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
H 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
H 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
H 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
H 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
H 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
H 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
H 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
H 5 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
H 5 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
H 5 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
H 5 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
H 5 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
H 5 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
H 5 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
H 5 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
H 5 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . 
H 5 HOH A 20 2020 2020 HOH HOH . 
H 5 HOH A 21 2021 2021 HOH HOH . 
H 5 HOH A 22 2022 2022 HOH HOH . 
H 5 HOH A 23 2023 2023 HOH HOH . 
H 5 HOH A 24 2024 2024 HOH HOH . 
H 5 HOH A 25 2025 2025 HOH HOH . 
H 5 HOH A 26 2026 2026 HOH HOH . 
H 5 HOH A 27 2027 2027 HOH HOH . 
H 5 HOH A 28 2028 2028 HOH HOH . 
H 5 HOH A 29 2029 2029 HOH HOH . 
H 5 HOH A 30 2030 2030 HOH HOH . 
H 5 HOH A 31 2031 2031 HOH HOH . 
H 5 HOH A 32 2032 2032 HOH HOH . 
H 5 HOH A 33 2033 2033 HOH HOH . 
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