data_1EBF # _model_server_result.job_id muPsMW1KYP0lPwKElbOGWQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-24 04:27:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1ebf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":2104}' # _entry.id 1EBF # _exptl.entry_id 1EBF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1EBF _cell.length_a 80.396 _cell.length_b 80.396 _cell.length_c 250.165 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1EBF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O GLU 142 A GLU 143 1_555 C NA NA . A NA 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 142 A GLU 143 1_555 C NA NA . A NA 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc3 A O VAL 145 A VAL 146 1_555 C NA NA . A NA 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? metalc ? metalc4 A O ALA 147 A ALA 148 1_555 C NA NA . A NA 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc5 A O LEU 149 A LEU 150 1_555 C NA NA . A NA 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc6 B O GLU 142 B GLU 143 1_555 E NA NA . B NA 2114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc7 B OE2 GLU 142 B GLU 143 1_555 E NA NA . B NA 2114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc8 B O VAL 145 B VAL 146 1_555 E NA NA . B NA 2114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc9 B O ALA 147 B ALA 148 1_555 E NA NA . B NA 2114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc10 B O LEU 149 B LEU 150 1_555 E NA NA . B NA 2114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1EBF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012438 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012438 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003997 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 NA A 1 2104 104 NA NA1 . D 3 NAD A 1 2109 2109 NAD NAD . E 2 NA B 1 2114 114 NA NA1 . F 4 HOH A 1 2110 102 HOH WAT . F 4 HOH A 2 2111 103 HOH WAT . F 4 HOH A 3 2112 105 HOH WAT . F 4 HOH A 4 2113 106 HOH WAT . F 4 HOH A 5 2114 108 HOH WAT . F 4 HOH A 6 2115 109 HOH WAT . F 4 HOH A 7 2116 110 HOH WAT . F 4 HOH A 8 2117 111 HOH WAT . F 4 HOH A 9 2118 115 HOH WAT . F 4 HOH A 10 2119 117 HOH WAT . F 4 HOH A 11 2120 118 HOH WAT . F 4 HOH A 12 2121 121 HOH WAT . F 4 HOH A 13 2122 122 HOH WAT . F 4 HOH A 14 2123 124 HOH WAT . F 4 HOH A 15 2124 125 HOH WAT . F 4 HOH A 16 2125 126 HOH WAT . F 4 HOH A 17 2126 129 HOH WAT . F 4 HOH A 18 2127 130 HOH WAT . F 4 HOH A 19 2128 131 HOH WAT . F 4 HOH A 20 2129 134 HOH WAT . F 4 HOH A 21 2130 135 HOH WAT . F 4 HOH A 22 2131 136 HOH WAT . F 4 HOH A 23 2132 140 HOH WAT . F 4 HOH A 24 2133 142 HOH WAT . F 4 HOH A 25 2134 143 HOH WAT . F 4 HOH A 26 2135 146 HOH WAT . F 4 HOH A 27 2136 147 HOH WAT . F 4 HOH A 28 2137 149 HOH WAT . F 4 HOH A 29 2138 150 HOH WAT . F 4 HOH A 30 2139 160 HOH WAT . F 4 HOH A 31 2140 162 HOH WAT . F 4 HOH A 32 2141 163 HOH WAT . F 4 HOH A 33 2142 164 HOH WAT . F 4 HOH A 34 2143 165 HOH WAT . F 4 HOH A 35 2144 168 HOH WAT . F 4 HOH A 36 2145 170 HOH WAT . F 4 HOH A 37 2146 172 HOH WAT . F 4 HOH A 38 2147 173 HOH WAT . F 4 HOH A 39 2148 174 HOH WAT . F 4 HOH A 40 2149 179 HOH WAT . F 4 HOH A 41 2150 191 HOH WAT . F 4 HOH A 42 2151 192 HOH WAT . F 4 HOH A 43 2152 195 HOH WAT . F 4 HOH A 44 2153 198 HOH WAT . F 4 HOH A 45 2154 202 HOH WAT . F 4 HOH A 46 2155 203 HOH WAT . F 4 HOH A 47 2156 204 HOH WAT . F 4 HOH A 48 2157 205 HOH WAT . F 4 HOH A 49 2158 207 HOH WAT . F 4 HOH A 50 2159 209 HOH WAT . F 4 HOH A 51 2160 210 HOH WAT . F 4 HOH A 52 2161 211 HOH WAT . F 4 HOH A 53 2162 212 HOH WAT . F 4 HOH A 54 2163 215 HOH WAT . F 4 HOH A 55 2164 216 HOH WAT . F 4 HOH A 56 2165 217 HOH WAT . F 4 HOH A 57 2166 218 HOH WAT . F 4 HOH A 58 2167 220 HOH WAT . F 4 HOH A 59 2168 222 HOH WAT . F 4 HOH A 60 2169 223 HOH WAT . F 4 HOH A 61 2170 224 HOH WAT . F 4 HOH A 62 2171 225 HOH WAT . F 4 HOH A 63 2172 228 HOH WAT . F 4 HOH A 64 2173 229 HOH WAT . F 4 HOH A 65 2174 231 HOH WAT . F 4 HOH A 66 2175 232 HOH WAT . F 4 HOH A 67 2176 233 HOH WAT . F 4 HOH A 68 2177 234 HOH WAT . F 4 HOH A 69 2178 235 HOH WAT . F 4 HOH A 70 2179 236 HOH WAT . F 4 HOH A 71 2180 237 HOH WAT . F 4 HOH A 72 2181 238 HOH WAT . F 4 HOH A 73 2182 239 HOH WAT . F 4 HOH A 74 2183 243 HOH WAT . F 4 HOH A 75 2184 246 HOH WAT . F 4 HOH A 76 2185 247 HOH WAT . F 4 HOH A 77 2186 248 HOH WAT . F 4 HOH A 78 2187 250 HOH WAT . F 4 HOH A 79 2188 254 HOH WAT . F 4 HOH A 80 2189 255 HOH WAT . F 4 HOH A 81 2190 256 HOH WAT . F 4 HOH A 82 2191 259 HOH WAT . F 4 HOH A 83 2192 261 HOH WAT . F 4 HOH A 84 2193 262 HOH WAT . F 4 HOH A 85 2194 263 HOH WAT . F 4 HOH A 86 2195 264 HOH WAT . F 4 HOH A 87 2196 268 HOH WAT . F 4 HOH A 88 2197 269 HOH WAT . F 4 HOH A 89 2198 271 HOH WAT . F 4 HOH A 90 2199 273 HOH WAT . F 4 HOH A 91 2200 276 HOH WAT . F 4 HOH A 92 2201 277 HOH WAT . F 4 HOH A 93 2202 278 HOH WAT . F 4 HOH A 94 2203 283 HOH WAT . F 4 HOH A 95 2204 284 HOH WAT . F 4 HOH A 96 2205 286 HOH WAT . F 4 HOH A 97 2206 289 HOH WAT . F 4 HOH A 98 2207 290 HOH WAT . F 4 HOH A 99 2208 294 HOH WAT . F 4 HOH A 100 2209 296 HOH WAT . F 4 HOH A 101 2210 301 HOH WAT . F 4 HOH A 102 2211 302 HOH WAT . F 4 HOH A 103 2212 304 HOH WAT . F 4 HOH A 104 2213 311 HOH WAT . F 4 HOH A 105 2214 312 HOH WAT . F 4 HOH A 106 2215 314 HOH WAT . F 4 HOH A 107 2216 321 HOH WAT . F 4 HOH A 108 2217 325 HOH WAT . F 4 HOH A 109 2218 333 HOH WAT . F 4 HOH A 110 2219 337 HOH WAT . F 4 HOH A 111 2220 339 HOH WAT . F 4 HOH A 112 2221 343 HOH WAT . F 4 HOH A 113 2222 345 HOH WAT . F 4 HOH A 114 2223 352 HOH WAT . F 4 HOH A 115 2224 353 HOH WAT . F 4 HOH A 116 2225 355 HOH WAT . F 4 HOH A 117 2226 357 HOH WAT . F 4 HOH A 118 2227 361 HOH WAT . F 4 HOH A 119 2228 365 HOH WAT . F 4 HOH A 120 2229 369 HOH WAT . F 4 HOH A 121 2230 374 HOH WAT . F 4 HOH A 122 2231 380 HOH WAT . G 4 HOH B 1 2115 100 HOH WAT . G 4 HOH B 2 2116 101 HOH WAT . G 4 HOH B 3 2117 107 HOH WAT . G 4 HOH B 4 2118 112 HOH WAT . G 4 HOH B 5 2119 113 HOH WAT . G 4 HOH B 6 2120 116 HOH WAT . G 4 HOH B 7 2121 119 HOH WAT . G 4 HOH B 8 2122 120 HOH WAT . G 4 HOH B 9 2123 123 HOH WAT . G 4 HOH B 10 2124 127 HOH WAT . G 4 HOH B 11 2125 128 HOH WAT . G 4 HOH B 12 2126 132 HOH WAT . G 4 HOH B 13 2127 133 HOH WAT . G 4 HOH B 14 2128 137 HOH WAT . G 4 HOH B 15 2129 138 HOH WAT . G 4 HOH B 16 2130 141 HOH WAT . G 4 HOH B 17 2131 144 HOH WAT . G 4 HOH B 18 2132 145 HOH WAT . G 4 HOH B 19 2133 148 HOH WAT . G 4 HOH B 20 2134 151 HOH WAT . G 4 HOH B 21 2135 152 HOH WAT . G 4 HOH B 22 2136 153 HOH WAT . G 4 HOH B 23 2137 154 HOH WAT . G 4 HOH B 24 2138 155 HOH WAT . G 4 HOH B 25 2139 156 HOH WAT . G 4 HOH B 26 2140 157 HOH WAT . G 4 HOH B 27 2141 158 HOH WAT . G 4 HOH B 28 2142 159 HOH WAT . G 4 HOH B 29 2143 161 HOH WAT . G 4 HOH B 30 2144 166 HOH WAT . G 4 HOH B 31 2145 167 HOH WAT . G 4 HOH B 32 2146 169 HOH WAT . G 4 HOH B 33 2147 171 HOH WAT . G 4 HOH B 34 2148 175 HOH WAT . G 4 HOH B 35 2149 176 HOH WAT . G 4 HOH B 36 2150 177 HOH WAT . G 4 HOH B 37 2151 178 HOH WAT . G 4 HOH B 38 2152 180 HOH WAT . G 4 HOH B 39 2153 181 HOH WAT . G 4 HOH B 40 2154 183 HOH WAT . G 4 HOH B 41 2155 184 HOH WAT . G 4 HOH B 42 2156 185 HOH WAT . G 4 HOH B 43 2157 186 HOH WAT . G 4 HOH B 44 2158 187 HOH WAT . G 4 HOH B 45 2159 188 HOH WAT . G 4 HOH B 46 2160 189 HOH WAT . G 4 HOH B 47 2161 190 HOH WAT . G 4 HOH B 48 2162 193 HOH WAT . G 4 HOH B 49 2163 194 HOH WAT . G 4 HOH B 50 2164 196 HOH WAT . G 4 HOH B 51 2165 197 HOH WAT . G 4 HOH B 52 2166 199 HOH WAT . G 4 HOH B 53 2167 200 HOH WAT . G 4 HOH B 54 2168 201 HOH WAT . G 4 HOH B 55 2169 206 HOH WAT . G 4 HOH B 56 2170 208 HOH WAT . G 4 HOH B 57 2171 213 HOH WAT . G 4 HOH B 58 2172 214 HOH WAT . G 4 HOH B 59 2173 219 HOH WAT . G 4 HOH B 60 2174 226 HOH WAT . G 4 HOH B 61 2175 227 HOH WAT . G 4 HOH B 62 2176 230 HOH WAT . G 4 HOH B 63 2177 240 HOH WAT . G 4 HOH B 64 2178 241 HOH WAT . G 4 HOH B 65 2179 242 HOH WAT . G 4 HOH B 66 2180 244 HOH WAT . G 4 HOH B 67 2181 245 HOH WAT . G 4 HOH B 68 2182 251 HOH WAT . G 4 HOH B 69 2183 252 HOH WAT . G 4 HOH B 70 2184 253 HOH WAT . G 4 HOH B 71 2185 258 HOH WAT . G 4 HOH B 72 2186 260 HOH WAT . G 4 HOH B 73 2187 265 HOH WAT . G 4 HOH B 74 2188 266 HOH WAT . G 4 HOH B 75 2189 270 HOH WAT . G 4 HOH B 76 2190 272 HOH WAT . G 4 HOH B 77 2191 274 HOH WAT . G 4 HOH B 78 2192 275 HOH WAT . G 4 HOH B 79 2193 279 HOH WAT . G 4 HOH B 80 2194 280 HOH WAT . G 4 HOH B 81 2195 281 HOH WAT . G 4 HOH B 82 2196 282 HOH WAT . G 4 HOH B 83 2197 285 HOH WAT . G 4 HOH B 84 2198 287 HOH WAT . G 4 HOH B 85 2199 288 HOH WAT . G 4 HOH B 86 2200 291 HOH WAT . G 4 HOH B 87 2201 293 HOH WAT . G 4 HOH B 88 2202 295 HOH WAT . G 4 HOH B 89 2203 298 HOH WAT . G 4 HOH B 90 2204 299 HOH WAT . G 4 HOH B 91 2205 303 HOH WAT . G 4 HOH B 92 2206 306 HOH WAT . G 4 HOH B 93 2207 308 HOH WAT . G 4 HOH B 94 2208 309 HOH WAT . G 4 HOH B 95 2209 310 HOH WAT . G 4 HOH B 96 2210 313 HOH WAT . G 4 HOH B 97 2211 315 HOH WAT . G 4 HOH B 98 2212 316 HOH WAT . G 4 HOH B 99 2213 317 HOH WAT . G 4 HOH B 100 2214 318 HOH WAT . G 4 HOH B 101 2215 319 HOH WAT . G 4 HOH B 102 2216 320 HOH WAT . G 4 HOH B 103 2217 322 HOH WAT . G 4 HOH B 104 2218 323 HOH WAT . G 4 HOH B 105 2219 324 HOH WAT . G 4 HOH B 106 2220 326 HOH WAT . G 4 HOH B 107 2221 327 HOH WAT . G 4 HOH B 108 2222 330 HOH WAT . G 4 HOH B 109 2223 331 HOH WAT . G 4 HOH B 110 2224 332 HOH WAT . G 4 HOH B 111 2225 334 HOH WAT . G 4 HOH B 112 2226 338 HOH WAT . G 4 HOH B 113 2227 340 HOH WAT . G 4 HOH B 114 2228 344 HOH WAT . G 4 HOH B 115 2229 346 HOH WAT . G 4 HOH B 116 2230 348 HOH WAT . G 4 HOH B 117 2231 349 HOH WAT . G 4 HOH B 118 2232 351 HOH WAT . G 4 HOH B 119 2233 354 HOH WAT . G 4 HOH B 120 2234 356 HOH WAT . G 4 HOH B 121 2235 358 HOH WAT . G 4 HOH B 122 2236 359 HOH WAT . G 4 HOH B 123 2237 363 HOH WAT . G 4 HOH B 124 2238 364 HOH WAT . G 4 HOH B 125 2239 366 HOH WAT . G 4 HOH B 126 2240 367 HOH WAT . G 4 HOH B 127 2241 368 HOH WAT . G 4 HOH B 128 2242 370 HOH WAT . G 4 HOH B 129 2243 372 HOH WAT . G 4 HOH B 130 2244 373 HOH WAT . G 4 HOH B 131 2245 379 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 66.243 _atom_site.Cartn_y 25.454 _atom_site.Cartn_z 3.347 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 29.38 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 2104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 5 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 235 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #