data_1EFA
#
_model_server_result.job_id            Js3X8JzfqBfcS6mE4MMedw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 13:08:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1efa 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":903}' 
#
_entry.id    1EFA 
#
_exptl.entry_id    1EFA 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              285.25 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1EFA 
_cell.length_a            251.438 
_cell.length_b            251.438 
_cell.length_c            204.791 
_cell.Z_PDB               54 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1EFA 
_symmetry.cell_setting             trigonal 
_symmetry.Int_Tables_number        155 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'H 3 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,F,G,I,J 1 1 
E,H,K 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
hydrog 'DT-DC MISPAIR' hydrog1 A O4 DT 5 D DT 5 1_555 B N4 DC 17 E DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N3 DT 5 D DT 5 1_555 B N1 DA 18 E DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O4 DT 5 D DT 5 1_555 B N6 DA 18 E DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DG-DA MISPAIR' hydrog4 A O6 DG 6 D DG 6 1_555 B N6 DA 16 E DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N1 DG 6 D DG 6 1_555 B N3 DC 17 E DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N2 DG 6 D DG 6 1_555 B O2 DC 17 E DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O6 DG 6 D DG 6 1_555 B N4 DC 17 E DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DC MISPAIR' hydrog8 A O4 DT 7 D DT 7 1_555 B N4 DC 15 E DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 DT 7 D DT 7 1_555 B N1 DA 16 E DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O4 DT 7 D DT 7 1_555 B N6 DA 16 E DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 DG 8 D DG 8 1_555 B N3 DC 15 E DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 DG 8 D DG 8 1_555 B O2 DC 15 E DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 DG 8 D DG 8 1_555 B N4 DC 15 E DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N1 DA 9 D DA 9 1_555 B N3 DT 14 E DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N6 DA 9 D DA 9 1_555 B O4 DT 14 E DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N1 DG 10 D DG 10 1_555 B N3 DC 13 E DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N2 DG 10 D DG 10 1_555 B O2 DC 13 E DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O6 DG 10 D DG 10 1_555 B N4 DC 13 E DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N3 DC 11 D DC 11 1_555 B N1 DG 12 E DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N4 DC 11 D DC 11 1_555 B O6 DG 12 E DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O2 DC 11 D DC 11 1_555 B N2 DG 12 E DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N1 DG 12 D DG 12 1_555 B N3 DC 11 E DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N2 DG 12 D DG 12 1_555 B O2 DC 11 E DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O6 DG 12 D DG 12 1_555 B N4 DC 11 E DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 DC 13 D DC 13 1_555 B N1 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N4 DC 13 D DC 13 1_555 B O6 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O2 DC 13 D DC 13 1_555 B N2 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N3 DT 14 D DT 14 1_555 B N1 DA 9 E DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O4 DT 14 D DT 14 1_555 B N6 DA 9 E DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DC-DT MISPAIR' hydrog30 A N4 DC 15 D DC 15 1_555 B O4 DT 7 E DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N3 DC 15 D DC 15 1_555 B N1 DG 8 E DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N4 DC 15 D DC 15 1_555 B O6 DG 8 E DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O2 DC 15 D DC 15 1_555 B N2 DG 8 E DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog34 A N6 DA 16 D DA 16 1_555 B O6 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 DA 16 D DA 16 1_555 B N3 DT 7 E DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N6 DA 16 D DA 16 1_555 B O4 DT 7 E DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N3 DC 17 D DC 17 1_555 B N1 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N4 DC 17 D DC 17 1_555 B O6 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O2 DC 17 D DC 17 1_555 B N2 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog40 A N6 DA 18 D DA 18 1_555 B O4 DT 4 E DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N1 DA 18 D DA 18 1_555 B N3 DT 5 E DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N6 DA 18 D DA 18 1_555 B O4 DT 5 E DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DA MISPAIR' hydrog43 A N1 DA 19 D DA 19 1_555 B N6 DA 3 E DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog44 A N1 DA 19 D DA 19 1_555 B N3 DT 4 E DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog45 A N3 DT 20 D DT 20 1_555 B N1 DA 3 E DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog46 A N3 DT 21 D DT 21 1_555 B N1 DA 2 E DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H15 N O7' 
_chem_comp.formula_weight    285.25 
_chem_comp.id                NPF 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              '2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside' 
_chem_comp.type              d-saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ORTHONITROPHENYL-BETA-D-FUCOPYRANOSIDE;2-nitrophenyl 6-deoxy-beta-D-galactopyranoside;2-nitrophenyl beta-D-fucoside;2-nitrophenyl D-fucoside;2-nitrophenyl fucoside' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1A C2A NPF doub 386 n y 
C1A C6A NPF sing 387 n y 
C1A O1 NPF sing 388 n n 
C2A C3A NPF sing 389 n y 
C2A H2A NPF sing 390 n n 
C3A C4A NPF doub 391 n y 
C3A H3A NPF sing 392 n n 
C4A C5A NPF sing 393 n y 
C4A H4A NPF sing 394 n n 
C5A C6A NPF doub 395 n y 
C5A H5A NPF sing 396 n n 
C6A N6 NPF sing 397 n n 
N6 O6A NPF sing 398 n n 
N6 O6B NPF doub 399 n n 
O1 C1 NPF sing 400 n n 
C1 C2 NPF sing 401 n n 
C1 O5 NPF sing 402 n n 
C1 H1 NPF sing 403 n n 
C2 O2 NPF sing 404 n n 
C2 C3 NPF sing 405 n n 
C2 H2 NPF sing 406 n n 
O2 HO2 NPF sing 407 n n 
C3 O3 NPF sing 408 n n 
C3 C4 NPF sing 409 n n 
C3 H3 NPF sing 410 n n 
O3 HO3 NPF sing 411 n n 
C4 O4 NPF sing 412 n n 
C4 C5 NPF sing 413 n n 
C4 H4 NPF sing 414 n n 
O4 HO4 NPF sing 415 n n 
C5 C6 NPF sing 416 n n 
C5 O5 NPF sing 417 n n 
C5 H5 NPF sing 418 n n 
C6 H61 NPF sing 419 n n 
C6 H62 NPF sing 420 n n 
C6 H63 NPF sing 421 n n 
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id            NPF 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier         orthonitrophenyl-b-D-fucopyranoside 
_pdbx_chem_comp_identifier.type               'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' 
_pdbx_chem_comp_identifier.program            PDB-CARE 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version    1 
#
_atom_sites.entry_id                     1EFA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003977 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002296 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004592 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004883 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 3 NPF A 1 901 901 NPF NPF . 
G 3 NPF B 1 902 902 NPF NPF . 
H 3 NPF C 1 903 903 NPF NPF . 
I 4 HOH A 1 902 2 HOH WAT . 
I 4 HOH A 2 903 8 HOH WAT . 
I 4 HOH A 3 904 11 HOH WAT . 
I 4 HOH A 4 905 14 HOH WAT . 
I 4 HOH A 5 906 16 HOH WAT . 
I 4 HOH A 6 907 26 HOH WAT . 
I 4 HOH A 7 908 34 HOH WAT . 
I 4 HOH A 8 909 58 HOH WAT . 
J 4 HOH B 1 903 1 HOH WAT . 
J 4 HOH B 2 904 5 HOH WAT . 
J 4 HOH B 3 905 6 HOH WAT . 
J 4 HOH B 4 906 12 HOH WAT . 
J 4 HOH B 5 907 13 HOH WAT . 
J 4 HOH B 6 908 17 HOH WAT . 
J 4 HOH B 7 909 18 HOH WAT . 
J 4 HOH B 8 910 20 HOH WAT . 
J 4 HOH B 9 911 21 HOH WAT . 
J 4 HOH B 10 912 22 HOH WAT . 
J 4 HOH B 11 913 23 HOH WAT . 
J 4 HOH B 12 914 24 HOH WAT . 
J 4 HOH B 13 915 25 HOH WAT . 
J 4 HOH B 14 916 27 HOH WAT . 
J 4 HOH B 15 917 28 HOH WAT . 
J 4 HOH B 16 918 30 HOH WAT . 
J 4 HOH B 17 919 32 HOH WAT . 
J 4 HOH B 18 920 38 HOH WAT . 
J 4 HOH B 19 921 40 HOH WAT . 
J 4 HOH B 20 922 41 HOH WAT . 
J 4 HOH B 21 923 42 HOH WAT . 
J 4 HOH B 22 924 45 HOH WAT . 
J 4 HOH B 23 925 46 HOH WAT . 
J 4 HOH B 24 926 47 HOH WAT . 
J 4 HOH B 25 927 48 HOH WAT . 
J 4 HOH B 26 928 53 HOH WAT . 
J 4 HOH B 27 929 54 HOH WAT . 
J 4 HOH B 28 930 55 HOH WAT . 
J 4 HOH B 29 931 57 HOH WAT . 
J 4 HOH B 30 932 59 HOH WAT . 
J 4 HOH B 31 933 60 HOH WAT . 
J 4 HOH B 32 934 61 HOH WAT . 
K 4 HOH C 1 904 3 HOH WAT . 
K 4 HOH C 2 905 4 HOH WAT . 
K 4 HOH C 3 906 7 HOH WAT . 
K 4 HOH C 4 907 9 HOH WAT . 
K 4 HOH C 5 908 10 HOH WAT . 
K 4 HOH C 6 909 15 HOH WAT . 
K 4 HOH C 7 910 19 HOH WAT . 
K 4 HOH C 8 911 29 HOH WAT . 
K 4 HOH C 9 912 31 HOH WAT . 
K 4 HOH C 10 913 33 HOH WAT . 
K 4 HOH C 11 914 35 HOH WAT . 
K 4 HOH C 12 915 36 HOH WAT . 
K 4 HOH C 13 916 37 HOH WAT . 
K 4 HOH C 14 917 39 HOH WAT . 
K 4 HOH C 15 918 43 HOH WAT . 
K 4 HOH C 16 919 44 HOH WAT . 
K 4 HOH C 17 920 49 HOH WAT . 
K 4 HOH C 18 921 50 HOH WAT . 
K 4 HOH C 19 922 51 HOH WAT . 
K 4 HOH C 20 923 52 HOH WAT . 
K 4 HOH C 21 924 56 HOH WAT . 
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