data_1EG2 # _model_server_result.job_id c8duvbJmWkAT-pF_ytRAOg _model_server_result.datetime_utc '2025-02-28 07:01:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1eg2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":401}' # _entry.id 1EG2 # _exptl.entry_id 1EG2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 297.334 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1EG2 _cell.length_a 70.42 _cell.length_b 130.253 _cell.length_c 67.284 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1EG2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 PISA,PQS dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C 1 1 A,B,C 2 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_655 -x+1,y,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 70.42 0 33.642 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C11 H15 N5 O3 S' _chem_comp.formula_weight 297.334 _chem_comp.id MTA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CS S5' MTA sing 237 n n CS HCS1 MTA sing 238 n n CS HCS2 MTA sing 239 n n CS HCS3 MTA sing 240 n n S5' C5' MTA sing 241 n n C5' C4' MTA sing 242 n n C5' "H5'1" MTA sing 243 n n C5' "H5'2" MTA sing 244 n n C4' O4' MTA sing 245 n n C4' C3' MTA sing 246 n n C4' H4' MTA sing 247 n n O4' C1' MTA sing 248 n n C2' O2' MTA sing 249 n n C2' C3' MTA sing 250 n n C2' C1' MTA sing 251 n n C2' H2' MTA sing 252 n n O2' HO2' MTA sing 253 n n C3' O3' MTA sing 254 n n C3' H3' MTA sing 255 n n O3' H3T MTA sing 256 n n C1' N9 MTA sing 257 n n C1' H1' MTA sing 258 n n N9 C8 MTA sing 259 n y N9 C4 MTA sing 260 n y C8 N7 MTA doub 261 n y C8 H8 MTA sing 262 n n N7 C5 MTA sing 263 n y C5 C6 MTA sing 264 n y C5 C4 MTA doub 265 n y C6 N6 MTA sing 266 n n C6 N1 MTA doub 267 n y N6 H61 MTA sing 268 n n N6 H62 MTA sing 269 n n N1 C2 MTA sing 270 n y C2 N3 MTA doub 271 n y C2 H2 MTA sing 272 n n N3 C4 MTA sing 273 n y # _atom_sites.entry_id 1EG2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014201 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007677 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014862 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MTA A 1 401 401 MTA MTA . C 3 HOH A 1 501 501 HOH WAT . C 3 HOH A 2 502 502 HOH WAT . C 3 HOH A 3 503 503 HOH WAT . C 3 HOH A 4 504 504 HOH WAT . C 3 HOH A 5 505 505 HOH WAT . C 3 HOH A 6 506 506 HOH WAT . C 3 HOH A 7 507 507 HOH WAT . C 3 HOH A 8 508 508 HOH WAT . C 3 HOH A 9 509 509 HOH WAT . C 3 HOH A 10 510 510 HOH WAT . C 3 HOH A 11 511 511 HOH WAT . C 3 HOH A 12 512 512 HOH WAT . C 3 HOH A 13 513 513 HOH WAT . C 3 HOH A 14 514 514 HOH WAT . C 3 HOH A 15 515 515 HOH WAT . C 3 HOH A 16 516 516 HOH WAT . C 3 HOH A 17 517 517 HOH WAT . C 3 HOH A 18 518 518 HOH WAT . C 3 HOH A 19 519 519 HOH WAT . C 3 HOH A 20 520 520 HOH WAT . C 3 HOH A 21 521 521 HOH WAT . C 3 HOH A 22 522 522 HOH WAT . C 3 HOH A 23 523 523 HOH WAT . C 3 HOH A 24 524 524 HOH WAT . C 3 HOH A 25 525 525 HOH WAT . C 3 HOH A 26 526 526 HOH WAT . C 3 HOH A 27 527 527 HOH WAT . C 3 HOH A 28 528 528 HOH WAT . C 3 HOH A 29 529 529 HOH WAT . C 3 HOH A 30 530 530 HOH WAT . C 3 HOH A 31 531 531 HOH WAT . C 3 HOH A 32 532 532 HOH WAT . C 3 HOH A 33 533 533 HOH WAT . C 3 HOH A 34 534 534 HOH WAT . C 3 HOH A 35 535 535 HOH WAT . C 3 HOH A 36 536 536 HOH WAT . C 3 HOH A 37 537 537 HOH WAT . C 3 HOH A 38 538 538 HOH WAT . C 3 HOH A 39 539 539 HOH WAT . C 3 HOH A 40 540 540 HOH WAT . C 3 HOH A 41 541 541 HOH WAT . C 3 HOH A 42 542 542 HOH WAT . C 3 HOH A 43 543 543 HOH WAT . C 3 HOH A 44 544 544 HOH WAT . C 3 HOH A 45 545 545 HOH WAT . C 3 HOH A 46 546 546 HOH WAT . C 3 HOH A 47 547 547 HOH WAT . C 3 HOH A 48 548 548 HOH WAT . C 3 HOH A 49 549 549 HOH WAT . C 3 HOH A 50 550 550 HOH WAT . C 3 HOH A 51 551 551 HOH WAT . C 3 HOH A 52 552 552 HOH WAT . C 3 HOH A 53 553 553 HOH WAT . C 3 HOH A 54 554 554 HOH WAT . C 3 HOH A 55 555 555 HOH WAT . C 3 HOH A 56 556 556 HOH WAT . C 3 HOH A 57 557 557 HOH WAT . C 3 HOH A 58 558 558 HOH WAT . C 3 HOH A 59 559 559 HOH WAT . C 3 HOH A 60 560 560 HOH WAT . C 3 HOH A 61 561 561 HOH WAT . C 3 HOH A 62 562 562 HOH WAT . C 3 HOH A 63 563 563 HOH WAT . C 3 HOH A 64 564 564 HOH WAT . C 3 HOH A 65 565 565 HOH WAT . C 3 HOH A 66 566 566 HOH WAT . C 3 HOH A 67 567 567 HOH WAT . C 3 HOH A 68 568 568 HOH WAT . C 3 HOH A 69 569 569 HOH WAT . C 3 HOH A 70 570 570 HOH WAT . C 3 HOH A 71 571 571 HOH WAT . C 3 HOH A 72 572 572 HOH WAT . C 3 HOH A 73 573 573 HOH WAT . C 3 HOH A 74 574 574 HOH WAT . C 3 HOH A 75 575 575 HOH WAT . C 3 HOH A 76 576 576 HOH WAT . C 3 HOH A 77 577 577 HOH WAT . C 3 HOH A 78 578 578 HOH WAT . C 3 HOH A 79 579 579 HOH WAT . C 3 HOH A 80 580 580 HOH WAT . C 3 HOH A 81 581 581 HOH WAT . C 3 HOH A 82 582 582 HOH WAT . C 3 HOH A 83 583 583 HOH WAT . C 3 HOH A 84 584 584 HOH WAT . C 3 HOH A 85 585 585 HOH WAT . C 3 HOH A 86 586 586 HOH WAT . C 3 HOH A 87 587 587 HOH WAT . C 3 HOH A 88 588 588 HOH WAT . C 3 HOH A 89 589 589 HOH WAT . C 3 HOH A 90 590 590 HOH WAT . C 3 HOH A 91 591 591 HOH WAT . C 3 HOH A 92 592 592 HOH WAT . C 3 HOH A 93 593 593 HOH WAT . C 3 HOH A 94 594 594 HOH WAT . C 3 HOH A 95 595 595 HOH WAT . C 3 HOH A 96 596 596 HOH WAT . C 3 HOH A 97 597 597 HOH WAT . C 3 HOH A 98 598 598 HOH WAT . C 3 HOH A 99 599 599 HOH WAT . C 3 HOH A 100 600 600 HOH WAT . C 3 HOH A 101 601 601 HOH WAT . C 3 HOH A 102 602 602 HOH WAT . C 3 HOH A 103 603 603 HOH WAT . C 3 HOH A 104 604 604 HOH WAT . C 3 HOH A 105 605 605 HOH WAT . C 3 HOH A 106 606 606 HOH WAT . C 3 HOH A 107 607 607 HOH WAT . C 3 HOH A 108 608 608 HOH WAT . C 3 HOH A 109 609 609 HOH WAT . C 3 HOH A 110 610 610 HOH WAT . C 3 HOH A 111 611 611 HOH WAT . C 3 HOH A 112 612 612 HOH WAT . C 3 HOH A 113 613 613 HOH WAT . C 3 HOH A 114 614 614 HOH WAT . C 3 HOH A 115 615 615 HOH WAT . C 3 HOH A 116 616 616 HOH WAT . C 3 HOH A 117 617 617 HOH WAT . C 3 HOH A 118 618 618 HOH WAT . C 3 HOH A 119 619 619 HOH WAT . C 3 HOH A 120 620 620 HOH WAT . C 3 HOH A 121 621 621 HOH WAT . C 3 HOH A 122 622 622 HOH WAT . C 3 HOH A 123 623 623 HOH WAT . C 3 HOH A 124 624 624 HOH WAT . C 3 HOH A 125 625 625 HOH WAT . C 3 HOH A 126 626 626 HOH WAT . C 3 HOH A 127 627 627 HOH WAT . C 3 HOH A 128 628 628 HOH WAT . C 3 HOH A 129 629 629 HOH WAT . C 3 HOH A 130 630 630 HOH WAT . C 3 HOH A 131 631 631 HOH WAT . C 3 HOH A 132 632 632 HOH WAT . C 3 HOH A 133 633 633 HOH WAT . C 3 HOH A 134 634 634 HOH WAT . C 3 HOH A 135 635 635 HOH WAT . C 3 HOH A 136 636 636 HOH WAT . C 3 HOH A 137 637 637 HOH WAT . C 3 HOH A 138 638 638 HOH WAT . C 3 HOH A 139 639 639 HOH WAT . C 3 HOH A 140 640 640 HOH WAT . C 3 HOH A 141 641 641 HOH WAT . C 3 HOH A 142 642 642 HOH WAT . C 3 HOH A 143 643 643 HOH WAT . C 3 HOH A 144 644 644 HOH WAT . C 3 HOH A 145 645 645 HOH WAT . C 3 HOH A 146 646 646 HOH WAT . C 3 HOH A 147 647 647 HOH WAT . C 3 HOH A 148 648 648 HOH WAT . C 3 HOH A 149 649 649 HOH WAT . C 3 HOH A 150 650 650 HOH WAT . C 3 HOH A 151 651 651 HOH WAT . C 3 HOH A 152 652 652 HOH WAT . C 3 HOH A 153 653 653 HOH WAT . C 3 HOH A 154 654 654 HOH WAT . C 3 HOH A 155 655 655 HOH WAT . C 3 HOH A 156 656 656 HOH WAT . C 3 HOH A 157 657 657 HOH WAT . C 3 HOH A 158 658 658 HOH WAT . C 3 HOH A 159 659 659 HOH WAT . C 3 HOH A 160 660 660 HOH WAT . C 3 HOH A 161 661 661 HOH WAT . C 3 HOH A 162 662 662 HOH WAT . C 3 HOH A 163 663 663 HOH WAT . C 3 HOH A 164 664 664 HOH WAT . C 3 HOH A 165 665 665 HOH WAT . C 3 HOH A 166 666 666 HOH WAT . C 3 HOH A 167 667 667 HOH WAT . C 3 HOH A 168 668 668 HOH WAT . C 3 HOH A 169 669 669 HOH WAT . C 3 HOH A 170 670 670 HOH WAT . C 3 HOH A 171 671 671 HOH WAT . C 3 HOH A 172 672 672 HOH WAT . C 3 HOH A 173 673 673 HOH WAT . C 3 HOH A 174 674 674 HOH WAT . C 3 HOH A 175 675 675 HOH WAT . C 3 HOH A 176 676 676 HOH WAT . C 3 HOH A 177 677 677 HOH WAT . C 3 HOH A 178 678 678 HOH WAT . C 3 HOH A 179 679 679 HOH WAT . C 3 HOH A 180 680 680 HOH WAT . C 3 HOH A 181 681 681 HOH WAT . C 3 HOH A 182 682 682 HOH WAT . C 3 HOH A 183 683 683 HOH WAT . C 3 HOH A 184 684 684 HOH WAT . C 3 HOH A 185 685 685 HOH WAT . C 3 HOH A 186 686 686 HOH WAT . C 3 HOH A 187 687 687 HOH WAT . C 3 HOH A 188 688 688 HOH WAT . C 3 HOH A 189 689 689 HOH WAT . C 3 HOH A 190 690 690 HOH WAT . C 3 HOH A 191 691 691 HOH WAT . C 3 HOH A 192 692 692 HOH WAT . C 3 HOH A 193 693 693 HOH WAT . C 3 HOH A 194 694 694 HOH WAT . C 3 HOH A 195 695 695 HOH WAT . C 3 HOH A 196 696 696 HOH WAT . C 3 HOH A 197 697 697 HOH WAT . C 3 HOH A 198 698 698 HOH WAT . C 3 HOH A 199 699 699 HOH WAT . C 3 HOH A 200 700 700 HOH WAT . C 3 HOH A 201 701 701 HOH WAT . C 3 HOH A 202 702 702 HOH WAT . C 3 HOH A 203 703 703 HOH WAT . C 3 HOH A 204 704 704 HOH WAT . C 3 HOH A 205 705 705 HOH WAT . C 3 HOH A 206 706 706 HOH WAT . C 3 HOH A 207 707 707 HOH WAT . C 3 HOH A 208 708 708 HOH WAT . C 3 HOH A 209 709 709 HOH WAT . C 3 HOH A 210 710 710 HOH WAT . C 3 HOH A 211 711 711 HOH WAT . C 3 HOH A 212 712 712 HOH WAT . C 3 HOH A 213 713 713 HOH WAT . C 3 HOH A 214 714 714 HOH WAT . C 3 HOH A 215 715 715 HOH WAT . C 3 HOH A 216 716 716 HOH WAT . C 3 HOH A 217 717 717 HOH WAT . C 3 HOH A 218 718 718 HOH WAT . C 3 HOH A 219 719 719 HOH WAT . C 3 HOH A 220 720 720 HOH WAT . C 3 HOH A 221 721 721 HOH WAT . C 3 HOH A 222 722 722 HOH WAT . C 3 HOH A 223 723 723 HOH WAT . C 3 HOH A 224 724 724 HOH WAT . C 3 HOH A 225 725 725 HOH WAT . C 3 HOH A 226 726 726 HOH WAT . C 3 HOH A 227 727 727 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C CS MTA . . . B 2 27.796 19.473 -1.543 0.5 38.75 ? CS MTA 401 A 1 HETATM 2 S S5' MTA . . . B 2 29.31 20.223 -2.224 0.5 40.41 ? S5' MTA 401 A 1 HETATM 3 C C5' MTA . . . B 2 28.877 21.985 -2.236 0.5 37.26 ? C5' MTA 401 A 1 HETATM 4 C C4' MTA . . . B 2 28.034 22.426 -3.446 0.5 35.78 ? C4' MTA 401 A 1 HETATM 5 O O4' MTA . . . B 2 27.706 23.801 -3.37 0.5 34.95 ? O4' MTA 401 A 1 HETATM 6 C C2' MTA . . . B 2 28.724 23.61 -5.45 0.5 34.32 ? C2' MTA 401 A 1 HETATM 7 O O2' MTA . . . B 2 28.355 23.628 -6.838 0.5 32.92 ? O2' MTA 401 A 1 HETATM 8 C C3' MTA . . . B 2 28.67 22.202 -4.844 0.5 35.02 ? C3' MTA 401 A 1 HETATM 9 O O3' MTA . . . B 2 28.025 21.174 -5.584 0.5 34.85 ? O3' MTA 401 A 1 HETATM 10 C C1' MTA . . . B 2 27.615 24.341 -4.679 0.5 33.89 ? C1' MTA 401 A 1 HETATM 11 N N9 MTA . . . B 2 27.773 25.803 -4.529 0.5 32.92 ? N9 MTA 401 A 1 HETATM 12 C C8 MTA . . . B 2 28.865 26.594 -4.386 0.5 33.36 ? C8 MTA 401 A 1 HETATM 13 N N7 MTA . . . B 2 28.577 27.904 -4.266 0.5 33.04 ? N7 MTA 401 A 1 HETATM 14 C C5 MTA . . . B 2 27.185 27.997 -4.33 0.5 32.39 ? C5 MTA 401 A 1 HETATM 15 C C6 MTA . . . B 2 26.208 28.996 -4.273 0.5 32.09 ? C6 MTA 401 A 1 HETATM 16 N N6 MTA . . . B 2 26.53 30.308 -4.112 0.5 32.92 ? N6 MTA 401 A 1 HETATM 17 N N1 MTA . . . B 2 24.878 28.689 -4.375 0.5 29.89 ? N1 MTA 401 A 1 HETATM 18 C C2 MTA . . . B 2 24.496 27.396 -4.536 0.5 31.52 ? C2 MTA 401 A 1 HETATM 19 N N3 MTA . . . B 2 25.372 26.362 -4.601 0.5 31.69 ? N3 MTA 401 A 1 HETATM 20 C C4 MTA . . . B 2 26.692 26.675 -4.498 0.5 32.59 ? C4 MTA 401 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 331 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 20 #