data_1EJ0 # _model_server_result.job_id aT5Erk6SAG1ITUXCgIXjpQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 04:50:07' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1ej0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":301}' # _entry.id 1EJ0 # _exptl.entry_id 1EJ0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 398.437 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYLMETHIONINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1EJ0 _cell.length_a 36.579 _cell.length_b 65.872 _cell.length_c 72.829 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1EJ0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 53 A CYS 82 1_555 C HG HG . A HG 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc2 A O LEU 67 A LEU 96 1_555 C HG HG . A HG 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc3 A O GLY 69 A GLY 98 1_555 C HG HG . A HG 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.924 ? metalc ? metalc4 A N GLY 69 A GLY 98 1_555 C HG HG . A HG 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 122 A CYS 151 1_555 B HG HG . A HG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc6 A O CYS 122 A CYS 151 1_555 B HG HG . A HG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.507 ? metalc ? metalc7 A N ARG 123 A ARG 152 1_555 B HG HG . A HG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.435 ? # _chem_comp.formula 'C15 H22 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 398.437 _chem_comp.id SAM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYLMETHIONINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAM sing 256 n n N HN1 SAM sing 257 n n N HN2 SAM sing 258 n n CA C SAM sing 259 n n CA CB SAM sing 260 n n CA HA SAM sing 261 n n C O SAM doub 262 n n C OXT SAM sing 263 n n CB CG SAM sing 264 n n CB HB1 SAM sing 265 n n CB HB2 SAM sing 266 n n CG SD SAM sing 267 n n CG HG1 SAM sing 268 n n CG HG2 SAM sing 269 n n SD CE SAM sing 270 n n SD C5' SAM sing 271 n n CE HE1 SAM sing 272 n n CE HE2 SAM sing 273 n n CE HE3 SAM sing 274 n n C5' C4' SAM sing 275 n n C5' "H5'1" SAM sing 276 n n C5' "H5'2" SAM sing 277 n n C4' O4' SAM sing 278 n n C4' C3' SAM sing 279 n n C4' H4' SAM sing 280 n n O4' C1' SAM sing 281 n n C3' O3' SAM sing 282 n n C3' C2' SAM sing 283 n n C3' H3' SAM sing 284 n n O3' HO3' SAM sing 285 n n C2' O2' SAM sing 286 n n C2' C1' SAM sing 287 n n C2' H2' SAM sing 288 n n O2' HO2' SAM sing 289 n n C1' N9 SAM sing 290 n n C1' H1' SAM sing 291 n n N9 C8 SAM sing 292 n y N9 C4 SAM sing 293 n y C8 N7 SAM doub 294 n y C8 H8 SAM sing 295 n n N7 C5 SAM sing 296 n y C5 C6 SAM sing 297 n y C5 C4 SAM doub 298 n y C6 N6 SAM sing 299 n n C6 N1 SAM doub 300 n y N6 HN61 SAM sing 301 n n N6 HN62 SAM sing 302 n n N1 C2 SAM sing 303 n y C2 N3 SAM doub 304 n y C2 H2 SAM sing 305 n n N3 C4 SAM sing 306 n y # _atom_sites.entry_id 1EJ0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.027338 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015181 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.013731 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 HG A 1 901 1 HG HG2 . C 2 HG A 1 912 12 HG HG2 . D 3 SAM A 1 301 301 SAM SAM . E 4 HOH A 1 401 401 HOH WAT . E 4 HOH A 2 402 402 HOH WAT . E 4 HOH A 3 403 403 HOH WAT . E 4 HOH A 4 404 404 HOH WAT . E 4 HOH A 5 405 405 HOH WAT . E 4 HOH A 6 406 406 HOH WAT . E 4 HOH A 7 407 407 HOH WAT . E 4 HOH A 8 408 408 HOH WAT . E 4 HOH A 9 409 409 HOH WAT . E 4 HOH A 10 410 410 HOH WAT . E 4 HOH A 11 411 411 HOH WAT . E 4 HOH A 12 412 412 HOH WAT . E 4 HOH A 13 413 413 HOH WAT . E 4 HOH A 14 414 414 HOH WAT . E 4 HOH A 15 415 415 HOH WAT . E 4 HOH A 16 416 416 HOH WAT . E 4 HOH A 17 417 417 HOH WAT . E 4 HOH A 18 418 418 HOH WAT . E 4 HOH A 19 419 419 HOH WAT . E 4 HOH A 20 420 420 HOH WAT . E 4 HOH A 21 421 421 HOH WAT . E 4 HOH A 22 423 423 HOH WAT . E 4 HOH A 23 424 424 HOH WAT . E 4 HOH A 24 425 425 HOH WAT . E 4 HOH A 25 426 426 HOH WAT . E 4 HOH A 26 427 427 HOH WAT . E 4 HOH A 27 428 428 HOH WAT . E 4 HOH A 28 429 429 HOH WAT . E 4 HOH A 29 430 430 HOH WAT . E 4 HOH A 30 431 431 HOH WAT . E 4 HOH A 31 432 432 HOH WAT . E 4 HOH A 32 433 433 HOH WAT . E 4 HOH A 33 434 434 HOH WAT . E 4 HOH A 34 435 435 HOH WAT . E 4 HOH A 35 436 436 HOH WAT . E 4 HOH A 36 437 437 HOH WAT . E 4 HOH A 37 438 438 HOH WAT . E 4 HOH A 38 440 440 HOH WAT . E 4 HOH A 39 441 441 HOH WAT . E 4 HOH A 40 442 442 HOH WAT . E 4 HOH A 41 443 443 HOH WAT . E 4 HOH A 42 444 444 HOH WAT . E 4 HOH A 43 445 445 HOH WAT . E 4 HOH A 44 446 446 HOH WAT . E 4 HOH A 45 447 447 HOH WAT . E 4 HOH A 46 448 448 HOH WAT . E 4 HOH A 47 449 449 HOH WAT . E 4 HOH A 48 450 450 HOH WAT . E 4 HOH A 49 451 451 HOH WAT . E 4 HOH A 50 453 453 HOH WAT . E 4 HOH A 51 454 454 HOH WAT . E 4 HOH A 52 455 455 HOH WAT . E 4 HOH A 53 457 457 HOH WAT . E 4 HOH A 54 459 459 HOH WAT . E 4 HOH A 55 460 460 HOH WAT . E 4 HOH A 56 461 461 HOH WAT . E 4 HOH A 57 462 462 HOH WAT . E 4 HOH A 58 466 466 HOH WAT . E 4 HOH A 59 467 467 HOH WAT . E 4 HOH A 60 468 468 HOH WAT . E 4 HOH A 61 470 470 HOH WAT . E 4 HOH A 62 471 471 HOH WAT . E 4 HOH A 63 472 472 HOH WAT . E 4 HOH A 64 473 473 HOH WAT . E 4 HOH A 65 474 474 HOH WAT . E 4 HOH A 66 477 477 HOH WAT . E 4 HOH A 67 478 478 HOH WAT . E 4 HOH A 68 479 479 HOH WAT . E 4 HOH A 69 480 480 HOH WAT . E 4 HOH A 70 481 481 HOH WAT . E 4 HOH A 71 482 482 HOH WAT . E 4 HOH A 72 483 483 HOH WAT . E 4 HOH A 73 484 484 HOH WAT . E 4 HOH A 74 486 486 HOH WAT . E 4 HOH A 75 487 487 HOH WAT . E 4 HOH A 76 488 488 HOH WAT . E 4 HOH A 77 489 489 HOH WAT . E 4 HOH A 78 490 490 HOH WAT . E 4 HOH A 79 491 491 HOH WAT . E 4 HOH A 80 492 492 HOH WAT . E 4 HOH A 81 493 493 HOH WAT . E 4 HOH A 82 494 494 HOH WAT . E 4 HOH A 83 496 496 HOH WAT . E 4 HOH A 84 506 506 HOH WAT . E 4 HOH A 85 518 518 HOH WAT . E 4 HOH A 86 533 533 HOH WAT . E 4 HOH A 87 537 537 HOH WAT . E 4 HOH A 88 542 542 HOH WAT . E 4 HOH A 89 575 575 HOH WAT . E 4 HOH A 90 583 583 HOH WAT . E 4 HOH A 91 586 586 HOH WAT . E 4 HOH A 92 587 587 HOH WAT . E 4 HOH A 93 588 588 HOH WAT . E 4 HOH A 94 589 589 HOH WAT . E 4 HOH A 95 590 590 HOH WAT . E 4 HOH A 96 615 615 HOH WAT . E 4 HOH A 97 623 623 HOH WAT . E 4 HOH A 98 625 625 HOH WAT . E 4 HOH A 99 638 638 HOH WAT . E 4 HOH A 100 677 677 HOH WAT . E 4 HOH A 101 689 689 HOH WAT . E 4 HOH A 102 693 693 HOH WAT . E 4 HOH A 103 701 701 HOH WAT . E 4 HOH A 104 707 707 HOH WAT . E 4 HOH A 105 729 729 HOH WAT . E 4 HOH A 106 733 733 HOH WAT . E 4 HOH A 107 734 734 HOH WAT . E 4 HOH A 108 758 758 HOH WAT . E 4 HOH A 109 760 760 HOH WAT . E 4 HOH A 110 761 761 HOH WAT . E 4 HOH A 111 762 762 HOH WAT . E 4 HOH A 112 763 763 HOH WAT . E 4 HOH A 113 764 764 HOH WAT . E 4 HOH A 114 765 765 HOH WAT . E 4 HOH A 115 766 766 HOH WAT . E 4 HOH A 116 767 767 HOH WAT . E 4 HOH A 117 768 768 HOH WAT . E 4 HOH A 118 769 769 HOH WAT . E 4 HOH A 119 770 770 HOH WAT . E 4 HOH A 120 772 772 HOH WAT . E 4 HOH A 121 773 773 HOH WAT . E 4 HOH A 122 774 774 HOH WAT . E 4 HOH A 123 775 775 HOH WAT . E 4 HOH A 124 776 776 HOH WAT . E 4 HOH A 125 777 777 HOH WAT . E 4 HOH A 126 778 778 HOH WAT . E 4 HOH A 127 779 779 HOH WAT . E 4 HOH A 128 780 780 HOH WAT . E 4 HOH A 129 781 781 HOH WAT . E 4 HOH A 130 783 783 HOH WAT . E 4 HOH A 131 784 784 HOH WAT . E 4 HOH A 132 785 785 HOH WAT . E 4 HOH A 133 786 786 HOH WAT . E 4 HOH A 134 789 789 HOH WAT . E 4 HOH A 135 791 791 HOH WAT . E 4 HOH A 136 793 793 HOH WAT . E 4 HOH A 137 794 794 HOH WAT . E 4 HOH A 138 795 795 HOH WAT . E 4 HOH A 139 796 796 HOH WAT . E 4 HOH A 140 797 797 HOH WAT . E 4 HOH A 141 798 798 HOH WAT . E 4 HOH A 142 799 799 HOH WAT . E 4 HOH A 143 800 800 HOH WAT . E 4 HOH A 144 801 801 HOH WAT . E 4 HOH A 145 802 802 HOH WAT . E 4 HOH A 146 803 803 HOH WAT . E 4 HOH A 147 804 804 HOH WAT . E 4 HOH A 148 805 805 HOH WAT . E 4 HOH A 149 806 806 HOH WAT . E 4 HOH A 150 807 807 HOH WAT . E 4 HOH A 151 808 808 HOH WAT . E 4 HOH A 152 809 809 HOH WAT . E 4 HOH A 153 810 810 HOH WAT . E 4 HOH A 154 811 811 HOH WAT . E 4 HOH A 155 812 812 HOH WAT . E 4 HOH A 156 813 813 HOH WAT . E 4 HOH A 157 814 814 HOH WAT . E 4 HOH A 158 815 815 HOH WAT . E 4 HOH A 159 816 816 HOH WAT . E 4 HOH A 160 817 817 HOH WAT . E 4 HOH A 161 818 818 HOH WAT . E 4 HOH A 162 819 819 HOH WAT . E 4 HOH A 163 820 820 HOH WAT . E 4 HOH A 164 821 821 HOH WAT . E 4 HOH A 165 822 822 HOH WAT . E 4 HOH A 166 823 823 HOH WAT . E 4 HOH A 167 824 824 HOH WAT . E 4 HOH A 168 825 825 HOH WAT . E 4 HOH A 169 826 826 HOH WAT . E 4 HOH A 170 827 827 HOH WAT . E 4 HOH A 171 828 828 HOH WAT . E 4 HOH A 172 829 829 HOH WAT . E 4 HOH A 173 830 830 HOH WAT . E 4 HOH A 174 831 831 HOH WAT . E 4 HOH A 175 832 832 HOH WAT . E 4 HOH A 176 833 833 HOH WAT . E 4 HOH A 177 834 834 HOH WAT . E 4 HOH A 178 835 835 HOH WAT . E 4 HOH A 179 836 836 HOH WAT . E 4 HOH A 180 837 837 HOH WAT . E 4 HOH A 181 838 838 HOH WAT . E 4 HOH A 182 839 839 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAM . . . D 3 0.91 40.722 12.745 1 8.81 ? N SAM 301 A 1 HETATM 2 C CA SAM . . . D 3 -0.425 40.659 12.108 1 9.22 ? CA SAM 301 A 1 HETATM 3 C C SAM . . . D 3 -0.845 42.029 11.611 1 8.33 ? C SAM 301 A 1 HETATM 4 O O SAM . . . D 3 -0.122 43.002 11.874 1 10.24 ? O SAM 301 A 1 HETATM 5 O OXT SAM . . . D 3 -1.944 42.058 10.958 1 9.22 ? OXT SAM 301 A 1 HETATM 6 C CB SAM . . . D 3 -1.427 40.109 13.112 1 10.92 ? CB SAM 301 A 1 HETATM 7 C CG SAM . . . D 3 -1.24 38.632 13.275 1 9.4 ? CG SAM 301 A 1 HETATM 8 S SD SAM . . . D 3 -2.424 37.8 14.361 1 12.37 ? SD SAM 301 A 1 HETATM 9 C CE SAM . . . D 3 -1.992 38.344 16.013 1 15.6 ? CE SAM 301 A 1 HETATM 10 C C5' SAM . . . D 3 -1.805 36.15 14.419 1 12.64 ? C5' SAM 301 A 1 HETATM 11 C C4' SAM . . . D 3 -1.891 35.384 13.123 1 9.2 ? C4' SAM 301 A 1 HETATM 12 O O4' SAM . . . D 3 -1.189 34.122 13.27 1 9.41 ? O4' SAM 301 A 1 HETATM 13 C C3' SAM . . . D 3 -3.333 34.961 12.767 1 9.23 ? C3' SAM 301 A 1 HETATM 14 O O3' SAM . . . D 3 -3.675 35.705 11.574 1 11.42 ? O3' SAM 301 A 1 HETATM 15 C C2' SAM . . . D 3 -3.195 33.491 12.354 1 11.81 ? C2' SAM 301 A 1 HETATM 16 O O2' SAM . . . D 3 -3.963 32.956 11.288 1 13.71 ? O2' SAM 301 A 1 HETATM 17 C C1' SAM . . . D 3 -1.679 33.29 12.269 1 10.42 ? C1' SAM 301 A 1 HETATM 18 N N9 SAM . . . D 3 -1.279 31.913 12.471 1 11.2 ? N9 SAM 301 A 1 HETATM 19 C C8 SAM . . . D 3 -1.526 31.079 13.527 1 13.46 ? C8 SAM 301 A 1 HETATM 20 N N7 SAM . . . D 3 -1.164 29.841 13.313 1 11.35 ? N7 SAM 301 A 1 HETATM 21 C C5 SAM . . . D 3 -0.578 29.877 12.049 1 10.2 ? C5 SAM 301 A 1 HETATM 22 C C6 SAM . . . D 3 -0.003 28.874 11.237 1 10.99 ? C6 SAM 301 A 1 HETATM 23 N N6 SAM . . . D 3 0.063 27.578 11.613 1 12.42 ? N6 SAM 301 A 1 HETATM 24 N N1 SAM . . . D 3 0.483 29.224 10.024 1 10.45 ? N1 SAM 301 A 1 HETATM 25 C C2 SAM . . . D 3 0.374 30.507 9.657 1 12.08 ? C2 SAM 301 A 1 HETATM 26 N N3 SAM . . . D 3 -0.155 31.535 10.327 1 11.39 ? N3 SAM 301 A 1 HETATM 27 C C4 SAM . . . D 3 -0.62 31.149 11.533 1 11.04 ? C4 SAM 301 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 27 #