data_1F28
#
_model_server_result.job_id            kR2cOXFOVGKQ5Rq0RM-JaA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 22:46:13' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1f28 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    1F28 
#
_exptl.entry_id    1F28 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              308.182 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.24 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1F28 
_cell.length_a            54.442 
_cell.length_b            65.898 
_cell.length_c            184.938 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1F28 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,M,N 1 1 
C,D,I,J,K,L,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A SG CYS 173 A CYS 173 1_555 E C6 UMP . A UMP 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? 
covale ? covale2 C SG CYS 173 C CYS 173 1_555 I C6 UMP . C UMP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.876 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H13 N2 O8 P' 
_chem_comp.formula_weight    308.182 
_chem_comp.id                UMP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     DUMP 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 UMP sing 423 n n 
N1 C6 UMP sing 424 n n 
N1 C1' UMP sing 425 n n 
C2 N3 UMP sing 426 n n 
C2 O2 UMP doub 427 n n 
N3 C4 UMP sing 428 n n 
N3 HN3 UMP sing 429 n n 
C4 C5 UMP sing 430 n n 
C4 O4 UMP doub 431 n n 
C5 C6 UMP doub 432 n n 
C5 H5 UMP sing 433 n n 
C6 H6 UMP sing 434 n n 
C1' C2' UMP sing 435 n n 
C1' O4' UMP sing 436 n n 
C1' H1' UMP sing 437 n n 
C2' C3' UMP sing 438 n n 
C2' H2' UMP sing 439 n n 
C2' "H2''" UMP sing 440 n n 
C3' C4' UMP sing 441 n n 
C3' O3' UMP sing 442 n n 
C3' H3' UMP sing 443 n n 
C4' O4' UMP sing 444 n n 
C4' C5' UMP sing 445 n n 
C4' H4' UMP sing 446 n n 
O3' HO3' UMP sing 447 n n 
C5' O5' UMP sing 448 n n 
C5' H5' UMP sing 449 n n 
C5' "H5''" UMP sing 450 n n 
O5' P UMP sing 451 n n 
P OP1 UMP doub 452 n n 
P OP2 UMP sing 453 n n 
P OP3 UMP sing 454 n n 
OP2 HOP2 UMP sing 455 n n 
OP3 HOP3 UMP sing 456 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1F28 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018368 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000076 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.015175 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005407 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 UMP A 1 301 301 UMP UMP . 
F 3 F89 A 1 401 401 F89 F89 . 
G 2 UMP B 1 302 302 UMP UMP . 
H 3 F89 B 1 402 402 F89 F89 . 
I 2 UMP C 1 303 303 UMP UMP . 
J 3 F89 C 1 403 403 F89 F89 . 
K 2 UMP D 1 304 304 UMP UMP . 
L 3 F89 D 1 404 404 F89 F89 . 
M 4 HOH A 1 511 511 HOH WAT . 
M 4 HOH A 2 512 512 HOH WAT . 
M 4 HOH A 3 513 513 HOH WAT . 
M 4 HOH A 4 519 519 HOH WAT . 
M 4 HOH A 5 521 521 HOH WAT . 
M 4 HOH A 6 529 529 HOH WAT . 
M 4 HOH A 7 534 534 HOH WAT . 
M 4 HOH A 8 535 535 HOH WAT . 
M 4 HOH A 9 539 539 HOH WAT . 
M 4 HOH A 10 544 544 HOH WAT . 
M 4 HOH A 11 552 552 HOH WAT . 
M 4 HOH A 12 554 554 HOH WAT . 
M 4 HOH A 13 563 563 HOH WAT . 
M 4 HOH A 14 570 570 HOH WAT . 
M 4 HOH A 15 579 579 HOH WAT . 
M 4 HOH A 16 581 581 HOH WAT . 
M 4 HOH A 17 583 583 HOH WAT . 
M 4 HOH A 18 586 586 HOH WAT . 
M 4 HOH A 19 588 588 HOH WAT . 
M 4 HOH A 20 594 594 HOH WAT . 
M 4 HOH A 21 599 599 HOH WAT . 
M 4 HOH A 22 600 600 HOH WAT . 
M 4 HOH A 23 602 602 HOH WAT . 
M 4 HOH A 24 613 613 HOH WAT . 
M 4 HOH A 25 617 617 HOH WAT . 
M 4 HOH A 26 618 618 HOH WAT . 
M 4 HOH A 27 626 626 HOH WAT . 
M 4 HOH A 28 629 629 HOH WAT . 
M 4 HOH A 29 636 636 HOH WAT . 
M 4 HOH A 30 638 638 HOH WAT . 
M 4 HOH A 31 642 642 HOH WAT . 
M 4 HOH A 32 646 646 HOH WAT . 
M 4 HOH A 33 651 651 HOH WAT . 
M 4 HOH A 34 654 654 HOH WAT . 
M 4 HOH A 35 657 657 HOH WAT . 
M 4 HOH A 36 661 661 HOH WAT . 
M 4 HOH A 37 664 664 HOH WAT . 
M 4 HOH A 38 665 665 HOH WAT . 
M 4 HOH A 39 671 671 HOH WAT . 
M 4 HOH A 40 672 672 HOH WAT . 
M 4 HOH A 41 674 674 HOH WAT . 
M 4 HOH A 42 677 677 HOH WAT . 
M 4 HOH A 43 678 678 HOH WAT . 
M 4 HOH A 44 692 692 HOH WAT . 
M 4 HOH A 45 696 696 HOH WAT . 
M 4 HOH A 46 704 704 HOH WAT . 
M 4 HOH A 47 706 706 HOH WAT . 
M 4 HOH A 48 707 707 HOH WAT . 
M 4 HOH A 49 717 717 HOH WAT . 
M 4 HOH A 50 727 727 HOH WAT . 
M 4 HOH A 51 732 732 HOH WAT . 
M 4 HOH A 52 743 743 HOH WAT . 
M 4 HOH A 53 744 744 HOH WAT . 
M 4 HOH A 54 746 746 HOH WAT . 
M 4 HOH A 55 747 747 HOH WAT . 
M 4 HOH A 56 749 749 HOH WAT . 
M 4 HOH A 57 751 751 HOH WAT . 
M 4 HOH A 58 753 753 HOH WAT . 
M 4 HOH A 59 755 755 HOH WAT . 
M 4 HOH A 60 757 757 HOH WAT . 
M 4 HOH A 61 758 758 HOH WAT . 
M 4 HOH A 62 760 760 HOH WAT . 
M 4 HOH A 63 761 761 HOH WAT . 
M 4 HOH A 64 764 764 HOH WAT . 
M 4 HOH A 65 777 777 HOH WAT . 
M 4 HOH A 66 780 780 HOH WAT . 
M 4 HOH A 67 784 784 HOH WAT . 
M 4 HOH A 68 785 785 HOH WAT . 
M 4 HOH A 69 786 786 HOH WAT . 
M 4 HOH A 70 787 787 HOH WAT . 
M 4 HOH A 71 788 788 HOH WAT . 
M 4 HOH A 72 790 790 HOH WAT . 
M 4 HOH A 73 792 792 HOH WAT . 
M 4 HOH A 74 793 793 HOH WAT . 
M 4 HOH A 75 794 794 HOH WAT . 
M 4 HOH A 76 795 795 HOH WAT . 
M 4 HOH A 77 796 796 HOH WAT . 
M 4 HOH A 78 797 797 HOH WAT . 
M 4 HOH A 79 798 798 HOH WAT . 
M 4 HOH A 80 799 799 HOH WAT . 
M 4 HOH A 81 800 800 HOH WAT . 
M 4 HOH A 82 802 802 HOH WAT . 
M 4 HOH A 83 803 803 HOH WAT . 
M 4 HOH A 84 804 804 HOH WAT . 
M 4 HOH A 85 805 805 HOH WAT . 
M 4 HOH A 86 806 806 HOH WAT . 
M 4 HOH A 87 807 807 HOH WAT . 
M 4 HOH A 88 808 808 HOH WAT . 
M 4 HOH A 89 809 809 HOH WAT . 
M 4 HOH A 90 810 810 HOH WAT . 
M 4 HOH A 91 811 811 HOH WAT . 
M 4 HOH A 92 812 812 HOH WAT . 
M 4 HOH A 93 813 813 HOH WAT . 
M 4 HOH A 94 814 814 HOH WAT . 
M 4 HOH A 95 815 815 HOH WAT . 
M 4 HOH A 96 816 816 HOH WAT . 
M 4 HOH A 97 817 817 HOH WAT . 
M 4 HOH A 98 818 818 HOH WAT . 
M 4 HOH A 99 819 819 HOH WAT . 
M 4 HOH A 100 820 820 HOH WAT . 
M 4 HOH A 101 821 821 HOH WAT . 
M 4 HOH A 102 822 822 HOH WAT . 
M 4 HOH A 103 823 823 HOH WAT . 
M 4 HOH A 104 824 824 HOH WAT . 
M 4 HOH A 105 825 825 HOH WAT . 
M 4 HOH A 106 826 826 HOH WAT . 
M 4 HOH A 107 827 827 HOH WAT . 
M 4 HOH A 108 828 828 HOH WAT . 
M 4 HOH A 109 829 829 HOH WAT . 
M 4 HOH A 110 830 830 HOH WAT . 
M 4 HOH A 111 831 831 HOH WAT . 
M 4 HOH A 112 832 832 HOH WAT . 
M 4 HOH A 113 834 834 HOH WAT . 
M 4 HOH A 114 836 836 HOH WAT . 
M 4 HOH A 115 838 838 HOH WAT . 
M 4 HOH A 116 841 841 HOH WAT . 
M 4 HOH A 117 842 842 HOH WAT . 
M 4 HOH A 118 843 843 HOH WAT . 
M 4 HOH A 119 844 844 HOH WAT . 
M 4 HOH A 120 845 845 HOH WAT . 
M 4 HOH A 121 961 961 HOH WAT . 
N 4 HOH B 1 500 500 HOH WAT . 
N 4 HOH B 2 504 504 HOH WAT . 
N 4 HOH B 3 505 505 HOH WAT . 
N 4 HOH B 4 506 506 HOH WAT . 
N 4 HOH B 5 507 507 HOH WAT . 
N 4 HOH B 6 509 509 HOH WAT . 
N 4 HOH B 7 514 514 HOH WAT . 
N 4 HOH B 8 520 520 HOH WAT . 
N 4 HOH B 9 522 522 HOH WAT . 
N 4 HOH B 10 523 523 HOH WAT . 
N 4 HOH B 11 524 524 HOH WAT . 
N 4 HOH B 12 538 538 HOH WAT . 
N 4 HOH B 13 540 540 HOH WAT . 
N 4 HOH B 14 545 545 HOH WAT . 
N 4 HOH B 15 550 550 HOH WAT . 
N 4 HOH B 16 559 559 HOH WAT . 
N 4 HOH B 17 560 560 HOH WAT . 
N 4 HOH B 18 568 568 HOH WAT . 
N 4 HOH B 19 571 571 HOH WAT . 
N 4 HOH B 20 578 578 HOH WAT . 
N 4 HOH B 21 584 584 HOH WAT . 
N 4 HOH B 22 591 591 HOH WAT . 
N 4 HOH B 23 595 595 HOH WAT . 
N 4 HOH B 24 596 596 HOH WAT . 
N 4 HOH B 25 606 606 HOH WAT . 
N 4 HOH B 26 612 612 HOH WAT . 
N 4 HOH B 27 614 614 HOH WAT . 
N 4 HOH B 28 615 615 HOH WAT . 
N 4 HOH B 29 616 616 HOH WAT . 
N 4 HOH B 30 620 620 HOH WAT . 
N 4 HOH B 31 622 622 HOH WAT . 
N 4 HOH B 32 628 628 HOH WAT . 
N 4 HOH B 33 630 630 HOH WAT . 
N 4 HOH B 34 641 641 HOH WAT . 
N 4 HOH B 35 643 643 HOH WAT . 
N 4 HOH B 36 644 644 HOH WAT . 
N 4 HOH B 37 648 648 HOH WAT . 
N 4 HOH B 38 649 649 HOH WAT . 
N 4 HOH B 39 653 653 HOH WAT . 
N 4 HOH B 40 656 656 HOH WAT . 
N 4 HOH B 41 658 658 HOH WAT . 
N 4 HOH B 42 659 659 HOH WAT . 
N 4 HOH B 43 666 666 HOH WAT . 
N 4 HOH B 44 670 670 HOH WAT . 
N 4 HOH B 45 682 682 HOH WAT . 
N 4 HOH B 46 683 683 HOH WAT . 
N 4 HOH B 47 686 686 HOH WAT . 
N 4 HOH B 48 691 691 HOH WAT . 
N 4 HOH B 49 695 695 HOH WAT . 
N 4 HOH B 50 701 701 HOH WAT . 
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