data_1F3W # _model_server_result.job_id 1xRET3oK3iuhHyklirkQSA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 18:42:14' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1f3w # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":545}' # _entry.id 1F3W # _exptl.entry_id 1F3W _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 88.062 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PYRUVIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 95.9 _cell.angle_beta 92.8 _cell.angle_gamma 111.9 _cell.entry_id 1F3W _cell.length_a 79 _cell.length_b 105.4 _cell.length_c 143.5 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1F3W _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 1 E,F,G,H,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 K N N ? 4 N N N ? 4 Q N N ? 4 T N N ? 4 W N N ? 4 Z N N ? 4 CA N N ? 4 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASN 74 A ASN 74 1_555 I K K . A K 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 112 A ASP 112 1_555 I K K . A K 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc3 A O THR 113 A THR 113 1_555 I K K . A K 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 271 A GLU 271 1_555 J MN MN . A MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 295 A ASP 295 1_555 J MN MN . A MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc6 J MN MN . A MN 532 1_555 K O PYR . A PYR 541 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASN 74 B ASN 74 1_555 L K K . B K 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc8 B OD1 ASP 112 B ASP 112 1_555 L K K . B K 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc9 B O THR 113 B THR 113 1_555 L K K . B K 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 271 B GLU 271 1_555 M MN MN . B MN 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 295 B ASP 295 1_555 M MN MN . B MN 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc12 M MN MN . B MN 533 1_555 N O PYR . B PYR 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASN 74 C ASN 74 1_555 O K K . C K 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 112 C ASP 112 1_555 O K K . C K 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc15 C O THR 113 C THR 113 1_555 O K K . C K 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc16 C OE1 GLU 271 C GLU 271 1_555 P MN MN . C MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 295 C ASP 295 1_555 P MN MN . C MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc18 P MN MN . C MN 532 1_555 Q O PYR . C PYR 543 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASN 74 D ASN 74 1_555 R K K . D K 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc20 D OD1 ASP 112 D ASP 112 1_555 R K K . D K 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc21 D O THR 113 D THR 113 1_555 R K K . D K 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc22 D OE1 GLU 271 D GLU 271 1_555 S MN MN . D MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc23 D OD2 ASP 295 D ASP 295 1_555 S MN MN . D MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc24 S MN MN . D MN 532 1_555 T O PYR . D PYR 544 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc25 E OD1 ASN 74 E ASN 74 1_555 U K K . E K 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc26 E OD1 ASP 112 E ASP 112 1_555 U K K . E K 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc27 E O THR 113 E THR 113 1_555 U K K . E K 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc28 E OE1 GLU 271 E GLU 271 1_555 V MN MN . E MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc29 E OD2 ASP 295 E ASP 295 1_555 V MN MN . E MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc30 V MN MN . E MN 532 1_555 W O PYR . E PYR 545 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc31 F OD1 ASN 74 F ASN 74 1_555 X K K . F K 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc32 F OD1 ASP 112 F ASP 112 1_555 X K K . F K 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc33 F O THR 113 F THR 113 1_555 X K K . F K 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc34 F OE1 GLU 271 F GLU 271 1_555 Y MN MN . F MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc35 F OD2 ASP 295 F ASP 295 1_555 Y MN MN . F MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc36 Y MN MN . F MN 532 1_555 Z O PYR . F PYR 546 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc37 G OD1 ASN 74 G ASN 74 1_555 AA K K . G K 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc38 G OD1 ASP 112 G ASP 112 1_555 AA K K . G K 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc39 G O THR 113 G THR 113 1_555 AA K K . G K 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc40 G OE1 GLU 271 G GLU 271 1_555 BA MN MN . G MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc41 G OD2 ASP 295 G ASP 295 1_555 BA MN MN . G MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc42 BA MN MN . G MN 532 1_555 CA O PYR . G PYR 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc43 H OD1 ASN 74 H ASN 74 1_555 DA K K . H K 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc44 H OD1 ASP 112 H ASP 112 1_555 DA K K . H K 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc45 H O THR 113 H THR 113 1_555 DA K K . H K 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc46 H OE1 GLU 271 H GLU 271 1_555 EA MN MN . H MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc47 H OD2 ASP 295 H ASP 295 1_555 EA MN MN . H MN 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc48 EA MN MN . H MN 532 1_555 FA O PYR . H PYR 548 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? # _chem_comp.formula 'C3 H4 O3' _chem_comp.formula_weight 88.062 _chem_comp.id PYR _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PYRUVIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C O PYR doub 275 n n C OXT PYR sing 276 n n C CA PYR sing 277 n n OXT HXT PYR sing 278 n n CA O3 PYR doub 279 n n CA CB PYR sing 280 n n CB HB1 PYR sing 281 n n CB HB2 PYR sing 282 n n CB HB3 PYR sing 283 n n # _atom_sites.entry_id 1F3W _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012658 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005089 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001295 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010226 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.001347 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007037 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 K A 1 531 531 K K . J 3 MN A 1 532 532 MN MN . K 4 PYR A 1 541 541 PYR PYR . L 2 K B 1 532 532 K K . M 3 MN B 1 533 532 MN MN . N 4 PYR B 1 542 542 PYR PYR . O 2 K C 1 533 533 K K . P 3 MN C 1 532 532 MN MN . Q 4 PYR C 1 543 543 PYR PYR . R 2 K D 1 534 534 K K . S 3 MN D 1 532 532 MN MN . T 4 PYR D 1 544 544 PYR PYR . U 2 K E 1 535 535 K K . V 3 MN E 1 532 532 MN MN . W 4 PYR E 1 545 545 PYR PYR . X 2 K F 1 536 536 K K . Y 3 MN F 1 532 532 MN MN . Z 4 PYR F 1 546 546 PYR PYR . AA 2 K G 1 537 537 K K . BA 3 MN G 1 532 532 MN MN . CA 4 PYR G 1 547 547 PYR PYR . DA 2 K H 1 538 538 K K . EA 3 MN H 1 532 532 MN MN . FA 4 PYR H 1 548 548 PYR PYR . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C PYR . . . W 4 34.973 -11.471 45.982 1 38.82 ? C PYR 545 E 1 HETATM 2 O O PYR . . . W 4 35.727 -12.49 45.732 1 32.85 ? O PYR 545 E 1 HETATM 3 O OXT PYR . . . W 4 34.645 -11.174 47.175 1 38.89 ? OXT PYR 545 E 1 HETATM 4 C CA PYR . . . W 4 34.517 -10.695 44.938 1 38.91 ? CA PYR 545 E 1 HETATM 5 O O3 PYR . . . W 4 34.781 -10.884 43.595 1 43.12 ? O3 PYR 545 E 1 HETATM 6 C CB PYR . . . W 4 33.547 -9.341 44.947 1 39.52 ? CB PYR 545 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 78 _model_server_stats.query_time_ms 277 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 6 #