data_1F4E
#
_model_server_result.job_id            pbXrbE_LUqY1FzTrgxlRGg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 19:53:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1f4e 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    1F4E 
#
_exptl.entry_id    1F4E 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1F4E 
_cell.length_a            131.88 
_cell.length_b            131.88 
_cell.length_c            131.88 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1F4E 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        199 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 21 3' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA,PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 16_566 x,-y+1,-z+3/2 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 131.88 197.82 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
#
_struct_conn.conn_type_id                   covale 
_struct_conn.details                        ? 
_struct_conn.id                             covale1 
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id            A 
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id            C 
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id            CXM 
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id             1 
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id             A 
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id             CXM 
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id              1 
_struct_conn.ptnr1_symmetry                 1_555 
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id            A 
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id            N 
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id            LYS 
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id             2 
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id             A 
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id             LYS 
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id              2 
_struct_conn.ptnr2_symmetry                 1_555 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id    ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id        ? 
_struct_conn.pdbx_PDB_id                    ? 
_struct_conn.pdbx_dist_value                1.318 
_struct_conn.pdbx_value_order               ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 151 n n 
C1 C2 GOL sing 152 n n 
C1 H11 GOL sing 153 n n 
C1 H12 GOL sing 154 n n 
O1 HO1 GOL sing 155 n n 
C2 O2 GOL sing 156 n n 
C2 C3 GOL sing 157 n n 
C2 H2 GOL sing 158 n n 
O2 HO2 GOL sing 159 n n 
C3 O3 GOL sing 160 n n 
C3 H31 GOL sing 161 n n 
C3 H32 GOL sing 162 n n 
O3 HO3 GOL sing 163 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1F4E 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00758 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00758 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00758 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 SO4 A 1 403 3 SO4 SUL . 
C 2 SO4 A 1 404 4 SO4 SUL . 
D 2 SO4 A 1 405 5 SO4 SUL . 
E 2 SO4 A 1 409 9 SO4 SUL . 
F 3 TPR A 1 301 1 TPR FRG . 
G 3 TPR A 1 302 2 TPR FRG . 
H 4 GOL A 1 401 1 GOL GOL . 
I 4 GOL A 1 402 2 GOL GOL . 
J 4 GOL A 1 408 8 GOL GOL . 
K 5 HOH A 1 410 1 HOH WAT . 
K 5 HOH A 2 411 2 HOH WAT . 
K 5 HOH A 3 412 3 HOH WAT . 
K 5 HOH A 4 413 4 HOH WAT . 
K 5 HOH A 5 414 6 HOH WAT . 
K 5 HOH A 6 415 7 HOH WAT . 
K 5 HOH A 7 416 8 HOH WAT . 
K 5 HOH A 8 417 10 HOH WAT . 
K 5 HOH A 9 418 11 HOH WAT . 
K 5 HOH A 10 419 12 HOH WAT . 
K 5 HOH A 11 420 14 HOH WAT . 
K 5 HOH A 12 421 15 HOH WAT . 
K 5 HOH A 13 422 16 HOH WAT . 
K 5 HOH A 14 423 17 HOH WAT . 
K 5 HOH A 15 424 18 HOH WAT . 
K 5 HOH A 16 425 19 HOH WAT . 
K 5 HOH A 17 426 20 HOH WAT . 
K 5 HOH A 18 427 21 HOH WAT . 
K 5 HOH A 19 428 22 HOH WAT . 
K 5 HOH A 20 429 23 HOH WAT . 
K 5 HOH A 21 430 25 HOH WAT . 
K 5 HOH A 22 431 26 HOH WAT . 
K 5 HOH A 23 432 27 HOH WAT . 
K 5 HOH A 24 433 28 HOH WAT . 
K 5 HOH A 25 434 29 HOH WAT . 
K 5 HOH A 26 435 30 HOH WAT . 
K 5 HOH A 27 436 31 HOH WAT . 
K 5 HOH A 28 437 32 HOH WAT . 
K 5 HOH A 29 438 33 HOH WAT . 
K 5 HOH A 30 439 34 HOH WAT . 
K 5 HOH A 31 440 35 HOH WAT . 
K 5 HOH A 32 441 36 HOH WAT . 
K 5 HOH A 33 442 37 HOH WAT . 
K 5 HOH A 34 443 38 HOH WAT . 
K 5 HOH A 35 444 39 HOH WAT . 
K 5 HOH A 36 445 40 HOH WAT . 
K 5 HOH A 37 446 41 HOH WAT . 
K 5 HOH A 38 447 42 HOH WAT . 
K 5 HOH A 39 448 43 HOH WAT . 
K 5 HOH A 40 449 44 HOH WAT . 
K 5 HOH A 41 450 46 HOH WAT . 
K 5 HOH A 42 451 47 HOH WAT . 
K 5 HOH A 43 452 48 HOH WAT . 
K 5 HOH A 44 453 49 HOH WAT . 
K 5 HOH A 45 454 51 HOH WAT . 
K 5 HOH A 46 455 52 HOH WAT . 
K 5 HOH A 47 456 53 HOH WAT . 
K 5 HOH A 48 457 54 HOH WAT . 
K 5 HOH A 49 458 55 HOH WAT . 
K 5 HOH A 50 459 56 HOH WAT . 
K 5 HOH A 51 460 57 HOH WAT . 
K 5 HOH A 52 461 58 HOH WAT . 
K 5 HOH A 53 462 59 HOH WAT . 
K 5 HOH A 54 463 61 HOH WAT . 
K 5 HOH A 55 464 62 HOH WAT . 
K 5 HOH A 56 465 63 HOH WAT . 
K 5 HOH A 57 466 64 HOH WAT . 
K 5 HOH A 58 467 65 HOH WAT . 
K 5 HOH A 59 468 66 HOH WAT . 
K 5 HOH A 60 469 67 HOH WAT . 
K 5 HOH A 61 470 68 HOH WAT . 
K 5 HOH A 62 471 69 HOH WAT . 
K 5 HOH A 63 472 70 HOH WAT . 
K 5 HOH A 64 473 71 HOH WAT . 
K 5 HOH A 65 474 72 HOH WAT . 
K 5 HOH A 66 475 73 HOH WAT . 
K 5 HOH A 67 476 74 HOH WAT . 
K 5 HOH A 68 477 75 HOH WAT . 
K 5 HOH A 69 478 77 HOH WAT . 
K 5 HOH A 70 479 78 HOH WAT . 
K 5 HOH A 71 480 79 HOH WAT . 
K 5 HOH A 72 481 80 HOH WAT . 
K 5 HOH A 73 482 81 HOH WAT . 
K 5 HOH A 74 483 82 HOH WAT . 
K 5 HOH A 75 484 83 HOH WAT . 
K 5 HOH A 76 485 84 HOH WAT . 
K 5 HOH A 77 486 85 HOH WAT . 
K 5 HOH A 78 487 86 HOH WAT . 
K 5 HOH A 79 488 87 HOH WAT . 
K 5 HOH A 80 489 88 HOH WAT . 
K 5 HOH A 81 490 89 HOH WAT . 
K 5 HOH A 82 491 90 HOH WAT . 
K 5 HOH A 83 492 91 HOH WAT . 
K 5 HOH A 84 493 93 HOH WAT . 
K 5 HOH A 85 494 95 HOH WAT . 
K 5 HOH A 86 495 96 HOH WAT . 
K 5 HOH A 87 496 97 HOH WAT . 
K 5 HOH A 88 497 98 HOH WAT . 
K 5 HOH A 89 498 99 HOH WAT . 
K 5 HOH A 90 499 100 HOH WAT . 
K 5 HOH A 91 500 101 HOH WAT . 
K 5 HOH A 92 501 102 HOH WAT . 
K 5 HOH A 93 502 103 HOH WAT . 
K 5 HOH A 94 503 105 HOH WAT . 
K 5 HOH A 95 504 106 HOH WAT . 
K 5 HOH A 96 505 107 HOH WAT . 
K 5 HOH A 97 506 108 HOH WAT . 
K 5 HOH A 98 507 110 HOH WAT . 
K 5 HOH A 99 508 111 HOH WAT . 
K 5 HOH A 100 509 112 HOH WAT . 
K 5 HOH A 101 510 113 HOH WAT . 
K 5 HOH A 102 511 114 HOH WAT . 
K 5 HOH A 103 512 116 HOH WAT . 
K 5 HOH A 104 513 117 HOH WAT . 
K 5 HOH A 105 514 119 HOH WAT . 
K 5 HOH A 106 515 120 HOH WAT . 
K 5 HOH A 107 516 121 HOH WAT . 
K 5 HOH A 108 517 122 HOH WAT . 
K 5 HOH A 109 518 123 HOH WAT . 
K 5 HOH A 110 519 124 HOH WAT . 
K 5 HOH A 111 520 125 HOH WAT . 
K 5 HOH A 112 521 126 HOH WAT . 
K 5 HOH A 113 522 127 HOH WAT . 
K 5 HOH A 114 523 129 HOH WAT . 
K 5 HOH A 115 524 131 HOH WAT . 
K 5 HOH A 116 525 132 HOH WAT . 
K 5 HOH A 117 526 134 HOH WAT . 
K 5 HOH A 118 527 136 HOH WAT . 
K 5 HOH A 119 528 137 HOH WAT . 
K 5 HOH A 120 529 138 HOH WAT . 
K 5 HOH A 121 530 141 HOH WAT . 
K 5 HOH A 122 531 144 HOH WAT . 
K 5 HOH A 123 532 145 HOH WAT . 
K 5 HOH A 124 533 146 HOH WAT . 
K 5 HOH A 125 534 147 HOH WAT . 
K 5 HOH A 126 535 148 HOH WAT . 
K 5 HOH A 127 536 149 HOH WAT . 
K 5 HOH A 128 537 150 HOH WAT . 
K 5 HOH A 129 538 151 HOH WAT . 
K 5 HOH A 130 539 152 HOH WAT . 
K 5 HOH A 131 540 153 HOH WAT . 
K 5 HOH A 132 541 155 HOH WAT . 
K 5 HOH A 133 542 156 HOH WAT . 
K 5 HOH A 134 543 157 HOH WAT . 
K 5 HOH A 135 544 158 HOH WAT . 
K 5 HOH A 136 545 159 HOH WAT . 
K 5 HOH A 137 546 161 HOH WAT . 
K 5 HOH A 138 547 163 HOH WAT . 
K 5 HOH A 139 548 164 HOH WAT . 
K 5 HOH A 140 549 166 HOH WAT . 
K 5 HOH A 141 550 167 HOH WAT . 
K 5 HOH A 142 551 168 HOH WAT . 
K 5 HOH A 143 552 169 HOH WAT . 
K 5 HOH A 144 553 170 HOH WAT . 
K 5 HOH A 145 554 171 HOH WAT . 
K 5 HOH A 146 555 172 HOH WAT . 
K 5 HOH A 147 556 175 HOH WAT . 
K 5 HOH A 148 557 176 HOH WAT . 
K 5 HOH A 149 558 177 HOH WAT . 
K 5 HOH A 150 559 178 HOH WAT . 
K 5 HOH A 151 560 179 HOH WAT . 
K 5 HOH A 152 561 181 HOH WAT . 
K 5 HOH A 153 562 182 HOH WAT . 
K 5 HOH A 154 563 183 HOH WAT . 
K 5 HOH A 155 564 184 HOH WAT . 
K 5 HOH A 156 565 185 HOH WAT . 
K 5 HOH A 157 566 186 HOH WAT . 
K 5 HOH A 158 567 187 HOH WAT . 
K 5 HOH A 159 568 189 HOH WAT . 
K 5 HOH A 160 569 190 HOH WAT . 
K 5 HOH A 161 570 193 HOH WAT . 
K 5 HOH A 162 571 194 HOH WAT . 
K 5 HOH A 163 572 195 HOH WAT . 
K 5 HOH A 164 573 196 HOH WAT . 
K 5 HOH A 165 574 197 HOH WAT . 
K 5 HOH A 166 575 198 HOH WAT . 
K 5 HOH A 167 576 199 HOH WAT . 
K 5 HOH A 168 577 200 HOH WAT . 
K 5 HOH A 169 578 201 HOH WAT . 
K 5 HOH A 170 579 202 HOH WAT . 
K 5 HOH A 171 580 204 HOH WAT . 
K 5 HOH A 172 581 205 HOH WAT . 
K 5 HOH A 173 582 207 HOH WAT . 
K 5 HOH A 174 583 209 HOH WAT . 
K 5 HOH A 175 584 210 HOH WAT . 
K 5 HOH A 176 585 212 HOH WAT . 
K 5 HOH A 177 586 213 HOH WAT . 
K 5 HOH A 178 587 214 HOH WAT . 
K 5 HOH A 179 588 215 HOH WAT . 
K 5 HOH A 180 589 217 HOH WAT . 
K 5 HOH A 181 590 219 HOH WAT . 
K 5 HOH A 182 591 222 HOH WAT . 
K 5 HOH A 183 592 223 HOH WAT . 
K 5 HOH A 184 593 224 HOH WAT . 
K 5 HOH A 185 594 225 HOH WAT . 
K 5 HOH A 186 595 226 HOH WAT . 
K 5 HOH A 187 596 227 HOH WAT . 
K 5 HOH A 188 597 228 HOH WAT . 
K 5 HOH A 189 598 229 HOH WAT . 
K 5 HOH A 190 599 230 HOH WAT . 
K 5 HOH A 191 600 231 HOH WAT . 
K 5 HOH A 192 601 232 HOH WAT . 
K 5 HOH A 193 602 233 HOH WAT . 
K 5 HOH A 194 603 234 HOH WAT . 
K 5 HOH A 195 604 235 HOH WAT . 
K 5 HOH A 196 605 237 HOH WAT . 
K 5 HOH A 197 606 240 HOH WAT . 
K 5 HOH A 198 607 242 HOH WAT . 
K 5 HOH A 199 608 243 HOH WAT . 
K 5 HOH A 200 609 244 HOH WAT . 
K 5 HOH A 201 610 248 HOH WAT . 
K 5 HOH A 202 611 254 HOH WAT . 
K 5 HOH A 203 612 255 HOH WAT . 
K 5 HOH A 204 613 257 HOH WAT . 
K 5 HOH A 205 614 258 HOH WAT . 
K 5 HOH A 206 615 261 HOH WAT . 
K 5 HOH A 207 616 262 HOH WAT . 
K 5 HOH A 208 617 263 HOH WAT . 
K 5 HOH A 209 618 264 HOH WAT . 
K 5 HOH A 210 619 265 HOH WAT . 
K 5 HOH A 211 620 266 HOH WAT . 
K 5 HOH A 212 621 267 HOH WAT . 
K 5 HOH A 213 622 268 HOH WAT . 
K 5 HOH A 214 623 269 HOH WAT . 
K 5 HOH A 215 624 270 HOH WAT . 
K 5 HOH A 216 625 271 HOH WAT . 
K 5 HOH A 217 626 272 HOH WAT . 
K 5 HOH A 218 627 273 HOH WAT . 
K 5 HOH A 219 628 274 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 GOL . . . H 4 35.161 52.729 91.1 1 54.6 ? C1 GOL 401 A 1 
HETATM 2 O O1 GOL . . . H 4 35.532 53.204 89.803 1 55.69 ? O1 GOL 401 A 1 
HETATM 3 C C2 GOL . . . H 4 33.802 51.998 91.017 1 54.02 ? C2 GOL 401 A 1 
HETATM 4 O O2 GOL . . . H 4 32.811 52.939 90.52 1 55.86 ? O2 GOL 401 A 1 
HETATM 5 C C3 GOL . . . H 4 33.298 51.4 92.34 1 52.17 ? C3 GOL 401 A 1 
HETATM 6 O O3 GOL . . . H 4 34.156 50.562 93.126 1 48.46 ? O3 GOL 401 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              6 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    19 
_model_server_stats.query_time_ms           305 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           6 
#