data_1F9Z # _model_server_result.job_id n5JkqjN4JkRPpfORtgXLwg _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 17:14:15' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1f9z # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1200}' # _entry.id 1F9Z # _exptl.entry_id 1F9Z _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 58.693 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'NICKEL (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 95.44 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1F9Z _cell.length_a 46.047 _cell.length_b 56.478 _cell.length_c 46.705 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1F9Z _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 5 A HIS 5 1_555 C NI NI . A NI 1200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 56 A GLU 56 1_555 C NI NI . A NI 1200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 74 A HIS 74 1_555 D NI NI . A NI 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 122 A GLU 122 1_555 D NI NI . A NI 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc5 C NI NI . A NI 1200 1_555 B NE2 HIS 74 B HIS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc6 C NI NI . A NI 1200 1_555 B OE1 GLU 122 B GLU 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc7 C NI NI . A NI 1200 1_555 F O HOH . B HOH 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc8 C NI NI . A NI 1200 1_555 F O HOH . B HOH 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc9 D NI NI . A NI 1201 1_555 E O HOH . A HOH 1213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc10 D NI NI . A NI 1201 1_555 B NE2 HIS 5 B HIS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc11 D NI NI . A NI 1201 1_555 B OE1 GLU 56 B GLU 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc12 D NI NI . A NI 1201 1_555 F O HOH . B HOH 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? # _chem_comp.formula 'Ni 2' _chem_comp.formula_weight 58.693 _chem_comp.id NI _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'NICKEL (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1F9Z _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021717 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002068 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.017706 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.021508 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 NI A 1 1200 200 NI NI . D 2 NI A 1 1201 200 NI NI . E 3 HOH A 1 1202 3 HOH WAT . E 3 HOH A 2 1203 7 HOH WAT . E 3 HOH A 3 1204 8 HOH WAT . E 3 HOH A 4 1205 9 HOH WAT . E 3 HOH A 5 1206 10 HOH WAT . E 3 HOH A 6 1207 20 HOH WAT . E 3 HOH A 7 1208 23 HOH WAT . E 3 HOH A 8 1209 25 HOH WAT . E 3 HOH A 9 1210 31 HOH WAT . E 3 HOH A 10 1211 34 HOH WAT . E 3 HOH A 11 1212 35 HOH WAT . E 3 HOH A 12 1213 36 HOH WAT . E 3 HOH A 13 1214 37 HOH WAT . E 3 HOH A 14 1215 38 HOH WAT . E 3 HOH A 15 1216 40 HOH WAT . E 3 HOH A 16 1217 43 HOH WAT . E 3 HOH A 17 1218 44 HOH WAT . E 3 HOH A 18 1219 47 HOH WAT . E 3 HOH A 19 1220 48 HOH WAT . E 3 HOH A 20 1221 49 HOH WAT . E 3 HOH A 21 1222 53 HOH WAT . E 3 HOH A 22 1223 56 HOH WAT . E 3 HOH A 23 1224 58 HOH WAT . E 3 HOH A 24 1225 59 HOH WAT . E 3 HOH A 25 1226 61 HOH WAT . E 3 HOH A 26 1227 62 HOH WAT . E 3 HOH A 27 1228 63 HOH WAT . E 3 HOH A 28 1229 64 HOH WAT . E 3 HOH A 29 1230 65 HOH WAT . E 3 HOH A 30 1231 66 HOH WAT . E 3 HOH A 31 1232 70 HOH WAT . E 3 HOH A 32 1233 71 HOH WAT . E 3 HOH A 33 1234 73 HOH WAT . E 3 HOH A 34 1235 74 HOH WAT . E 3 HOH A 35 1236 75 HOH WAT . E 3 HOH A 36 1237 80 HOH WAT . E 3 HOH A 37 1238 82 HOH WAT . E 3 HOH A 38 1239 84 HOH WAT . E 3 HOH A 39 1240 85 HOH WAT . E 3 HOH A 40 1241 87 HOH WAT . E 3 HOH A 41 1242 88 HOH WAT . E 3 HOH A 42 1243 89 HOH WAT . E 3 HOH A 43 1244 91 HOH WAT . E 3 HOH A 44 1245 94 HOH WAT . E 3 HOH A 45 1246 96 HOH WAT . E 3 HOH A 46 1247 102 HOH WAT . E 3 HOH A 47 1248 105 HOH WAT . E 3 HOH A 48 1249 106 HOH WAT . E 3 HOH A 49 1250 107 HOH WAT . E 3 HOH A 50 1251 111 HOH WAT . E 3 HOH A 51 1252 117 HOH WAT . E 3 HOH A 52 1253 119 HOH WAT . E 3 HOH A 53 1254 120 HOH WAT . E 3 HOH A 54 1255 121 HOH WAT . E 3 HOH A 55 1256 125 HOH WAT . E 3 HOH A 56 1257 126 HOH WAT . E 3 HOH A 57 1258 127 HOH WAT . E 3 HOH A 58 1259 128 HOH WAT . E 3 HOH A 59 1260 131 HOH WAT . E 3 HOH A 60 1261 135 HOH WAT . E 3 HOH A 61 1262 136 HOH WAT . E 3 HOH A 62 1263 141 HOH WAT . E 3 HOH A 63 1264 147 HOH WAT . E 3 HOH A 64 1265 150 HOH WAT . E 3 HOH A 65 1266 151 HOH WAT . E 3 HOH A 66 1267 152 HOH WAT . E 3 HOH A 67 1268 153 HOH WAT . E 3 HOH A 68 1269 154 HOH WAT . E 3 HOH A 69 1270 157 HOH WAT . E 3 HOH A 70 1271 161 HOH WAT . E 3 HOH A 71 1272 163 HOH WAT . E 3 HOH A 72 1273 167 HOH WAT . E 3 HOH A 73 1274 169 HOH WAT . E 3 HOH A 74 1275 173 HOH WAT . E 3 HOH A 75 1276 174 HOH WAT . E 3 HOH A 76 1277 178 HOH WAT . E 3 HOH A 77 1278 180 HOH WAT . E 3 HOH A 78 1279 181 HOH WAT . E 3 HOH A 79 1280 183 HOH WAT . E 3 HOH A 80 1281 186 HOH WAT . E 3 HOH A 81 1282 192 HOH WAT . E 3 HOH A 82 1283 193 HOH WAT . E 3 HOH A 83 1284 197 HOH WAT . E 3 HOH A 84 1285 198 HOH WAT . E 3 HOH A 85 1286 202 HOH WAT . E 3 HOH A 86 1287 203 HOH WAT . E 3 HOH A 87 1288 206 HOH WAT . E 3 HOH A 88 1289 209 HOH WAT . E 3 HOH A 89 1290 210 HOH WAT . E 3 HOH A 90 1291 211 HOH WAT . E 3 HOH A 91 1292 213 HOH WAT . E 3 HOH A 92 1293 214 HOH WAT . E 3 HOH A 93 1294 216 HOH WAT . E 3 HOH A 94 1295 217 HOH WAT . E 3 HOH A 95 1296 219 HOH WAT . E 3 HOH A 96 1297 222 HOH WAT . E 3 HOH A 97 1298 226 HOH WAT . E 3 HOH A 98 1299 227 HOH WAT . E 3 HOH A 99 1300 229 HOH WAT . E 3 HOH A 100 1301 230 HOH WAT . E 3 HOH A 101 1302 232 HOH WAT . E 3 HOH A 102 1303 233 HOH WAT . E 3 HOH A 103 1304 236 HOH WAT . E 3 HOH A 104 1305 238 HOH WAT . E 3 HOH A 105 1306 240 HOH WAT . E 3 HOH A 106 1307 242 HOH WAT . E 3 HOH A 107 1308 244 HOH WAT . E 3 HOH A 108 1309 251 HOH WAT . E 3 HOH A 109 1310 255 HOH WAT . E 3 HOH A 110 1311 256 HOH WAT . E 3 HOH A 111 1312 257 HOH WAT . E 3 HOH A 112 1313 258 HOH WAT . E 3 HOH A 113 1314 259 HOH WAT . E 3 HOH A 114 1315 261 HOH WAT . F 3 HOH B 1 136 1 HOH WAT . F 3 HOH B 2 137 2 HOH WAT . F 3 HOH B 3 138 4 HOH WAT . F 3 HOH B 4 139 5 HOH WAT . F 3 HOH B 5 140 6 HOH WAT . F 3 HOH B 6 141 11 HOH WAT . F 3 HOH B 7 142 12 HOH WAT . F 3 HOH B 8 143 13 HOH WAT . F 3 HOH B 9 144 14 HOH WAT . F 3 HOH B 10 145 15 HOH WAT . F 3 HOH B 11 146 16 HOH WAT . F 3 HOH B 12 147 17 HOH WAT . F 3 HOH B 13 148 18 HOH WAT . F 3 HOH B 14 149 19 HOH WAT . F 3 HOH B 15 150 21 HOH WAT . F 3 HOH B 16 151 22 HOH WAT . F 3 HOH B 17 152 24 HOH WAT . F 3 HOH B 18 153 26 HOH WAT . F 3 HOH B 19 154 27 HOH WAT . F 3 HOH B 20 155 28 HOH WAT . F 3 HOH B 21 156 29 HOH WAT . F 3 HOH B 22 157 30 HOH WAT . F 3 HOH B 23 158 32 HOH WAT . F 3 HOH B 24 159 33 HOH WAT . F 3 HOH B 25 160 39 HOH WAT . F 3 HOH B 26 161 41 HOH WAT . F 3 HOH B 27 162 42 HOH WAT . F 3 HOH B 28 163 45 HOH WAT . F 3 HOH B 29 164 46 HOH WAT . F 3 HOH B 30 165 50 HOH WAT . F 3 HOH B 31 166 51 HOH WAT . F 3 HOH B 32 167 52 HOH WAT . F 3 HOH B 33 168 54 HOH WAT . F 3 HOH B 34 169 55 HOH WAT . F 3 HOH B 35 170 57 HOH WAT . F 3 HOH B 36 171 60 HOH WAT . F 3 HOH B 37 172 67 HOH WAT . F 3 HOH B 38 173 68 HOH WAT . F 3 HOH B 39 174 69 HOH WAT . F 3 HOH B 40 175 72 HOH WAT . F 3 HOH B 41 176 76 HOH WAT . F 3 HOH B 42 177 77 HOH WAT . F 3 HOH B 43 178 78 HOH WAT . F 3 HOH B 44 179 79 HOH WAT . F 3 HOH B 45 180 81 HOH WAT . F 3 HOH B 46 181 83 HOH WAT . F 3 HOH B 47 182 86 HOH WAT . F 3 HOH B 48 183 90 HOH WAT . F 3 HOH B 49 184 92 HOH WAT . F 3 HOH B 50 185 93 HOH WAT . F 3 HOH B 51 186 95 HOH WAT . F 3 HOH B 52 187 97 HOH WAT . F 3 HOH B 53 188 98 HOH WAT . F 3 HOH B 54 189 99 HOH WAT . F 3 HOH B 55 190 100 HOH WAT . F 3 HOH B 56 191 101 HOH WAT . F 3 HOH B 57 192 103 HOH WAT . F 3 HOH B 58 193 104 HOH WAT . F 3 HOH B 59 194 108 HOH WAT . F 3 HOH B 60 195 109 HOH WAT . F 3 HOH B 61 196 110 HOH WAT . F 3 HOH B 62 197 112 HOH WAT . F 3 HOH B 63 198 113 HOH WAT . F 3 HOH B 64 199 114 HOH WAT . F 3 HOH B 65 200 115 HOH WAT . F 3 HOH B 66 201 116 HOH WAT . F 3 HOH B 67 202 118 HOH WAT . F 3 HOH B 68 203 122 HOH WAT . F 3 HOH B 69 204 123 HOH WAT . F 3 HOH B 70 205 124 HOH WAT . F 3 HOH B 71 206 129 HOH WAT . F 3 HOH B 72 207 130 HOH WAT . F 3 HOH B 73 208 132 HOH WAT . F 3 HOH B 74 209 133 HOH WAT . F 3 HOH B 75 210 134 HOH WAT . F 3 HOH B 76 211 137 HOH WAT . F 3 HOH B 77 212 138 HOH WAT . F 3 HOH B 78 213 139 HOH WAT . F 3 HOH B 79 214 140 HOH WAT . F 3 HOH B 80 215 142 HOH WAT . F 3 HOH B 81 216 143 HOH WAT . F 3 HOH B 82 217 144 HOH WAT . F 3 HOH B 83 218 145 HOH WAT . F 3 HOH B 84 219 146 HOH WAT . F 3 HOH B 85 220 148 HOH WAT . F 3 HOH B 86 221 149 HOH WAT . F 3 HOH B 87 222 155 HOH WAT . F 3 HOH B 88 223 156 HOH WAT . F 3 HOH B 89 224 158 HOH WAT . F 3 HOH B 90 225 159 HOH WAT . F 3 HOH B 91 226 160 HOH WAT . F 3 HOH B 92 227 162 HOH WAT . F 3 HOH B 93 228 164 HOH WAT . F 3 HOH B 94 229 165 HOH WAT . F 3 HOH B 95 230 166 HOH WAT . F 3 HOH B 96 231 168 HOH WAT . F 3 HOH B 97 232 170 HOH WAT . F 3 HOH B 98 233 171 HOH WAT . F 3 HOH B 99 234 172 HOH WAT . F 3 HOH B 100 235 175 HOH WAT . F 3 HOH B 101 236 176 HOH WAT . F 3 HOH B 102 237 177 HOH WAT . F 3 HOH B 103 238 179 HOH WAT . F 3 HOH B 104 239 182 HOH WAT . F 3 HOH B 105 240 184 HOH WAT . F 3 HOH B 106 241 185 HOH WAT . F 3 HOH B 107 242 187 HOH WAT . F 3 HOH B 108 243 188 HOH WAT . F 3 HOH B 109 244 189 HOH WAT . F 3 HOH B 110 245 190 HOH WAT . F 3 HOH B 111 246 191 HOH WAT . F 3 HOH B 112 247 194 HOH WAT . F 3 HOH B 113 248 195 HOH WAT . F 3 HOH B 114 249 196 HOH WAT . F 3 HOH B 115 250 199 HOH WAT . F 3 HOH B 116 251 200 HOH WAT . F 3 HOH B 117 252 201 HOH WAT . F 3 HOH B 118 253 204 HOH WAT . F 3 HOH B 119 254 205 HOH WAT . F 3 HOH B 120 255 207 HOH WAT . F 3 HOH B 121 256 208 HOH WAT . F 3 HOH B 122 257 212 HOH WAT . F 3 HOH B 123 258 215 HOH WAT . F 3 HOH B 124 259 218 HOH WAT . F 3 HOH B 125 260 220 HOH WAT . F 3 HOH B 126 261 221 HOH WAT . F 3 HOH B 127 262 223 HOH WAT . F 3 HOH B 128 263 224 HOH WAT . F 3 HOH B 129 264 225 HOH WAT . F 3 HOH B 130 265 228 HOH WAT . F 3 HOH B 131 266 231 HOH WAT . F 3 HOH B 132 267 234 HOH WAT . F 3 HOH B 133 268 235 HOH WAT . F 3 HOH B 134 269 237 HOH WAT . F 3 HOH B 135 270 239 HOH WAT . F 3 HOH B 136 271 241 HOH WAT . F 3 HOH B 137 272 243 HOH WAT . F 3 HOH B 138 273 245 HOH WAT . F 3 HOH B 139 274 246 HOH WAT . F 3 HOH B 140 275 247 HOH WAT . F 3 HOH B 141 276 248 HOH WAT . F 3 HOH B 142 277 249 HOH WAT . F 3 HOH B 143 278 250 HOH WAT . F 3 HOH B 144 279 252 HOH WAT . F 3 HOH B 145 280 253 HOH WAT . F 3 HOH B 146 281 254 HOH WAT . F 3 HOH B 147 282 260 HOH WAT . F 3 HOH B 148 283 262 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NI _atom_site.label_atom_id NI _atom_site.label_comp_id NI _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 41.57 _atom_site.Cartn_y 29.563 _atom_site.Cartn_z 14.101 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 17.93 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NI _atom_site.auth_comp_id NI _atom_site.auth_seq_id 1200 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 86 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 613 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #