data_1FJ3 # _model_server_result.job_id M9qvfkLC94EBHhYGDDPJgg _model_server_result.datetime_utc '2025-07-31 02:11:38' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1fj3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":505}' # _entry.id 1FJ3 # _exptl.entry_id 1FJ3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 78.133 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'DIMETHYL SULFOXIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1FJ3 _cell.length_a 94.01 _cell.length_b 94.01 _cell.length_c 131.03 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1FJ3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id G _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 57 A ASP 57 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 57 A ASP 57 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 59 A ASP 59 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc4 A O GLN 61 A GLN 61 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 138 A ASP 138 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 142 A HIS 142 1_555 B ZN ZN . A ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? metalc ? metalc7 A NE2 HIS 146 A HIS 146 1_555 B ZN ZN . A ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 166 A GLU 166 1_555 B ZN ZN . A ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 166 A GLU 166 1_555 B ZN ZN . A ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 177 A GLU 177 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 177 A GLU 177 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 177 A GLU 177 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc13 A O ASN 183 A ASN 183 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 185 A ASP 185 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 185 A ASP 185 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc16 A O GLU 187 A GLU 187 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 190 A GLU 190 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc18 A OE2 GLU 190 A GLU 190 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc19 A OE2 GLU 190 A GLU 190 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc20 A O TYR 193 A TYR 193 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc21 A OG1 THR 194 A THR 194 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? metalc ? metalc22 A O THR 194 A THR 194 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc23 A O ILE 197 A ILE 197 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc24 A OD1 ASP 200 A ASP 200 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc25 B ZN ZN . A ZN 500 1_555 J O HOH . A HOH 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc26 C CA CA . A CA 501 1_555 J O HOH . A HOH 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc27 D CA CA . A CA 502 1_555 J O HOH . A HOH 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc28 D CA CA . A CA 502 1_555 J O HOH . A HOH 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc29 E CA CA . A CA 503 1_555 J O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc30 E CA CA . A CA 503 1_555 J O HOH . A HOH 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc31 E CA CA . A CA 503 1_555 J O HOH . A HOH 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc32 F CA CA . A CA 504 1_555 J O HOH . A HOH 544 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc33 F CA CA . A CA 504 1_555 J O HOH . A HOH 571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O S' _chem_comp.formula_weight 78.133 _chem_comp.id DMS _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'DIMETHYL SULFOXIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O DMS doub 79 n n S C1 DMS sing 80 n n S C2 DMS sing 81 n n C1 H11 DMS sing 82 n n C1 H12 DMS sing 83 n n C1 H13 DMS sing 84 n n C2 H21 DMS sing 85 n n C2 H22 DMS sing 86 n n C2 H23 DMS sing 87 n n # _atom_sites.entry_id 1FJ3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010637 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006141 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012283 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007632 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN A 1 500 1 ZN ZN . C 3 CA A 1 501 2 CA CA . D 3 CA A 1 502 3 CA CA . E 3 CA A 1 503 4 CA CA . F 3 CA A 1 504 5 CA CA . G 4 DMS A 1 505 1 DMS DMS . H 5 ACN A 1 506 1 ACN ACN . I 5 ACN A 1 507 2 ACN ACN . J 6 HOH A 1 508 1 HOH WAT . J 6 HOH A 2 509 2 HOH WAT . J 6 HOH A 3 510 3 HOH WAT . J 6 HOH A 4 511 4 HOH WAT . J 6 HOH A 5 512 5 HOH WAT . J 6 HOH A 6 513 6 HOH WAT . J 6 HOH A 7 514 7 HOH WAT . J 6 HOH A 8 515 9 HOH WAT . J 6 HOH A 9 516 10 HOH WAT . J 6 HOH A 10 517 11 HOH WAT . J 6 HOH A 11 518 12 HOH WAT . J 6 HOH A 12 519 13 HOH WAT . J 6 HOH A 13 520 14 HOH WAT . J 6 HOH A 14 521 15 HOH WAT . J 6 HOH A 15 522 16 HOH WAT . J 6 HOH A 16 523 17 HOH WAT . J 6 HOH A 17 524 18 HOH WAT . J 6 HOH A 18 525 19 HOH WAT . J 6 HOH A 19 526 20 HOH WAT . J 6 HOH A 20 527 21 HOH WAT . J 6 HOH A 21 528 22 HOH WAT . J 6 HOH A 22 529 23 HOH WAT . J 6 HOH A 23 530 24 HOH WAT . J 6 HOH A 24 531 25 HOH WAT . J 6 HOH A 25 532 26 HOH WAT . J 6 HOH A 26 533 27 HOH WAT . J 6 HOH A 27 534 28 HOH WAT . J 6 HOH A 28 535 29 HOH WAT . J 6 HOH A 29 536 30 HOH WAT . J 6 HOH A 30 537 31 HOH WAT . J 6 HOH A 31 538 32 HOH WAT . J 6 HOH A 32 539 33 HOH WAT . J 6 HOH A 33 540 34 HOH WAT . J 6 HOH A 34 541 35 HOH WAT . J 6 HOH A 35 542 36 HOH WAT . J 6 HOH A 36 543 37 HOH WAT . J 6 HOH A 37 544 38 HOH WAT . J 6 HOH A 38 545 39 HOH WAT . J 6 HOH A 39 546 40 HOH WAT . J 6 HOH A 40 547 41 HOH WAT . J 6 HOH A 41 548 42 HOH WAT . J 6 HOH A 42 549 43 HOH WAT . J 6 HOH A 43 550 44 HOH WAT . J 6 HOH A 44 551 45 HOH WAT . J 6 HOH A 45 552 46 HOH WAT . J 6 HOH A 46 553 47 HOH WAT . J 6 HOH A 47 554 48 HOH WAT . J 6 HOH A 48 555 49 HOH WAT . J 6 HOH A 49 556 50 HOH WAT . J 6 HOH A 50 557 51 HOH WAT . J 6 HOH A 51 558 52 HOH WAT . J 6 HOH A 52 559 53 HOH WAT . J 6 HOH A 53 560 54 HOH WAT . J 6 HOH A 54 561 55 HOH WAT . J 6 HOH A 55 562 56 HOH WAT . J 6 HOH A 56 563 57 HOH WAT . J 6 HOH A 57 564 58 HOH WAT . J 6 HOH A 58 565 59 HOH WAT . J 6 HOH A 59 566 60 HOH WAT . J 6 HOH A 60 567 61 HOH WAT . J 6 HOH A 61 568 62 HOH WAT . J 6 HOH A 62 569 63 HOH WAT . J 6 HOH A 63 570 64 HOH WAT . J 6 HOH A 64 571 65 HOH WAT . J 6 HOH A 65 572 66 HOH WAT . J 6 HOH A 66 573 67 HOH WAT . J 6 HOH A 67 574 68 HOH WAT . J 6 HOH A 68 575 69 HOH WAT . J 6 HOH A 69 576 70 HOH WAT . J 6 HOH A 70 577 71 HOH WAT . J 6 HOH A 71 578 72 HOH WAT . J 6 HOH A 72 579 73 HOH WAT . J 6 HOH A 73 580 74 HOH WAT . J 6 HOH A 74 581 75 HOH WAT . J 6 HOH A 75 582 76 HOH WAT . J 6 HOH A 76 583 77 HOH WAT . J 6 HOH A 77 584 78 HOH WAT . J 6 HOH A 78 585 79 HOH WAT . J 6 HOH A 79 586 80 HOH WAT . J 6 HOH A 80 587 81 HOH WAT . J 6 HOH A 81 588 82 HOH WAT . J 6 HOH A 82 589 83 HOH WAT . J 6 HOH A 83 590 84 HOH WAT . J 6 HOH A 84 591 85 HOH WAT . J 6 HOH A 85 592 86 HOH WAT . J 6 HOH A 86 593 87 HOH WAT . J 6 HOH A 87 594 88 HOH WAT . J 6 HOH A 88 595 89 HOH WAT . J 6 HOH A 89 596 91 HOH WAT . J 6 HOH A 90 597 92 HOH WAT . J 6 HOH A 91 598 93 HOH WAT . J 6 HOH A 92 599 94 HOH WAT . J 6 HOH A 93 600 96 HOH WAT . J 6 HOH A 94 601 97 HOH WAT . J 6 HOH A 95 602 98 HOH WAT . J 6 HOH A 96 603 99 HOH WAT . J 6 HOH A 97 604 100 HOH WAT . J 6 HOH A 98 605 101 HOH WAT . J 6 HOH A 99 606 103 HOH WAT . J 6 HOH A 100 607 104 HOH WAT . J 6 HOH A 101 608 105 HOH WAT . J 6 HOH A 102 609 108 HOH WAT . J 6 HOH A 103 610 109 HOH WAT . J 6 HOH A 104 611 110 HOH WAT . J 6 HOH A 105 612 111 HOH WAT . J 6 HOH A 106 613 113 HOH WAT . J 6 HOH A 107 614 114 HOH WAT . J 6 HOH A 108 615 115 HOH WAT . J 6 HOH A 109 616 116 HOH WAT . J 6 HOH A 110 617 117 HOH WAT . J 6 HOH A 111 618 120 HOH WAT . J 6 HOH A 112 619 121 HOH WAT . J 6 HOH A 113 620 122 HOH WAT . J 6 HOH A 114 621 123 HOH WAT . J 6 HOH A 115 622 124 HOH WAT . J 6 HOH A 116 623 126 HOH WAT . J 6 HOH A 117 624 130 HOH WAT . J 6 HOH A 118 625 132 HOH WAT . J 6 HOH A 119 626 137 HOH WAT . J 6 HOH A 120 627 140 HOH WAT . J 6 HOH A 121 628 144 HOH WAT . J 6 HOH A 122 629 147 HOH WAT . J 6 HOH A 123 630 148 HOH WAT . J 6 HOH A 124 631 149 HOH WAT . J 6 HOH A 125 632 150 HOH WAT . J 6 HOH A 126 633 151 HOH WAT . J 6 HOH A 127 634 152 HOH WAT . J 6 HOH A 128 635 153 HOH WAT . J 6 HOH A 129 636 154 HOH WAT . J 6 HOH A 130 637 155 HOH WAT . J 6 HOH A 131 638 156 HOH WAT . J 6 HOH A 132 639 157 HOH WAT . J 6 HOH A 133 640 158 HOH WAT . J 6 HOH A 134 641 159 HOH WAT . J 6 HOH A 135 642 160 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S DMS . . . G 4 63.651 45.802 -11.471 1 62.22 ? S DMS 505 A 1 HETATM 2 O O DMS . . . G 4 63.836 45.66 -12.921 1 59.06 ? O DMS 505 A 1 HETATM 3 C C1 DMS . . . G 4 63.714 47.5 -10.964 1 62.28 ? C1 DMS 505 A 1 HETATM 4 C C2 DMS . . . G 4 62.101 45.099 -10.859 1 57.5 ? C2 DMS 505 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 248 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 4 #