data_1FUY # _model_server_result.job_id OzYhmZPyvR6N6LepkpRM3Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 07:01:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1fuy # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":401}' # _entry.id 1FUY # _exptl.entry_id 1FUY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 247.142 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 95.75 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1FUY _cell.length_a 184 _cell.length_b 60.7 _cell.length_c 67.4 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1FUY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,y,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 184 0 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B NZ LYS 86 B LYS 87 1_555 E C4A PLP . B PLP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? metalc ? metalc1 B O GLY 231 B GLY 232 1_555 D NA NA . B NA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc2 B O PHE 305 B PHE 306 1_555 D NA NA . B NA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc3 B O SER 307 B SER 308 1_555 D NA NA . B NA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc4 D NA NA . B NA 400 1_555 G O HOH . B HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc5 D NA NA . B NA 400 1_555 G O HOH . B HOH 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? # _chem_comp.formula 'C8 H10 N O6 P' _chem_comp.formula_weight 247.142 _chem_comp.id PLP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'VITAMIN B6 Phosphate' # _atom_sites.entry_id 1FUY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005435 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000547 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016474 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014912 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 FIP A 1 269 1 FIP FIP . D 4 NA B 1 400 3 NA NA . E 5 PLP B 1 401 2 PLP PLP . F 6 HOH A 1 270 8 HOH WAT . F 6 HOH A 2 271 12 HOH WAT . F 6 HOH A 3 272 16 HOH WAT . F 6 HOH A 4 273 18 HOH WAT . F 6 HOH A 5 274 21 HOH WAT . F 6 HOH A 6 275 23 HOH WAT . F 6 HOH A 7 276 30 HOH WAT . F 6 HOH A 8 277 31 HOH WAT . F 6 HOH A 9 278 32 HOH WAT . F 6 HOH A 10 279 37 HOH WAT . F 6 HOH A 11 280 38 HOH WAT . F 6 HOH A 12 281 39 HOH WAT . F 6 HOH A 13 282 41 HOH WAT . F 6 HOH A 14 283 44 HOH WAT . F 6 HOH A 15 284 45 HOH WAT . F 6 HOH A 16 285 48 HOH WAT . F 6 HOH A 17 286 52 HOH WAT . F 6 HOH A 18 287 54 HOH WAT . F 6 HOH A 19 288 55 HOH WAT . F 6 HOH A 20 289 57 HOH WAT . F 6 HOH A 21 290 58 HOH WAT . F 6 HOH A 22 291 62 HOH WAT . F 6 HOH A 23 292 65 HOH WAT . F 6 HOH A 24 293 66 HOH WAT . F 6 HOH A 25 294 78 HOH WAT . F 6 HOH A 26 295 81 HOH WAT . F 6 HOH A 27 296 87 HOH WAT . F 6 HOH A 28 297 91 HOH WAT . F 6 HOH A 29 298 94 HOH WAT . F 6 HOH A 30 299 96 HOH WAT . F 6 HOH A 31 300 99 HOH WAT . F 6 HOH A 32 301 103 HOH WAT . F 6 HOH A 33 302 105 HOH WAT . F 6 HOH A 34 303 106 HOH WAT . F 6 HOH A 35 304 107 HOH WAT . F 6 HOH A 36 305 109 HOH WAT . F 6 HOH A 37 306 110 HOH WAT . F 6 HOH A 38 307 117 HOH WAT . F 6 HOH A 39 308 121 HOH WAT . F 6 HOH A 40 309 131 HOH WAT . F 6 HOH A 41 310 134 HOH WAT . F 6 HOH A 42 311 136 HOH WAT . F 6 HOH A 43 312 137 HOH WAT . F 6 HOH A 44 313 138 HOH WAT . F 6 HOH A 45 314 142 HOH WAT . F 6 HOH A 46 315 143 HOH WAT . F 6 HOH A 47 316 144 HOH WAT . F 6 HOH A 48 317 145 HOH WAT . F 6 HOH A 49 318 147 HOH WAT . F 6 HOH A 50 319 148 HOH WAT . F 6 HOH A 51 320 150 HOH WAT . F 6 HOH A 52 321 152 HOH WAT . F 6 HOH A 53 322 157 HOH WAT . F 6 HOH A 54 323 158 HOH WAT . F 6 HOH A 55 324 160 HOH WAT . F 6 HOH A 56 325 162 HOH WAT . F 6 HOH A 57 326 164 HOH WAT . F 6 HOH A 58 327 165 HOH WAT . F 6 HOH A 59 328 166 HOH WAT . F 6 HOH A 60 329 167 HOH WAT . F 6 HOH A 61 330 168 HOH WAT . F 6 HOH A 62 331 173 HOH WAT . F 6 HOH A 63 332 189 HOH WAT . F 6 HOH A 64 333 190 HOH WAT . F 6 HOH A 65 334 191 HOH WAT . G 6 HOH B 1 402 1 HOH WAT . G 6 HOH B 2 403 2 HOH WAT . G 6 HOH B 3 404 3 HOH WAT . G 6 HOH B 4 405 4 HOH WAT . G 6 HOH B 5 406 5 HOH WAT . G 6 HOH B 6 407 6 HOH WAT . G 6 HOH B 7 408 7 HOH WAT . G 6 HOH B 8 409 9 HOH WAT . G 6 HOH B 9 410 10 HOH WAT . G 6 HOH B 10 411 11 HOH WAT . G 6 HOH B 11 412 13 HOH WAT . G 6 HOH B 12 413 14 HOH WAT . G 6 HOH B 13 414 15 HOH WAT . G 6 HOH B 14 415 17 HOH WAT . G 6 HOH B 15 416 19 HOH WAT . G 6 HOH B 16 417 20 HOH WAT . G 6 HOH B 17 418 22 HOH WAT . G 6 HOH B 18 419 24 HOH WAT . G 6 HOH B 19 420 25 HOH WAT . G 6 HOH B 20 421 26 HOH WAT . G 6 HOH B 21 422 27 HOH WAT . G 6 HOH B 22 423 28 HOH WAT . G 6 HOH B 23 424 29 HOH WAT . G 6 HOH B 24 425 33 HOH WAT . G 6 HOH B 25 426 34 HOH WAT . G 6 HOH B 26 427 35 HOH WAT . G 6 HOH B 27 428 36 HOH WAT . G 6 HOH B 28 429 40 HOH WAT . G 6 HOH B 29 430 42 HOH WAT . G 6 HOH B 30 431 43 HOH WAT . G 6 HOH B 31 432 46 HOH WAT . G 6 HOH B 32 433 47 HOH WAT . G 6 HOH B 33 434 49 HOH WAT . G 6 HOH B 34 435 50 HOH WAT . G 6 HOH B 35 436 51 HOH WAT . G 6 HOH B 36 437 53 HOH WAT . G 6 HOH B 37 438 56 HOH WAT . G 6 HOH B 38 439 59 HOH WAT . G 6 HOH B 39 440 60 HOH WAT . G 6 HOH B 40 441 61 HOH WAT . G 6 HOH B 41 442 63 HOH WAT . G 6 HOH B 42 443 64 HOH WAT . G 6 HOH B 43 444 67 HOH WAT . G 6 HOH B 44 445 68 HOH WAT . G 6 HOH B 45 446 69 HOH WAT . G 6 HOH B 46 447 70 HOH WAT . G 6 HOH B 47 448 71 HOH WAT . G 6 HOH B 48 449 72 HOH WAT . G 6 HOH B 49 450 73 HOH WAT . G 6 HOH B 50 451 74 HOH WAT . G 6 HOH B 51 452 75 HOH WAT . G 6 HOH B 52 453 76 HOH WAT . G 6 HOH B 53 454 77 HOH WAT . G 6 HOH B 54 455 79 HOH WAT . G 6 HOH B 55 456 80 HOH WAT . G 6 HOH B 56 457 82 HOH WAT . G 6 HOH B 57 458 83 HOH WAT . G 6 HOH B 58 459 84 HOH WAT . G 6 HOH B 59 460 85 HOH WAT . G 6 HOH B 60 461 86 HOH WAT . G 6 HOH B 61 462 88 HOH WAT . G 6 HOH B 62 463 89 HOH WAT . G 6 HOH B 63 464 90 HOH WAT . G 6 HOH B 64 465 92 HOH WAT . G 6 HOH B 65 466 93 HOH WAT . G 6 HOH B 66 467 95 HOH WAT . G 6 HOH B 67 468 97 HOH WAT . G 6 HOH B 68 469 98 HOH WAT . G 6 HOH B 69 470 100 HOH WAT . G 6 HOH B 70 471 101 HOH WAT . G 6 HOH B 71 472 102 HOH WAT . G 6 HOH B 72 473 104 HOH WAT . G 6 HOH B 73 474 108 HOH WAT . G 6 HOH B 74 475 111 HOH WAT . G 6 HOH B 75 476 112 HOH WAT . G 6 HOH B 76 477 113 HOH WAT . G 6 HOH B 77 478 114 HOH WAT . G 6 HOH B 78 479 115 HOH WAT . G 6 HOH B 79 480 116 HOH WAT . G 6 HOH B 80 481 118 HOH WAT . G 6 HOH B 81 482 119 HOH WAT . G 6 HOH B 82 483 120 HOH WAT . G 6 HOH B 83 484 122 HOH WAT . G 6 HOH B 84 485 123 HOH WAT . G 6 HOH B 85 486 124 HOH WAT . G 6 HOH B 86 487 125 HOH WAT . G 6 HOH B 87 488 126 HOH WAT . G 6 HOH B 88 489 127 HOH WAT . G 6 HOH B 89 490 128 HOH WAT . G 6 HOH B 90 491 129 HOH WAT . G 6 HOH B 91 492 130 HOH WAT . G 6 HOH B 92 493 132 HOH WAT . G 6 HOH B 93 494 133 HOH WAT . G 6 HOH B 94 495 135 HOH WAT . G 6 HOH B 95 496 139 HOH WAT . G 6 HOH B 96 497 140 HOH WAT . G 6 HOH B 97 498 141 HOH WAT . G 6 HOH B 98 499 146 HOH WAT . G 6 HOH B 99 500 149 HOH WAT . G 6 HOH B 100 501 151 HOH WAT . G 6 HOH B 101 502 153 HOH WAT . G 6 HOH B 102 503 154 HOH WAT . G 6 HOH B 103 504 156 HOH WAT . G 6 HOH B 104 505 159 HOH WAT . G 6 HOH B 105 506 161 HOH WAT . G 6 HOH B 106 507 163 HOH WAT . G 6 HOH B 107 508 169 HOH WAT . G 6 HOH B 108 509 170 HOH WAT . G 6 HOH B 109 510 171 HOH WAT . G 6 HOH B 110 511 172 HOH WAT . G 6 HOH B 111 512 174 HOH WAT . G 6 HOH B 112 513 175 HOH WAT . G 6 HOH B 113 514 176 HOH WAT . G 6 HOH B 114 515 177 HOH WAT . G 6 HOH B 115 516 178 HOH WAT . G 6 HOH B 116 517 179 HOH WAT . G 6 HOH B 117 518 180 HOH WAT . G 6 HOH B 118 519 181 HOH WAT . G 6 HOH B 119 520 182 HOH WAT . G 6 HOH B 120 521 183 HOH WAT . G 6 HOH B 121 522 184 HOH WAT . G 6 HOH B 122 523 185 HOH WAT . G 6 HOH B 123 524 186 HOH WAT . G 6 HOH B 124 525 187 HOH WAT . G 6 HOH B 125 526 188 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 PLP . . . E 5 84.841 13.914 11.981 1 20.19 ? N1 PLP 401 B 1 HETATM 2 C C2 PLP . . . E 5 84.815 14.293 10.651 1 22.03 ? C2 PLP 401 B 1 HETATM 3 C C2A PLP . . . E 5 86.122 14.189 9.86 1 19.7 ? C2A PLP 401 B 1 HETATM 4 C C3 PLP . . . E 5 83.62 14.675 10.14 1 21.74 ? C3 PLP 401 B 1 HETATM 5 O O3 PLP . . . E 5 83.406 15.026 8.818 1 22.93 ? O3 PLP 401 B 1 HETATM 6 C C4 PLP . . . E 5 82.542 14.724 11.004 1 19.51 ? C4 PLP 401 B 1 HETATM 7 C C4A PLP . . . E 5 81.241 15.169 10.35 1 17.55 ? C4A PLP 401 B 1 HETATM 8 C C5 PLP . . . E 5 82.566 14.443 12.326 1 20.03 ? C5 PLP 401 B 1 HETATM 9 C C6 PLP . . . E 5 83.776 14.003 12.776 1 19.28 ? C6 PLP 401 B 1 HETATM 10 C C5A PLP . . . E 5 81.404 14.563 13.309 1 16.89 ? C5A PLP 401 B 1 HETATM 11 O O4P PLP . . . E 5 80.213 13.851 13.013 1 14.85 ? O4P PLP 401 B 1 HETATM 12 P P PLP . . . E 5 79.876 12.603 13.862 1 18.23 ? P PLP 401 B 1 HETATM 13 O O1P PLP . . . E 5 80.84 11.526 13.577 1 17.36 ? O1P PLP 401 B 1 HETATM 14 O O2P PLP . . . E 5 78.485 12.323 13.376 1 15.06 ? O2P PLP 401 B 1 HETATM 15 O O3P PLP . . . E 5 79.85 13.118 15.21 1 17.8 ? O3P PLP 401 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 93 _model_server_stats.parse_time_ms 101 _model_server_stats.create_model_time_ms 153 _model_server_stats.query_time_ms 358 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 15 #