data_1G1R # _model_server_result.job_id 2FkMezFBoJTKzm-vjCUZew _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 14:43:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1g1r # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":806}' # _entry.id 1G1R # _exptl.entry_id 1G1R _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 118.174 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 103.28 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1G1R _cell.length_a 81.14 _cell.length_b 60.52 _cell.length_c 91.44 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1G1R _symmetry.cell_setting monoclinic _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 L N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 GAL MAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 2 3 2 SIA GAL C2 O2 . O3 HO3 . sing 3 ? 2 4 1 FUC MAG C1 O1 . O3 HO3 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n E MAG 1 E 1 MAG E 903 1NA 2 n E GAL 2 E 2 GAL E 902 GAL 2 n E SIA 3 E 3 SIA E 901 SIA 2 n E FUC 4 E 4 FUC E 904 FUC 2 n F MAG 1 F 1 MAG F 903 1NA 2 n F GAL 2 F 2 GAL F 902 GAL 2 n F SIA 3 F 3 SIA F 901 SIA 2 n F FUC 4 F 4 FUC F 904 FUC 2 n G MAG 1 G 1 MAG G 903 1NA 2 n G GAL 2 G 2 GAL G 902 GAL 2 n G SIA 3 G 3 SIA G 901 SIA 2 n G FUC 4 G 4 FUC G 904 FUC # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 19 A CYS 19 1_555 A SG CYS 117 A CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 90 A CYS 90 1_555 A SG CYS 109 A CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 122 A CYS 122 1_555 A SG CYS 133 A CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 127 A CYS 127 1_555 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 144 A CYS 144 1_555 A SG CYS 153 A CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 19 B CYS 19 1_555 B SG CYS 117 B CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 90 B CYS 90 1_555 B SG CYS 109 B CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 122 B CYS 122 1_555 B SG CYS 133 B CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 127 B CYS 127 1_555 B SG CYS 142 B CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 144 B CYS 144 1_555 B SG CYS 153 B CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 19 C CYS 19 1_555 C SG CYS 117 C CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 90 C CYS 90 1_555 C SG CYS 109 C CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 122 C CYS 122 1_555 C SG CYS 133 C CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 127 C CYS 127 1_555 C SG CYS 142 C CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 144 C CYS 144 1_555 C SG CYS 153 C CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf16 D SG CYS 19 D CYS 19 1_555 D SG CYS 117 D CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf17 D SG CYS 90 D CYS 90 1_555 D SG CYS 109 D CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf18 D SG CYS 122 D CYS 122 1_555 D SG CYS 133 D CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? disulf ? disulf19 D SG CYS 127 D CYS 127 1_555 D SG CYS 142 D CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 144 D CYS 144 1_555 D SG CYS 153 D CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? covale ? covale1 E O4 MAG . E MAG 1 1_555 E C1 GAL . E GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? covale ? covale2 E O3 MAG . E MAG 1 1_555 E C1 FUC . E FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale3 E O3 GAL . E GAL 2 1_555 E C2 SIA . E SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale4 F O4 MAG . F MAG 1 1_555 F C1 GAL . F GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? covale ? covale5 F O3 MAG . F MAG 1 1_555 F C1 FUC . F FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? covale ? covale6 F O3 GAL . F GAL 2 1_555 F C2 SIA . F SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale7 G O4 MAG . G MAG 1 1_555 G C1 GAL . G GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale8 G O3 MAG . G MAG 1 1_555 G C1 FUC . G FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? covale ? covale9 G O3 GAL . G GAL 2 1_555 G C2 SIA . G SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 80 A GLU 80 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 80 A GLU 80 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 82 A ASN 82 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc4 A ND2 ASN 83 A ASN 83 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.05 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASN 105 A ASN 105 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc6 A O ASP 106 A ASP 106 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 106 A ASP 106 1_555 H CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc8 H CA CA . A CA 801 1_555 E O3 FUC . E FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc9 H CA CA . A CA 801 1_555 E O4 FUC . E FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.117 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 80 B GLU 80 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.084 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASN 82 B ASN 82 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.173 ? metalc ? metalc12 B ND2 ASN 82 B ASN 82 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.143 ? metalc ? metalc13 B ND2 ASN 83 B ASN 83 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASN 105 B ASN 105 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 106 B ASP 106 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.326 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 106 B ASP 106 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc17 B O ASP 106 B ASP 106 1_555 J CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc18 J CA CA . B CA 802 1_555 F O4 FUC . F FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.292 ? metalc ? metalc19 J CA CA . B CA 802 1_555 F O3 FUC . F FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc20 C OE1 GLU 80 C GLU 80 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.105 ? metalc ? metalc21 C OE2 GLU 80 C GLU 80 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc22 C OD1 ASN 82 C ASN 82 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc23 C ND2 ASN 83 C ASN 83 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASN 105 C ASN 105 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc25 C ND2 ASN 105 C ASN 105 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.251 ? metalc ? metalc26 C O ASP 106 C ASP 106 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 106 C ASP 106 1_555 K CA CA . C CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc28 D OE1 GLU 80 D GLU 80 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.376 ? metalc ? metalc29 D OE2 GLU 80 D GLU 80 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASN 82 D ASN 82 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc31 D ND2 ASN 83 D ASN 83 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc32 D OD1 ASN 105 D ASN 105 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc33 D O ASP 106 D ASP 106 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 106 D ASP 106 1_555 M CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc35 M CA CA . D CA 804 1_555 G O4 FUC . G FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.394 ? metalc ? metalc36 M CA CA . D CA 804 1_555 G O3 FUC . G FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? # _chem_comp.formula 'C6 H14 O2' _chem_comp.formula_weight 118.174 _chem_comp.id MRD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 MRD sing 315 n n C1 H1C1 MRD sing 316 n n C1 H1C2 MRD sing 317 n n C1 H1C3 MRD sing 318 n n C2 O2 MRD sing 319 n n C2 CM MRD sing 320 n n C2 C3 MRD sing 321 n n O2 H2 MRD sing 322 n n CM HMC1 MRD sing 323 n n CM HMC2 MRD sing 324 n n CM HMC3 MRD sing 325 n n C3 C4 MRD sing 326 n n C3 H3C1 MRD sing 327 n n C3 H3C2 MRD sing 328 n n C4 O4 MRD sing 329 n n C4 C5 MRD sing 330 n n C4 H4 MRD sing 331 n n O4 HA MRD sing 332 n n C5 H5C1 MRD sing 333 n n C5 H5C2 MRD sing 334 n n C5 H5C3 MRD sing 335 n n # _atom_sites.entry_id 1G1R _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012324 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002909 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016523 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011237 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 3 CA A 1 801 801 CA CA . I 4 MRD A 1 806 806 MRD MPD . J 3 CA B 1 802 802 CA CA . K 3 CA C 1 803 803 CA CA . L 4 MRD C 1 805 805 MRD MPD . M 3 CA D 1 804 804 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MRD . . . I 4 15.613 -4.827 1.443 1 45.43 ? C1 MRD 806 A 1 HETATM 2 C C2 MRD . . . I 4 17.097 -5.207 1.613 1 44.78 ? C2 MRD 806 A 1 HETATM 3 O O2 MRD . . . I 4 17.894 -4.077 1.362 1 42.43 ? O2 MRD 806 A 1 HETATM 4 C CM MRD . . . I 4 17.487 -6.243 0.564 1 43.95 ? CM MRD 806 A 1 HETATM 5 C C3 MRD . . . I 4 17.431 -5.762 3.012 1 36.63 ? C3 MRD 806 A 1 HETATM 6 C C4 MRD . . . I 4 17.72 -4.733 4.119 1 31.14 ? C4 MRD 806 A 1 HETATM 7 O O4 MRD . . . I 4 18.96 -4.114 3.88 1 30.78 ? O4 MRD 806 A 1 HETATM 8 C C5 MRD . . . I 4 17.781 -5.399 5.489 1 23.43 ? C5 MRD 806 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 64 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 249 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 8 #