data_1G2V # _model_server_result.job_id fTRoovmcjoETERtkH9T8hw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-12 10:18:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1g2v # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":3507}' # _entry.id 1G2V # _exptl.entry_id 1G2V _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 98.22 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1G2V _cell.length_a 73.017 _cell.length_b 134.361 _cell.length_c 140.901 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1G2V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P 1 1 E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 R N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 U N N ? 2 V N N ? 2 W N N ? 2 X N N # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 332 n n PA O2A TTP sing 333 n n PA O3A TTP sing 334 n n PA O5' TTP sing 335 n n O2A HOA2 TTP sing 336 n n O3A PB TTP sing 337 n n PB O1B TTP doub 338 n n PB O2B TTP sing 339 n n PB O3B TTP sing 340 n n O2B HOB2 TTP sing 341 n n O3B PG TTP sing 342 n n PG O1G TTP doub 343 n n PG O2G TTP sing 344 n n PG O3G TTP sing 345 n n O2G HOG2 TTP sing 346 n n O3G HOG3 TTP sing 347 n n O5' C5' TTP sing 348 n n C5' C4' TTP sing 349 n n C5' "H5'1" TTP sing 350 n n C5' "H5'2" TTP sing 351 n n C4' O4' TTP sing 352 n n C4' C3' TTP sing 353 n n C4' H4' TTP sing 354 n n O4' C1' TTP sing 355 n n C3' O3' TTP sing 356 n n C3' C2' TTP sing 357 n n C3' H3' TTP sing 358 n n O3' HO3' TTP sing 359 n n C2' C1' TTP sing 360 n n C2' "H2'1" TTP sing 361 n n C2' "H2'2" TTP sing 362 n n C1' N1 TTP sing 363 n n C1' H1' TTP sing 364 n n N1 C2 TTP sing 365 n n N1 C6 TTP sing 366 n n C2 O2 TTP doub 367 n n C2 N3 TTP sing 368 n n N3 C4 TTP sing 369 n n N3 HN3 TTP sing 370 n n C4 O4 TTP doub 371 n n C4 C5 TTP sing 372 n n C5 C5M TTP sing 373 n n C5 C6 TTP doub 374 n n C5M HM51 TTP sing 375 n n C5M HM52 TTP sing 376 n n C5M HM53 TTP sing 377 n n C6 H6 TTP sing 378 n n # _atom_sites.entry_id 1G2V _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013695 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001979 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007443 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007171 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 TTP A 1 3500 500 TTP TTP . J 2 TTP A 1 3501 600 TTP TTP . K 2 TTP B 1 3502 500 TTP TTP . L 2 TTP B 1 3503 600 TTP TTP . M 2 TTP C 1 3504 500 TTP TTP . N 2 TTP C 1 3505 600 TTP TTP . O 2 TTP D 1 3506 500 TTP TTP . P 2 TTP D 1 3507 600 TTP TTP . Q 2 TTP E 1 3508 500 TTP TTP . R 2 TTP E 1 3509 600 TTP TTP . S 2 TTP F 1 3510 500 TTP TTP . T 2 TTP F 1 3511 600 TTP TTP . U 2 TTP G 1 3512 500 TTP TTP . V 2 TTP G 1 3513 600 TTP TTP . W 2 TTP H 1 3514 500 TTP TTP . X 2 TTP H 1 3515 600 TTP TTP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . P 2 -8.056 18.651 60.101 1 34.86 ? PA TTP 3507 D 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . P 2 -7.261 19.858 59.799 1 34.05 ? O1A TTP 3507 D 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . P 2 -9.461 18.552 59.63 1 36.37 ? O2A TTP 3507 D 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . P 2 -7.94 18.373 61.674 1 32.98 ? O3A TTP 3507 D 1 HETATM 5 P PB TTP . . . P 2 -9.227 18.061 62.55 1 30.35 ? PB TTP 3507 D 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . P 2 -10.166 17.221 61.75 1 28.28 ? O1B TTP 3507 D 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . P 2 -8.598 17.651 63.788 1 29.67 ? O2B TTP 3507 D 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . P 2 -9.892 19.489 62.695 1 37.2 ? O3B TTP 3507 D 1 HETATM 9 P PG TTP . . . P 2 -11.416 19.545 63.281 1 45.13 ? PG TTP 3507 D 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . P 2 -11.445 20.404 64.503 1 37.74 ? O1G TTP 3507 D 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . P 2 -12.195 20.1 62.117 1 43.23 ? O2G TTP 3507 D 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . P 2 -11.92 18.182 63.628 1 43.72 ? O3G TTP 3507 D 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . P 2 -7.344 17.324 59.546 1 31.66 ? O5' TTP 3507 D 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . P 2 -6.399 16.698 60.355 1 21.19 ? C5' TTP 3507 D 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . P 2 -5.397 16.002 59.671 1 18.57 ? C4' TTP 3507 D 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . P 2 -5.838 14.869 59.036 1 14.07 ? O4' TTP 3507 D 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . P 2 -4.904 16.728 58.617 1 21.99 ? C3' TTP 3507 D 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . P 2 -3.501 16.555 58.755 1 21.6 ? O3' TTP 3507 D 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . P 2 -5.393 16.242 57.382 1 20.37 ? C2' TTP 3507 D 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . P 2 -5.694 14.911 57.623 1 19.99 ? C1' TTP 3507 D 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . P 2 -6.814 14.491 56.934 1 21.07 ? N1 TTP 3507 D 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . P 2 -6.754 13.375 56.268 1 15.86 ? C2 TTP 3507 D 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . P 2 -5.716 12.785 56.257 1 22.18 ? O2 TTP 3507 D 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . P 2 -7.816 12.945 55.638 1 21.28 ? N3 TTP 3507 D 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . P 2 -8.978 13.636 55.677 1 19.4 ? C4 TTP 3507 D 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . P 2 -9.982 13.195 55.09 1 16.35 ? O4 TTP 3507 D 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . P 2 -9 14.806 56.42 1 19.25 ? C5 TTP 3507 D 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . P 2 -10.29 15.566 56.435 1 11.34 ? C5M TTP 3507 D 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . P 2 -7.862 15.335 57.046 1 19.66 ? C6 TTP 3507 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 299 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 29 #