data_1G2V
#
_model_server_result.job_id            MXfP2A5SYw0ZzIKIPyoVug 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 00:08:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1g2v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":3508}' 
#
_entry.id    1G2V 
#
_exptl.entry_id    1G2V 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          98.22 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1G2V 
_cell.length_a            73.017 
_cell.length_b            134.361 
_cell.length_c            140.901 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1G2V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P 1 1 
E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 332 n n 
PA O2A TTP sing 333 n n 
PA O3A TTP sing 334 n n 
PA O5' TTP sing 335 n n 
O2A HOA2 TTP sing 336 n n 
O3A PB TTP sing 337 n n 
PB O1B TTP doub 338 n n 
PB O2B TTP sing 339 n n 
PB O3B TTP sing 340 n n 
O2B HOB2 TTP sing 341 n n 
O3B PG TTP sing 342 n n 
PG O1G TTP doub 343 n n 
PG O2G TTP sing 344 n n 
PG O3G TTP sing 345 n n 
O2G HOG2 TTP sing 346 n n 
O3G HOG3 TTP sing 347 n n 
O5' C5' TTP sing 348 n n 
C5' C4' TTP sing 349 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 350 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 351 n n 
C4' O4' TTP sing 352 n n 
C4' C3' TTP sing 353 n n 
C4' H4' TTP sing 354 n n 
O4' C1' TTP sing 355 n n 
C3' O3' TTP sing 356 n n 
C3' C2' TTP sing 357 n n 
C3' H3' TTP sing 358 n n 
O3' HO3' TTP sing 359 n n 
C2' C1' TTP sing 360 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 361 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 362 n n 
C1' N1 TTP sing 363 n n 
C1' H1' TTP sing 364 n n 
N1 C2 TTP sing 365 n n 
N1 C6 TTP sing 366 n n 
C2 O2 TTP doub 367 n n 
C2 N3 TTP sing 368 n n 
N3 C4 TTP sing 369 n n 
N3 HN3 TTP sing 370 n n 
C4 O4 TTP doub 371 n n 
C4 C5 TTP sing 372 n n 
C5 C5M TTP sing 373 n n 
C5 C6 TTP doub 374 n n 
C5M HM51 TTP sing 375 n n 
C5M HM52 TTP sing 376 n n 
C5M HM53 TTP sing 377 n n 
C6 H6 TTP sing 378 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1G2V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013695 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001979 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007443 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007171 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 TTP A 1 3500 500 TTP TTP . 
J 2 TTP A 1 3501 600 TTP TTP . 
K 2 TTP B 1 3502 500 TTP TTP . 
L 2 TTP B 1 3503 600 TTP TTP . 
M 2 TTP C 1 3504 500 TTP TTP . 
N 2 TTP C 1 3505 600 TTP TTP . 
O 2 TTP D 1 3506 500 TTP TTP . 
P 2 TTP D 1 3507 600 TTP TTP . 
Q 2 TTP E 1 3508 500 TTP TTP . 
R 2 TTP E 1 3509 600 TTP TTP . 
S 2 TTP F 1 3510 500 TTP TTP . 
T 2 TTP F 1 3511 600 TTP TTP . 
U 2 TTP G 1 3512 500 TTP TTP . 
V 2 TTP G 1 3513 600 TTP TTP . 
W 2 TTP H 1 3514 500 TTP TTP . 
X 2 TTP H 1 3515 600 TTP TTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . Q 2 14.874 9.436 152.92 1 35.91 ? PA TTP 3508 E 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . Q 2 16.341 9.46 152.822 1 35.54 ? O1A TTP 3508 E 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . Q 2 14.01 8.993 151.792 1 43.41 ? O2A TTP 3508 E 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . Q 2 14.189 10.84 153.338 1 36.09 ? O3A TTP 3508 E 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . Q 2 13.733 11.195 154.838 1 28.32 ? PB TTP 3508 E 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . Q 2 12.552 10.486 155.261 1 36.19 ? O1B TTP 3508 E 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . Q 2 14.93 11.137 155.626 1 34.32 ? O2B TTP 3508 E 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . Q 2 13.146 12.653 154.699 1 29.79 ? O3B TTP 3508 E 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . Q 2 13.596 13.697 153.583 1 22.78 ? PG TTP 3508 E 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . Q 2 12.748 13.584 152.432 1 28.91 ? O1G TTP 3508 E 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . Q 2 13.303 14.996 154.225 1 29.1 ? O2G TTP 3508 E 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . Q 2 14.969 13.51 153.094 1 25.45 ? O3G TTP 3508 E 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . Q 2 14.626 8.344 154.004 1 34.38 ? O5' TTP 3508 E 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . Q 2 14.755 7.053 153.439 1 27.16 ? C5' TTP 3508 E 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . Q 2 13.909 6.128 154.081 1 30.11 ? C4' TTP 3508 E 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . Q 2 14.458 5.606 155.286 1 26.58 ? O4' TTP 3508 E 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . Q 2 12.71 6.706 154.543 1 30.72 ? C3' TTP 3508 E 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . Q 2 11.655 5.794 154.229 1 26.95 ? O3' TTP 3508 E 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . Q 2 12.809 6.969 155.93 1 25.84 ? C2' TTP 3508 E 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . Q 2 13.671 5.998 156.422 1 26 ? C1' TTP 3508 E 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . Q 2 14.484 6.459 157.414 1 27.85 ? N1 TTP 3508 E 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . Q 2 14.398 6.038 158.693 1 25.46 ? C2 TTP 3508 E 1 
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HETATM 27 C C5 TTP . . . Q 2 16.377 7.653 157.914 1 24.82 ? C5 TTP 3508 E 1 
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_model_server_stats.query_time_ms           285 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           29 
#