data_1G2V
#
_model_server_result.job_id            TZsjShT3uw1cBctmmufTcw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-12 10:21:18' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1g2v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":3512}' 
#
_entry.id    1G2V 
#
_exptl.entry_id    1G2V 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          98.22 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1G2V 
_cell.length_a            73.017 
_cell.length_b            134.361 
_cell.length_c            140.901 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1G2V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P 1 1 
E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 332 n n 
PA O2A TTP sing 333 n n 
PA O3A TTP sing 334 n n 
PA O5' TTP sing 335 n n 
O2A HOA2 TTP sing 336 n n 
O3A PB TTP sing 337 n n 
PB O1B TTP doub 338 n n 
PB O2B TTP sing 339 n n 
PB O3B TTP sing 340 n n 
O2B HOB2 TTP sing 341 n n 
O3B PG TTP sing 342 n n 
PG O1G TTP doub 343 n n 
PG O2G TTP sing 344 n n 
PG O3G TTP sing 345 n n 
O2G HOG2 TTP sing 346 n n 
O3G HOG3 TTP sing 347 n n 
O5' C5' TTP sing 348 n n 
C5' C4' TTP sing 349 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 350 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 351 n n 
C4' O4' TTP sing 352 n n 
C4' C3' TTP sing 353 n n 
C4' H4' TTP sing 354 n n 
O4' C1' TTP sing 355 n n 
C3' O3' TTP sing 356 n n 
C3' C2' TTP sing 357 n n 
C3' H3' TTP sing 358 n n 
O3' HO3' TTP sing 359 n n 
C2' C1' TTP sing 360 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 361 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 362 n n 
C1' N1 TTP sing 363 n n 
C1' H1' TTP sing 364 n n 
N1 C2 TTP sing 365 n n 
N1 C6 TTP sing 366 n n 
C2 O2 TTP doub 367 n n 
C2 N3 TTP sing 368 n n 
N3 C4 TTP sing 369 n n 
N3 HN3 TTP sing 370 n n 
C4 O4 TTP doub 371 n n 
C4 C5 TTP sing 372 n n 
C5 C5M TTP sing 373 n n 
C5 C6 TTP doub 374 n n 
C5M HM51 TTP sing 375 n n 
C5M HM52 TTP sing 376 n n 
C5M HM53 TTP sing 377 n n 
C6 H6 TTP sing 378 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1G2V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013695 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001979 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007443 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007171 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 TTP A 1 3500 500 TTP TTP . 
J 2 TTP A 1 3501 600 TTP TTP . 
K 2 TTP B 1 3502 500 TTP TTP . 
L 2 TTP B 1 3503 600 TTP TTP . 
M 2 TTP C 1 3504 500 TTP TTP . 
N 2 TTP C 1 3505 600 TTP TTP . 
O 2 TTP D 1 3506 500 TTP TTP . 
P 2 TTP D 1 3507 600 TTP TTP . 
Q 2 TTP E 1 3508 500 TTP TTP . 
R 2 TTP E 1 3509 600 TTP TTP . 
S 2 TTP F 1 3510 500 TTP TTP . 
T 2 TTP F 1 3511 600 TTP TTP . 
U 2 TTP G 1 3512 500 TTP TTP . 
V 2 TTP G 1 3513 600 TTP TTP . 
W 2 TTP H 1 3514 500 TTP TTP . 
X 2 TTP H 1 3515 600 TTP TTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . U 2 -10.217 -4.915 118.273 1 43.02 ? PA TTP 3512 G 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . U 2 -11.111 -6.056 117.94 1 40.23 ? O1A TTP 3512 G 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . U 2 -9.595 -4.911 119.627 1 44.66 ? O2A TTP 3512 G 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . U 2 -10.956 -3.477 117.957 1 40.04 ? O3A TTP 3512 G 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . U 2 -11.056 -2.755 116.492 1 36.39 ? PB TTP 3512 G 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . U 2 -9.741 -2.281 116.12 1 39.63 ? O1B TTP 3512 G 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . U 2 -11.861 -3.563 115.516 1 37.48 ? O2B TTP 3512 G 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . U 2 -11.863 -1.465 116.792 1 32.22 ? O3B TTP 3512 G 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . U 2 -12.955 -1.404 117.959 1 32.25 ? PG TTP 3512 G 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . U 2 -12.404 -0.852 119.192 1 29.62 ? O1G TTP 3512 G 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . U 2 -13.818 -0.368 117.318 1 38 ? O2G TTP 3512 G 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . U 2 -13.722 -2.642 118.246 1 28.64 ? O3G TTP 3512 G 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . U 2 -8.956 -4.906 117.304 1 39.17 ? O5' TTP 3512 G 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . U 2 -7.854 -5.622 117.862 1 34.03 ? C5' TTP 3512 G 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . U 2 -6.66 -5.382 117.141 1 33.43 ? C4' TTP 3512 G 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . U 2 -6.506 -6.204 115.999 1 28.18 ? O4' TTP 3512 G 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . U 2 -6.675 -4.063 116.627 1 32.65 ? C3' TTP 3512 G 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . U 2 -5.373 -3.544 116.83 1 31.33 ? O3' TTP 3512 G 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . U 2 -7.054 -4.113 115.285 1 28.84 ? C2' TTP 3512 G 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . U 2 -6.653 -5.369 114.847 1 28.97 ? C1' TTP 3512 G 1 
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HETATM 22 C C2 TTP . . . U 2 -7.178 -6.026 112.65 1 22.5 ? C2 TTP 3512 G 1 
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_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           29 
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