data_1G36 # _model_server_result.job_id 9p-7bbbCq26SpnBy81W71g _model_server_result.datetime_utc '2024-10-12 14:32:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1g36 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":990}' # _entry.id 1G36 # _exptl.entry_id 1G36 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 423.513 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 4-{[1-METHYL-5-(2-METHYL-BENZOIMIDAZOL-1-YLMETHYL)-1H-BENZOIMIDAZOL-2-YLMETHYL]-AMINO}-BENZAMIDINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1G36 _cell.length_a 63.1 _cell.length_b 69.4 _cell.length_c 63.8 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1G36 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 7 A CYS 22 1_555 A SG CYS 137 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 25 A CYS 42 1_555 A SG CYS 41 A CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 109 A CYS 128 1_555 A SG CYS 210 A CYS 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 116 A CYS 136 1_555 A SG CYS 183 A CYS 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 148 A CYS 168 1_555 A SG CYS 162 A CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 173 A CYS 191 1_555 A SG CYS 197 A CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc1 B CA CA . A CA 800 1_555 E O HOH . A HOH 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc2 B CA CA . A CA 800 1_555 A OE1 GLU 52 A GLU 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc3 B CA CA . A CA 800 1_555 A O ASN 54 A ASN 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc4 B CA CA . A CA 800 1_555 A O VAL 57 A VAL 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc5 B CA CA . A CA 800 1_555 A OE2 GLU 62 A GLU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc6 B CA CA . A CA 800 1_555 E O HOH . A HOH 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? # _chem_comp.formula 'C25 H25 N7' _chem_comp.formula_weight 423.513 _chem_comp.id R11 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 4-{[1-METHYL-5-(2-METHYL-BENZOIMIDAZOL-1-YLMETHYL)-1H-BENZOIMIDAZOL-2-YLMETHYL]-AMINO}-BENZAMIDINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1G36 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015848 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014409 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015674 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA A 1 800 800 CA CA . C 3 SO4 A 1 999 999 SO4 SO4 . D 4 R11 A 1 990 990 R11 R11 . E 5 HOH A 1 500 500 HOH WAT . E 5 HOH A 2 501 501 HOH WAT . E 5 HOH A 3 502 502 HOH WAT . E 5 HOH A 4 503 503 HOH WAT . E 5 HOH A 5 504 504 HOH WAT . E 5 HOH A 6 505 505 HOH WAT . E 5 HOH A 7 506 506 HOH WAT . E 5 HOH A 8 507 507 HOH WAT . E 5 HOH A 9 508 508 HOH WAT . E 5 HOH A 10 509 509 HOH WAT . E 5 HOH A 11 510 510 HOH WAT . E 5 HOH A 12 511 511 HOH WAT . E 5 HOH A 13 512 512 HOH WAT . E 5 HOH A 14 513 513 HOH WAT . E 5 HOH A 15 514 514 HOH WAT . E 5 HOH A 16 515 515 HOH WAT . E 5 HOH A 17 516 516 HOH WAT . E 5 HOH A 18 517 517 HOH WAT . E 5 HOH A 19 518 518 HOH WAT . E 5 HOH A 20 519 519 HOH WAT . E 5 HOH A 21 520 520 HOH WAT . E 5 HOH A 22 521 521 HOH WAT . E 5 HOH A 23 522 522 HOH WAT . E 5 HOH A 24 523 523 HOH WAT . E 5 HOH A 25 524 524 HOH WAT . E 5 HOH A 26 525 525 HOH WAT . E 5 HOH A 27 526 526 HOH WAT . E 5 HOH A 28 527 527 HOH WAT . E 5 HOH A 29 528 528 HOH WAT . E 5 HOH A 30 529 529 HOH WAT . E 5 HOH A 31 530 530 HOH WAT . E 5 HOH A 32 531 531 HOH WAT . E 5 HOH A 33 532 532 HOH WAT . E 5 HOH A 34 533 533 HOH WAT . E 5 HOH A 35 534 534 HOH WAT . E 5 HOH A 36 535 535 HOH WAT . E 5 HOH A 37 536 536 HOH WAT . E 5 HOH A 38 537 537 HOH WAT . E 5 HOH A 39 538 538 HOH WAT . E 5 HOH A 40 539 539 HOH WAT . E 5 HOH A 41 540 540 HOH WAT . E 5 HOH A 42 541 541 HOH WAT . E 5 HOH A 43 542 542 HOH WAT . E 5 HOH A 44 543 543 HOH WAT . E 5 HOH A 45 544 544 HOH WAT . E 5 HOH A 46 545 545 HOH WAT . E 5 HOH A 47 546 546 HOH WAT . E 5 HOH A 48 547 547 HOH WAT . E 5 HOH A 49 548 548 HOH WAT . E 5 HOH A 50 549 549 HOH WAT . E 5 HOH A 51 550 550 HOH WAT . E 5 HOH A 52 551 551 HOH WAT . E 5 HOH A 53 552 552 HOH WAT . E 5 HOH A 54 553 553 HOH WAT . E 5 HOH A 55 554 554 HOH WAT . E 5 HOH A 56 555 555 HOH WAT . E 5 HOH A 57 556 556 HOH WAT . E 5 HOH A 58 557 557 HOH WAT . E 5 HOH A 59 558 558 HOH WAT . E 5 HOH A 60 559 559 HOH WAT . E 5 HOH A 61 560 560 HOH WAT . E 5 HOH A 62 561 561 HOH WAT . E 5 HOH A 63 562 562 HOH WAT . E 5 HOH A 64 563 563 HOH WAT . E 5 HOH A 65 564 564 HOH WAT . E 5 HOH A 66 565 565 HOH WAT . E 5 HOH A 67 566 566 HOH WAT . E 5 HOH A 68 567 567 HOH WAT . E 5 HOH A 69 568 568 HOH WAT . E 5 HOH A 70 569 569 HOH WAT . E 5 HOH A 71 570 570 HOH WAT . E 5 HOH A 72 571 571 HOH WAT . E 5 HOH A 73 572 572 HOH WAT . E 5 HOH A 74 573 573 HOH WAT . E 5 HOH A 75 574 574 HOH WAT . E 5 HOH A 76 575 575 HOH WAT . E 5 HOH A 77 576 576 HOH WAT . E 5 HOH A 78 577 577 HOH WAT . E 5 HOH A 79 578 578 HOH WAT . E 5 HOH A 80 579 579 HOH WAT . E 5 HOH A 81 580 580 HOH WAT . E 5 HOH A 82 581 581 HOH WAT . E 5 HOH A 83 582 582 HOH WAT . E 5 HOH A 84 583 583 HOH WAT . E 5 HOH A 85 584 584 HOH WAT . E 5 HOH A 86 585 585 HOH WAT . E 5 HOH A 87 586 586 HOH WAT . E 5 HOH A 88 587 587 HOH WAT . E 5 HOH A 89 588 588 HOH WAT . E 5 HOH A 90 589 589 HOH WAT . E 5 HOH A 91 590 590 HOH WAT . E 5 HOH A 92 591 591 HOH WAT . E 5 HOH A 93 592 592 HOH WAT . E 5 HOH A 94 593 593 HOH WAT . E 5 HOH A 95 594 594 HOH WAT . E 5 HOH A 96 595 595 HOH WAT . E 5 HOH A 97 596 596 HOH WAT . E 5 HOH A 98 597 597 HOH WAT . E 5 HOH A 99 598 598 HOH WAT . E 5 HOH A 100 599 599 HOH WAT . E 5 HOH A 101 600 600 HOH WAT . E 5 HOH A 102 601 601 HOH WAT . E 5 HOH A 103 602 602 HOH WAT . E 5 HOH A 104 603 603 HOH WAT . E 5 HOH A 105 604 604 HOH WAT . E 5 HOH A 106 605 605 HOH WAT . E 5 HOH A 107 606 606 HOH WAT . E 5 HOH A 108 607 607 HOH WAT . E 5 HOH A 109 608 608 HOH WAT . E 5 HOH A 110 609 609 HOH WAT . E 5 HOH A 111 610 610 HOH WAT . E 5 HOH A 112 611 611 HOH WAT . E 5 HOH A 113 612 612 HOH WAT . E 5 HOH A 114 613 613 HOH WAT . E 5 HOH A 115 614 614 HOH WAT . E 5 HOH A 116 615 615 HOH WAT . E 5 HOH A 117 616 616 HOH WAT . E 5 HOH A 118 617 617 HOH WAT . E 5 HOH A 119 618 618 HOH WAT . E 5 HOH A 120 619 619 HOH WAT . E 5 HOH A 121 620 620 HOH WAT . E 5 HOH A 122 621 621 HOH WAT . E 5 HOH A 123 622 622 HOH WAT . E 5 HOH A 124 623 623 HOH WAT . E 5 HOH A 125 624 624 HOH WAT . E 5 HOH A 126 625 625 HOH WAT . E 5 HOH A 127 626 626 HOH WAT . E 5 HOH A 128 627 627 HOH WAT . E 5 HOH A 129 628 628 HOH WAT . E 5 HOH A 130 629 629 HOH WAT . E 5 HOH A 131 630 630 HOH WAT . E 5 HOH A 132 631 631 HOH WAT . E 5 HOH A 133 632 632 HOH WAT . E 5 HOH A 134 633 633 HOH WAT . E 5 HOH A 135 634 634 HOH WAT . E 5 HOH A 136 635 635 HOH WAT . E 5 HOH A 137 636 636 HOH WAT . E 5 HOH A 138 637 637 HOH WAT . E 5 HOH A 139 638 638 HOH WAT . E 5 HOH A 140 639 639 HOH WAT . E 5 HOH A 141 640 640 HOH WAT . E 5 HOH A 142 641 641 HOH WAT . E 5 HOH A 143 642 642 HOH WAT . E 5 HOH A 144 643 643 HOH WAT . E 5 HOH A 145 644 644 HOH WAT . E 5 HOH A 146 645 645 HOH WAT . E 5 HOH A 147 646 646 HOH WAT . E 5 HOH A 148 647 647 HOH WAT . E 5 HOH A 149 648 648 HOH WAT . E 5 HOH A 150 649 649 HOH WAT . E 5 HOH A 151 650 650 HOH WAT . E 5 HOH A 152 651 651 HOH WAT . E 5 HOH A 153 652 652 HOH WAT . E 5 HOH A 154 653 653 HOH WAT . E 5 HOH A 155 654 654 HOH WAT . E 5 HOH A 156 655 655 HOH WAT . E 5 HOH A 157 656 656 HOH WAT . E 5 HOH A 158 657 657 HOH WAT . E 5 HOH A 159 658 658 HOH WAT . E 5 HOH A 160 659 659 HOH WAT . E 5 HOH A 161 660 660 HOH WAT . E 5 HOH A 162 661 661 HOH WAT . E 5 HOH A 163 662 662 HOH WAT . E 5 HOH A 164 663 663 HOH WAT . E 5 HOH A 165 664 664 HOH WAT . E 5 HOH A 166 665 665 HOH WAT . E 5 HOH A 167 666 666 HOH WAT . E 5 HOH A 168 667 667 HOH WAT . E 5 HOH A 169 668 668 HOH WAT . E 5 HOH A 170 669 669 HOH WAT . E 5 HOH A 171 670 670 HOH WAT . E 5 HOH A 172 671 671 HOH WAT . E 5 HOH A 173 672 672 HOH WAT . E 5 HOH A 174 673 673 HOH WAT . E 5 HOH A 175 674 674 HOH WAT . E 5 HOH A 176 675 675 HOH WAT . E 5 HOH A 177 676 676 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 R11 . . . D 4 -4.986 10.071 19.745 1 18.04 ? N1 R11 990 A 1 HETATM 2 N N2 R11 . . . D 4 -3.07 10.713 18.952 1 15.93 ? N2 R11 990 A 1 HETATM 3 C C1 R11 . . . D 4 -3.74 9.713 19.491 1 17.98 ? C1 R11 990 A 1 HETATM 4 C C2 R11 . . . D 4 -3.207 8.444 19.776 1 17.71 ? C2 R11 990 A 1 HETATM 5 C C3 R11 . . . D 4 -3.964 7.475 20.51 1 18.58 ? C3 R11 990 A 1 HETATM 6 C C4 R11 . . . D 4 -3.447 6.201 20.798 1 19.83 ? C4 R11 990 A 1 HETATM 7 C C5 R11 . . . D 4 -2.149 5.838 20.366 1 20.51 ? C5 R11 990 A 1 HETATM 8 C C6 R11 . . . D 4 -1.371 6.764 19.643 1 19.45 ? C6 R11 990 A 1 HETATM 9 C C7 R11 . . . D 4 -1.885 8.048 19.349 1 18.21 ? C7 R11 990 A 1 HETATM 10 N N R11 . . . D 4 -1.597 4.533 20.648 1 23.38 ? N R11 990 A 1 HETATM 11 C C R11 . . . D 4 -2.123 3.525 21.606 1 28.46 ? C R11 990 A 1 HETATM 12 N N3 R11 . . . D 4 -3.427 4.397 23.581 1 35.55 ? N3 R11 990 A 1 HETATM 13 C C8 R11 . . . D 4 -2.187 3.984 23.076 1 32.61 ? C8 R11 990 A 1 HETATM 14 N N9 R11 . . . D 4 -1.032 3.998 23.896 1 33.82 ? N9 R11 990 A 1 HETATM 15 C C3A R11 . . . D 4 -1.631 4.496 25.063 1 35.9 ? C3A R11 990 A 1 HETATM 16 C C7A R11 . . . D 4 -3.05 4.731 24.859 1 37.31 ? C7A R11 990 A 1 HETATM 17 C C10 R11 . . . D 4 -1.043 4.78 26.34 1 37.88 ? C10 R11 990 A 1 HETATM 18 C C11 R11 . . . D 4 -1.856 5.296 27.373 1 39.72 ? C11 R11 990 A 1 HETATM 19 C C12 R11 . . . D 4 -3.248 5.526 27.169 1 41.73 ? C12 R11 990 A 1 HETATM 20 C C13 R11 . . . D 4 -3.857 5.247 25.917 1 39.42 ? C13 R11 990 A 1 HETATM 21 C C14 R11 . . . D 4 0.383 3.616 23.599 1 32.57 ? C14 R11 990 A 1 HETATM 22 C C9 R11 . . . D 4 -4.094 6.089 28.303 1 46.05 ? C9 R11 990 A 1 HETATM 23 N N4 R11 . . . D 4 -3.588 5.79 29.678 1 51.41 ? N4 R11 990 A 1 HETATM 24 C C15 R11 . . . D 4 -3.72 4.649 30.501 1 53.45 ? C15 R11 990 A 1 HETATM 25 N N16 R11 . . . D 4 -3.151 4.589 31.781 1 54.89 ? N16 R11 990 A 1 HETATM 26 C C17 R11 . . . D 4 -2.577 5.861 31.792 1 53.84 ? C17 R11 990 A 1 HETATM 27 C C18 R11 . . . D 4 -2.835 6.576 30.558 1 52.37 ? C18 R11 990 A 1 HETATM 28 C C19 R11 . . . D 4 -1.829 6.482 32.845 1 53.94 ? C19 R11 990 A 1 HETATM 29 C C20 R11 . . . D 4 -1.337 7.795 32.645 1 52.85 ? C20 R11 990 A 1 HETATM 30 C C21 R11 . . . D 4 -1.578 8.496 31.438 1 52.26 ? C21 R11 990 A 1 HETATM 31 C C22 R11 . . . D 4 -2.325 7.905 30.387 1 51.61 ? C22 R11 990 A 1 HETATM 32 C C23 R11 . . . D 4 -4.481 3.41 30.023 1 53.36 ? C23 R11 990 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 320 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 32 #