data_1G4A # _model_server_result.job_id HwyYVsT9VmKv-syOwSvRjw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 08:51:21' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1g4a # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":905}' # _entry.id 1G4A # _exptl.entry_id 1G4A _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1G4A _cell.length_a 169.995 _cell.length_b 169.995 _cell.length_c 161.317 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1G4A _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 150 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 3 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_665 -y+1,x-y+1,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 84.9975 147.219989 0 3 'crystal symmetry operation' 3_565 -x+y,-x+1,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 -84.9975 147.219989 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 83 n n PB O2B DAT sing 84 n n PB O3B DAT sing 85 n n PB O3A DAT sing 86 n n O2B HOB2 DAT sing 87 n n O3B HOB3 DAT sing 88 n n PA O1A DAT doub 89 n n PA O2A DAT sing 90 n n PA O3A DAT sing 91 n n PA O5' DAT sing 92 n n O2A HOA2 DAT sing 93 n n O5' C5' DAT sing 94 n n C5' C4' DAT sing 95 n n C5' "H5'1" DAT sing 96 n n C5' "H5'2" DAT sing 97 n n C4' O4' DAT sing 98 n n C4' C3' DAT sing 99 n n C4' H4' DAT sing 100 n n O4' C1' DAT sing 101 n n C3' O3' DAT sing 102 n n C3' C2' DAT sing 103 n n C3' H3' DAT sing 104 n n O3' HO3' DAT sing 105 n n C2' C1' DAT sing 106 n n C2' "H2'1" DAT sing 107 n n C2' "H2'2" DAT sing 108 n n C1' N9 DAT sing 109 n n C1' H1' DAT sing 110 n n N9 C8 DAT sing 111 n y N9 C4 DAT sing 112 n y C8 N7 DAT doub 113 n y C8 H8 DAT sing 114 n n N7 C5 DAT sing 115 n y C5 C6 DAT sing 116 n y C5 C4 DAT doub 117 n y C6 N6 DAT sing 118 n n C6 N1 DAT doub 119 n y N6 HN61 DAT sing 120 n n N6 HN62 DAT sing 121 n n N1 C2 DAT sing 122 n y C2 N3 DAT doub 123 n y C2 H2 DAT sing 124 n n N3 C4 DAT sing 125 n y # _atom_sites.entry_id 1G4A _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005883 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003396 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006793 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006199 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 DAT E 1 905 905 DAT DAP . H 3 DAT F 1 906 905 DAT DAP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . G 3 17.5 69.957 37.71 1 73.33 ? PB DAT 905 E 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . G 3 16.646 69.418 36.635 1 73.25 ? O1B DAT 905 E 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . G 3 17.692 69.152 38.962 1 73.66 ? O2B DAT 905 E 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . G 3 16.966 71.405 38.078 1 74.29 ? O3B DAT 905 E 1 HETATM 5 P PA DAT . . . G 3 19.379 70.086 35.56 1 77.64 ? PA DAT 905 E 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . G 3 18.674 68.9 34.972 1 76.24 ? O1A DAT 905 E 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . G 3 19.278 71.429 34.86 1 76.74 ? O2A DAT 905 E 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . G 3 18.89 70.269 37.045 1 75.89 ? O3A DAT 905 E 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . G 3 20.932 69.752 35.795 1 75.78 ? O5' DAT 905 E 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . G 3 21.958 70.743 35.786 1 76.03 ? C5' DAT 905 E 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . G 3 23.115 70.324 34.887 1 75.58 ? C4' DAT 905 E 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . G 3 23.841 69.243 35.502 1 75.23 ? O4' DAT 905 E 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . G 3 22.699 69.831 33.483 1 76.2 ? C3' DAT 905 E 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . G 3 23.236 70.699 32.495 1 77.95 ? O3' DAT 905 E 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . G 3 23.22 68.413 33.328 1 74.96 ? C2' DAT 905 E 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . G 3 23.933 68.105 34.635 1 74 ? C1' DAT 905 E 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . G 3 23.377 66.916 35.36 1 72.08 ? N9 DAT 905 E 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . G 3 22.594 66.923 36.5 1 71.34 ? C8 DAT 905 E 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . G 3 22.243 65.734 36.933 1 71.29 ? N7 DAT 905 E 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . G 3 22.821 64.871 36.034 1 70.68 ? C5 DAT 905 E 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . G 3 22.836 63.435 35.913 1 69.67 ? C6 DAT 905 E 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . G 3 22.213 62.623 36.761 1 68.57 ? N6 DAT 905 E 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . G 3 23.54 62.865 34.854 1 68.97 ? N1 DAT 905 E 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . G 3 24.189 63.699 33.966 1 69.07 ? C2 DAT 905 E 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . G 3 24.24 65.053 33.982 1 69.76 ? N3 DAT 905 E 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . G 3 23.534 65.582 35.042 1 71.16 ? C4 DAT 905 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 21 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 276 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 26 #