data_1G8W # _model_server_result.job_id UkDZPm2qsV64myZvk8Dpbg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 09:28:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1g8w # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":259}' # _entry.id 1G8W # _exptl.entry_id 1G8W _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 93.18 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1G8W _cell.length_a 106.479 _cell.length_b 121.278 _cell.length_c 89.957 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1G8W _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 H N N ? 2 K N N ? 2 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A ND2 ASN 12 A ASN 12 1_555 E C1 NAG . A NAG 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 12 B ASN 12 1_555 H C1 NAG . B NAG 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? covale ? covale3 C ND2 ASN 12 C ASN 12 1_555 K C1 NAG . C NAG 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 12 D ASN 12 1_555 N C1 NAG . D NAG 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 122 A GLU 122 1_555 F MN MN . A MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 124 A ASP 124 1_555 F MN MN . A MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 124 A ASP 124 1_555 G CA CA . A CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 124 A ASP 124 1_555 G CA CA . A CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc5 A O LEU 126 A LEU 126 1_555 G CA CA . A CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 128 A ASN 128 1_555 G CA CA . A CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 132 A ASP 132 1_555 F MN MN . A MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 132 A ASP 132 1_555 G CA CA . A CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 137 A HIS 137 1_555 F MN MN . A MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc10 F MN MN . A MN 253 1_555 Q O HOH . A HOH 1254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc11 F MN MN . A MN 253 1_555 Q O HOH . A HOH 1255 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc12 G CA CA . A CA 256 1_555 Q O HOH . A HOH 1257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 256 1_555 Q O HOH . A HOH 1258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc14 B OE2 GLU 122 B GLU 122 1_555 I MN MN . B MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 124 B ASP 124 1_555 I MN MN . B MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 124 B ASP 124 1_555 J CA CA . B CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc17 B OD1 ASP 124 B ASP 124 1_555 J CA CA . B CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc18 B O LEU 126 B LEU 126 1_555 J CA CA . B CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASN 128 B ASN 128 1_555 J CA CA . B CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 132 B ASP 132 1_555 I MN MN . B MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 132 B ASP 132 1_555 J CA CA . B CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc22 B NE2 HIS 137 B HIS 137 1_555 I MN MN . B MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc23 I MN MN . B MN 253 1_555 R O HOH . B HOH 2254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc24 I MN MN . B MN 253 1_555 R O HOH . B HOH 2255 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc25 J CA CA . B CA 256 1_555 R O HOH . B HOH 2257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc26 J CA CA . B CA 256 1_555 R O HOH . B HOH 2258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 122 C GLU 122 1_555 L MN MN . C MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 124 C ASP 124 1_555 L MN MN . C MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 124 C ASP 124 1_555 M CA CA . C CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 124 C ASP 124 1_555 M CA CA . C CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc31 C O LEU 126 C LEU 126 1_555 M CA CA . C CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASN 128 C ASN 128 1_555 M CA CA . C CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASP 132 C ASP 132 1_555 L MN MN . C MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc34 C OD2 ASP 132 C ASP 132 1_555 M CA CA . C CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc35 C NE2 HIS 137 C HIS 137 1_555 L MN MN . C MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc36 L MN MN . C MN 253 1_555 S O HOH . C HOH 3254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc37 L MN MN . C MN 253 1_555 S O HOH . C HOH 3255 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc38 M CA CA . C CA 256 1_555 S O HOH . C HOH 3257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc39 M CA CA . C CA 256 1_555 S O HOH . C HOH 3258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc40 D OE2 GLU 122 D GLU 122 1_555 O MN MN . D MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc41 D OD2 ASP 124 D ASP 124 1_555 O MN MN . D MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc42 D OD1 ASP 124 D ASP 124 1_555 P CA CA . D CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc43 D OD2 ASP 124 D ASP 124 1_555 P CA CA . D CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc44 D O LEU 126 D LEU 126 1_555 P CA CA . D CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc45 D OD1 ASN 128 D ASN 128 1_555 P CA CA . D CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc46 D OD1 ASP 132 D ASP 132 1_555 O MN MN . D MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc47 D OD2 ASP 132 D ASP 132 1_555 P CA CA . D CA 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc48 D NE2 HIS 137 D HIS 137 1_555 O MN MN . D MN 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc49 O MN MN . D MN 253 1_555 T O HOH . D HOH 4254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc50 O MN MN . D MN 253 1_555 T O HOH . D HOH 4255 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc51 P CA CA . D CA 256 1_555 T O HOH . D HOH 4257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc52 P CA CA . D CA 256 1_555 T O HOH . D HOH 4258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 205 n n C1 O1 NAG sing 206 n n C1 O5 NAG sing 207 n n C1 H1 NAG sing 208 n n C2 C3 NAG sing 209 n n C2 N2 NAG sing 210 n n C2 H2 NAG sing 211 n n C3 C4 NAG sing 212 n n C3 O3 NAG sing 213 n n C3 H3 NAG sing 214 n n C4 C5 NAG sing 215 n n C4 O4 NAG sing 216 n n C4 H4 NAG sing 217 n n C5 C6 NAG sing 218 n n C5 O5 NAG sing 219 n n C5 H5 NAG sing 220 n n C6 O6 NAG sing 221 n n C6 H61 NAG sing 222 n n C6 H62 NAG sing 223 n n C7 C8 NAG sing 224 n n C7 N2 NAG sing 225 n n C7 O7 NAG doub 226 n n C8 H81 NAG sing 227 n n C8 H82 NAG sing 228 n n C8 H83 NAG sing 229 n n N2 HN2 NAG sing 230 n n O1 HO1 NAG sing 231 n n O3 HO3 NAG sing 232 n n O4 HO4 NAG sing 233 n n O6 HO6 NAG sing 234 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 1G8W _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009392 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000521 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008246 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011134 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NAG A 1 259 259 NAG NAG . F 3 MN A 1 253 253 MN MN . G 4 CA A 1 256 256 CA CA . H 2 NAG B 1 259 259 NAG NAG . I 3 MN B 1 253 253 MN MN . J 4 CA B 1 256 256 CA CA . K 2 NAG C 1 259 259 NAG NAG . L 3 MN C 1 253 253 MN MN . M 4 CA C 1 256 256 CA CA . N 2 NAG D 1 259 259 NAG NAG . O 3 MN D 1 253 253 MN MN . P 4 CA D 1 256 256 CA CA . Q 5 HOH A 1 1254 254 HOH WAT . Q 5 HOH A 2 1255 255 HOH WAT . Q 5 HOH A 3 1257 257 HOH WAT . Q 5 HOH A 4 1258 258 HOH WAT . R 5 HOH B 1 2254 254 HOH WAT . R 5 HOH B 2 2255 255 HOH WAT . R 5 HOH B 3 2257 257 HOH WAT . R 5 HOH B 4 2258 258 HOH WAT . S 5 HOH C 1 3254 254 HOH WAT . S 5 HOH C 2 3255 255 HOH WAT . S 5 HOH C 3 3257 257 HOH WAT . S 5 HOH C 4 3258 258 HOH WAT . T 5 HOH D 1 4254 254 HOH WAT . T 5 HOH D 2 4255 255 HOH WAT . T 5 HOH D 3 4257 257 HOH WAT . T 5 HOH D 4 4258 258 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . N 2 18.682 -9.296 -1.056 0.5 19.76 ? C1 NAG 259 D 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . N 2 19.843 -10.12 -1.607 0.5 15.86 ? C2 NAG 259 D 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . N 2 19.335 -11.188 -2.55 0.5 19.92 ? C3 NAG 259 D 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . N 2 18.341 -12.078 -1.818 0.5 20.49 ? C4 NAG 259 D 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . N 2 17.246 -11.243 -1.142 0.5 18.81 ? C5 NAG 259 D 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . N 2 16.453 -12.119 -0.193 0.5 19.84 ? C6 NAG 259 D 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . N 2 22.027 -9.131 -1.725 0.5 9.94 ? C7 NAG 259 D 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . N 2 23.025 -8.264 -2.467 0.5 3.15 ? C8 NAG 259 D 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . N 2 20.825 -9.288 -2.271 0.5 15.42 ? N2 NAG 259 D 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . N 2 20.433 -11.97 -2.993 0.5 21.27 ? O3 NAG 259 D 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . N 2 17.748 -12.986 -2.739 0.5 18.23 ? O4 NAG 259 D 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . N 2 17.812 -10.179 -0.336 0.5 17.23 ? O5 NAG 259 D 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . N 2 15.337 -11.425 0.337 0.5 33.35 ? O6 NAG 259 D 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . N 2 22.341 -9.645 -0.657 0.5 12.49 ? O7 NAG 259 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 292 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 14 #