data_1GT8
#
_model_server_result.job_id            gKg8eDngIfX2EScQeVUc5g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-18 04:23:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1gt8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1026}' 
#
_entry.id    1GT8 
#
_exptl.entry_id    1GT8 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          97.16 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1GT8 
_cell.length_a            82.03 
_cell.length_b            159.53 
_cell.length_c            166.02 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1GT8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 1 
C,D,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 EA N N 
? 2 FA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 953 A CYS 953 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 956 A CYS 956 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 959 A CYS 959 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 963 A CYS 963 1_555 H FE1 SF4 . A SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 986 A CYS 986 1_555 H FE3 SF4 . A SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 989 A CYS 989 1_555 H FE4 SF4 . A SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 992 A CYS 992 1_555 H FE2 SF4 . A SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 996 A CYS 996 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 79 B CYS 79 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 82 B CYS 82 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 87 B CYS 87 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 91 B CYS 91 1_555 M FE1 SF4 . B SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 130 B CYS 130 1_555 M FE4 SF4 . B SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 136 B CYS 136 1_555 M FE2 SF4 . B SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 140 B CYS 140 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc16 B OE1 GLN 156 B GLN 156 1_555 M FE3 SF4 . B SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 953 B CYS 953 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc18 B SG CYS 956 B CYS 956 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 959 B CYS 959 1_555 O FE2 SF4 . B SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 963 B CYS 963 1_555 P FE1 SF4 . B SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 986 B CYS 986 1_555 P FE3 SF4 . B SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 989 B CYS 989 1_555 P FE2 SF4 . B SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? 
metalc ? metalc23 B SG CYS 992 B CYS 992 1_555 P FE4 SF4 . B SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc24 B SG CYS 996 B CYS 996 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc25 C SG CYS 79 C CYS 79 1_555 V FE3 SF4 . C SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc26 C SG CYS 82 C CYS 82 1_555 V FE4 SF4 . C SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? 
metalc ? metalc27 C SG CYS 87 C CYS 87 1_555 V FE2 SF4 . C SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc28 C SG CYS 91 C CYS 91 1_555 U FE1 SF4 . C SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? 
metalc ? metalc29 C SG CYS 130 C CYS 130 1_555 U FE4 SF4 . C SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc30 C SG CYS 140 C CYS 140 1_555 V FE1 SF4 . C SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
metalc ? metalc31 C OE1 GLN 156 C GLN 156 1_555 U FE3 SF4 . C SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc32 C SG CYS 953 C CYS 953 1_555 W FE3 SF4 . C SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc33 C SG CYS 956 C CYS 956 1_555 W FE4 SF4 . C SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc34 C SG CYS 959 C CYS 959 1_555 W FE2 SF4 . C SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? 
metalc ? metalc35 C SG CYS 963 C CYS 963 1_555 X FE1 SF4 . C SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc36 C SG CYS 986 C CYS 986 1_555 X FE3 SF4 . C SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc37 C SG CYS 989 C CYS 989 1_555 X FE4 SF4 . C SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc38 C SG CYS 992 C CYS 992 1_555 X FE2 SF4 . C SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc39 C SG CYS 996 C CYS 996 1_555 W FE1 SF4 . C SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc40 D SG CYS 79 D CYS 79 1_555 DA FE3 SF4 . D SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc41 D SG CYS 82 D CYS 82 1_555 DA FE4 SF4 . D SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc42 D SG CYS 87 D CYS 87 1_555 DA FE2 SF4 . D SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? 
metalc ? metalc43 D SG CYS 91 D CYS 91 1_555 CA FE1 SF4 . D SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc44 D SG CYS 130 D CYS 130 1_555 CA FE4 SF4 . D SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? 
metalc ? metalc45 D SG CYS 136 D CYS 136 1_555 CA FE2 SF4 . D SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc46 D SG CYS 140 D CYS 140 1_555 DA FE1 SF4 . D SF4 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc47 D OE1 GLN 156 D GLN 156 1_555 CA FE3 SF4 . D SF4 1026 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc48 D SG CYS 953 D CYS 953 1_555 EA FE3 SF4 . D SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc49 D SG CYS 956 D CYS 956 1_555 EA FE4 SF4 . D SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? 
metalc ? metalc50 D SG CYS 959 D CYS 959 1_555 EA FE2 SF4 . D SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? 
metalc ? metalc51 D SG CYS 963 D CYS 963 1_555 FA FE1 SF4 . D SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? 
metalc ? metalc52 D SG CYS 986 D CYS 986 1_555 FA FE3 SF4 . D SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc53 D SG CYS 989 D CYS 989 1_555 FA FE4 SF4 . D SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc54 D SG CYS 992 D CYS 992 1_555 FA FE2 SF4 . D SF4 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc55 D SG CYS 996 D CYS 996 1_555 EA FE1 SF4 . D SF4 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 515 n n 
FE1 S3 SF4 sing 516 n n 
FE1 S4 SF4 sing 517 n n 
FE2 S1 SF4 sing 518 n n 
FE2 S3 SF4 sing 519 n n 
FE2 S4 SF4 sing 520 n n 
FE3 S1 SF4 sing 521 n n 
FE3 S2 SF4 sing 522 n n 
FE3 S4 SF4 sing 523 n n 
FE4 S1 SF4 sing 524 n n 
FE4 S2 SF4 sing 525 n n 
FE4 S3 SF4 sing 526 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1GT8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012191 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001531 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006268 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006071 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 SF4 A 1 1026 1026 SF4 SF4 . 
F 2 SF4 A 1 1027 1027 SF4 SF4 . 
G 2 SF4 A 1 1028 1028 SF4 SF4 . 
H 2 SF4 A 1 1029 1029 SF4 SF4 . 
I 3 FMN A 1 1030 1030 FMN FMN . 
J 4 FAD A 1 1031 1031 FAD FAD . 
K 5 NDP A 1 1032 1032 NDP NDP . 
L 6 UAA A 1 1035 1035 UAA UAA . 
M 2 SF4 B 1 1026 1026 SF4 SF4 . 
N 2 SF4 B 1 1027 1027 SF4 SF4 . 
O 2 SF4 B 1 1028 1028 SF4 SF4 . 
P 2 SF4 B 1 1029 1029 SF4 SF4 . 
Q 3 FMN B 1 1030 1030 FMN FMN . 
R 4 FAD B 1 1031 1031 FAD FAD . 
S 5 NDP B 1 1032 1032 NDP NDP . 
T 6 UAA B 1 1035 1035 UAA UAA . 
U 2 SF4 C 1 1026 1026 SF4 SF4 . 
V 2 SF4 C 1 1027 1027 SF4 SF4 . 
W 2 SF4 C 1 1028 1028 SF4 SF4 . 
X 2 SF4 C 1 1029 1029 SF4 SF4 . 
Y 3 FMN C 1 1030 1030 FMN FMN . 
Z 4 FAD C 1 1031 1031 FAD FAD . 
AA 5 NDP C 1 1032 1032 NDP NDP . 
BA 6 UAA C 1 1035 1035 UAA UAA . 
CA 2 SF4 D 1 1026 1026 SF4 SF4 . 
DA 2 SF4 D 1 1027 1027 SF4 SF4 . 
EA 2 SF4 D 1 1028 1028 SF4 SF4 . 
FA 2 SF4 D 1 1029 1029 SF4 SF4 . 
GA 3 FMN D 1 1030 1030 FMN FMN . 
HA 4 FAD D 1 1031 1031 FAD FAD . 
IA 5 NDP D 1 1032 1032 NDP NDP . 
JA 6 UAA D 1 1035 1035 UAA UAA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
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