data_1GYK
#
_model_server_result.job_id            vgCj1VpKLaa8TdZMaBvPtw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 03:40:28' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1gyk 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1205}' 
#
_entry.id    1GYK 
#
_exptl.entry_id    1GYK 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    9 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          96.8 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1GYK 
_cell.length_a            95.76 
_cell.length_b            70.53 
_cell.length_c            103.41 
_cell.Z_PDB               10 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1GYK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 36 A CYS 36 1_555 A SG CYS 95 A CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 36 B CYS 36 1_555 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 36 C CYS 36 1_555 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 36 D CYS 36 1_555 D SG CYS 95 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 58 A ASP 58 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 58 A ASP 58 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASN 59 A ASN 59 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 136 A GLU 136 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 136 A GLU 136 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 136 A GLU 136 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc7 A O GLN 137 A GLN 137 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 138 A ASP 138 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 138 A ASP 138 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc10 A OD2 ASP 138 A ASP 138 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc11 A OE1 GLN 148 A GLN 148 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc12 F CA CA . A CA 1205 1_555 H O8B CDG . A CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 1206 1_555 H O8A CDG . A CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 58 B ASP 58 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 58 B ASP 58 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 59 B ASN 59 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 136 B GLU 136 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? 
metalc ? metalc18 B OE2 GLU 136 B GLU 136 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 136 B GLU 136 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc20 B O GLN 137 B GLN 137 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 138 B ASP 138 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc22 B OD1 ASP 138 B ASP 138 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc23 B OD2 ASP 138 B ASP 138 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc24 B OE1 GLN 148 B GLN 148 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc25 I CA CA . B CA 1205 1_555 K O8B CDG . B CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc26 J CA CA . B CA 1206 1_555 K O8A CDG . B CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 58 C ASP 58 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 58 C ASP 58 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASN 59 C ASN 59 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc30 C OE1 GLU 136 C GLU 136 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc31 C OE2 GLU 136 C GLU 136 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc32 C OE1 GLU 136 C GLU 136 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc33 C O GLN 137 C GLN 137 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc34 C OD1 ASP 138 C ASP 138 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc35 C OD2 ASP 138 C ASP 138 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc36 C OD1 ASP 138 C ASP 138 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc37 C OE1 GLN 148 C GLN 148 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc38 L CA CA . C CA 1205 1_555 N O8B CDG . C CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc39 M CA CA . C CA 1206 1_555 N O8A CDG . C CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc40 D OD2 ASP 58 D ASP 58 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc41 D OD1 ASP 58 D ASP 58 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc42 D OD1 ASN 59 D ASN 59 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc43 D OE1 GLU 136 D GLU 136 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc44 D OE2 GLU 136 D GLU 136 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc45 D OE1 GLU 136 D GLU 136 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc46 D O GLN 137 D GLN 137 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc47 D OD1 ASP 138 D ASP 138 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc48 D OD1 ASP 138 D ASP 138 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc49 D OD2 ASP 138 D ASP 138 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc50 D OE1 GLN 148 D GLN 148 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc51 O CA CA . D CA 1205 1_555 Q O8B CDG . D CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc52 P CA CA . D CA 1206 1_555 Q O8A CDG . D CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc53 E OD1 ASP 58 E ASP 58 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc54 E OD2 ASP 58 E ASP 58 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? 
metalc ? metalc55 E OD1 ASN 59 E ASN 59 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc56 E OE2 GLU 136 E GLU 136 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc57 E OE1 GLU 136 E GLU 136 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? 
metalc ? metalc58 E O GLN 137 E GLN 137 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc59 E OD1 ASP 138 E ASP 138 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1GYK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010443 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001245 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014178 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009739 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 CA A 1 1205 1205 CA CA . 
G 2 CA A 1 1206 1206 CA CA . 
H 3 CDG A 1 1207 1207 CDG CDG . 
I 2 CA B 1 1205 1205 CA CA . 
J 2 CA B 1 1206 1206 CA CA . 
K 3 CDG B 1 1207 1207 CDG CDG . 
L 2 CA C 1 1205 1205 CA CA . 
M 2 CA C 1 1206 1206 CA CA . 
N 3 CDG C 1 1207 1207 CDG CDG . 
O 2 CA D 1 1205 1205 CA CA . 
P 2 CA D 1 1206 1206 CA CA . 
Q 3 CDG D 1 1207 1207 CDG CDG . 
R 2 CA E 1 1205 1205 CA CA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         I 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               35.948 
_atom_site.Cartn_y               36.248 
_atom_site.Cartn_z               30.132 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        14.21 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1205 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    38 
_model_server_stats.query_time_ms           268 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#