data_1GYK # _model_server_result.job_id MxrxvSVH5gFXOf1UK-Yrnw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 19:27:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1gyk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":1207}' # _entry.id 1GYK # _exptl.entry_id 1GYK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 264.229 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'METHYL 4,6-O-[(1R)-1-CARBOXYETHYLIDENE]-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 96.8 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1GYK _cell.length_a 95.76 _cell.length_b 70.53 _cell.length_c 103.41 _cell.Z_PDB 10 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1GYK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 H N N ? 3 K N N ? 3 N N N ? 3 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 36 A CYS 36 1_555 A SG CYS 95 A CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 36 B CYS 36 1_555 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 36 C CYS 36 1_555 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 36 D CYS 36 1_555 D SG CYS 95 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 58 A ASP 58 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 58 A ASP 58 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 59 A ASN 59 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 136 A GLU 136 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 136 A GLU 136 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 136 A GLU 136 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc7 A O GLN 137 A GLN 137 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 138 A ASP 138 1_555 F CA CA . A CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 138 A ASP 138 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 138 A ASP 138 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLN 148 A GLN 148 1_555 G CA CA . A CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc12 F CA CA . A CA 1205 1_555 H O8B CDG . A CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 1206 1_555 H O8A CDG . A CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 58 B ASP 58 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 58 B ASP 58 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASN 59 B ASN 59 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 136 B GLU 136 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 136 B GLU 136 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 136 B GLU 136 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc20 B O GLN 137 B GLN 137 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 138 B ASP 138 1_555 I CA CA . B CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 138 B ASP 138 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 138 B ASP 138 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc24 B OE1 GLN 148 B GLN 148 1_555 J CA CA . B CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc25 I CA CA . B CA 1205 1_555 K O8B CDG . B CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc26 J CA CA . B CA 1206 1_555 K O8A CDG . B CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 58 C ASP 58 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 58 C ASP 58 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASN 59 C ASN 59 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc30 C OE1 GLU 136 C GLU 136 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc31 C OE2 GLU 136 C GLU 136 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc32 C OE1 GLU 136 C GLU 136 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc33 C O GLN 137 C GLN 137 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASP 138 C ASP 138 1_555 L CA CA . C CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc35 C OD2 ASP 138 C ASP 138 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc36 C OD1 ASP 138 C ASP 138 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc37 C OE1 GLN 148 C GLN 148 1_555 M CA CA . C CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc38 L CA CA . C CA 1205 1_555 N O8B CDG . C CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc39 M CA CA . C CA 1206 1_555 N O8A CDG . C CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 58 D ASP 58 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc41 D OD1 ASP 58 D ASP 58 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc42 D OD1 ASN 59 D ASN 59 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 136 D GLU 136 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc44 D OE2 GLU 136 D GLU 136 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc45 D OE1 GLU 136 D GLU 136 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc46 D O GLN 137 D GLN 137 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc47 D OD1 ASP 138 D ASP 138 1_555 O CA CA . D CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc48 D OD1 ASP 138 D ASP 138 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc49 D OD2 ASP 138 D ASP 138 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc50 D OE1 GLN 148 D GLN 148 1_555 P CA CA . D CA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc51 O CA CA . D CA 1205 1_555 Q O8B CDG . D CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc52 P CA CA . D CA 1206 1_555 Q O8A CDG . D CDG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc53 E OD1 ASP 58 E ASP 58 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc54 E OD2 ASP 58 E ASP 58 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc55 E OD1 ASN 59 E ASN 59 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc56 E OE2 GLU 136 E GLU 136 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc57 E OE1 GLU 136 E GLU 136 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc58 E O GLN 137 E GLN 137 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc59 E OD1 ASP 138 E ASP 138 1_555 R CA CA . E CA 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 O8' _chem_comp.formula_weight 264.229 _chem_comp.id CDG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'METHYL 4,6-O-[(1R)-1-CARBOXYETHYLIDENE]-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 CDG sing 70 n n C1 O1 CDG sing 71 n n C1 O5 CDG sing 72 n n C1 H1 CDG sing 73 n n C2 C3 CDG sing 74 n n C2 O2 CDG sing 75 n n C2 H2 CDG sing 76 n n C3 C4 CDG sing 77 n n C3 O3 CDG sing 78 n n C3 H3 CDG sing 79 n n C4 C5 CDG sing 80 n n C4 O4 CDG sing 81 n n C4 H4 CDG sing 82 n n C5 C6 CDG sing 83 n n C5 O5 CDG sing 84 n n C5 H5 CDG sing 85 n n C6 O6 CDG sing 86 n n C6 H6C1 CDG sing 87 n n C6 H6C2 CDG sing 88 n n C7 C8 CDG sing 89 n n C7 C9 CDG sing 90 n n C7 O4 CDG sing 91 n n C7 O6 CDG sing 92 n n C8 O8A CDG sing 93 n n C8 O8B CDG doub 94 n n C9 H9C1 CDG sing 95 n n C9 H9C2 CDG sing 96 n n C9 H9C3 CDG sing 97 n n O1 C10 CDG sing 98 n n O2 HA CDG sing 99 n n O3 HB CDG sing 100 n n O8A H8A CDG sing 101 n n C10 H101 CDG sing 102 n n C10 H102 CDG sing 103 n n C10 H103 CDG sing 104 n n # _atom_sites.entry_id 1GYK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010443 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001245 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014178 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009739 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 CA A 1 1205 1205 CA CA . G 2 CA A 1 1206 1206 CA CA . H 3 CDG A 1 1207 1207 CDG CDG . I 2 CA B 1 1205 1205 CA CA . J 2 CA B 1 1206 1206 CA CA . K 3 CDG B 1 1207 1207 CDG CDG . L 2 CA C 1 1205 1205 CA CA . M 2 CA C 1 1206 1206 CA CA . N 3 CDG C 1 1207 1207 CDG CDG . O 2 CA D 1 1205 1205 CA CA . P 2 CA D 1 1206 1206 CA CA . Q 3 CDG D 1 1207 1207 CDG CDG . R 2 CA E 1 1205 1205 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 CDG . . . Q 3 56.553 37.324 1.985 1 40.54 ? C1 CDG 1207 D 1 HETATM 2 C C2 CDG . . . Q 3 58.085 37.201 1.658 0 41.06 ? C2 CDG 1207 D 1 HETATM 3 C C3 CDG . . . Q 3 58.339 37.444 0.129 0 40.15 ? C3 CDG 1207 D 1 HETATM 4 C C4 CDG . . . Q 3 57.426 36.533 -0.738 1 38.58 ? C4 CDG 1207 D 1 HETATM 5 C C5 CDG . . . Q 3 55.939 36.779 -0.374 1 37.55 ? C5 CDG 1207 D 1 HETATM 6 C C6 CDG . . . Q 3 55.073 35.8 -1.208 1 33.85 ? C6 CDG 1207 D 1 HETATM 7 C C7 CDG . . . Q 3 56.922 34.051 -1.093 1 25.1 ? C7 CDG 1207 D 1 HETATM 8 C C8 CDG . . . Q 3 57.3 34.056 -2.631 1 24.04 ? C8 CDG 1207 D 1 HETATM 9 C C9 CDG . . . Q 3 57.241 32.624 -0.727 1 24.1 ? C9 CDG 1207 D 1 HETATM 10 O O1 CDG . . . Q 3 56.277 36.928 3.362 0 39.87 ? O1 CDG 1207 D 1 HETATM 11 O O2 CDG . . . Q 3 58.822 38.144 2.439 1 45.84 ? O2 CDG 1207 D 1 HETATM 12 O O3 CDG . . . Q 3 59.703 37.182 -0.208 1 43.01 ? O3 CDG 1207 D 1 HETATM 13 O O4 CDG . . . Q 3 57.768 35.116 -0.481 1 34.01 ? O4 CDG 1207 D 1 HETATM 14 O O5 CDG . . . Q 3 55.739 36.522 1.053 0 38.52 ? O5 CDG 1207 D 1 HETATM 15 O O6 CDG . . . Q 3 55.479 34.409 -1.005 1 26.43 ? O6 CDG 1207 D 1 HETATM 16 O O8A CDG . . . Q 3 58.425 34.503 -2.989 1 14.39 ? O8A CDG 1207 D 1 HETATM 17 O O8B CDG . . . Q 3 56.459 33.663 -3.473 1 20.92 ? O8B CDG 1207 D 1 HETATM 18 C C10 CDG . . . Q 3 56.11 35.509 3.623 0 39.78 ? C10 CDG 1207 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 9 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 18 #