data_1HI0 # _model_server_result.job_id URdBSJgW4rq2ACxfKnzNpA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-01 04:43:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1hi0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":666}' # _entry.id 1HI0 # _exptl.entry_id 1HI0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 101.09 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1HI0 _cell.length_a 105.65 _cell.length_b 92.7 _cell.length_c 140.79 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1HI0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,G,H,I,J,K 1 1 B,E,L,M,N,O,P 2 1 C,F,Q,R,S,T,U 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 R N N ? 4 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D O VAL 325 P VAL 325 1_555 J MG MG . P MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc2 D OD1 ASP 453 P ASP 453 1_555 J MG MG . P MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc3 D OD1 ASP 454 P ASP 454 1_555 G MN MN . P MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? metalc ? metalc4 D OE1 GLU 491 P GLU 491 1_555 G MN MN . P MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? metalc ? metalc5 D O ALA 495 P ALA 495 1_555 G MN MN . P MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc6 I O2B GTP . P GTP 667 1_555 J MG MG . P MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc7 I O2G GTP . P GTP 667 1_555 J MG MG . P MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.142 ? metalc ? metalc8 I O1A GTP . P GTP 667 1_555 K MG MG . P MG 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc9 I O2G GTP . P GTP 667 1_555 K MG MG . P MG 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc10 E O VAL 325 Q VAL 325 1_555 O MG MG . Q MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc11 E OD1 ASP 453 Q ASP 453 1_555 O MG MG . Q MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? metalc ? metalc12 E OD1 ASP 454 Q ASP 454 1_555 L MN MN . Q MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? metalc ? metalc13 E OE1 GLU 491 Q GLU 491 1_555 L MN MN . Q MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? metalc ? metalc14 E O ALA 495 Q ALA 495 1_555 L MN MN . Q MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc15 N O2G GTP . Q GTP 667 1_555 O MG MG . Q MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.142 ? metalc ? metalc16 N O2B GTP . Q GTP 667 1_555 O MG MG . Q MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc17 N O1A GTP . Q GTP 667 1_555 P MG MG . Q MG 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc18 N O2G GTP . Q GTP 667 1_555 P MG MG . Q MG 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc19 F O VAL 325 R VAL 325 1_555 T MG MG . R MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc20 F OD1 ASP 453 R ASP 453 1_555 T MG MG . R MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc21 F OD1 ASP 454 R ASP 454 1_555 Q MN MN . R MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? metalc ? metalc22 F OE1 GLU 491 R GLU 491 1_555 Q MN MN . R MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? metalc ? metalc23 F O ALA 495 R ALA 495 1_555 Q MN MN . R MN 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc24 S O2G GTP . R GTP 667 1_555 T MG MG . R MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.142 ? metalc ? metalc25 S O2B GTP . R GTP 667 1_555 T MG MG . R MG 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc26 S O1A GTP . R GTP 667 1_555 U MG MG . R MG 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc27 S O2G GTP . R GTP 667 1_555 U MG MG . R MG 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 201 n n PG O2G GTP sing 202 n n PG O3G GTP sing 203 n n PG O3B GTP sing 204 n n O2G HOG2 GTP sing 205 n n O3G HOG3 GTP sing 206 n n O3B PB GTP sing 207 n n PB O1B GTP doub 208 n n PB O2B GTP sing 209 n n PB O3A GTP sing 210 n n O2B HOB2 GTP sing 211 n n O3A PA GTP sing 212 n n PA O1A GTP doub 213 n n PA O2A GTP sing 214 n n PA O5' GTP sing 215 n n O2A HOA2 GTP sing 216 n n O5' C5' GTP sing 217 n n C5' C4' GTP sing 218 n n C5' H5' GTP sing 219 n n C5' "H5''" GTP sing 220 n n C4' O4' GTP sing 221 n n C4' C3' GTP sing 222 n n C4' H4' GTP sing 223 n n O4' C1' GTP sing 224 n n C3' O3' GTP sing 225 n n C3' C2' GTP sing 226 n n C3' H3' GTP sing 227 n n O3' HO3' GTP sing 228 n n C2' O2' GTP sing 229 n n C2' C1' GTP sing 230 n n C2' H2' GTP sing 231 n n O2' HO2' GTP sing 232 n n C1' N9 GTP sing 233 n n C1' H1' GTP sing 234 n n N9 C8 GTP sing 235 n y N9 C4 GTP sing 236 n y C8 N7 GTP doub 237 n y C8 H8 GTP sing 238 n n N7 C5 GTP sing 239 n y C5 C6 GTP sing 240 n n C5 C4 GTP doub 241 n y C6 O6 GTP doub 242 n n C6 N1 GTP sing 243 n n N1 C2 GTP sing 244 n n N1 HN1 GTP sing 245 n n C2 N2 GTP sing 246 n n C2 N3 GTP doub 247 n n N2 HN21 GTP sing 248 n n N2 HN22 GTP sing 249 n n N3 C4 GTP sing 250 n n # _atom_sites.entry_id 1HI0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009465 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001855 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010787 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007238 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 MN P 1 665 665 MN MN . H 4 GTP P 1 666 666 GTP GTP . I 4 GTP P 1 667 667 GTP GTP . J 5 MG P 1 668 668 MG MG . K 5 MG P 1 669 669 MG MG . L 3 MN Q 1 665 665 MN MN . M 4 GTP Q 1 666 666 GTP GTP . N 4 GTP Q 1 667 667 GTP GTP . O 5 MG Q 1 668 668 MG MG . P 5 MG Q 1 669 669 MG MG . Q 3 MN R 1 665 665 MN MN . R 4 GTP R 1 666 666 GTP GTP . S 4 GTP R 1 667 667 GTP GTP . T 5 MG R 1 668 668 MG MG . U 5 MG R 1 669 669 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . H 4 12.635 9.759 24.854 1 164.19 ? PG GTP 666 P 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . H 4 12.892 8.868 23.637 1 158.12 ? O1G GTP 666 P 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . H 4 11.255 9.594 25.485 1 160.92 ? O2G GTP 666 P 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . H 4 12.931 11.14 24.47 1 150.02 ? O3G GTP 666 P 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . H 4 13.818 9.29 25.976 1 165.61 ? O3B GTP 666 P 1 HETATM 6 P PB GTP . . . H 4 13.919 8.07 27.169 1 169.13 ? PB GTP 666 P 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . H 4 14.84 6.948 26.653 1 159.06 ? O1B GTP 666 P 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . H 4 14.386 8.691 28.425 1 162.96 ? O2B GTP 666 P 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . H 4 12.407 7.536 27.307 1 170.3 ? O3A GTP 666 P 1 HETATM 10 P PA GTP . . . H 4 11.292 7.532 28.528 1 164.05 ? PA GTP 666 P 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . H 4 11.91 7.352 29.846 1 162.43 ? O1A GTP 666 P 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . H 4 10.458 8.815 28.295 1 159.4 ? O2A GTP 666 P 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . H 4 10.399 6.144 28.233 1 152.51 ? O5' GTP 666 P 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . H 4 9.7 6.206 26.924 1 137.51 ? C5' GTP 666 P 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . H 4 10.319 4.881 26.216 1 128.49 ? C4' GTP 666 P 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . H 4 11.699 4.529 26.505 1 119 ? O4' GTP 666 P 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . H 4 9.545 3.659 26.401 1 125.37 ? C3' GTP 666 P 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . H 4 8.544 3.534 25.438 1 128.88 ? O3' GTP 666 P 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . H 4 10.461 2.393 26.454 1 119.02 ? C2' GTP 666 P 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . H 4 10.517 1.683 25.34 1 113.07 ? O2' GTP 666 P 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . H 4 11.92 3.148 26.831 1 116.28 ? C1' GTP 666 P 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . H 4 12.252 2.967 28.332 1 116.41 ? N9 GTP 666 P 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . H 4 12.73 4.003 29.155 1 118.81 ? C8 GTP 666 P 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . H 4 12.851 3.307 30.318 1 115.38 ? N7 GTP 666 P 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . H 4 12.495 1.949 30.264 1 114.17 ? C5 GTP 666 P 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . H 4 12.515 1.061 31.207 1 113.32 ? C6 GTP 666 P 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . H 4 12.812 0.959 32.437 1 112.29 ? O6 GTP 666 P 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . H 4 12.039 -0.321 30.697 1 110.9 ? N1 GTP 666 P 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . H 4 11.701 -0.368 29.44 1 111.21 ? C2 GTP 666 P 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . H 4 11.238 -1.719 28.96 1 99.68 ? N2 GTP 666 P 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . H 4 11.68 0.564 28.453 1 113.1 ? N3 GTP 666 P 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . H 4 12.119 1.759 29.001 1 113.07 ? C4 GTP 666 P 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 62 _model_server_stats.create_model_time_ms 141 _model_server_stats.query_time_ms 1246 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 32 #