data_1HXK
#
_model_server_result.job_id            6c275mbm0IiP6tXcJY8OXQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 19:15:01' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1hxk 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1103}' 
#
_entry.id    1HXK 
#
_exptl.entry_id    1HXK 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              163.172 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1-DEOXYMANNOJIRIMYCIN 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1HXK 
_cell.length_a            68.814 
_cell.length_b            109.616 
_cell.length_c            138.281 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1HXK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 1 A CYS 31 1_555 A SG CYS 1002 A CYS 1032 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 245 A CYS 275 1_555 A SG CYS 252 A CYS 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 253 A CYS 283 1_555 A SG CYS 267 A CYS 297 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 872 A CYS 902 1_555 A SG CYS 957 A CYS 987 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 970 A CYS 1000 1_555 A SG CYS 979 A CYS 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 164 A ASN 194 1_555 B C1 NAG . A NAG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? 
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 60 A HIS 90 1_555 C ZN ZN . A ZN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 62 A ASP 92 1_555 C ZN ZN . A ZN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 174 A ASP 204 1_555 C ZN ZN . A ZN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc4 A NE2 HIS 441 A HIS 471 1_555 C ZN ZN . A ZN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc5 C ZN ZN . A ZN 1102 1_555 D O2 DMJ . A DMJ 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc6 C ZN ZN . A ZN 1102 1_555 D O3 DMJ . A DMJ 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H13 N O4' 
_chem_comp.formula_weight    163.172 
_chem_comp.id                DMJ 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1-DEOXYMANNOJIRIMYCIN 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C4 O4 DMJ sing 83 n n 
C4 C3 DMJ sing 84 n n 
C4 C5 DMJ sing 85 n n 
C4 H4 DMJ sing 86 n n 
O4 HO4 DMJ sing 87 n n 
C3 O3 DMJ sing 88 n n 
C3 C2 DMJ sing 89 n n 
C3 H3 DMJ sing 90 n n 
O3 HO3 DMJ sing 91 n n 
C2 O2 DMJ sing 92 n n 
C2 C1 DMJ sing 93 n n 
C2 H2 DMJ sing 94 n n 
O2 HO2 DMJ sing 95 n n 
C1 N5 DMJ sing 96 n n 
C1 H11 DMJ sing 97 n n 
C1 H12 DMJ sing 98 n n 
N5 C5 DMJ sing 99 n n 
N5 HN5 DMJ sing 100 n n 
C5 C6 DMJ sing 101 n n 
C5 H5 DMJ sing 102 n n 
C6 O6 DMJ sing 103 n n 
C6 H61 DMJ sing 104 n n 
C6 H62 DMJ sing 105 n n 
O6 HO6 DMJ sing 106 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1HXK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014532 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009123 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007232 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 NAG A 1 1101 1 NAG NAG . 
C 3 ZN A 1 1102 1 ZN ZN . 
D 4 DMJ A 1 1103 1 DMJ DDM . 
E 5 MRD A 1 1104 1 MRD MPD . 
F 6 HOH A 1 1105 1 HOH WAT . 
F 6 HOH A 2 1106 2 HOH WAT . 
F 6 HOH A 3 1107 3 HOH WAT . 
F 6 HOH A 4 1108 4 HOH WAT . 
F 6 HOH A 5 1109 5 HOH WAT . 
F 6 HOH A 6 1110 6 HOH WAT . 
F 6 HOH A 7 1111 7 HOH WAT . 
F 6 HOH A 8 1112 8 HOH WAT . 
F 6 HOH A 9 1113 9 HOH WAT . 
F 6 HOH A 10 1114 10 HOH WAT . 
F 6 HOH A 11 1115 11 HOH WAT . 
F 6 HOH A 12 1116 12 HOH WAT . 
F 6 HOH A 13 1117 13 HOH WAT . 
F 6 HOH A 14 1118 14 HOH WAT . 
F 6 HOH A 15 1119 15 HOH WAT . 
F 6 HOH A 16 1120 16 HOH WAT . 
F 6 HOH A 17 1121 17 HOH WAT . 
F 6 HOH A 18 1122 18 HOH WAT . 
F 6 HOH A 19 1123 19 HOH WAT . 
F 6 HOH A 20 1124 20 HOH WAT . 
F 6 HOH A 21 1125 21 HOH WAT . 
F 6 HOH A 22 1126 22 HOH WAT . 
F 6 HOH A 23 1127 23 HOH WAT . 
F 6 HOH A 24 1128 24 HOH WAT . 
F 6 HOH A 25 1129 25 HOH WAT . 
F 6 HOH A 26 1130 26 HOH WAT . 
F 6 HOH A 27 1131 27 HOH WAT . 
F 6 HOH A 28 1132 28 HOH WAT . 
F 6 HOH A 29 1133 29 HOH WAT . 
F 6 HOH A 30 1134 30 HOH WAT . 
F 6 HOH A 31 1135 31 HOH WAT . 
F 6 HOH A 32 1136 32 HOH WAT . 
F 6 HOH A 33 1137 33 HOH WAT . 
F 6 HOH A 34 1138 34 HOH WAT . 
F 6 HOH A 35 1139 35 HOH WAT . 
F 6 HOH A 36 1140 36 HOH WAT . 
F 6 HOH A 37 1141 37 HOH WAT . 
F 6 HOH A 38 1142 38 HOH WAT . 
F 6 HOH A 39 1143 39 HOH WAT . 
F 6 HOH A 40 1144 40 HOH WAT . 
F 6 HOH A 41 1145 41 HOH WAT . 
F 6 HOH A 42 1146 42 HOH WAT . 
F 6 HOH A 43 1147 43 HOH WAT . 
F 6 HOH A 44 1148 44 HOH WAT . 
F 6 HOH A 45 1149 45 HOH WAT . 
F 6 HOH A 46 1150 46 HOH WAT . 
F 6 HOH A 47 1151 47 HOH WAT . 
F 6 HOH A 48 1152 48 HOH WAT . 
F 6 HOH A 49 1153 49 HOH WAT . 
F 6 HOH A 50 1154 50 HOH WAT . 
F 6 HOH A 51 1155 51 HOH WAT . 
F 6 HOH A 52 1156 52 HOH WAT . 
F 6 HOH A 53 1157 53 HOH WAT . 
F 6 HOH A 54 1158 54 HOH WAT . 
F 6 HOH A 55 1159 55 HOH WAT . 
F 6 HOH A 56 1160 56 HOH WAT . 
F 6 HOH A 57 1161 57 HOH WAT . 
F 6 HOH A 58 1162 58 HOH WAT . 
F 6 HOH A 59 1163 59 HOH WAT . 
F 6 HOH A 60 1164 60 HOH WAT . 
F 6 HOH A 61 1165 61 HOH WAT . 
F 6 HOH A 62 1166 62 HOH WAT . 
F 6 HOH A 63 1167 63 HOH WAT . 
F 6 HOH A 64 1168 64 HOH WAT . 
F 6 HOH A 65 1169 65 HOH WAT . 
F 6 HOH A 66 1170 66 HOH WAT . 
F 6 HOH A 67 1171 67 HOH WAT . 
F 6 HOH A 68 1172 68 HOH WAT . 
F 6 HOH A 69 1173 69 HOH WAT . 
F 6 HOH A 70 1174 70 HOH WAT . 
F 6 HOH A 71 1175 71 HOH WAT . 
F 6 HOH A 72 1176 72 HOH WAT . 
F 6 HOH A 73 1177 73 HOH WAT . 
F 6 HOH A 74 1178 74 HOH WAT . 
F 6 HOH A 75 1179 75 HOH WAT . 
F 6 HOH A 76 1180 76 HOH WAT . 
F 6 HOH A 77 1181 77 HOH WAT . 
F 6 HOH A 78 1182 78 HOH WAT . 
F 6 HOH A 79 1183 79 HOH WAT . 
F 6 HOH A 80 1184 80 HOH WAT . 
F 6 HOH A 81 1185 81 HOH WAT . 
F 6 HOH A 82 1186 82 HOH WAT . 
F 6 HOH A 83 1187 83 HOH WAT . 
F 6 HOH A 84 1188 84 HOH WAT . 
F 6 HOH A 85 1189 85 HOH WAT . 
F 6 HOH A 86 1190 86 HOH WAT . 
F 6 HOH A 87 1191 87 HOH WAT . 
F 6 HOH A 88 1192 88 HOH WAT . 
F 6 HOH A 89 1193 89 HOH WAT . 
F 6 HOH A 90 1194 90 HOH WAT . 
F 6 HOH A 91 1195 91 HOH WAT . 
F 6 HOH A 92 1196 92 HOH WAT . 
F 6 HOH A 93 1197 93 HOH WAT . 
F 6 HOH A 94 1198 94 HOH WAT . 
F 6 HOH A 95 1199 95 HOH WAT . 
F 6 HOH A 96 1200 96 HOH WAT . 
F 6 HOH A 97 1201 97 HOH WAT . 
F 6 HOH A 98 1202 98 HOH WAT . 
F 6 HOH A 99 1203 99 HOH WAT . 
F 6 HOH A 100 1204 100 HOH WAT . 
F 6 HOH A 101 1205 101 HOH WAT . 
F 6 HOH A 102 1206 102 HOH WAT . 
F 6 HOH A 103 1207 103 HOH WAT . 
F 6 HOH A 104 1208 104 HOH WAT . 
F 6 HOH A 105 1209 105 HOH WAT . 
F 6 HOH A 106 1210 106 HOH WAT . 
F 6 HOH A 107 1211 107 HOH WAT . 
F 6 HOH A 108 1212 108 HOH WAT . 
F 6 HOH A 109 1213 109 HOH WAT . 
F 6 HOH A 110 1214 110 HOH WAT . 
F 6 HOH A 111 1215 111 HOH WAT . 
F 6 HOH A 112 1216 112 HOH WAT . 
F 6 HOH A 113 1217 113 HOH WAT . 
F 6 HOH A 114 1218 114 HOH WAT . 
F 6 HOH A 115 1219 115 HOH WAT . 
F 6 HOH A 116 1220 116 HOH WAT . 
F 6 HOH A 117 1221 117 HOH WAT . 
F 6 HOH A 118 1222 118 HOH WAT . 
F 6 HOH A 119 1223 119 HOH WAT . 
F 6 HOH A 120 1224 120 HOH WAT . 
F 6 HOH A 121 1225 121 HOH WAT . 
F 6 HOH A 122 1226 122 HOH WAT . 
F 6 HOH A 123 1227 123 HOH WAT . 
F 6 HOH A 124 1228 124 HOH WAT . 
F 6 HOH A 125 1229 125 HOH WAT . 
F 6 HOH A 126 1230 126 HOH WAT . 
F 6 HOH A 127 1231 127 HOH WAT . 
F 6 HOH A 128 1232 128 HOH WAT . 
F 6 HOH A 129 1233 129 HOH WAT . 
F 6 HOH A 130 1234 130 HOH WAT . 
F 6 HOH A 131 1235 131 HOH WAT . 
F 6 HOH A 132 1236 132 HOH WAT . 
F 6 HOH A 133 1237 133 HOH WAT . 
F 6 HOH A 134 1238 134 HOH WAT . 
F 6 HOH A 135 1239 135 HOH WAT . 
F 6 HOH A 136 1240 136 HOH WAT . 
F 6 HOH A 137 1241 137 HOH WAT . 
F 6 HOH A 138 1242 138 HOH WAT . 
F 6 HOH A 139 1243 139 HOH WAT . 
F 6 HOH A 140 1244 140 HOH WAT . 
F 6 HOH A 141 1245 141 HOH WAT . 
F 6 HOH A 142 1246 142 HOH WAT . 
F 6 HOH A 143 1247 143 HOH WAT . 
F 6 HOH A 144 1248 144 HOH WAT . 
F 6 HOH A 145 1249 145 HOH WAT . 
F 6 HOH A 146 1250 146 HOH WAT . 
F 6 HOH A 147 1251 147 HOH WAT . 
F 6 HOH A 148 1252 148 HOH WAT . 
F 6 HOH A 149 1253 149 HOH WAT . 
F 6 HOH A 150 1254 150 HOH WAT . 
F 6 HOH A 151 1255 151 HOH WAT . 
F 6 HOH A 152 1256 152 HOH WAT . 
F 6 HOH A 153 1257 153 HOH WAT . 
F 6 HOH A 154 1258 154 HOH WAT . 
F 6 HOH A 155 1259 155 HOH WAT . 
F 6 HOH A 156 1260 156 HOH WAT . 
F 6 HOH A 157 1261 157 HOH WAT . 
F 6 HOH A 158 1262 158 HOH WAT . 
F 6 HOH A 159 1263 159 HOH WAT . 
F 6 HOH A 160 1264 160 HOH WAT . 
F 6 HOH A 161 1265 161 HOH WAT . 
F 6 HOH A 162 1266 162 HOH WAT . 
F 6 HOH A 163 1267 163 HOH WAT . 
F 6 HOH A 164 1268 164 HOH WAT . 
F 6 HOH A 165 1269 165 HOH WAT . 
F 6 HOH A 166 1270 166 HOH WAT . 
F 6 HOH A 167 1271 167 HOH WAT . 
F 6 HOH A 168 1272 168 HOH WAT . 
F 6 HOH A 169 1273 169 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 175 1279 175 HOH WAT . 
F 6 HOH A 176 1280 176 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 195 1299 195 HOH WAT . 
F 6 HOH A 196 1300 196 HOH WAT . 
F 6 HOH A 197 1301 197 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 199 1303 199 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 202 1306 202 HOH WAT . 
F 6 HOH A 203 1307 203 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 205 1309 205 HOH WAT . 
F 6 HOH A 206 1310 206 HOH WAT . 
F 6 HOH A 207 1311 207 HOH WAT . 
F 6 HOH A 208 1312 208 HOH WAT . 
F 6 HOH A 209 1313 209 HOH WAT . 
F 6 HOH A 210 1314 210 HOH WAT . 
F 6 HOH A 211 1315 211 HOH WAT . 
F 6 HOH A 212 1316 212 HOH WAT . 
F 6 HOH A 213 1317 213 HOH WAT . 
F 6 HOH A 214 1318 214 HOH WAT . 
F 6 HOH A 215 1319 215 HOH WAT . 
F 6 HOH A 216 1320 216 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 218 1322 218 HOH WAT . 
F 6 HOH A 219 1323 219 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 225 1329 225 HOH WAT . 
F 6 HOH A 226 1330 226 HOH WAT . 
F 6 HOH A 227 1331 227 HOH WAT . 
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F 6 HOH A 351 1455 351 HOH WAT . 
F 6 HOH A 352 1456 352 HOH WAT . 
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