data_1J1D # _model_server_result.job_id Gbf1eQ9mWvRB2-Vz9Hjxmg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 03:20:15' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1j1d # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":201}' # _entry.id 1J1D # _exptl.entry_id 1J1D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 101.35 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1J1D _cell.length_a 42.346 _cell.length_b 167.86 _cell.length_c 69.707 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1J1D _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,G,H,I,M,N,O 1 1 D,E,F,J,K,L,P,Q,R 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 65 A ASP 65 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 67 A ASP 67 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.325 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 67 A ASP 67 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc4 A OG SER 69 A SER 69 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc5 A O THR 71 A THR 71 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 73 A ASP 73 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.288 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 76 A GLU 76 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 76 A GLU 76 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 105 A ASP 105 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASN 107 A ASN 107 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 109 A ASP 109 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? metalc ? metalc13 A O TYR 111 A TYR 111 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 116 A GLU 116 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 116 A GLU 116 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 141 A ASP 141 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASN 143 A ASN 143 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc18 A ND2 ASN 143 A ASN 143 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 145 A ASP 145 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc20 A O ARG 147 A ARG 147 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? metalc ? metalc21 A OE1 GLU 152 A GLU 152 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc22 D OD2 ASP 65 D ASP 65 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc23 D OD1 ASP 67 D ASP 67 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.161 ? metalc ? metalc24 D OD2 ASP 67 D ASP 67 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc25 D OG SER 69 D SER 69 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc26 D O THR 71 D THR 71 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc27 D OE1 GLU 76 D GLU 76 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc28 D OE2 GLU 76 D GLU 76 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 105 D ASP 105 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASN 107 D ASN 107 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc31 D OD1 ASP 109 D ASP 109 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc32 D OD2 ASP 109 D ASP 109 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.091 ? metalc ? metalc33 D O TYR 111 D TYR 111 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc34 D OE1 GLU 116 D GLU 116 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc35 D OE2 GLU 116 D GLU 116 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc36 D OD2 ASP 141 D ASP 141 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASN 143 D ASN 143 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 145 D ASP 145 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 145 D ASP 145 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc40 D O ARG 147 D ARG 147 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc41 D OE1 GLU 152 D GLU 152 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc42 D OE2 GLU 152 D GLU 152 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1J1D _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.023615 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00474 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005957 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014632 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 CA A 1 201 201 CA CA . H 4 CA A 1 202 202 CA CA . I 4 CA A 1 203 203 CA CA . J 4 CA D 1 201 201 CA CA . K 4 CA D 1 202 202 CA CA . L 4 CA D 1 203 203 CA CA . M 5 HOH A 1 204 5 HOH WAT . M 5 HOH A 2 205 9 HOH WAT . M 5 HOH A 3 206 16 HOH WAT . M 5 HOH A 4 207 20 HOH WAT . M 5 HOH A 5 208 28 HOH WAT . M 5 HOH A 6 209 34 HOH WAT . M 5 HOH A 7 210 36 HOH WAT . M 5 HOH A 8 211 37 HOH WAT . M 5 HOH A 9 212 39 HOH WAT . M 5 HOH A 10 213 40 HOH WAT . M 5 HOH A 11 214 48 HOH WAT . M 5 HOH A 12 215 53 HOH WAT . M 5 HOH A 13 216 60 HOH WAT . M 5 HOH A 14 217 66 HOH WAT . M 5 HOH A 15 218 69 HOH WAT . M 5 HOH A 16 219 71 HOH WAT . M 5 HOH A 17 220 85 HOH WAT . M 5 HOH A 18 221 100 HOH WAT . N 5 HOH B 1 6 6 HOH WAT . N 5 HOH B 2 8 8 HOH WAT . N 5 HOH B 3 14 14 HOH WAT . N 5 HOH B 4 19 19 HOH WAT . N 5 HOH B 5 22 22 HOH WAT . N 5 HOH B 6 24 24 HOH WAT . N 5 HOH B 7 42 42 HOH WAT . N 5 HOH B 8 51 51 HOH WAT . N 5 HOH B 9 52 52 HOH WAT . N 5 HOH B 10 54 54 HOH WAT . N 5 HOH B 11 61 61 HOH WAT . N 5 HOH B 12 63 63 HOH WAT . N 5 HOH B 13 64 64 HOH WAT . N 5 HOH B 14 65 65 HOH WAT . N 5 HOH B 15 74 74 HOH WAT . N 5 HOH B 16 75 75 HOH WAT . N 5 HOH B 17 79 79 HOH WAT . N 5 HOH B 18 81 81 HOH WAT . N 5 HOH B 19 82 82 HOH WAT . N 5 HOH B 20 87 87 HOH WAT . N 5 HOH B 21 101 101 HOH WAT . O 5 HOH C 1 164 4 HOH WAT . O 5 HOH C 2 165 32 HOH WAT . O 5 HOH C 3 166 35 HOH WAT . O 5 HOH C 4 167 49 HOH WAT . O 5 HOH C 5 168 50 HOH WAT . O 5 HOH C 6 169 59 HOH WAT . O 5 HOH C 7 170 68 HOH WAT . O 5 HOH C 8 171 72 HOH WAT . O 5 HOH C 9 172 80 HOH WAT . O 5 HOH C 10 173 86 HOH WAT . O 5 HOH C 11 174 89 HOH WAT . O 5 HOH C 12 175 91 HOH WAT . O 5 HOH C 13 176 92 HOH WAT . O 5 HOH C 14 177 93 HOH WAT . O 5 HOH C 15 178 94 HOH WAT . P 5 HOH D 1 204 13 HOH WAT . P 5 HOH D 2 205 17 HOH WAT . P 5 HOH D 3 206 18 HOH WAT . P 5 HOH D 4 207 26 HOH WAT . P 5 HOH D 5 208 30 HOH WAT . P 5 HOH D 6 209 31 HOH WAT . P 5 HOH D 7 210 43 HOH WAT . P 5 HOH D 8 211 45 HOH WAT . P 5 HOH D 9 212 57 HOH WAT . P 5 HOH D 10 213 77 HOH WAT . P 5 HOH D 11 214 83 HOH WAT . P 5 HOH D 12 215 84 HOH WAT . P 5 HOH D 13 216 99 HOH WAT . P 5 HOH D 14 217 102 HOH WAT . Q 5 HOH E 1 1 1 HOH WAT . Q 5 HOH E 2 7 7 HOH WAT . Q 5 HOH E 3 11 11 HOH WAT . Q 5 HOH E 4 12 12 HOH WAT . Q 5 HOH E 5 15 15 HOH WAT . Q 5 HOH E 6 21 21 HOH WAT . Q 5 HOH E 7 23 23 HOH WAT . Q 5 HOH E 8 29 29 HOH WAT . Q 5 HOH E 9 33 33 HOH WAT . Q 5 HOH E 10 38 38 HOH WAT . Q 5 HOH E 11 41 41 HOH WAT . Q 5 HOH E 12 44 44 HOH WAT . Q 5 HOH E 13 46 46 HOH WAT . Q 5 HOH E 14 58 58 HOH WAT . Q 5 HOH E 15 67 67 HOH WAT . Q 5 HOH E 16 70 70 HOH WAT . Q 5 HOH E 17 76 76 HOH WAT . Q 5 HOH E 18 78 78 HOH WAT . Q 5 HOH E 19 97 97 HOH WAT . Q 5 HOH E 20 98 98 HOH WAT . R 5 HOH F 1 164 2 HOH WAT . R 5 HOH F 2 165 3 HOH WAT . R 5 HOH F 3 166 10 HOH WAT . R 5 HOH F 4 167 25 HOH WAT . R 5 HOH F 5 168 27 HOH WAT . R 5 HOH F 6 169 47 HOH WAT . R 5 HOH F 7 170 55 HOH WAT . R 5 HOH F 8 171 56 HOH WAT . R 5 HOH F 9 172 62 HOH WAT . R 5 HOH F 10 173 73 HOH WAT . R 5 HOH F 11 174 88 HOH WAT . R 5 HOH F 12 175 90 HOH WAT . R 5 HOH F 13 176 95 HOH WAT . R 5 HOH F 14 177 96 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 26.236 _atom_site.Cartn_y 25.347 _atom_site.Cartn_z 37.7 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 68.41 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 201 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 45 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #