data_1J1D
#
_model_server_result.job_id            ln7YSml7-aBaH6l-RbARzw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 18:14:57' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1j1d 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":203}' 
#
_entry.id    1J1D 
#
_exptl.entry_id    1J1D 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          101.35 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1J1D 
_cell.length_a            42.346 
_cell.length_b            167.86 
_cell.length_c            69.707 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1J1D 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,M,N,O 1 1 
D,E,F,J,K,L,P,Q,R 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 65 A ASP 65 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 67 A ASP 67 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.325 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 67 A ASP 67 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc4 A OG SER 69 A SER 69 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 71 A THR 71 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 73 A ASP 73 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.288 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 76 A GLU 76 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 76 A GLU 76 1_555 G CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 105 A ASP 105 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASN 107 A ASN 107 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 109 A ASP 109 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc13 A O TYR 111 A TYR 111 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc14 A OE1 GLU 116 A GLU 116 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc15 A OE2 GLU 116 A GLU 116 1_555 H CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASP 141 A ASP 141 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASN 143 A ASN 143 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc18 A ND2 ASN 143 A ASN 143 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASP 145 A ASP 145 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc20 A O ARG 147 A ARG 147 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? 
metalc ? metalc21 A OE1 GLU 152 A GLU 152 1_555 I CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc22 D OD2 ASP 65 D ASP 65 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc23 D OD1 ASP 67 D ASP 67 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.161 ? 
metalc ? metalc24 D OD2 ASP 67 D ASP 67 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc25 D OG SER 69 D SER 69 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc26 D O THR 71 D THR 71 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc27 D OE1 GLU 76 D GLU 76 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc28 D OE2 GLU 76 D GLU 76 1_555 J CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc29 D OD2 ASP 105 D ASP 105 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc30 D OD1 ASN 107 D ASN 107 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc31 D OD1 ASP 109 D ASP 109 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc32 D OD2 ASP 109 D ASP 109 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.091 ? 
metalc ? metalc33 D O TYR 111 D TYR 111 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc34 D OE1 GLU 116 D GLU 116 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc35 D OE2 GLU 116 D GLU 116 1_555 K CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc36 D OD2 ASP 141 D ASP 141 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASN 143 D ASN 143 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc38 D OD2 ASP 145 D ASP 145 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 145 D ASP 145 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc40 D O ARG 147 D ARG 147 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc41 D OE1 GLU 152 D GLU 152 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc42 D OE2 GLU 152 D GLU 152 1_555 L CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1J1D 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.023615 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00474 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005957 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014632 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 CA A 1 201 201 CA CA . 
H 4 CA A 1 202 202 CA CA . 
I 4 CA A 1 203 203 CA CA . 
J 4 CA D 1 201 201 CA CA . 
K 4 CA D 1 202 202 CA CA . 
L 4 CA D 1 203 203 CA CA . 
M 5 HOH A 1 204 5 HOH WAT . 
M 5 HOH A 2 205 9 HOH WAT . 
M 5 HOH A 3 206 16 HOH WAT . 
M 5 HOH A 4 207 20 HOH WAT . 
M 5 HOH A 5 208 28 HOH WAT . 
M 5 HOH A 6 209 34 HOH WAT . 
M 5 HOH A 7 210 36 HOH WAT . 
M 5 HOH A 8 211 37 HOH WAT . 
M 5 HOH A 9 212 39 HOH WAT . 
M 5 HOH A 10 213 40 HOH WAT . 
M 5 HOH A 11 214 48 HOH WAT . 
M 5 HOH A 12 215 53 HOH WAT . 
M 5 HOH A 13 216 60 HOH WAT . 
M 5 HOH A 14 217 66 HOH WAT . 
M 5 HOH A 15 218 69 HOH WAT . 
M 5 HOH A 16 219 71 HOH WAT . 
M 5 HOH A 17 220 85 HOH WAT . 
M 5 HOH A 18 221 100 HOH WAT . 
N 5 HOH B 1 6 6 HOH WAT . 
N 5 HOH B 2 8 8 HOH WAT . 
N 5 HOH B 3 14 14 HOH WAT . 
N 5 HOH B 4 19 19 HOH WAT . 
N 5 HOH B 5 22 22 HOH WAT . 
N 5 HOH B 6 24 24 HOH WAT . 
N 5 HOH B 7 42 42 HOH WAT . 
N 5 HOH B 8 51 51 HOH WAT . 
N 5 HOH B 9 52 52 HOH WAT . 
N 5 HOH B 10 54 54 HOH WAT . 
N 5 HOH B 11 61 61 HOH WAT . 
N 5 HOH B 12 63 63 HOH WAT . 
N 5 HOH B 13 64 64 HOH WAT . 
N 5 HOH B 14 65 65 HOH WAT . 
N 5 HOH B 15 74 74 HOH WAT . 
N 5 HOH B 16 75 75 HOH WAT . 
N 5 HOH B 17 79 79 HOH WAT . 
N 5 HOH B 18 81 81 HOH WAT . 
N 5 HOH B 19 82 82 HOH WAT . 
N 5 HOH B 20 87 87 HOH WAT . 
N 5 HOH B 21 101 101 HOH WAT . 
O 5 HOH C 1 164 4 HOH WAT . 
O 5 HOH C 2 165 32 HOH WAT . 
O 5 HOH C 3 166 35 HOH WAT . 
O 5 HOH C 4 167 49 HOH WAT . 
O 5 HOH C 5 168 50 HOH WAT . 
O 5 HOH C 6 169 59 HOH WAT . 
O 5 HOH C 7 170 68 HOH WAT . 
O 5 HOH C 8 171 72 HOH WAT . 
O 5 HOH C 9 172 80 HOH WAT . 
O 5 HOH C 10 173 86 HOH WAT . 
O 5 HOH C 11 174 89 HOH WAT . 
O 5 HOH C 12 175 91 HOH WAT . 
O 5 HOH C 13 176 92 HOH WAT . 
O 5 HOH C 14 177 93 HOH WAT . 
O 5 HOH C 15 178 94 HOH WAT . 
P 5 HOH D 1 204 13 HOH WAT . 
P 5 HOH D 2 205 17 HOH WAT . 
P 5 HOH D 3 206 18 HOH WAT . 
P 5 HOH D 4 207 26 HOH WAT . 
P 5 HOH D 5 208 30 HOH WAT . 
P 5 HOH D 6 209 31 HOH WAT . 
P 5 HOH D 7 210 43 HOH WAT . 
P 5 HOH D 8 211 45 HOH WAT . 
P 5 HOH D 9 212 57 HOH WAT . 
P 5 HOH D 10 213 77 HOH WAT . 
P 5 HOH D 11 214 83 HOH WAT . 
P 5 HOH D 12 215 84 HOH WAT . 
P 5 HOH D 13 216 99 HOH WAT . 
P 5 HOH D 14 217 102 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 1 1 1 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 2 7 7 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 3 11 11 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 4 12 12 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 5 15 15 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 6 21 21 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 7 23 23 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 8 29 29 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 9 33 33 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 10 38 38 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 11 41 41 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 12 44 44 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 13 46 46 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 14 58 58 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 15 67 67 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 16 70 70 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 17 76 76 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 18 78 78 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 19 97 97 HOH WAT . 
Q 5 HOH E 20 98 98 HOH WAT . 
R 5 HOH F 1 164 2 HOH WAT . 
R 5 HOH F 2 165 3 HOH WAT . 
R 5 HOH F 3 166 10 HOH WAT . 
R 5 HOH F 4 167 25 HOH WAT . 
R 5 HOH F 5 168 27 HOH WAT . 
R 5 HOH F 6 169 47 HOH WAT . 
R 5 HOH F 7 170 55 HOH WAT . 
R 5 HOH F 8 171 56 HOH WAT . 
R 5 HOH F 9 172 62 HOH WAT . 
R 5 HOH F 10 173 73 HOH WAT . 
R 5 HOH F 11 174 88 HOH WAT . 
R 5 HOH F 12 175 90 HOH WAT . 
R 5 HOH F 13 176 95 HOH WAT . 
R 5 HOH F 14 177 96 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               33.822 
_atom_site.Cartn_y               108.609 
_atom_site.Cartn_z               9.481 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        79.4 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           203 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              9 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    21 
_model_server_stats.query_time_ms           369 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#