data_1J53 # _model_server_result.job_id rq9_Va2McS6OFwIEV85jww _model_server_result.datetime_utc '2025-03-18 21:33:24' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1j53 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":3000}' # _entry.id 1J53 # _exptl.entry_id 1J53 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1J53 _cell.length_a 60.8 _cell.length_b 60.8 _cell.length_c 111.1 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1J53 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 12 A ASP 12 1_555 B MN MN . A MN 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 12 A ASP 12 1_555 C MN MN . A MN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 14 A GLU 14 1_555 B MN MN . A MN 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 167 A ASP 167 1_555 B MN MN . A MN 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc5 D O3P TMP . A TMP 2000 1_555 B MN MN . A MN 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc6 D O3P TMP . A TMP 2000 1_555 C MN MN . A MN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc7 D O1P TMP . A TMP 2000 1_555 C MN MN . A MN 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc8 B MN MN . A MN 3000 1_555 H O HOH . A HOH 5002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc9 C MN MN . A MN 3001 1_555 H O HOH . A HOH 5040 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc10 C MN MN . A MN 3001 1_555 H O HOH . A HOH 5145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc11 C MN MN . A MN 3001 1_555 H O HOH . A HOH 5146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1J53 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016447 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016447 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009001 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MN A 1 3000 3000 MN MN2 . C 2 MN A 1 3001 3001 MN MN2 . D 3 TMP A 1 2000 2000 TMP TMP . E 3 TMP A 1 2100 2100 TMP TMP . F 4 EDO A 1 4000 4000 EDO EGL . G 4 EDO A 1 5000 5000 EDO EGL . H 5 HOH A 1 5001 1 HOH WAT . H 5 HOH A 2 5002 2 HOH WAT . H 5 HOH A 3 5003 3 HOH WAT . H 5 HOH A 4 5004 4 HOH WAT . H 5 HOH A 5 5005 5 HOH WAT . H 5 HOH A 6 5006 6 HOH WAT . H 5 HOH A 7 5007 7 HOH WAT . H 5 HOH A 8 5008 8 HOH WAT . H 5 HOH A 9 5009 9 HOH WAT . H 5 HOH A 10 5010 10 HOH WAT . H 5 HOH A 11 5011 11 HOH WAT . H 5 HOH A 12 5012 12 HOH WAT . H 5 HOH A 13 5013 13 HOH WAT . H 5 HOH A 14 5014 14 HOH WAT . H 5 HOH A 15 5015 15 HOH WAT . H 5 HOH A 16 5016 16 HOH WAT . H 5 HOH A 17 5017 17 HOH WAT . H 5 HOH A 18 5018 18 HOH WAT . H 5 HOH A 19 5019 19 HOH WAT . H 5 HOH A 20 5020 20 HOH WAT . H 5 HOH A 21 5021 21 HOH WAT . H 5 HOH A 22 5022 22 HOH WAT . H 5 HOH A 23 5023 23 HOH WAT . H 5 HOH A 24 5024 24 HOH WAT . H 5 HOH A 25 5025 25 HOH WAT . H 5 HOH A 26 5026 26 HOH WAT . H 5 HOH A 27 5027 27 HOH WAT . H 5 HOH A 28 5028 28 HOH WAT . H 5 HOH A 29 5029 29 HOH WAT . H 5 HOH A 30 5030 30 HOH WAT . H 5 HOH A 31 5031 31 HOH WAT . H 5 HOH A 32 5032 32 HOH WAT . H 5 HOH A 33 5033 33 HOH WAT . H 5 HOH A 34 5034 34 HOH WAT . H 5 HOH A 35 5035 35 HOH WAT . H 5 HOH A 36 5036 36 HOH WAT . H 5 HOH A 37 5037 37 HOH WAT . H 5 HOH A 38 5038 38 HOH WAT . H 5 HOH A 39 5039 39 HOH WAT . H 5 HOH A 40 5040 40 HOH WAT . H 5 HOH A 41 5041 41 HOH WAT . H 5 HOH A 42 5042 42 HOH WAT . H 5 HOH A 43 5043 43 HOH WAT . H 5 HOH A 44 5044 44 HOH WAT . H 5 HOH A 45 5045 45 HOH WAT . H 5 HOH A 46 5046 46 HOH WAT . H 5 HOH A 47 5047 47 HOH WAT . H 5 HOH A 48 5048 48 HOH WAT . H 5 HOH A 49 5049 49 HOH WAT . H 5 HOH A 50 5050 50 HOH WAT . H 5 HOH A 51 5051 51 HOH WAT . H 5 HOH A 52 5052 52 HOH WAT . H 5 HOH A 53 5053 53 HOH WAT . H 5 HOH A 54 5054 54 HOH WAT . H 5 HOH A 55 5055 55 HOH WAT . H 5 HOH A 56 5056 56 HOH WAT . H 5 HOH A 57 5057 57 HOH WAT . H 5 HOH A 58 5058 58 HOH WAT . H 5 HOH A 59 5059 59 HOH WAT . H 5 HOH A 60 5060 60 HOH WAT . H 5 HOH A 61 5061 61 HOH WAT . H 5 HOH A 62 5062 62 HOH WAT . H 5 HOH A 63 5063 63 HOH WAT . H 5 HOH A 64 5064 64 HOH WAT . H 5 HOH A 65 5065 65 HOH WAT . H 5 HOH A 66 5066 66 HOH WAT . H 5 HOH A 67 5067 67 HOH WAT . H 5 HOH A 68 5068 68 HOH WAT . H 5 HOH A 69 5069 69 HOH WAT . H 5 HOH A 70 5070 70 HOH WAT . H 5 HOH A 71 5071 71 HOH WAT . H 5 HOH A 72 5072 72 HOH WAT . H 5 HOH A 73 5073 73 HOH WAT . H 5 HOH A 74 5074 74 HOH WAT . H 5 HOH A 75 5075 75 HOH WAT . H 5 HOH A 76 5076 76 HOH WAT . H 5 HOH A 77 5077 77 HOH WAT . H 5 HOH A 78 5078 78 HOH WAT . H 5 HOH A 79 5079 79 HOH WAT . H 5 HOH A 80 5080 80 HOH WAT . H 5 HOH A 81 5081 81 HOH WAT . H 5 HOH A 82 5082 82 HOH WAT . H 5 HOH A 83 5083 83 HOH WAT . H 5 HOH A 84 5084 84 HOH WAT . H 5 HOH A 85 5085 85 HOH WAT . H 5 HOH A 86 5086 86 HOH WAT . H 5 HOH A 87 5087 87 HOH WAT . H 5 HOH A 88 5088 88 HOH WAT . H 5 HOH A 89 5089 89 HOH WAT . H 5 HOH A 90 5090 90 HOH WAT . H 5 HOH A 91 5091 91 HOH WAT . H 5 HOH A 92 5092 92 HOH WAT . H 5 HOH A 93 5093 93 HOH WAT . H 5 HOH A 94 5094 94 HOH WAT . H 5 HOH A 95 5095 95 HOH WAT . H 5 HOH A 96 5096 96 HOH WAT . H 5 HOH A 97 5097 97 HOH WAT . H 5 HOH A 98 5098 98 HOH WAT . H 5 HOH A 99 5099 99 HOH WAT . H 5 HOH A 100 5100 100 HOH WAT . H 5 HOH A 101 5101 101 HOH WAT . H 5 HOH A 102 5102 102 HOH WAT . H 5 HOH A 103 5103 103 HOH WAT . H 5 HOH A 104 5104 104 HOH WAT . H 5 HOH A 105 5105 105 HOH WAT . H 5 HOH A 106 5106 106 HOH WAT . H 5 HOH A 107 5107 107 HOH WAT . H 5 HOH A 108 5108 108 HOH WAT . H 5 HOH A 109 5109 109 HOH WAT . H 5 HOH A 110 5110 110 HOH WAT . H 5 HOH A 111 5111 111 HOH WAT . H 5 HOH A 112 5112 112 HOH WAT . H 5 HOH A 113 5113 113 HOH WAT . H 5 HOH A 114 5114 114 HOH WAT . H 5 HOH A 115 5115 115 HOH WAT . H 5 HOH A 116 5116 116 HOH WAT . H 5 HOH A 117 5117 117 HOH WAT . H 5 HOH A 118 5118 118 HOH WAT . H 5 HOH A 119 5119 119 HOH WAT . H 5 HOH A 120 5120 120 HOH WAT . H 5 HOH A 121 5121 121 HOH WAT . H 5 HOH A 122 5122 122 HOH WAT . H 5 HOH A 123 5123 123 HOH WAT . H 5 HOH A 124 5124 124 HOH WAT . H 5 HOH A 125 5125 125 HOH WAT . H 5 HOH A 126 5126 126 HOH WAT . H 5 HOH A 127 5127 127 HOH WAT . H 5 HOH A 128 5128 128 HOH WAT . H 5 HOH A 129 5129 129 HOH WAT . H 5 HOH A 130 5130 130 HOH WAT . H 5 HOH A 131 5131 131 HOH WAT . H 5 HOH A 132 5132 132 HOH WAT . H 5 HOH A 133 5133 133 HOH WAT . H 5 HOH A 134 5134 134 HOH WAT . H 5 HOH A 135 5135 135 HOH WAT . H 5 HOH A 136 5136 136 HOH WAT . H 5 HOH A 137 5137 137 HOH WAT . H 5 HOH A 138 5138 138 HOH WAT . H 5 HOH A 139 5139 139 HOH WAT . H 5 HOH A 140 5140 140 HOH WAT . H 5 HOH A 141 5141 141 HOH WAT . H 5 HOH A 142 5142 142 HOH WAT . H 5 HOH A 143 5143 143 HOH WAT . H 5 HOH A 144 5144 144 HOH WAT . H 5 HOH A 145 5145 145 HOH WAT . H 5 HOH A 146 5146 146 HOH WAT . H 5 HOH A 147 5147 147 HOH WAT . H 5 HOH A 148 5148 148 HOH WAT . H 5 HOH A 149 5149 149 HOH WAT . H 5 HOH A 150 5150 150 HOH WAT . H 5 HOH A 151 5151 151 HOH WAT . H 5 HOH A 152 5152 152 HOH WAT . H 5 HOH A 153 5153 153 HOH WAT . H 5 HOH A 154 5154 154 HOH WAT . H 5 HOH A 155 5155 155 HOH WAT . H 5 HOH A 156 5156 156 HOH WAT . H 5 HOH A 157 5157 157 HOH WAT . H 5 HOH A 158 5158 158 HOH WAT . H 5 HOH A 159 5159 159 HOH WAT . H 5 HOH A 160 5160 160 HOH WAT . H 5 HOH A 161 5161 161 HOH WAT . H 5 HOH A 162 5162 162 HOH WAT . H 5 HOH A 163 5163 163 HOH WAT . H 5 HOH A 164 5164 164 HOH WAT . H 5 HOH A 165 5165 165 HOH WAT . H 5 HOH A 166 5166 166 HOH WAT . H 5 HOH A 167 5167 167 HOH WAT . H 5 HOH A 168 5168 168 HOH WAT . H 5 HOH A 169 5169 169 HOH WAT . H 5 HOH A 170 5170 170 HOH WAT . H 5 HOH A 171 5171 171 HOH WAT . H 5 HOH A 172 5172 172 HOH WAT . H 5 HOH A 173 5173 173 HOH WAT . H 5 HOH A 174 5174 174 HOH WAT . H 5 HOH A 175 5175 175 HOH WAT . H 5 HOH A 176 5176 176 HOH WAT . H 5 HOH A 177 5177 177 HOH WAT . H 5 HOH A 178 5178 178 HOH WAT . H 5 HOH A 179 5179 179 HOH WAT . H 5 HOH A 180 5180 180 HOH WAT . H 5 HOH A 181 5181 181 HOH WAT . H 5 HOH A 182 5182 182 HOH WAT . H 5 HOH A 183 5183 183 HOH WAT . H 5 HOH A 184 5184 184 HOH WAT . H 5 HOH A 185 5185 185 HOH WAT . H 5 HOH A 186 5186 186 HOH WAT . H 5 HOH A 187 5187 187 HOH WAT . H 5 HOH A 188 5188 188 HOH WAT . H 5 HOH A 189 5189 189 HOH WAT . H 5 HOH A 190 5190 190 HOH WAT . H 5 HOH A 191 5191 191 HOH WAT . H 5 HOH A 192 5192 193 HOH WAT . H 5 HOH A 193 5193 194 HOH WAT . H 5 HOH A 194 5194 196 HOH WAT . H 5 HOH A 195 5195 197 HOH WAT . H 5 HOH A 196 5196 198 HOH WAT . H 5 HOH A 197 5197 199 HOH WAT . H 5 HOH A 198 5198 200 HOH WAT . H 5 HOH A 199 5199 201 HOH WAT . H 5 HOH A 200 5200 202 HOH WAT . H 5 HOH A 201 5201 203 HOH WAT . H 5 HOH A 202 5202 204 HOH WAT . H 5 HOH A 203 5203 205 HOH WAT . H 5 HOH A 204 5204 206 HOH WAT . H 5 HOH A 205 5205 208 HOH WAT . H 5 HOH A 206 5206 209 HOH WAT . H 5 HOH A 207 5207 210 HOH WAT . H 5 HOH A 208 5208 211 HOH WAT . H 5 HOH A 209 5209 212 HOH WAT . H 5 HOH A 210 5210 213 HOH WAT . H 5 HOH A 211 5211 214 HOH WAT . H 5 HOH A 212 5212 215 HOH WAT . H 5 HOH A 213 5213 216 HOH WAT . H 5 HOH A 214 5214 217 HOH WAT . H 5 HOH A 215 5215 218 HOH WAT . H 5 HOH A 216 5216 219 HOH WAT . H 5 HOH A 217 5217 220 HOH WAT . H 5 HOH A 218 5218 221 HOH WAT . H 5 HOH A 219 5219 222 HOH WAT . H 5 HOH A 220 5220 223 HOH WAT . H 5 HOH A 221 5221 224 HOH WAT . H 5 HOH A 222 5222 225 HOH WAT . H 5 HOH A 223 5223 226 HOH WAT . H 5 HOH A 224 5224 227 HOH WAT . H 5 HOH A 225 5225 228 HOH WAT . H 5 HOH A 226 5226 229 HOH WAT . H 5 HOH A 227 5227 230 HOH WAT . H 5 HOH A 228 5228 231 HOH WAT . H 5 HOH A 229 5229 232 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id B _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -3.059 _atom_site.Cartn_y 29.189 _atom_site.Cartn_z -4.49 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 9.85 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 3000 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #