data_1J8D
#
_model_server_result.job_id            7pbsMfsACalbkfKvQvw6Bg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-03 20:00:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1j8d 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":200}' 
#
_entry.id    1J8D 
#
_exptl.entry_id    1J8D 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            1J8D 
_cell.length_a            67.77 
_cell.length_b            132.3 
_cell.length_c            140.97 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1J8D 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        23 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 2 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      2 
_struct_asym.id                             E 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C MSE 1 A MSE 1 1_555 A N GLN 2 A GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale2 A C LYS 45 A LYS 45 1_555 A N MSE 46 A MSE 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale3 A C MSE 46 A MSE 46 1_555 A N LEU 47 A LEU 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale4 A C LEU 47 A LEU 47 1_555 A N MSE 48 A MSE 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale5 A C MSE 48 A MSE 48 1_555 A N ASP 49 A ASP 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale6 A C LEU 91 A LEU 91 1_555 A N MSE 92 A MSE 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale7 A C MSE 92 A MSE 92 1_555 A N LYS 93 A LYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale8 A C GLU 150 A GLU 150 1_555 A N MSE 151 A MSE 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale9 A C MSE 151 A MSE 151 1_555 A N SER 152 A SER 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale10 A C ASP 153 A ASP 153 1_555 A N MSE 154 A MSE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale11 A C MSE 154 A MSE 154 1_555 A N ILE 155 A ILE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale12 A C SER 177 A SER 177 1_555 A N MSE 178 A MSE 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale13 A C MSE 178 A MSE 178 1_555 A N GLY 179 A GLY 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale14 B C MSE 1 B MSE 1 1_555 B N GLN 2 B GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale15 B C LYS 45 B LYS 45 1_555 B N MSE 46 B MSE 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale16 B C MSE 46 B MSE 46 1_555 B N LEU 47 B LEU 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale17 B C LEU 47 B LEU 47 1_555 B N MSE 48 B MSE 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale18 B C MSE 48 B MSE 48 1_555 B N ASP 49 B ASP 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale19 B C LEU 91 B LEU 91 1_555 B N MSE 92 B MSE 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale20 B C MSE 92 B MSE 92 1_555 B N LYS 93 B LYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale21 B C GLU 150 B GLU 150 1_555 B N MSE 151 B MSE 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale22 B C MSE 151 B MSE 151 1_555 B N SER 152 B SER 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale23 B C ASP 153 B ASP 153 1_555 B N MSE 154 B MSE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale24 B C MSE 154 B MSE 154 1_555 B N ILE 155 B ILE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale25 B C SER 177 B SER 177 1_555 B N MSE 178 B MSE 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale26 B C MSE 178 B MSE 178 1_555 B N GLY 179 B GLY 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale27 C C MSE 1 C MSE 1 1_555 C N GLN 2 C GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale28 C C LYS 45 C LYS 45 1_555 C N MSE 46 C MSE 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale29 C C MSE 46 C MSE 46 1_555 C N LEU 47 C LEU 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale30 C C LEU 47 C LEU 47 1_555 C N MSE 48 C MSE 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale31 C C MSE 48 C MSE 48 1_555 C N ASP 49 C ASP 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale32 C C LEU 91 C LEU 91 1_555 C N MSE 92 C MSE 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale33 C C MSE 92 C MSE 92 1_555 C N LYS 93 C LYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale34 C C GLU 150 C GLU 150 1_555 C N MSE 151 C MSE 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale35 C C MSE 151 C MSE 151 1_555 C N SER 152 C SER 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale36 C C ASP 153 C ASP 153 1_555 C N MSE 154 C MSE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale37 C C MSE 154 C MSE 154 1_555 C N ILE 155 C ILE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale38 C C SER 177 C SER 177 1_555 C N MSE 178 C MSE 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale39 C C MSE 178 C MSE 178 1_555 C N GLY 179 C GLY 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale40 D C MSE 1 D MSE 1 1_555 D N GLN 2 D GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale41 D C LYS 45 D LYS 45 1_555 D N MSE 46 D MSE 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale42 D C MSE 46 D MSE 46 1_555 D N LEU 47 D LEU 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale43 D C LEU 47 D LEU 47 1_555 D N MSE 48 D MSE 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale44 D C MSE 48 D MSE 48 1_555 D N ASP 49 D ASP 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale45 D C LEU 91 D LEU 91 1_555 D N MSE 92 D MSE 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale46 D C MSE 92 D MSE 92 1_555 D N LYS 93 D LYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale47 D C GLU 150 D GLU 150 1_555 D N MSE 151 D MSE 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale48 D C MSE 151 D MSE 151 1_555 D N SER 152 D SER 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale49 D C ASP 153 D ASP 153 1_555 D N MSE 154 D MSE 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale50 D C MSE 154 D MSE 154 1_555 D N ILE 155 D ILE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale51 D C SER 177 D SER 177 1_555 D N MSE 178 D MSE 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale52 D C MSE 178 D MSE 178 1_555 D N GLY 179 D GLY 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 129 n n 
C1 C2 GOL sing 130 n n 
C1 H11 GOL sing 131 n n 
C1 H12 GOL sing 132 n n 
O1 HO1 GOL sing 133 n n 
C2 O2 GOL sing 134 n n 
C2 C3 GOL sing 135 n n 
C2 H2 GOL sing 136 n n 
O2 HO2 GOL sing 137 n n 
C3 O3 GOL sing 138 n n 
C3 H31 GOL sing 139 n n 
C3 H32 GOL sing 140 n n 
O3 HO3 GOL sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1J8D 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014756 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007559 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007094 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 GOL D 1 200 200 GOL GOL . 
F 3 HOH A 1 201 201 HOH HOH . 
F 3 HOH A 2 203 203 HOH HOH . 
F 3 HOH A 3 205 205 HOH HOH . 
F 3 HOH A 4 213 213 HOH HOH . 
F 3 HOH A 5 214 214 HOH HOH . 
F 3 HOH A 6 215 215 HOH HOH . 
F 3 HOH A 7 217 217 HOH HOH . 
F 3 HOH A 8 218 218 HOH HOH . 
F 3 HOH A 9 220 220 HOH HOH . 
F 3 HOH A 10 221 221 HOH HOH . 
F 3 HOH A 11 226 226 HOH HOH . 
F 3 HOH A 12 227 227 HOH HOH . 
F 3 HOH A 13 229 229 HOH HOH . 
F 3 HOH A 14 233 233 HOH HOH . 
F 3 HOH A 15 236 236 HOH HOH . 
F 3 HOH A 16 238 238 HOH HOH . 
F 3 HOH A 17 240 240 HOH HOH . 
F 3 HOH A 18 244 244 HOH HOH . 
F 3 HOH A 19 248 248 HOH HOH . 
F 3 HOH A 20 256 256 HOH HOH . 
F 3 HOH A 21 257 257 HOH HOH . 
F 3 HOH A 22 260 260 HOH HOH . 
F 3 HOH A 23 265 265 HOH HOH . 
F 3 HOH A 24 269 269 HOH HOH . 
F 3 HOH A 25 273 273 HOH HOH . 
F 3 HOH A 26 291 291 HOH HOH . 
F 3 HOH A 27 292 292 HOH HOH . 
F 3 HOH A 28 298 298 HOH HOH . 
F 3 HOH A 29 300 300 HOH HOH . 
F 3 HOH A 30 301 301 HOH HOH . 
F 3 HOH A 31 302 302 HOH HOH . 
F 3 HOH A 32 305 305 HOH HOH . 
F 3 HOH A 33 306 306 HOH HOH . 
F 3 HOH A 34 309 309 HOH HOH . 
F 3 HOH A 35 312 312 HOH HOH . 
F 3 HOH A 36 313 313 HOH HOH . 
F 3 HOH A 37 314 314 HOH HOH . 
F 3 HOH A 38 318 318 HOH HOH . 
F 3 HOH A 39 322 322 HOH HOH . 
F 3 HOH A 40 328 328 HOH HOH . 
F 3 HOH A 41 329 329 HOH HOH . 
F 3 HOH A 42 336 336 HOH HOH . 
F 3 HOH A 43 337 337 HOH HOH . 
F 3 HOH A 44 339 339 HOH HOH . 
F 3 HOH A 45 340 340 HOH HOH . 
F 3 HOH A 46 341 341 HOH HOH . 
F 3 HOH A 47 342 342 HOH HOH . 
F 3 HOH A 48 344 344 HOH HOH . 
F 3 HOH A 49 346 346 HOH HOH . 
F 3 HOH A 50 347 347 HOH HOH . 
F 3 HOH A 51 348 348 HOH HOH . 
F 3 HOH A 52 357 357 HOH HOH . 
F 3 HOH A 53 359 359 HOH HOH . 
F 3 HOH A 54 360 360 HOH HOH . 
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