data_1JBM # _model_server_result.job_id P0CRWAGuEpmaknuBj7qgcg _model_server_result.datetime_utc '2025-04-01 23:10:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1jbm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":2003}' # _entry.id 1JBM # _exptl.entry_id 1JBM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 11 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 87.58 _cell.angle_beta 72.86 _cell.angle_gamma 81.45 _cell.entry_id 1JBM _cell.length_a 45.066 _cell.length_b 54.077 _cell.length_c 62.346 _cell.Z_PDB 7 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1JBM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 V N N ? 3 W N N # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 77 n n C1 C2 EDO sing 78 n n C1 H11 EDO sing 79 n n C1 H12 EDO sing 80 n n O1 HO1 EDO sing 81 n n C2 O2 EDO sing 82 n n C2 H21 EDO sing 83 n n C2 H22 EDO sing 84 n n O2 HO2 EDO sing 85 n n # _atom_sites.entry_id 1JBM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02219 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] -0.003336 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.006849 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.0187 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000031 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.016785 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 2 ACY A 1 1002 2 ACY ACY . I 3 EDO C 1 2004 4 EDO EDO . J 3 EDO C 1 2007 7 EDO EDO . K 2 ACY C 1 1001 1 ACY ACY . L 3 EDO D 1 2001 1 EDO EDO . M 3 EDO D 1 2006 6 EDO EDO . N 2 ACY D 1 1004 4 ACY ACY . O 3 EDO E 1 2005 5 EDO EDO . P 3 EDO E 1 2008 8 EDO EDO . Q 2 ACY E 1 1003 3 ACY ACY . R 3 EDO F 1 2002 2 EDO EDO . S 3 EDO F 1 2003 3 EDO EDO . T 3 EDO F 1 2009 9 EDO EDO . U 2 ACY F 1 1005 5 ACY ACY . V 3 EDO G 1 2010 10 EDO EDO . W 3 EDO G 1 2011 11 EDO EDO . X 4 HOH A 1 1003 1 HOH WAT . X 4 HOH A 2 1004 14 HOH WAT . X 4 HOH A 3 1005 17 HOH WAT . X 4 HOH A 4 1006 21 HOH WAT . X 4 HOH A 5 1007 23 HOH WAT . X 4 HOH A 6 1008 27 HOH WAT . X 4 HOH A 7 1009 29 HOH WAT . X 4 HOH A 8 1010 36 HOH WAT . X 4 HOH A 9 1011 41 HOH WAT . X 4 HOH A 10 1012 45 HOH WAT . X 4 HOH A 11 1013 47 HOH WAT . X 4 HOH A 12 1014 60 HOH WAT . X 4 HOH A 13 1015 64 HOH WAT . X 4 HOH A 14 1016 65 HOH WAT . X 4 HOH A 15 1017 69 HOH WAT . X 4 HOH A 16 1018 73 HOH WAT . X 4 HOH A 17 1019 74 HOH WAT . X 4 HOH A 18 1020 75 HOH WAT . X 4 HOH A 19 1021 84 HOH WAT . X 4 HOH A 20 1022 85 HOH WAT . X 4 HOH A 21 1023 89 HOH WAT . X 4 HOH A 22 1024 90 HOH WAT . X 4 HOH A 23 1025 98 HOH WAT . X 4 HOH A 24 1026 110 HOH WAT . X 4 HOH A 25 1027 116 HOH WAT . X 4 HOH A 26 1028 118 HOH WAT . X 4 HOH A 27 1029 119 HOH WAT . X 4 HOH A 28 1030 125 HOH WAT . X 4 HOH A 29 1031 131 HOH WAT . X 4 HOH A 30 1032 132 HOH WAT . X 4 HOH A 31 1033 142 HOH WAT . X 4 HOH A 32 1034 157 HOH WAT . X 4 HOH A 33 1035 170 HOH WAT . X 4 HOH A 34 1036 172 HOH WAT . X 4 HOH A 35 1037 179 HOH WAT . X 4 HOH A 36 1038 191 HOH WAT . X 4 HOH A 37 1039 193 HOH WAT . X 4 HOH A 38 1040 205 HOH WAT . X 4 HOH A 39 1041 207 HOH WAT . X 4 HOH A 40 1042 210 HOH WAT . X 4 HOH A 41 1043 223 HOH WAT . X 4 HOH A 42 1044 232 HOH WAT . X 4 HOH A 43 1045 245 HOH WAT . X 4 HOH A 44 1046 246 HOH WAT . X 4 HOH A 45 1047 247 HOH WAT . X 4 HOH A 46 1048 254 HOH WAT . X 4 HOH A 47 1049 258 HOH WAT . X 4 HOH A 48 1050 261 HOH WAT . X 4 HOH A 49 1051 262 HOH WAT . X 4 HOH A 50 1052 263 HOH WAT . X 4 HOH A 51 1053 264 HOH WAT . X 4 HOH A 52 1054 266 HOH WAT . X 4 HOH A 53 1055 267 HOH WAT . Y 4 HOH B 1 87 5 HOH WAT . Y 4 HOH B 2 88 26 HOH WAT . Y 4 HOH B 3 89 44 HOH WAT . Y 4 HOH B 4 90 51 HOH WAT . Y 4 HOH B 5 91 61 HOH WAT . Y 4 HOH B 6 92 62 HOH WAT . Y 4 HOH B 7 93 63 HOH WAT . Y 4 HOH B 8 94 71 HOH WAT . Y 4 HOH B 9 95 88 HOH WAT . Y 4 HOH B 10 96 106 HOH WAT . Y 4 HOH B 11 97 115 HOH WAT . Y 4 HOH B 12 98 124 HOH WAT . Y 4 HOH B 13 99 139 HOH WAT . Y 4 HOH B 14 100 143 HOH WAT . Y 4 HOH B 15 101 144 HOH WAT . Y 4 HOH B 16 102 145 HOH WAT . Y 4 HOH B 17 103 146 HOH WAT . Y 4 HOH B 18 104 154 HOH WAT . Y 4 HOH B 19 105 159 HOH WAT . Y 4 HOH B 20 106 163 HOH WAT . Y 4 HOH B 21 107 164 HOH WAT . Y 4 HOH B 22 108 166 HOH WAT . Y 4 HOH B 23 109 181 HOH WAT . Y 4 HOH B 24 110 189 HOH WAT . Y 4 HOH B 25 111 206 HOH WAT . Y 4 HOH B 26 112 208 HOH WAT . Y 4 HOH B 27 113 218 HOH WAT . Y 4 HOH B 28 114 229 HOH WAT . Y 4 HOH B 29 115 231 HOH WAT . Y 4 HOH B 30 116 233 HOH WAT . Y 4 HOH B 31 117 240 HOH WAT . Y 4 HOH B 32 118 248 HOH WAT . Y 4 HOH B 33 119 249 HOH WAT . Y 4 HOH B 34 120 252 HOH WAT . Y 4 HOH B 35 121 269 HOH WAT . Z 4 HOH C 1 2008 8 HOH WAT . Z 4 HOH C 2 2009 10 HOH WAT . Z 4 HOH C 3 2010 11 HOH WAT . Z 4 HOH C 4 2011 22 HOH WAT . Z 4 HOH C 5 2012 31 HOH WAT . Z 4 HOH C 6 2013 32 HOH WAT . Z 4 HOH C 7 2014 37 HOH WAT . Z 4 HOH C 8 2015 56 HOH WAT . Z 4 HOH C 9 2016 70 HOH WAT . Z 4 HOH C 10 2017 78 HOH WAT . Z 4 HOH C 11 2018 86 HOH WAT . Z 4 HOH C 12 2019 101 HOH WAT . Z 4 HOH C 13 2020 127 HOH WAT . Z 4 HOH C 14 2021 133 HOH WAT . Z 4 HOH C 15 2022 156 HOH WAT . Z 4 HOH C 16 2023 171 HOH WAT . Z 4 HOH C 17 2024 175 HOH WAT . Z 4 HOH C 18 2025 194 HOH WAT . Z 4 HOH C 19 2026 196 HOH WAT . Z 4 HOH C 20 2027 202 HOH WAT . Z 4 HOH C 21 2028 214 HOH WAT . Z 4 HOH C 22 2029 253 HOH WAT . Z 4 HOH C 23 2030 257 HOH WAT . AA 4 HOH D 1 2007 33 HOH WAT . AA 4 HOH D 2 2008 34 HOH WAT . AA 4 HOH D 3 2009 72 HOH WAT . AA 4 HOH D 4 2010 82 HOH WAT . AA 4 HOH D 5 2011 92 HOH WAT . AA 4 HOH D 6 2012 105 HOH WAT . AA 4 HOH D 7 2013 121 HOH WAT . AA 4 HOH D 8 2014 122 HOH WAT . AA 4 HOH D 9 2015 136 HOH WAT . AA 4 HOH D 10 2016 138 HOH WAT . AA 4 HOH D 11 2017 151 HOH WAT . AA 4 HOH D 12 2018 162 HOH WAT . AA 4 HOH D 13 2019 174 HOH WAT . AA 4 HOH D 14 2020 184 HOH WAT . AA 4 HOH D 15 2021 186 HOH WAT . AA 4 HOH D 16 2022 187 HOH WAT . AA 4 HOH D 17 2023 213 HOH WAT . AA 4 HOH D 18 2024 221 HOH WAT . AA 4 HOH D 19 2025 228 HOH WAT . AA 4 HOH D 20 2026 239 HOH WAT . AA 4 HOH D 21 2027 241 HOH WAT . AA 4 HOH D 22 2028 244 HOH WAT . AA 4 HOH D 23 2029 270 HOH WAT . BA 4 HOH E 1 2009 6 HOH WAT . BA 4 HOH E 2 2010 9 HOH WAT . BA 4 HOH E 3 2011 12 HOH WAT . BA 4 HOH E 4 2012 13 HOH WAT . BA 4 HOH E 5 2013 19 HOH WAT . BA 4 HOH E 6 2014 35 HOH WAT . BA 4 HOH E 7 2015 39 HOH WAT . BA 4 HOH E 8 2016 40 HOH WAT . BA 4 HOH E 9 2017 42 HOH WAT . BA 4 HOH E 10 2018 43 HOH WAT . BA 4 HOH E 11 2019 48 HOH WAT . BA 4 HOH E 12 2020 52 HOH WAT . BA 4 HOH E 13 2021 59 HOH WAT . BA 4 HOH E 14 2022 66 HOH WAT . BA 4 HOH E 15 2023 67 HOH WAT . BA 4 HOH E 16 2024 76 HOH WAT . BA 4 HOH E 17 2025 83 HOH WAT . BA 4 HOH E 18 2026 87 HOH WAT . BA 4 HOH E 19 2027 91 HOH WAT . BA 4 HOH E 20 2028 93 HOH WAT . BA 4 HOH E 21 2029 94 HOH WAT . BA 4 HOH E 22 2030 96 HOH WAT . BA 4 HOH E 23 2031 99 HOH WAT . BA 4 HOH E 24 2032 102 HOH WAT . BA 4 HOH E 25 2033 104 HOH WAT . BA 4 HOH E 26 2034 117 HOH WAT . BA 4 HOH E 27 2035 120 HOH WAT . BA 4 HOH E 28 2036 123 HOH WAT . BA 4 HOH E 29 2037 128 HOH WAT . BA 4 HOH E 30 2038 130 HOH WAT . BA 4 HOH E 31 2039 135 HOH WAT . BA 4 HOH E 32 2040 137 HOH WAT . BA 4 HOH E 33 2041 148 HOH WAT . BA 4 HOH E 34 2042 152 HOH WAT . BA 4 HOH E 35 2043 158 HOH WAT . BA 4 HOH E 36 2044 161 HOH WAT . BA 4 HOH E 37 2045 173 HOH WAT . BA 4 HOH E 38 2046 176 HOH WAT . BA 4 HOH E 39 2047 177 HOH WAT . BA 4 HOH E 40 2048 182 HOH WAT . BA 4 HOH E 41 2049 185 HOH WAT . BA 4 HOH E 42 2050 195 HOH WAT . BA 4 HOH E 43 2051 197 HOH WAT . BA 4 HOH E 44 2052 198 HOH WAT . BA 4 HOH E 45 2053 200 HOH WAT . BA 4 HOH E 46 2054 211 HOH WAT . BA 4 HOH E 47 2055 234 HOH WAT . BA 4 HOH E 48 2056 235 HOH WAT . BA 4 HOH E 49 2057 236 HOH WAT . BA 4 HOH E 50 2058 238 HOH WAT . BA 4 HOH E 51 2059 242 HOH WAT . BA 4 HOH E 52 2060 251 HOH WAT . BA 4 HOH E 53 2061 255 HOH WAT . BA 4 HOH E 54 2062 260 HOH WAT . BA 4 HOH E 55 2063 265 HOH WAT . BA 4 HOH E 56 2064 273 HOH WAT . CA 4 HOH F 1 2010 4 HOH WAT . CA 4 HOH F 2 2011 24 HOH WAT . CA 4 HOH F 3 2012 49 HOH WAT . CA 4 HOH F 4 2013 50 HOH WAT . CA 4 HOH F 5 2014 53 HOH WAT . CA 4 HOH F 6 2015 79 HOH WAT . CA 4 HOH F 7 2016 81 HOH WAT . CA 4 HOH F 8 2017 103 HOH WAT . CA 4 HOH F 9 2018 114 HOH WAT . CA 4 HOH F 10 2019 140 HOH WAT . CA 4 HOH F 11 2020 147 HOH WAT . CA 4 HOH F 12 2021 149 HOH WAT . CA 4 HOH F 13 2022 155 HOH WAT . CA 4 HOH F 14 2023 167 HOH WAT . CA 4 HOH F 15 2024 169 HOH WAT . CA 4 HOH F 16 2025 183 HOH WAT . CA 4 HOH F 17 2026 190 HOH WAT . CA 4 HOH F 18 2027 192 HOH WAT . CA 4 HOH F 19 2028 203 HOH WAT . CA 4 HOH F 20 2029 209 HOH WAT . CA 4 HOH F 21 2030 219 HOH WAT . CA 4 HOH F 22 2031 224 HOH WAT . CA 4 HOH F 23 2032 226 HOH WAT . CA 4 HOH F 24 2033 230 HOH WAT . CA 4 HOH F 25 2034 243 HOH WAT . CA 4 HOH F 26 2035 250 HOH WAT . CA 4 HOH F 27 2036 256 HOH WAT . CA 4 HOH F 28 2037 259 HOH WAT . DA 4 HOH G 1 2012 2 HOH WAT . DA 4 HOH G 2 2013 3 HOH WAT . DA 4 HOH G 3 2014 7 HOH WAT . DA 4 HOH G 4 2015 15 HOH WAT . DA 4 HOH G 5 2016 16 HOH WAT . DA 4 HOH G 6 2017 18 HOH WAT . DA 4 HOH G 7 2018 20 HOH WAT . DA 4 HOH G 8 2019 25 HOH WAT . DA 4 HOH G 9 2020 28 HOH WAT . DA 4 HOH G 10 2021 30 HOH WAT . DA 4 HOH G 11 2022 38 HOH WAT . DA 4 HOH G 12 2023 46 HOH WAT . DA 4 HOH G 13 2024 54 HOH WAT . DA 4 HOH G 14 2025 55 HOH WAT . DA 4 HOH G 15 2026 57 HOH WAT . DA 4 HOH G 16 2027 58 HOH WAT . DA 4 HOH G 17 2028 68 HOH WAT . DA 4 HOH G 18 2029 77 HOH WAT . DA 4 HOH G 19 2030 80 HOH WAT . DA 4 HOH G 20 2031 95 HOH WAT . DA 4 HOH G 21 2032 97 HOH WAT . DA 4 HOH G 22 2033 100 HOH WAT . DA 4 HOH G 23 2034 107 HOH WAT . DA 4 HOH G 24 2035 108 HOH WAT . DA 4 HOH G 25 2036 109 HOH WAT . DA 4 HOH G 26 2037 111 HOH WAT . DA 4 HOH G 27 2038 112 HOH WAT . DA 4 HOH G 28 2039 113 HOH WAT . DA 4 HOH G 29 2040 126 HOH WAT . DA 4 HOH G 30 2041 129 HOH WAT . DA 4 HOH G 31 2042 134 HOH WAT . DA 4 HOH G 32 2043 141 HOH WAT . DA 4 HOH G 33 2044 150 HOH WAT . DA 4 HOH G 34 2045 153 HOH WAT . DA 4 HOH G 35 2046 160 HOH WAT . DA 4 HOH G 36 2047 165 HOH WAT . DA 4 HOH G 37 2048 168 HOH WAT . DA 4 HOH G 38 2049 178 HOH WAT . DA 4 HOH G 39 2050 180 HOH WAT . DA 4 HOH G 40 2051 188 HOH WAT . DA 4 HOH G 41 2052 199 HOH WAT . DA 4 HOH G 42 2053 201 HOH WAT . DA 4 HOH G 43 2054 204 HOH WAT . DA 4 HOH G 44 2055 212 HOH WAT . DA 4 HOH G 45 2056 215 HOH WAT . DA 4 HOH G 46 2057 216 HOH WAT . DA 4 HOH G 47 2058 217 HOH WAT . DA 4 HOH G 48 2059 220 HOH WAT . DA 4 HOH G 49 2060 222 HOH WAT . DA 4 HOH G 50 2061 225 HOH WAT . DA 4 HOH G 51 2062 227 HOH WAT . DA 4 HOH G 52 2063 237 HOH WAT . DA 4 HOH G 53 2064 268 HOH WAT . DA 4 HOH G 54 2065 271 HOH WAT . DA 4 HOH G 55 2066 272 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . S 3 7.724 30.494 7.171 1 44.77 ? C1 EDO 2003 F 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . S 3 8.048 29.756 6.109 1 45.09 ? O1 EDO 2003 F 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . S 3 8.746 30.294 8.298 1 43.93 ? C2 EDO 2003 F 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . S 3 9.296 28.859 8.194 1 43.68 ? O2 EDO 2003 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 4 #