data_1JMS # _model_server_result.job_id VCNDnjOCiobEsYicdPEpBA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 16:31:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1jms # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":702}' # _entry.id 1JMS # _exptl.entry_id 1JMS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1JMS _cell.length_a 47.1 _cell.length_b 85.2 _cell.length_c 111.7 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1JMS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O THR 124 A THR 253 1_555 C NA NA . A NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc2 A O VAL 126 A VAL 255 1_555 C NA NA . A NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 214 A ASP 343 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 216 A ASP 345 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 216 A ASP 345 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 305 A ASP 434 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc7 C NA NA . A NA 702 1_555 D O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1JMS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021231 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011737 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008953 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MG A 1 701 1 MG MG2 . C 3 NA A 1 702 2 NA NA1 . D 4 HOH A 1 703 3 HOH NA1 . D 4 HOH A 2 704 1 HOH WAT . D 4 HOH A 3 705 2 HOH WAT . D 4 HOH A 4 706 3 HOH WAT . D 4 HOH A 5 707 4 HOH WAT . D 4 HOH A 6 708 5 HOH WAT . D 4 HOH A 7 709 6 HOH WAT . D 4 HOH A 8 710 7 HOH WAT . D 4 HOH A 9 711 8 HOH WAT . D 4 HOH A 10 712 9 HOH WAT . D 4 HOH A 11 713 10 HOH WAT . D 4 HOH A 12 714 11 HOH WAT . D 4 HOH A 13 715 12 HOH WAT . D 4 HOH A 14 716 13 HOH WAT . D 4 HOH A 15 717 14 HOH WAT . D 4 HOH A 16 718 15 HOH WAT . D 4 HOH A 17 719 16 HOH WAT . D 4 HOH A 18 720 17 HOH WAT . D 4 HOH A 19 721 18 HOH WAT . D 4 HOH A 20 722 19 HOH WAT . D 4 HOH A 21 723 20 HOH WAT . D 4 HOH A 22 724 21 HOH WAT . D 4 HOH A 23 725 22 HOH WAT . D 4 HOH A 24 726 23 HOH WAT . D 4 HOH A 25 727 24 HOH WAT . D 4 HOH A 26 728 25 HOH WAT . D 4 HOH A 27 729 26 HOH WAT . D 4 HOH A 28 730 27 HOH WAT . D 4 HOH A 29 731 28 HOH WAT . D 4 HOH A 30 732 29 HOH WAT . D 4 HOH A 31 733 30 HOH WAT . D 4 HOH A 32 734 31 HOH WAT . D 4 HOH A 33 735 32 HOH WAT . D 4 HOH A 34 736 33 HOH WAT . D 4 HOH A 35 737 34 HOH WAT . D 4 HOH A 36 738 35 HOH WAT . D 4 HOH A 37 739 36 HOH WAT . D 4 HOH A 38 740 37 HOH WAT . D 4 HOH A 39 741 38 HOH WAT . D 4 HOH A 40 742 39 HOH WAT . D 4 HOH A 41 743 40 HOH WAT . D 4 HOH A 42 744 41 HOH WAT . D 4 HOH A 43 745 42 HOH WAT . D 4 HOH A 44 746 43 HOH WAT . D 4 HOH A 45 747 44 HOH WAT . D 4 HOH A 46 748 45 HOH WAT . D 4 HOH A 47 749 46 HOH WAT . D 4 HOH A 48 750 47 HOH WAT . D 4 HOH A 49 751 48 HOH WAT . D 4 HOH A 50 752 49 HOH WAT . D 4 HOH A 51 753 50 HOH WAT . D 4 HOH A 52 754 51 HOH WAT . D 4 HOH A 53 755 52 HOH WAT . D 4 HOH A 54 756 53 HOH WAT . D 4 HOH A 55 757 54 HOH WAT . D 4 HOH A 56 758 55 HOH WAT . D 4 HOH A 57 759 56 HOH WAT . D 4 HOH A 58 760 57 HOH WAT . D 4 HOH A 59 761 58 HOH WAT . D 4 HOH A 60 762 59 HOH WAT . D 4 HOH A 61 763 60 HOH WAT . D 4 HOH A 62 764 61 HOH WAT . D 4 HOH A 63 765 62 HOH WAT . D 4 HOH A 64 766 63 HOH WAT . D 4 HOH A 65 767 64 HOH WAT . D 4 HOH A 66 768 65 HOH WAT . D 4 HOH A 67 769 66 HOH WAT . D 4 HOH A 68 770 67 HOH WAT . D 4 HOH A 69 771 68 HOH WAT . D 4 HOH A 70 772 69 HOH WAT . D 4 HOH A 71 773 70 HOH WAT . D 4 HOH A 72 774 71 HOH WAT . D 4 HOH A 73 775 72 HOH WAT . D 4 HOH A 74 776 73 HOH WAT . D 4 HOH A 75 777 74 HOH WAT . D 4 HOH A 76 778 75 HOH WAT . D 4 HOH A 77 779 76 HOH WAT . D 4 HOH A 78 780 77 HOH WAT . D 4 HOH A 79 781 78 HOH WAT . D 4 HOH A 80 782 79 HOH WAT . D 4 HOH A 81 783 80 HOH WAT . D 4 HOH A 82 784 81 HOH WAT . D 4 HOH A 83 785 82 HOH WAT . D 4 HOH A 84 786 83 HOH WAT . D 4 HOH A 85 787 84 HOH WAT . D 4 HOH A 86 788 85 HOH WAT . D 4 HOH A 87 789 86 HOH WAT . D 4 HOH A 88 790 87 HOH WAT . D 4 HOH A 89 791 88 HOH WAT . D 4 HOH A 90 792 89 HOH WAT . D 4 HOH A 91 793 90 HOH WAT . D 4 HOH A 92 794 91 HOH WAT . D 4 HOH A 93 795 92 HOH WAT . D 4 HOH A 94 796 93 HOH WAT . D 4 HOH A 95 797 94 HOH WAT . D 4 HOH A 96 798 95 HOH WAT . D 4 HOH A 97 799 96 HOH WAT . D 4 HOH A 98 800 97 HOH WAT . D 4 HOH A 99 801 98 HOH WAT . D 4 HOH A 100 802 99 HOH WAT . D 4 HOH A 101 803 100 HOH WAT . D 4 HOH A 102 804 101 HOH WAT . D 4 HOH A 103 805 102 HOH WAT . D 4 HOH A 104 806 103 HOH WAT . D 4 HOH A 105 807 104 HOH WAT . D 4 HOH A 106 808 105 HOH WAT . D 4 HOH A 107 809 106 HOH WAT . D 4 HOH A 108 810 107 HOH WAT . D 4 HOH A 109 811 108 HOH WAT . D 4 HOH A 110 812 109 HOH WAT . D 4 HOH A 111 813 110 HOH WAT . D 4 HOH A 112 814 111 HOH WAT . D 4 HOH A 113 815 112 HOH WAT . D 4 HOH A 114 816 113 HOH WAT . D 4 HOH A 115 817 114 HOH WAT . D 4 HOH A 116 818 115 HOH WAT . D 4 HOH A 117 819 116 HOH WAT . D 4 HOH A 118 820 117 HOH WAT . D 4 HOH A 119 821 118 HOH WAT . D 4 HOH A 120 822 119 HOH WAT . D 4 HOH A 121 823 120 HOH WAT . D 4 HOH A 122 824 121 HOH WAT . D 4 HOH A 123 825 122 HOH WAT . D 4 HOH A 124 826 123 HOH WAT . D 4 HOH A 125 827 124 HOH WAT . D 4 HOH A 126 828 125 HOH WAT . D 4 HOH A 127 829 126 HOH WAT . D 4 HOH A 128 830 127 HOH WAT . D 4 HOH A 129 831 128 HOH WAT . D 4 HOH A 130 832 129 HOH WAT . D 4 HOH A 131 833 130 HOH WAT . D 4 HOH A 132 834 131 HOH WAT . D 4 HOH A 133 835 132 HOH WAT . D 4 HOH A 134 836 133 HOH WAT . D 4 HOH A 135 837 134 HOH WAT . D 4 HOH A 136 838 135 HOH WAT . D 4 HOH A 137 839 136 HOH WAT . D 4 HOH A 138 840 137 HOH WAT . D 4 HOH A 139 841 138 HOH WAT . D 4 HOH A 140 842 139 HOH WAT . D 4 HOH A 141 843 140 HOH WAT . D 4 HOH A 142 844 141 HOH WAT . D 4 HOH A 143 845 142 HOH WAT . D 4 HOH A 144 846 143 HOH WAT . D 4 HOH A 145 847 144 HOH WAT . D 4 HOH A 146 848 145 HOH WAT . D 4 HOH A 147 849 146 HOH WAT . D 4 HOH A 148 850 147 HOH WAT . D 4 HOH A 149 851 148 HOH WAT . D 4 HOH A 150 852 149 HOH WAT . D 4 HOH A 151 853 150 HOH WAT . D 4 HOH A 152 854 151 HOH WAT . D 4 HOH A 153 855 152 HOH WAT . D 4 HOH A 154 856 153 HOH WAT . D 4 HOH A 155 857 154 HOH WAT . D 4 HOH A 156 858 155 HOH WAT . D 4 HOH A 157 859 156 HOH WAT . D 4 HOH A 158 860 157 HOH WAT . D 4 HOH A 159 861 158 HOH WAT . D 4 HOH A 160 862 159 HOH WAT . D 4 HOH A 161 863 160 HOH WAT . D 4 HOH A 162 864 161 HOH WAT . D 4 HOH A 163 865 162 HOH WAT . D 4 HOH A 164 866 163 HOH WAT . D 4 HOH A 165 867 164 HOH WAT . D 4 HOH A 166 868 165 HOH WAT . D 4 HOH A 167 869 166 HOH WAT . D 4 HOH A 168 870 167 HOH WAT . D 4 HOH A 169 871 168 HOH WAT . D 4 HOH A 170 872 169 HOH WAT . D 4 HOH A 171 873 170 HOH WAT . D 4 HOH A 172 874 171 HOH WAT . D 4 HOH A 173 875 172 HOH WAT . D 4 HOH A 174 876 173 HOH WAT . D 4 HOH A 175 877 174 HOH WAT . D 4 HOH A 176 878 175 HOH WAT . D 4 HOH A 177 879 176 HOH WAT . D 4 HOH A 178 880 177 HOH WAT . D 4 HOH A 179 881 178 HOH WAT . D 4 HOH A 180 882 179 HOH WAT . D 4 HOH A 181 883 180 HOH WAT . D 4 HOH A 182 884 181 HOH WAT . D 4 HOH A 183 885 182 HOH WAT . D 4 HOH A 184 886 183 HOH WAT . D 4 HOH A 185 887 184 HOH WAT . D 4 HOH A 186 888 185 HOH WAT . D 4 HOH A 187 889 186 HOH WAT . D 4 HOH A 188 890 187 HOH WAT . D 4 HOH A 189 891 188 HOH WAT . D 4 HOH A 190 892 189 HOH WAT . D 4 HOH A 191 893 190 HOH WAT . D 4 HOH A 192 894 191 HOH WAT . D 4 HOH A 193 895 192 HOH WAT . D 4 HOH A 194 896 193 HOH WAT . D 4 HOH A 195 897 194 HOH WAT . D 4 HOH A 196 898 195 HOH WAT . D 4 HOH A 197 899 196 HOH WAT . D 4 HOH A 198 900 197 HOH WAT . D 4 HOH A 199 901 198 HOH WAT . D 4 HOH A 200 902 199 HOH WAT . D 4 HOH A 201 903 200 HOH WAT . D 4 HOH A 202 904 201 HOH WAT . D 4 HOH A 203 905 202 HOH WAT . D 4 HOH A 204 906 203 HOH WAT . D 4 HOH A 205 907 204 HOH WAT . D 4 HOH A 206 908 205 HOH WAT . D 4 HOH A 207 909 206 HOH WAT . D 4 HOH A 208 910 207 HOH WAT . D 4 HOH A 209 911 208 HOH WAT . D 4 HOH A 210 912 209 HOH WAT . D 4 HOH A 211 913 210 HOH WAT . D 4 HOH A 212 914 211 HOH WAT . D 4 HOH A 213 915 212 HOH WAT . D 4 HOH A 214 916 213 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 39.806 _atom_site.Cartn_y 62.478 _atom_site.Cartn_z 80.879 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 48.21 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 702 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 45 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 294 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #