data_1JOD
#
_model_server_result.job_id            dGao6GBa0yLrONy3GxFnNA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-06 12:51:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1jod 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":306}' 
#
_entry.id    1JOD 
#
_exptl.entry_id    1JOD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              65.409 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ZINC ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    22 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1JOD 
_cell.length_a            89.128 
_cell.length_b            89.128 
_cell.length_c            158.982 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1JOD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,CA 1 1 
B,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,DA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLU 11 A GLU 112 1_555 A N MSE 12 A MSE 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale2 A C MSE 12 A MSE 113 1_555 A N PRO 13 A PRO 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale3 A C GLN 23 A GLN 124 1_555 A N MSE 24 A MSE 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale4 A C MSE 24 A MSE 125 1_555 A N ARG 25 A ARG 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale5 A C LEU 93 A LEU 194 1_555 A N MSE 94 A MSE 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale6 A C MSE 94 A MSE 195 1_555 A N THR 95 A THR 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale7 A C ALA 113 A ALA 214 1_555 A N MSE 114 A MSE 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale8 A C MSE 114 A MSE 215 1_555 A N ASP 115 A ASP 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale9 A C VAL 137 A VAL 238 1_555 A N MSE 138 A MSE 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale10 A C MSE 138 A MSE 239 1_555 A N TYR 139 A TYR 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale11 B C GLU 11 B GLU 1112 1_555 B N MSE 12 B MSE 1113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale12 B C MSE 12 B MSE 1113 1_555 B N PRO 13 B PRO 1114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale13 B C GLN 23 B GLN 1124 1_555 B N MSE 24 B MSE 1125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale14 B C MSE 24 B MSE 1125 1_555 B N ARG 25 B ARG 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale15 B C LEU 93 B LEU 1194 1_555 B N MSE 94 B MSE 1195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale16 B C MSE 94 B MSE 1195 1_555 B N THR 95 B THR 1196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale17 B C ALA 113 B ALA 1214 1_555 B N MSE 114 B MSE 1215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale18 B C MSE 114 B MSE 1215 1_555 B N ASP 115 B ASP 1216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale19 B C VAL 137 B VAL 1238 1_555 B N MSE 138 B MSE 1239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale20 B C MSE 138 B MSE 1239 1_555 B N TYR 139 B TYR 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 19 A ASP 120 1_555 F ZN ZN . A ZN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 19 A ASP 120 1_555 F ZN ZN . A ZN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 65 A ASP 166 6_455 X ZN ZN . B ZN 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 89 A ASP 190 1_555 E ZN ZN . A ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.693 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 115 A ASP 216 1_555 G ZN ZN . A ZN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 120 A ASP 221 1_555 C ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 123 A GLU 224 1_555 O ZN ZN . A ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.722 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 126 A GLU 227 1_555 N ZN ZN . A ZN 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 126 A GLU 227 1_555 N ZN ZN . A ZN 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.769 ? 
metalc ? metalc10 A OE2 GLU 146 A GLU 247 1_555 J ZN ZN . A ZN 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc11 C ZN ZN . A ZN 301 1_555 CA O HOH . A HOH 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc12 E ZN ZN . A ZN 303 1_555 Q O2 CAC . A CAC 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? 
metalc ? metalc13 E ZN ZN . A ZN 303 1_555 B OE2 GLU 146 B GLU 1247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? 
metalc ? metalc14 F ZN ZN . A ZN 304 1_555 Q O1 CAC . A CAC 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc15 G ZN ZN . A ZN 305 1_555 BA O1 CAC . B CAC 353 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? 
metalc ? metalc16 G ZN ZN . A ZN 305 6_455 BA O1 CAC . B CAC 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? 
metalc ? metalc17 G ZN ZN . A ZN 305 1_555 B OD1 ASP 65 B ASP 1166 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.832 ? 
metalc ? metalc18 H ZN ZN . A ZN 311 1_555 R O2 CAC . A CAC 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.478 ? 
metalc ? metalc19 H ZN ZN . A ZN 311 1_555 R AS CAC . A CAC 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? 
metalc ? metalc20 J ZN ZN . A ZN 314 1_555 S O2 CAC . A CAC 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.549 ? 
metalc ? metalc21 J ZN ZN . A ZN 314 1_555 CA O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc22 K ZN ZN . A ZN 315 1_555 S O2 CAC . A CAC 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc23 N ZN ZN . A ZN 318 1_555 B OE2 GLU 123 B GLU 1224 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc24 O ZN ZN . A ZN 319 1_555 B OE1 GLU 126 B GLU 1227 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? 
metalc ? metalc25 O ZN ZN . A ZN 319 1_555 B OE2 GLU 126 B GLU 1227 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc26 P ZN ZN . A ZN 321 1_555 S O1 CAC . A CAC 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.86 ? 
metalc ? metalc27 Q O2 CAC . A CAC 351 1_555 AA ZN ZN . B ZN 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc28 R O1 CAC . A CAC 352 1_555 X ZN ZN . B ZN 310 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? 
metalc ? metalc29 R O1 CAC . A CAC 352 6_455 X ZN ZN . B ZN 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? 
metalc ? metalc30 T ZN ZN . B ZN 306 1_555 B OD2 ASP 120 B ASP 1221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc31 W ZN ZN . B ZN 309 1_555 B OD2 ASP 17 B ASP 1118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc32 W ZN ZN . B ZN 309 1_555 B OD2 ASP 19 B ASP 1120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc33 X ZN ZN . B ZN 310 1_555 B OD1 ASP 115 B ASP 1216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc34 X ZN ZN . B ZN 310 1_555 B OE2 GLU 118 B GLU 1219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc35 Z ZN ZN . B ZN 320 1_555 BA O2 CAC . B CAC 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? 
metalc ? metalc36 AA ZN ZN . B ZN 322 1_555 B OE2 GLU 146 B GLU 1247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? 
#
_chem_comp.formula           'Zn 2' 
_chem_comp.formula_weight    65.409 
_chem_comp.id                ZN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ZINC ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1JOD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01122 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01122 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00629 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 ZN A 1 301 301 ZN ZN2 . 
D 2 ZN A 1 302 302 ZN ZN2 . 
E 2 ZN A 1 303 303 ZN ZN2 . 
F 2 ZN A 1 304 304 ZN ZN2 . 
G 2 ZN A 1 305 305 ZN ZN2 . 
H 2 ZN A 1 311 311 ZN ZN2 . 
I 2 ZN A 1 313 313 ZN ZN2 . 
J 2 ZN A 1 314 314 ZN ZN2 . 
K 2 ZN A 1 315 315 ZN ZN2 . 
L 2 ZN A 1 316 316 ZN ZN2 . 
M 2 ZN A 1 317 317 ZN ZN2 . 
N 2 ZN A 1 318 318 ZN ZN2 . 
O 2 ZN A 1 319 319 ZN ZN2 . 
P 2 ZN A 1 321 321 ZN ZN2 . 
Q 3 CAC A 1 351 351 CAC CAC . 
R 3 CAC A 1 352 352 CAC CAC . 
S 3 CAC A 1 354 354 CAC CAC . 
T 2 ZN B 1 306 306 ZN ZN2 . 
U 2 ZN B 1 307 307 ZN ZN2 . 
V 2 ZN B 1 308 308 ZN ZN2 . 
W 2 ZN B 1 309 309 ZN ZN2 . 
X 2 ZN B 1 310 310 ZN ZN2 . 
Y 2 ZN B 1 312 312 ZN ZN2 . 
Z 2 ZN B 1 320 320 ZN ZN2 . 
AA 2 ZN B 1 322 322 ZN ZN2 . 
BA 3 CAC B 1 353 353 CAC CAC . 
CA 4 HOH A 1 503 503 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 2 506 506 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 3 514 514 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 4 515 515 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 5 516 516 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 6 517 517 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 7 519 519 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 8 521 521 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 9 522 522 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 10 523 523 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 11 524 524 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 12 525 525 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 13 526 526 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 14 527 527 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 15 529 529 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 16 530 530 HOH HOH . 
CA 4 HOH A 17 531 531 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 1 501 501 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 2 502 502 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 3 504 504 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 4 505 505 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 5 507 507 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 6 508 508 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 7 509 509 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 8 510 510 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 9 511 511 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 10 512 512 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 11 513 513 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 12 518 518 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 13 520 520 HOH HOH . 
DA 4 HOH B 14 528 528 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           ZN 
_atom_site.label_atom_id         ZN 
_atom_site.label_comp_id         ZN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         T 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -17.819 
_atom_site.Cartn_y               22.405 
_atom_site.Cartn_z               38.885 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        33.16 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          ZN 
_atom_site.auth_comp_id          ZN 
_atom_site.auth_seq_id           306 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    15 
_model_server_stats.query_time_ms           279 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#