data_1JRP # _model_server_result.job_id 1ZZStkSTWqZs7CmIZuEMSQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-12 23:27:21' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1jrp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":3001}' # _entry.id 1JRP # _exptl.entry_id 1JRP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 109.59 _cell.angle_beta 105.84 _cell.angle_gamma 101.25 _cell.entry_id 1JRP _cell.length_a 92.617 _cell.length_b 140.728 _cell.length_c 157.665 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1JRP _symmetry.cell_setting triclinic _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 1 1 E,F,G,H,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 DA N N ? 3 EA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 G SG CYS 103 G CYS 103 1_555 G SG CYS 136 G CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 39 A CYS 39 1_555 J FE2 FES . A FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 44 A CYS 44 1_555 J FE2 FES . A FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 47 A CYS 47 1_555 J FE1 FES . A FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 J FE1 FES . A FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 103 A CYS 103 1_555 I FE1 FES . A FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 106 A CYS 106 1_555 I FE2 FES . A FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 134 A CYS 134 1_555 I FE2 FES . A FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 I FE1 FES . A FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc9 B OE2 GLU 172 B GLU 172 1_555 L CA CA . B CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.053 ? metalc ? metalc10 B OH TYR 175 B TYR 175 1_555 L CA CA . B CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? metalc ? metalc11 B OG1 THR 266 B THR 266 1_555 L CA CA . B CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc12 B O GLY 267 B GLY 267 1_555 L CA CA . B CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.018 ? metalc ? metalc13 M S2' MTE . B MTE 3003 1_555 N MO MOS . B MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc14 M S1' MTE . B MTE 3003 1_555 N MO MOS . B MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc15 N MO MOS . B MOS 3004 1_555 O N8 141 . B 141 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 39 C CYS 39 1_555 Q FE2 FES . C FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 44 C CYS 44 1_555 Q FE2 FES . C FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 47 C CYS 47 1_555 Q FE1 FES . C FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 63 C CYS 63 1_555 Q FE1 FES . C FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 103 C CYS 103 1_555 P FE1 FES . C FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc21 C SG CYS 106 C CYS 106 1_555 P FE2 FES . C FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc22 C SG CYS 134 C CYS 134 1_555 P FE2 FES . C FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc23 C SG CYS 136 C CYS 136 1_555 P FE1 FES . C FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc24 D ND1 HIS 173 D HIS 173 1_555 S CA CA . D CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc25 D OH TYR 175 D TYR 175 1_555 S CA CA . D CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? metalc ? metalc26 D OG1 THR 266 D THR 266 1_555 S CA CA . D CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc27 D O GLY 267 D GLY 267 1_555 S CA CA . D CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc28 T S2' MTE . D MTE 3003 1_555 U MO MOS . D MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc29 T S1' MTE . D MTE 3003 1_555 U MO MOS . D MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc30 U MO MOS . D MOS 3004 1_555 V N8 141 . D 141 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc31 E SG CYS 39 E CYS 39 1_555 X FE2 FES . E FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc32 E SG CYS 44 E CYS 44 1_555 X FE2 FES . E FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.719 ? metalc ? metalc33 E SG CYS 47 E CYS 47 1_555 X FE1 FES . E FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc34 E SG CYS 63 E CYS 63 1_555 X FE1 FES . E FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc35 E SG CYS 103 E CYS 103 1_555 W FE1 FES . E FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc36 E SG CYS 106 E CYS 106 1_555 W FE2 FES . E FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc37 E SG CYS 134 E CYS 134 1_555 W FE2 FES . E FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc38 E SG CYS 136 E CYS 136 1_555 W FE1 FES . E FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? metalc ? metalc39 F OE2 GLU 172 F GLU 172 1_555 Z CA CA . F CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? metalc ? metalc40 F ND1 HIS 173 F HIS 173 1_555 Z CA CA . F CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? metalc ? metalc41 F OH TYR 175 F TYR 175 1_555 Z CA CA . F CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.061 ? metalc ? metalc42 F OG1 THR 266 F THR 266 1_555 Z CA CA . F CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc43 F O GLY 267 F GLY 267 1_555 Z CA CA . F CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc44 AA S2' MTE . F MTE 3003 1_555 BA MO MOS . F MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc45 AA S1' MTE . F MTE 3003 1_555 BA MO MOS . F MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc46 BA MO MOS . F MOS 3004 1_555 CA N8 141 . F 141 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.788 ? metalc ? metalc47 G SG CYS 39 G CYS 39 1_555 EA FE2 FES . G FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc48 G SG CYS 44 G CYS 44 1_555 EA FE2 FES . G FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc49 G SG CYS 47 G CYS 47 1_555 EA FE1 FES . G FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc50 G SG CYS 63 G CYS 63 1_555 EA FE1 FES . G FES 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc51 G SG CYS 103 G CYS 103 1_555 DA FE1 FES . G FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc52 G SG CYS 106 G CYS 106 1_555 DA FE2 FES . G FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? metalc ? metalc53 G SG CYS 134 G CYS 134 1_555 DA FE2 FES . G FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc54 G SG CYS 136 G CYS 136 1_555 DA FE1 FES . G FES 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? metalc ? metalc55 H OE2 GLU 172 H GLU 172 1_555 GA CA CA . H CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.159 ? metalc ? metalc56 H OH TYR 175 H TYR 175 1_555 GA CA CA . H CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc57 H OG1 THR 266 H THR 266 1_555 GA CA CA . H CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc58 H O GLY 267 H GLY 267 1_555 GA CA CA . H CA 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.105 ? metalc ? metalc59 HA S2' MTE . H MTE 3003 1_555 IA MO MOS . H MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc60 HA S1' MTE . H MTE 3003 1_555 IA MO MOS . H MOS 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc61 IA MO MOS . H MOS 3004 1_555 JA N8 141 . H 141 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.891 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S1 FES sing 190 n n FE1 S2 FES sing 191 n n FE2 S1 FES sing 192 n n FE2 S2 FES sing 193 n n # _atom_sites.entry_id 1JRP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010797 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.002148 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004332 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007245 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.003274 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007235 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 FES A 1 3001 3001 FES FES . J 3 FES A 1 3002 3002 FES FES . K 4 FAD A 1 3005 3005 FAD FAD . L 5 CA B 1 3006 3006 CA CA . M 6 MTE B 1 3003 3003 MTE MTE . N 7 MOS B 1 3004 3004 MOS MOS . O 8 141 B 1 4000 4000 141 141 . P 3 FES C 1 3001 3001 FES FES . Q 3 FES C 1 3002 3002 FES FES . R 4 FAD C 1 3005 3005 FAD FAD . S 5 CA D 1 3006 3006 CA CA . T 6 MTE D 1 3003 3003 MTE MTE . U 7 MOS D 1 3004 3004 MOS MOS . V 8 141 D 1 4000 4000 141 141 . W 3 FES E 1 3001 3001 FES FES . X 3 FES E 1 3002 3002 FES FES . Y 4 FAD E 1 3005 3005 FAD FAD . Z 5 CA F 1 3006 3006 CA CA . AA 6 MTE F 1 3003 3003 MTE MTE . BA 7 MOS F 1 3004 3004 MOS MOS . CA 8 141 F 1 4000 4000 141 141 . DA 3 FES G 1 3001 3001 FES FES . EA 3 FES G 1 3002 3002 FES FES . FA 4 FAD G 1 3005 3005 FAD FAD . GA 5 CA H 1 3006 3006 CA CA . HA 6 MTE H 1 3003 3003 MTE MTE . IA 7 MOS H 1 3004 3004 MOS MOS . JA 8 141 H 1 4000 4000 141 141 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . I 3 15.93 19.623 5.598 1 22.13 ? FE1 FES 3001 A 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . I 3 16.489 21.555 3.912 1 17.12 ? FE2 FES 3001 A 1 HETATM 3 S S1 FES . . . I 3 17.228 19.523 3.977 1 13.12 ? S1 FES 3001 A 1 HETATM 4 S S2 FES . . . I 3 15.101 21.6 5.474 1 19.34 ? S2 FES 3001 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 45 _model_server_stats.query_time_ms 216 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 4 #