data_1JYD
#
_model_server_result.job_id            avMOH9cWU3lM5kJP6lAwtA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 13:28:28' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1jyd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":603}' 
#
_entry.id    1JYD 
#
_exptl.entry_id    1JYD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1JYD 
_cell.length_a            101.336 
_cell.length_b            101.336 
_cell.length_c            71.978 
_cell.Z_PDB               9 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1JYD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        146 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'H 3' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 B N N 
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 5 A CYS 4 1_555 A SG CYS 161 A CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 71 A CYS 70 1_555 A SG CYS 175 A CYS 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 121 A CYS 120 1_555 A SG CYS 130 A CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 129 n n 
C1 C2 GOL sing 130 n n 
C1 H11 GOL sing 131 n n 
C1 H12 GOL sing 132 n n 
O1 HO1 GOL sing 133 n n 
C2 O2 GOL sing 134 n n 
C2 C3 GOL sing 135 n n 
C2 H2 GOL sing 136 n n 
O2 HO2 GOL sing 137 n n 
C3 O3 GOL sing 138 n n 
C3 H31 GOL sing 139 n n 
C3 H32 GOL sing 140 n n 
O3 HO3 GOL sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1JYD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009868 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005697 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011395 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.013893 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 GOL A 1 600 200 GOL GOL . 
C 2 GOL A 1 601 201 GOL GOL . 
D 2 GOL A 1 602 202 GOL GOL . 
E 2 GOL A 1 603 203 GOL GOL . 
F 2 GOL A 1 607 207 GOL GOL . 
G 2 GOL A 1 608 208 GOL GOL . 
H 3 HOH A 1 609 1 HOH WAT . 
H 3 HOH A 2 610 2 HOH WAT . 
H 3 HOH A 3 611 3 HOH WAT . 
H 3 HOH A 4 612 4 HOH WAT . 
H 3 HOH A 5 613 5 HOH WAT . 
H 3 HOH A 6 614 6 HOH WAT . 
H 3 HOH A 7 615 7 HOH WAT . 
H 3 HOH A 8 616 8 HOH WAT . 
H 3 HOH A 9 617 9 HOH WAT . 
H 3 HOH A 10 618 10 HOH WAT . 
H 3 HOH A 11 619 11 HOH WAT . 
H 3 HOH A 12 620 12 HOH WAT . 
H 3 HOH A 13 621 13 HOH WAT . 
H 3 HOH A 14 622 14 HOH WAT . 
H 3 HOH A 15 623 15 HOH WAT . 
H 3 HOH A 16 624 16 HOH WAT . 
H 3 HOH A 17 625 17 HOH WAT . 
H 3 HOH A 18 626 18 HOH WAT . 
H 3 HOH A 19 627 19 HOH WAT . 
H 3 HOH A 20 628 20 HOH WAT . 
H 3 HOH A 21 629 21 HOH WAT . 
H 3 HOH A 22 630 22 HOH WAT . 
H 3 HOH A 23 631 23 HOH WAT . 
H 3 HOH A 24 632 24 HOH WAT . 
H 3 HOH A 25 633 25 HOH WAT . 
H 3 HOH A 26 634 26 HOH WAT . 
H 3 HOH A 27 635 27 HOH WAT . 
H 3 HOH A 28 636 28 HOH WAT . 
H 3 HOH A 29 637 29 HOH WAT . 
H 3 HOH A 30 638 30 HOH WAT . 
H 3 HOH A 31 639 32 HOH WAT . 
H 3 HOH A 32 640 33 HOH WAT . 
H 3 HOH A 33 641 34 HOH WAT . 
H 3 HOH A 34 642 36 HOH WAT . 
H 3 HOH A 35 643 37 HOH WAT . 
H 3 HOH A 36 644 38 HOH WAT . 
H 3 HOH A 37 645 39 HOH WAT . 
H 3 HOH A 38 646 40 HOH WAT . 
H 3 HOH A 39 647 41 HOH WAT . 
H 3 HOH A 40 648 42 HOH WAT . 
H 3 HOH A 41 649 43 HOH WAT . 
H 3 HOH A 42 650 46 HOH WAT . 
H 3 HOH A 43 651 47 HOH WAT . 
H 3 HOH A 44 652 48 HOH WAT . 
H 3 HOH A 45 653 49 HOH WAT . 
H 3 HOH A 46 654 50 HOH WAT . 
H 3 HOH A 47 655 51 HOH WAT . 
H 3 HOH A 48 656 52 HOH WAT . 
H 3 HOH A 49 657 53 HOH WAT . 
H 3 HOH A 50 658 54 HOH WAT . 
H 3 HOH A 51 659 55 HOH WAT . 
H 3 HOH A 52 660 56 HOH WAT . 
H 3 HOH A 53 661 57 HOH WAT . 
H 3 HOH A 54 662 58 HOH WAT . 
H 3 HOH A 55 663 59 HOH WAT . 
H 3 HOH A 56 664 60 HOH WAT . 
H 3 HOH A 57 665 61 HOH WAT . 
H 3 HOH A 58 666 62 HOH WAT . 
H 3 HOH A 59 667 63 HOH WAT . 
H 3 HOH A 60 668 64 HOH WAT . 
H 3 HOH A 61 669 65 HOH WAT . 
H 3 HOH A 62 670 66 HOH WAT . 
H 3 HOH A 63 671 67 HOH WAT . 
H 3 HOH A 64 672 68 HOH WAT . 
H 3 HOH A 65 673 69 HOH WAT . 
H 3 HOH A 66 674 70 HOH WAT . 
H 3 HOH A 67 675 71 HOH WAT . 
H 3 HOH A 68 676 73 HOH WAT . 
H 3 HOH A 69 677 74 HOH WAT . 
H 3 HOH A 70 678 75 HOH WAT . 
H 3 HOH A 71 679 76 HOH WAT . 
H 3 HOH A 72 680 77 HOH WAT . 
H 3 HOH A 73 681 78 HOH WAT . 
H 3 HOH A 74 682 79 HOH WAT . 
H 3 HOH A 75 683 80 HOH WAT . 
H 3 HOH A 76 684 81 HOH WAT . 
H 3 HOH A 77 685 82 HOH WAT . 
H 3 HOH A 78 686 83 HOH WAT . 
H 3 HOH A 79 687 84 HOH WAT . 
H 3 HOH A 80 688 85 HOH WAT . 
H 3 HOH A 81 689 87 HOH WAT . 
H 3 HOH A 82 690 88 HOH WAT . 
H 3 HOH A 83 691 89 HOH WAT . 
H 3 HOH A 84 692 91 HOH WAT . 
H 3 HOH A 85 693 93 HOH WAT . 
H 3 HOH A 86 694 94 HOH WAT . 
H 3 HOH A 87 695 96 HOH WAT . 
H 3 HOH A 88 696 97 HOH WAT . 
H 3 HOH A 89 697 99 HOH WAT . 
H 3 HOH A 90 698 100 HOH WAT . 
H 3 HOH A 91 699 101 HOH WAT . 
H 3 HOH A 92 700 102 HOH WAT . 
H 3 HOH A 93 701 103 HOH WAT . 
H 3 HOH A 94 702 105 HOH WAT . 
H 3 HOH A 95 703 108 HOH WAT . 
H 3 HOH A 96 704 109 HOH WAT . 
H 3 HOH A 97 705 110 HOH WAT . 
H 3 HOH A 98 706 111 HOH WAT . 
H 3 HOH A 99 707 113 HOH WAT . 
H 3 HOH A 100 708 114 HOH WAT . 
H 3 HOH A 101 709 115 HOH WAT . 
H 3 HOH A 102 710 117 HOH WAT . 
H 3 HOH A 103 711 119 HOH WAT . 
H 3 HOH A 104 712 121 HOH WAT . 
H 3 HOH A 105 713 122 HOH WAT . 
H 3 HOH A 106 714 128 HOH WAT . 
H 3 HOH A 107 715 129 HOH WAT . 
H 3 HOH A 108 716 131 HOH WAT . 
H 3 HOH A 109 717 135 HOH WAT . 
H 3 HOH A 110 718 139 HOH WAT . 
H 3 HOH A 111 719 144 HOH WAT . 
H 3 HOH A 112 720 158 HOH WAT . 
H 3 HOH A 113 721 159 HOH WAT . 
H 3 HOH A 114 722 160 HOH WAT . 
H 3 HOH A 115 723 164 HOH WAT . 
H 3 HOH A 116 724 166 HOH WAT . 
H 3 HOH A 117 725 167 HOH WAT . 
H 3 HOH A 118 726 168 HOH WAT . 
H 3 HOH A 119 727 175 HOH WAT . 
H 3 HOH A 120 728 177 HOH WAT . 
H 3 HOH A 121 729 188 HOH WAT . 
H 3 HOH A 122 730 191 HOH WAT . 
H 3 HOH A 123 731 195 HOH WAT . 
H 3 HOH A 124 732 196 HOH WAT . 
H 3 HOH A 125 733 198 HOH WAT . 
H 3 HOH A 126 734 203 HOH WAT . 
H 3 HOH A 127 735 206 HOH WAT . 
H 3 HOH A 128 736 207 HOH WAT . 
H 3 HOH A 129 737 208 HOH WAT . 
H 3 HOH A 130 738 224 HOH WAT . 
H 3 HOH A 131 739 226 HOH WAT . 
H 3 HOH A 132 740 232 HOH WAT . 
H 3 HOH A 133 741 238 HOH WAT . 
H 3 HOH A 134 742 239 HOH WAT . 
H 3 HOH A 135 743 242 HOH WAT . 
H 3 HOH A 136 744 243 HOH WAT . 
H 3 HOH A 137 745 263 HOH WAT . 
H 3 HOH A 138 746 267 HOH WAT . 
H 3 HOH A 139 747 270 HOH WAT . 
H 3 HOH A 140 748 272 HOH WAT . 
H 3 HOH A 141 749 274 HOH WAT . 
H 3 HOH A 142 750 275 HOH WAT . 
H 3 HOH A 143 751 276 HOH WAT . 
H 3 HOH A 144 752 278 HOH WAT . 
H 3 HOH A 145 753 279 HOH WAT . 
H 3 HOH A 146 754 280 HOH WAT . 
H 3 HOH A 147 755 281 HOH WAT . 
H 3 HOH A 148 756 282 HOH WAT . 
H 3 HOH A 149 757 284 HOH WAT . 
H 3 HOH A 150 758 285 HOH WAT . 
H 3 HOH A 151 759 286 HOH WAT . 
H 3 HOH A 152 760 287 HOH WAT . 
H 3 HOH A 153 761 288 HOH WAT . 
H 3 HOH A 154 762 289 HOH WAT . 
H 3 HOH A 155 763 290 HOH WAT . 
H 3 HOH A 156 764 291 HOH WAT . 
H 3 HOH A 157 765 294 HOH WAT . 
H 3 HOH A 158 766 295 HOH WAT . 
H 3 HOH A 159 767 296 HOH WAT . 
H 3 HOH A 160 768 297 HOH WAT . 
H 3 HOH A 161 769 298 HOH WAT . 
H 3 HOH A 162 770 299 HOH WAT . 
H 3 HOH A 163 771 300 HOH WAT . 
H 3 HOH A 164 772 301 HOH WAT . 
H 3 HOH A 165 773 302 HOH WAT . 
H 3 HOH A 166 774 304 HOH WAT . 
H 3 HOH A 167 775 305 HOH WAT . 
H 3 HOH A 168 776 306 HOH WAT . 
H 3 HOH A 169 777 307 HOH WAT . 
H 3 HOH A 170 778 308 HOH WAT . 
H 3 HOH A 171 779 309 HOH WAT . 
H 3 HOH A 172 780 310 HOH WAT . 
H 3 HOH A 173 781 311 HOH WAT . 
H 3 HOH A 174 782 312 HOH WAT . 
H 3 HOH A 175 783 314 HOH WAT . 
H 3 HOH A 176 784 315 HOH WAT . 
H 3 HOH A 177 785 316 HOH WAT . 
H 3 HOH A 178 786 317 HOH WAT . 
H 3 HOH A 179 787 318 HOH WAT . 
H 3 HOH A 180 788 319 HOH WAT . 
H 3 HOH A 181 789 320 HOH WAT . 
H 3 HOH A 182 790 321 HOH WAT . 
H 3 HOH A 183 791 322 HOH WAT . 
H 3 HOH A 184 792 323 HOH WAT . 
H 3 HOH A 185 793 324 HOH WAT . 
H 3 HOH A 186 794 500 HOH WAT . 
H 3 HOH A 187 795 501 HOH WAT . 
H 3 HOH A 188 796 502 HOH WAT . 
H 3 HOH A 189 797 503 HOH WAT . 
H 3 HOH A 190 798 504 HOH WAT . 
H 3 HOH A 191 799 505 HOH WAT . 
H 3 HOH A 192 800 506 HOH WAT . 
H 3 HOH A 193 801 507 HOH WAT . 
H 3 HOH A 194 802 508 HOH WAT . 
H 3 HOH A 195 803 509 HOH WAT . 
H 3 HOH A 196 804 510 HOH WAT . 
H 3 HOH A 197 805 511 HOH WAT . 
H 3 HOH A 198 806 512 HOH WAT . 
H 3 HOH A 199 807 513 HOH WAT . 
H 3 HOH A 200 808 514 HOH WAT . 
H 3 HOH A 201 809 515 HOH WAT . 
H 3 HOH A 202 810 516 HOH WAT . 
H 3 HOH A 203 811 517 HOH WAT . 
H 3 HOH A 204 812 518 HOH WAT . 
H 3 HOH A 205 813 519 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 GOL . . . E 2 36.245 3.477 -9.803 1 50.45 ? C1 GOL 603 A 1 
HETATM 2 O O1 GOL . . . E 2 35.799 4.188 -8.642 1 50.35 ? O1 GOL 603 A 1 
HETATM 3 C C2 GOL . . . E 2 37.74 3.865 -10.161 1 50.49 ? C2 GOL 603 A 1 
HETATM 4 O O2 GOL . . . E 2 38.552 2.672 -10.11 1 50.55 ? O2 GOL 603 A 1 
HETATM 5 C C3 GOL . . . E 2 38.33 4.912 -9.166 1 50.52 ? C3 GOL 603 A 1 
HETATM 6 O O3 GOL . . . E 2 39.487 5.585 -9.685 1 50.5 ? O3 GOL 603 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    2 
_model_server_stats.query_time_ms           292 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           6 
#