data_1JYJ # _model_server_result.job_id p_WUkiulBQ7GIrca2drtzA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 14:06:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1jyj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":504}' # _entry.id 1JYJ # _exptl.entry_id 1JYJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1JYJ _cell.length_a 102.762 _cell.length_b 102.762 _cell.length_c 72.725 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1JYJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 5 A CYS 4 1_555 A SG CYS 161 A CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 71 A CYS 70 1_555 A SG CYS 175 A CYS 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 121 A CYS 120 1_555 A SG CYS 130 A CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 129 n n C1 C2 GOL sing 130 n n C1 H11 GOL sing 131 n n C1 H12 GOL sing 132 n n O1 HO1 GOL sing 133 n n C2 O2 GOL sing 134 n n C2 C3 GOL sing 135 n n C2 H2 GOL sing 136 n n O2 HO2 GOL sing 137 n n C3 O3 GOL sing 138 n n C3 H31 GOL sing 139 n n C3 H32 GOL sing 140 n n O3 HO3 GOL sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 1JYJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009731 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005618 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011237 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01375 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 GOL A 1 500 200 GOL GOL . C 2 GOL A 1 501 201 GOL GOL . D 2 GOL A 1 502 202 GOL GOL . E 2 GOL A 1 503 203 GOL GOL . F 2 GOL A 1 504 204 GOL GOL . G 3 HOH A 1 505 2 HOH WAT . G 3 HOH A 2 506 3 HOH WAT . G 3 HOH A 3 507 4 HOH WAT . G 3 HOH A 4 508 5 HOH WAT . G 3 HOH A 5 509 6 HOH WAT . G 3 HOH A 6 510 7 HOH WAT . G 3 HOH A 7 511 8 HOH WAT . G 3 HOH A 8 512 9 HOH WAT . G 3 HOH A 9 513 10 HOH WAT . G 3 HOH A 10 514 11 HOH WAT . G 3 HOH A 11 515 12 HOH WAT . G 3 HOH A 12 516 14 HOH WAT . G 3 HOH A 13 517 15 HOH WAT . G 3 HOH A 14 518 16 HOH WAT . G 3 HOH A 15 519 17 HOH WAT . G 3 HOH A 16 520 18 HOH WAT . G 3 HOH A 17 521 19 HOH WAT . G 3 HOH A 18 522 20 HOH WAT . G 3 HOH A 19 523 21 HOH WAT . G 3 HOH A 20 524 22 HOH WAT . G 3 HOH A 21 525 23 HOH WAT . G 3 HOH A 22 526 24 HOH WAT . G 3 HOH A 23 527 25 HOH WAT . G 3 HOH A 24 528 28 HOH WAT . G 3 HOH A 25 529 29 HOH WAT . G 3 HOH A 26 530 32 HOH WAT . G 3 HOH A 27 531 34 HOH WAT . G 3 HOH A 28 532 36 HOH WAT . G 3 HOH A 29 533 38 HOH WAT . G 3 HOH A 30 534 40 HOH WAT . G 3 HOH A 31 535 41 HOH WAT . G 3 HOH A 32 536 43 HOH WAT . G 3 HOH A 33 537 46 HOH WAT . G 3 HOH A 34 538 47 HOH WAT . G 3 HOH A 35 539 48 HOH WAT . G 3 HOH A 36 540 51 HOH WAT . G 3 HOH A 37 541 52 HOH WAT . G 3 HOH A 38 542 53 HOH WAT . G 3 HOH A 39 543 54 HOH WAT . G 3 HOH A 40 544 55 HOH WAT . G 3 HOH A 41 545 56 HOH WAT . G 3 HOH A 42 546 57 HOH WAT . G 3 HOH A 43 547 58 HOH WAT . G 3 HOH A 44 548 60 HOH WAT . G 3 HOH A 45 549 62 HOH WAT . G 3 HOH A 46 550 64 HOH WAT . G 3 HOH A 47 551 65 HOH WAT . G 3 HOH A 48 552 66 HOH WAT . G 3 HOH A 49 553 67 HOH WAT . G 3 HOH A 50 554 68 HOH WAT . G 3 HOH A 51 555 69 HOH WAT . G 3 HOH A 52 556 71 HOH WAT . G 3 HOH A 53 557 72 HOH WAT . G 3 HOH A 54 558 73 HOH WAT . G 3 HOH A 55 559 75 HOH WAT . G 3 HOH A 56 560 76 HOH WAT . G 3 HOH A 57 561 78 HOH WAT . G 3 HOH A 58 562 79 HOH WAT . G 3 HOH A 59 563 82 HOH WAT . G 3 HOH A 60 564 83 HOH WAT . G 3 HOH A 61 565 87 HOH WAT . G 3 HOH A 62 566 89 HOH WAT . G 3 HOH A 63 567 91 HOH WAT . G 3 HOH A 64 568 97 HOH WAT . G 3 HOH A 65 569 101 HOH WAT . G 3 HOH A 66 570 109 HOH WAT . G 3 HOH A 67 571 110 HOH WAT . G 3 HOH A 68 572 113 HOH WAT . G 3 HOH A 69 573 115 HOH WAT . G 3 HOH A 70 574 121 HOH WAT . G 3 HOH A 71 575 122 HOH WAT . G 3 HOH A 72 576 129 HOH WAT . G 3 HOH A 73 577 133 HOH WAT . G 3 HOH A 74 578 135 HOH WAT . G 3 HOH A 75 579 155 HOH WAT . G 3 HOH A 76 580 164 HOH WAT . G 3 HOH A 77 581 168 HOH WAT . G 3 HOH A 78 582 175 HOH WAT . G 3 HOH A 79 583 195 HOH WAT . G 3 HOH A 80 584 196 HOH WAT . G 3 HOH A 81 585 219 HOH WAT . G 3 HOH A 82 586 222 HOH WAT . G 3 HOH A 83 587 232 HOH WAT . G 3 HOH A 84 588 238 HOH WAT . G 3 HOH A 85 589 239 HOH WAT . G 3 HOH A 86 590 240 HOH WAT . G 3 HOH A 87 591 263 HOH WAT . G 3 HOH A 88 592 278 HOH WAT . G 3 HOH A 89 593 285 HOH WAT . G 3 HOH A 90 594 287 HOH WAT . G 3 HOH A 91 595 288 HOH WAT . G 3 HOH A 92 596 289 HOH WAT . G 3 HOH A 93 597 290 HOH WAT . G 3 HOH A 94 598 291 HOH WAT . G 3 HOH A 95 599 292 HOH WAT . G 3 HOH A 96 600 293 HOH WAT . G 3 HOH A 97 601 295 HOH WAT . G 3 HOH A 98 602 296 HOH WAT . G 3 HOH A 99 603 297 HOH WAT . G 3 HOH A 100 604 298 HOH WAT . G 3 HOH A 101 605 299 HOH WAT . G 3 HOH A 102 606 300 HOH WAT . G 3 HOH A 103 607 301 HOH WAT . G 3 HOH A 104 608 302 HOH WAT . G 3 HOH A 105 609 303 HOH WAT . G 3 HOH A 106 610 305 HOH WAT . G 3 HOH A 107 611 307 HOH WAT . G 3 HOH A 108 612 308 HOH WAT . G 3 HOH A 109 613 309 HOH WAT . G 3 HOH A 110 614 310 HOH WAT . G 3 HOH A 111 615 312 HOH WAT . G 3 HOH A 112 616 314 HOH WAT . G 3 HOH A 113 617 315 HOH WAT . G 3 HOH A 114 618 316 HOH WAT . G 3 HOH A 115 619 318 HOH WAT . G 3 HOH A 116 620 319 HOH WAT . G 3 HOH A 117 621 324 HOH WAT . G 3 HOH A 118 622 325 HOH WAT . G 3 HOH A 119 623 327 HOH WAT . G 3 HOH A 120 624 328 HOH WAT . G 3 HOH A 121 625 329 HOH WAT . G 3 HOH A 122 626 330 HOH WAT . G 3 HOH A 123 627 331 HOH WAT . G 3 HOH A 124 628 333 HOH WAT . G 3 HOH A 125 629 334 HOH WAT . G 3 HOH A 126 630 335 HOH WAT . G 3 HOH A 127 631 336 HOH WAT . G 3 HOH A 128 632 338 HOH WAT . G 3 HOH A 129 633 341 HOH WAT . G 3 HOH A 130 634 342 HOH WAT . G 3 HOH A 131 635 344 HOH WAT . G 3 HOH A 132 636 345 HOH WAT . G 3 HOH A 133 637 346 HOH WAT . G 3 HOH A 134 638 354 HOH WAT . G 3 HOH A 135 639 357 HOH WAT . G 3 HOH A 136 640 358 HOH WAT . G 3 HOH A 137 641 359 HOH WAT . G 3 HOH A 138 642 361 HOH WAT . G 3 HOH A 139 643 362 HOH WAT . G 3 HOH A 140 644 363 HOH WAT . G 3 HOH A 141 645 364 HOH WAT . G 3 HOH A 142 646 366 HOH WAT . G 3 HOH A 143 647 367 HOH WAT . G 3 HOH A 144 648 368 HOH WAT . G 3 HOH A 145 649 369 HOH WAT . G 3 HOH A 146 650 370 HOH WAT . G 3 HOH A 147 651 371 HOH WAT . G 3 HOH A 148 652 372 HOH WAT . G 3 HOH A 149 653 376 HOH WAT . G 3 HOH A 150 654 377 HOH WAT . G 3 HOH A 151 655 380 HOH WAT . G 3 HOH A 152 656 382 HOH WAT . G 3 HOH A 153 657 383 HOH WAT . G 3 HOH A 154 658 384 HOH WAT . G 3 HOH A 155 659 385 HOH WAT . G 3 HOH A 156 660 386 HOH WAT . G 3 HOH A 157 661 387 HOH WAT . G 3 HOH A 158 662 388 HOH WAT . G 3 HOH A 159 663 390 HOH WAT . G 3 HOH A 160 664 394 HOH WAT . G 3 HOH A 161 665 395 HOH WAT . G 3 HOH A 162 666 396 HOH WAT . G 3 HOH A 163 667 398 HOH WAT . G 3 HOH A 164 668 399 HOH WAT . G 3 HOH A 165 669 404 HOH WAT . G 3 HOH A 166 670 405 HOH WAT . G 3 HOH A 167 671 406 HOH WAT . G 3 HOH A 168 672 407 HOH WAT . G 3 HOH A 169 673 408 HOH WAT . G 3 HOH A 170 674 409 HOH WAT . G 3 HOH A 171 675 410 HOH WAT . G 3 HOH A 172 676 412 HOH WAT . G 3 HOH A 173 677 413 HOH WAT . G 3 HOH A 174 678 414 HOH WAT . G 3 HOH A 175 679 416 HOH WAT . G 3 HOH A 176 680 417 HOH WAT . G 3 HOH A 177 681 418 HOH WAT . G 3 HOH A 178 682 419 HOH WAT . G 3 HOH A 179 683 420 HOH WAT . G 3 HOH A 180 684 421 HOH WAT . G 3 HOH A 181 685 422 HOH WAT . G 3 HOH A 182 686 423 HOH WAT . G 3 HOH A 183 687 424 HOH WAT . G 3 HOH A 184 688 426 HOH WAT . G 3 HOH A 185 689 427 HOH WAT . G 3 HOH A 186 690 429 HOH WAT . G 3 HOH A 187 691 430 HOH WAT . G 3 HOH A 188 692 431 HOH WAT . G 3 HOH A 189 693 432 HOH WAT . G 3 HOH A 190 694 433 HOH WAT . G 3 HOH A 191 695 434 HOH WAT . G 3 HOH A 192 696 435 HOH WAT . G 3 HOH A 193 697 436 HOH WAT . G 3 HOH A 194 698 437 HOH WAT . G 3 HOH A 195 699 438 HOH WAT . G 3 HOH A 196 700 439 HOH WAT . G 3 HOH A 197 701 440 HOH WAT . G 3 HOH A 198 702 441 HOH WAT . G 3 HOH A 199 703 442 HOH WAT . G 3 HOH A 200 704 443 HOH WAT . G 3 HOH A 201 705 444 HOH WAT . G 3 HOH A 202 706 450 HOH WAT . G 3 HOH A 203 707 451 HOH WAT . G 3 HOH A 204 708 461 HOH WAT . G 3 HOH A 205 709 462 HOH WAT . G 3 HOH A 206 710 463 HOH WAT . G 3 HOH A 207 711 464 HOH WAT . G 3 HOH A 208 712 467 HOH WAT . G 3 HOH A 209 713 468 HOH WAT . G 3 HOH A 210 714 470 HOH WAT . G 3 HOH A 211 715 471 HOH WAT . G 3 HOH A 212 716 473 HOH WAT . G 3 HOH A 213 717 476 HOH WAT . G 3 HOH A 214 718 477 HOH WAT . G 3 HOH A 215 719 478 HOH WAT . G 3 HOH A 216 720 479 HOH WAT . G 3 HOH A 217 721 480 HOH WAT . G 3 HOH A 218 722 481 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . F 2 73.834 -1.073 -2.57 1 28.05 ? C1 GOL 504 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . F 2 74.652 -0.363 -3.489 1 21.47 ? O1 GOL 504 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . F 2 74.474 -2.469 -2.175 1 30.3 ? C2 GOL 504 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . F 2 74.681 -2.496 -0.75 1 30.5 ? O2 GOL 504 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . F 2 75.843 -2.732 -2.894 1 30.74 ? C3 GOL 504 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . F 2 76.962 -2.139 -2.227 1 34.07 ? O3 GOL 504 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 6 #